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# HealthOmics 참조 스토어 생성
HealthOmics의 참조 스토어는 참조 유전체를 저장하기 위한 데이터 스토어입니다. 각 AWS 계정 및 리전에 단일 참조 저장소를 가질 수 있습니다. 콘솔 또는 CLI를 사용하여 참조 저장소를 생성할 수 있습니다.
**Topics**
+ [콘솔을 사용하여 참조 저장소 생성](#console-create-reference-store)
+ [CLI를 사용하여 참조 저장소 생성](#api-create-reference-store)
## 콘솔을 사용하여 참조 저장소 생성
**참조 저장소 생성**
1. [HealthOmics 콘솔](https://console.aws.amazon.com/omics/)을 엽니다.
1. 필요한 경우 왼쪽 탐색 창(™)을 엽니다. **참조 저장소**를 선택합니다.
1. **Genomics 데이터 스토리지 옵션에서 참조** 유전체를 선택합니다.
1. 이전에 가져온 참조 유전체를 선택하거나 새 참조 유전체를 가져올 수 있습니다. 참조 유전체를 가져오지 않은 경우 오른쪽 상단에서 **참조 유전체 가져오기**를 선택합니다.
1. **참조 유전체 가져오기 작업 생성** 페이지에서 **빠른 생성** 또는 **수동 생성** 옵션을 선택하여 참조 저장소를 생성한 다음 다음 다음 정보를 제공합니다.
+ **참조 유전체 이름** -이 저장소의 고유한 이름입니다.
+ **설명**(선택 사항) -이 참조 저장소에 대한 설명입니다.
+ **IAM 역할** - 참조 유전체에 액세스할 수 있는 역할을 선택합니다.
+ **Amazon S3의 참조** - Amazon S3 버킷에서 참조 시퀀스 파일을 선택합니다.
+ **태그**(선택 사항) -이 참조 저장소에 최대 50개의 태그를 제공합니다.
## CLI를 사용하여 참조 저장소 생성
다음 예제에서는를 사용하여 참조 저장소를 생성하는 방법을 보여줍니다 AWS CLI. AWS 리전당 하나의 참조 저장소를 가질 수 있습니다.
참조 스토어는 확장명이 `.fasta`, , , `.fa`, , , `.faa`, `.fas` `.fsa``.ffn`, `.fna``.frn`, `.mpfa`, `.seq`인 FASTA 파일의 스토리지를 지원합니다`.txt`. 이러한 확장의 `bgzip` 버전도 지원됩니다.
다음 예제에서 `reference store name`를 참조 저장소에 대해 선택한 이름으로 바꿉니다.
```
aws omics create-reference-store --name "reference store name"
```
참조 스토어 ID 및 이름, ARN, 참조 스토어가 생성된 시점의 타임스탬프가 포함된 JSON 응답을 받습니다.
```
{
"id": "3242349265",
"arn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:referenceStore/3242349265",
"name": "MyReferenceStore",
"creationTime": "2022-07-01T20:58:42.878Z"
}
```
추가 AWS CLI 명령에서 참조 스토어 ID를 사용할 수 있습니다. 다음 예제와 같이 **list-reference-stores** 명령을 사용하여 계정에 연결된 참조 스토어 IDs 목록을 검색할 수 있습니다.
```
aws omics list-reference-stores
```
이에 대한 응답으로 새로 생성된 참조 저장소의 이름을 받게 됩니다.
```
{
"referenceStores": [
{
"id": "3242349265",
"arn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:referenceStore/3242349265",
"name": "MyReferenceStore",
"creationTime": "2022-07-01T20:58:42.878Z"
}
]
}
```
참조 저장소를 생성한 후 가져오기 작업을 생성하여 유전체 참조 파일을 해당 저장소에 로드할 수 있습니다. 이렇게 하려면 IAM 역할을 사용하거나 생성하여 데이터에 액세스해야 합니다. 다음은 예제 정책입니다.
------
#### [ JSON ]
****
```
{
"Version":"2012-10-17",
"Statement": [
{
"Effect": "Allow",
"Action": [
"s3:GetObject",
"s3:GetBucketLocation"
],
"Resource": [
"arn:aws:s3:::amzn-s3-demo-bucket1",
"arn:aws:s3:::amzn-s3-demo-bucket1/*"
]
}
]
}
```
------
또한 다음 예제와 유사한 신뢰 정책이 있어야 합니다.
------
#### [ JSON ]
****
```
{
"Version":"2012-10-17",
"Statement": [
{
"Effect": "Allow",
"Principal": {
"Service": [
"omics.amazonaws.com"
]
},
"Action": "sts:AssumeRole"
}
]
}
```
------
이제 참조 유전체를 가져올 수 있습니다. 이 예제에서는 오픈 액세스가 가능하고 [오픈 데이터 레지스트리 AWS](https://registry.opendata.aws/)에서 사용할 수 있는 Genome Reference Consortium Human Build 38(hg38)을 사용합니다. 이 데이터를 호스팅하는 버킷은 미국 동부(오하이오)에 기반을 두고 있습니다. 다른 AWS 리전에서 버킷을 사용하려면 해당 리전에서 호스팅되는 Amazon S3 버킷에 데이터를 복사할 수 있습니다. 다음 AWS CLI 명령을 사용하여 유전체를 Amazon S3 버킷에 복사합니다.
```
aws s3 cp s3://broad-references/hg38/v0/Homo_sapiens_assembly38.fasta s3://amzn-s3-demo-bucket
```
그런 다음 가져오기 작업을 시작할 수 있습니다. `reference store ID`, `role ARN`및를 자체 입력`source file path`으로 바꿉니다.
```
aws omics start-reference-import-job --reference-store-id reference store ID --role-arn role ARN --sources source file path
```
데이터를 가져온 후 JSON으로 다음 응답을 받게 됩니다.
```
{
"id": "7252016478",
"referenceStoreId": "3242349265",
"roleArn": "arn:aws:iam::111122223333:role/OmicsReferenceImport",
"status": "CREATED",
"creationTime": "2022-07-01T21:15:13.727Z"
}
```
다음 명령을 사용하여 작업 상태를 모니터링할 수 있습니다. 다음 예제에서 `reference store ID` 및를 참조 스토어 ID와 자세히 알아볼 작업 ID`job ID`로 바꿉니다.
```
aws omics get-reference-import-job --reference-store-id reference store ID --id job ID
```
이에 대한 응답으로 해당 참조 저장소 및 해당 상태에 대한 세부 정보가 포함된 응답을 받게 됩니다.
```
{
"id": "7252016478",
"referenceStoreId": "3242349265",
"roleArn": "arn:aws:iam::555555555555:role/OmicsReferenceImport",
"status": "RUNNING",
"creationTime": "2022-07-01T21:15:13.727Z",
"sources": [
{
"sourceFile": "s3://amzn-s3-demo-bucket/Homo_sapiens_assembly38.fasta",
"status": "IN_PROGRESS",
"name": "MyReference"
}
]
}
```
참조를 나열하고 참조 이름을 기준으로 필터링하여 가져온 참조를 찾을 수도 있습니다. 를 참조 스토어 ID`reference store ID`로 바꾸고 선택적 필터를 추가하여 목록의 범위를 좁힙니다.
```
aws omics list-references --reference-store-id reference store ID --filter name=MyReference
```
이에 대한 응답으로 다음 정보를 받게 됩니다.
```
{
"references": [
{
"id": "1234567890",
"arn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:referenceStore/1234567890/reference/1234567890",
"referenceStoreId": "12345678",
"md5": "7ff134953dcca8c8997453bbb80b6b5e",
"status": "ACTIVE",
"name": "MyReference",
"creationTime": "2022-07-02T00:15:19.787Z",
"updateTime": "2022-07-02T00:15:19.787Z"
}
]
}
```
참조 메타데이터에 대해 자세히 알아보려면 **get-reference-metadata** API 작업을 사용합니다. 다음 예제에서를 참조 스토어 ID`reference store ID`로 바꾸고를 자세히 알아볼 참조 ID`reference ID`로 바꿉니다.
```
aws omics get-reference-metadata --reference-store-id reference store ID --id reference ID
```
응답으로 다음 정보를 받게 됩니다.
```
{
"id": "1234567890",
"arn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:referenceStore/referencestoreID/reference/referenceID",
"referenceStoreId": "1234567890",
"md5": "7ff134953dcca8c8997453bbb80b6b5e",
"status": "ACTIVE",
"name": "MyReference",
"creationTime": "2022-07-02T00:15:19.787Z",
"updateTime": "2022-07-02T00:15:19.787Z",
"files": {
"source": {
"totalParts": 31,
"partSize": 104857600,
"contentLength": 3249912778
},
"index": {
"totalParts": 1,
"partSize": 104857600,
"contentLength": 160928
}
}
}
```
**get-reference**를 사용하여 참조 파일의 일부를 다운로드할 수도 있습니다. 다음 예제에서를 참조 스토어 ID`reference store ID`로 바꾸고를 다운로드하려는 참조 ID`reference ID`로 바꿉니다.
```
aws omics get-reference --reference-store-id reference store ID --id reference ID --part-number 1 outfile.fa
```