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로컬에서 워크플로 정의 검증
CreateWorkflow 또는를 호출하기 전에 워크플로 언어의 자체 도구를 사용하여 워크플로 정의를 검증할 수 있습니다CreateWorkflowVersion. 구문 오류 및 해결되지 않는 참조와 같은 문제를 포착합니다.
로컬 검증은 HealthOmics 요구 사항이 아닌 워크플로 언어를 기준으로 정의를 확인합니다. 워크플로 생성 중에 HealthOmics가 실행하는 린터는 섹션을 참조하세요HealthOmics의 워크플로 린터.
검사기 설치
검사기는가 유지 관리 AWS 하지 않는 타사 소프트웨어입니다.
참고
실행 시 린트 버전보다 이전 Nextflow 버전을 사용할 수 있습니다. nextflow lint 명령은 실행에서 사용하지 않을 수 있는 엄격한 구문으로 구문 분석합니다. 따라서 구문 조사 결과를 충족하기 위해 정의를 다시 작성하기 전에에 설명된 대로 실행에서 사용하는 구문 버전을 확인합니다Nextflow 구문 버전 지정. HealthOmics가 실행을 위한 Nextflow 버전을 선택하는 방법은 섹션을 참조하세요Nextflow 버전.
검사기 실행
기본 정의 파일에 대해 검사기를 실행하거나 Nextflow에 대해 해당 파일이 포함된 디렉터리에 대해 검사기를 실행합니다.
다중 파일 번들의 경우 HealthOmics에 업로드하는 ZIP 아카이브에 있는 것과 동일한 상대 경로를 사용하여 파일을 디스크에 배치합니다. 참조는 명령을 실행하는 디렉터리가 아니라 이를 선언하는 파일을 기준으로 해석됩니다. 기본 파일 요구 사항은 섹션을 참조하세요HealthOmics 워크플로 정의 요구 사항.
기본 파일 대신 nextflow lint 디렉터리를 전달하여 기본 파일에서 도달하지 nextflow.config않는 도 확인합니다.
참고
를 전달하면가 오류 없이 정의 파일을 -format nextflow lint 다시 작성합니다. v25.10 이상을 사용하여 형식을 지정하면 이전 Nextflow 버전에서 거부하는 구문이 생성될 수 있으므로, 실행에서 형식을 지정한 버전을 사용하지 않는 한 형식을 지정하지 마십시오.
검증 결과 읽기
miniwdl 및는 오류를 보고할 때 0이 아닌 상태로 nextflow lint 종료되지만 경고만 보고할 때는 상태가 0이므로 종료 상태에 의존하지 않고 출력을 읽습니다.
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WDL -는 복구할 수 없는 첫 번째 오류 또는 인라인으로 린트 조사 결과와 함께 로드한 모든 문서의 개요를 miniwdl 보고합니다.
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Nextflow - Nextflow는 각 오류와 경고를 파일, 줄 및 열과 함께 보고하고 불쾌한 줄을 인용합니다. 오류가 있는 파일 수와 없는 파일 수로 끝나므로 경고가 있지만 오류가 없는 파일은 없는 것으로 계산됩니다. 보고서 형식을 변경하려면
-o예를 들어를 전달합니다-o json. -
CWL - 파일이 유효한 CWL인지 또는 각 문제의 파일, 줄 및 열에 대한 검증 실패를 cwltool 보고합니다.
참고
Nextflow 버전은 보고하는 양에 따라 다릅니다. Nextflow v26.04는 요약에서 경고를 계산하고 -o json 출력에 포함합니다. Nextflow v25.10은 기본 출력에서만 경고를 인쇄하고 요약 또는 -o json 출력에서는 아무것도 보고하지 않습니다.
