# Exemplos de HealthOmics usando a AWS CLI
Os exemplos de código a seguir mostram como realizar ações e implementar cenários comuns usando a AWS Command Line Interface com o HealthOmics.
*Ações* são trechos de código de programas maiores e devem ser executadas em contexto. Embora as ações mostrem como chamar perfis de serviço individuais, você pode ver as ações no contexto em seus cenários relacionados.
Cada exemplo inclui um link para o código-fonte completo, em que você pode encontrar instruções sobre como configurar e executar o código.
**Topics**
+ [Ações](#actions)
## Ações
### `abort-multipart-read-set-upload`
O código de exemplo a seguir mostra como usar `abort-multipart-read-set-upload`.
**AWS CLI**
**Como interromper um upload de conjunto de leitura multipartes**
O exemplo `abort-multipart-read-set-upload` a seguir interrompe o upload de um conjunto de leitura multipartes em seu repositório de sequências HealthOmics.
```
aws omics abort-multipart-read-set-upload \
--sequence-store-id 0123456789 \
--upload-id 1122334455
```
Este comando não produz saída.
Para obter mais informações, consulte [Fazer upload direto a um repositório de sequências](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/synchronous-uploads.html) no *Guia do usuário do AWS HealthOmics*.
+ Para ver detalhes da API, consulte [AbortMultipartReadSetUpload](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/abort-multipart-read-set-upload.html) na *Referência de comandos da AWS CLI*.
### `accept-share`
O código de exemplo a seguir mostra como usar `accept-share`.
**AWS CLI**
**Como aceitar um compartilhamento de dados de um repositório de análises**
O exemplo `accept-share` a seguir aceita um compartilhamento de dados de repositório de análises do HealthOmics.
```
aws omics accept-share \
----share-id "495c21bedc889d07d0ab69d710a6841e-dd75ab7a1a9c384fa848b5bd8e5a7e0a"
```
Resultado:
```
{
"status": "ACTIVATING"
}
```
Para obter mais informações, consulte [Compartilhamento entre contas](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/cross-account-sharing.html) no *Guia do usuário do AWS HealthOmics*.
+ Para ver detalhes da API, consulte [AcceptShare](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/accept-share.html) na *Referência de comandos da AWS CLI*.
### `batch-delete-read-set`
O código de exemplo a seguir mostra como usar `batch-delete-read-set`.
**AWS CLI**
**Para excluir vários conjuntos de leitura**
O exemplo `batch-delete-read-set` a seguir exclui dois conjuntos de leitura.
```
aws omics batch-delete-read-set \
--sequence-store-id 1234567890 \
--ids 1234567890 0123456789
```
Se houver um erro ao excluir qualquer um dos conjuntos de leitura especificados, o serviço retornará uma lista de erros.
```
{
"errors": [
{
"code": "",
"id": "0123456789",
"message": "The specified readset does not exist."
}
]
}
```
Para obter mais informações, consulte [Armazenamento Ômico](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html) no *Guia do desenvolvedor do Amazon Omics*.
+ Para ver detalhes da API, consulte [BatchDeleteReadSet](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/batch-delete-read-set.html) na *Referência de comandos da AWS CLI*.
### `cancel-annotation-import-job`
O código de exemplo a seguir mostra como usar `cancel-annotation-import-job`.
**AWS CLI**
**Como cancelar um trabalho de importação de anotações**
O exemplo `cancel-annotation-import-job` a seguir cancela um trabalho de importação de anotações com ID `04f57618-xmpl-4fd0-9349-e5a85aefb997`.
```
aws omics cancel-annotation-import-job \
--job-id 04f57618-xmpl-4fd0-9349-e5a85aefb997
```
Para obter mais informações, consulte [Omics Analytics](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/omics-analytics.html) no *Guia do desenvolvedor do Amazon Omics*.
+ Para ver detalhes da API, consulte [CancelAnnotationImportJob](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/cancel-annotation-import-job.html) na *Referência de comandos da AWS CLI*.
### `cancel-run`
O código de exemplo a seguir mostra como usar `cancel-run`.
**AWS CLI**
**Como cancelar uma execução**
O exemplo `cancel-run` a seguir cancela uma execução que tenha o ID `1234567`.
```
aws omics cancel-run \
--id 1234567
```
Para ter mais informações, consulte [Run lifecycle in a workflow](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/monitoring-runs.html) no *Guia do usuário do AWS HealthOmics*.
+ Para ver detalhes da API, consulte [CancelRun](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/cancel-run.html) na *Referência de comandos da AWS CLI*.
### `cancel-variant-import-job`
O código de exemplo a seguir mostra como usar `cancel-variant-import-job`.
**AWS CLI**
**Como cancelar um trabalho de importação de variantes**
O exemplo `cancel-variant-import-job` a seguir cancela um trabalho de importação de variantes com o ID `69cb65d6-xmpl-4a4a-9025-4565794b684e`.
```
aws omics cancel-variant-import-job \
--job-id 69cb65d6-xmpl-4a4a-9025-4565794b684e
```
Para obter mais informações, consulte [Omics Analytics](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/omics-analytics.html) no *Guia do desenvolvedor do Amazon Omics*.
+ Para ver detalhes da API, consulte [CancelVariantImportJob](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/cancel-variant-import-job.html) na *Referência de comandos da AWS CLI*.
### `complete-multipart-read-set-upload`
O código de exemplo a seguir mostra como usar `complete-multipart-read-set-upload`.
**AWS CLI**
**Como concluir um upload multipartes depois de fazer upload de todos os componentes.**
O exemplo `complete-multipart-read-set-upload` a seguir conclui um upload multipartes em um repositório de sequências depois do upload de todos os componentes.
```
aws omics complete-multipart-read-set-upload \
--sequence-store-id 0123456789 \
--upload-id 1122334455 \
--parts '[{"checksum":"gaCBQMe+rpCFZxLpoP6gydBoXaKKDA/Vobh5zBDb4W4=","partNumber":1,"partSource":"SOURCE1"}]'
```
Resultado:
```
{
"readSetId": "0000000001"
"readSetId": "0000000002"
"readSetId": "0000000003"
}
```
Para obter mais informações, consulte [Fazer upload direto a um repositório de sequências](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/synchronous-uploads.html) no *Guia do usuário do AWS HealthOmics*.
+ Para ver detalhes da API, consulte [CompleteMultipartReadSetUpload](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/complete-multipart-read-set-upload.html) na *Referência de comandos da AWS CLI*.
### `create-annotation-store-version`
O código de exemplo a seguir mostra como usar `create-annotation-store-version`.
**AWS CLI**
**Para criar uma nova versão de um repositório de anotações**
O exemplo `create-annotation-store-version` a seguir cria uma nova versão de um repositório de anotações.
```
aws omics create-annotation-store-version \
--name my_annotation_store \
--version-name my_version
```
Resultado:
```
{
"creationTime": "2023-07-21T17:15:49.251040+00:00",
"id": "3b93cdef69d2",
"name": "my_annotation_store",
"reference": {
"referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:referenceStore/6505293348/reference/5987565360"
},
"status": "CREATING",
"versionName": "my_version"
}
```
Para obter mais informações, consulte [Criar de novas versões de repositórios de anotações](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/annotation-store-versioning.html) no *Guia do usuário do AWS HealthOmics*.
+ Para ver detalhes da API, consulte [CreateAnnotationStoreVersion](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/create-annotation-store-version.html) na *Referência de comandos da AWS CLI*.
### `create-annotation-store`
O código de exemplo a seguir mostra como usar `create-annotation-store`.
**AWS CLI**
**Exemplo 1: criar um repositório de anotações VCF**
O exemplo `create-annotation-store` a seguir cria um repositório de anotações no formato VCF.
```
aws omics create-annotation-store \
--name my_ann_store \
--store-format VCF \
--reference referenceArn=arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890
```
Resultado:
```
{
"creationTime": "2022-11-23T22:48:39.226492Z",
"id": "0a91xmplc71f",
"name": "my_ann_store",
"reference": {
"referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890"
},
"status": "CREATING",
"storeFormat": "VCF"
}
```
**Exemplo 2: criar um repositório de anotações TSV**
O exemplo `create-annotation-store` a seguir cria um repositório de anotações no formato TSV.
```
aws omics create-annotation-store \
--name tsv_ann_store \
--store-format TSV \
--reference referenceArn=arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890 \
--store-options file://tsv-store-options.json
```
`tsv-store-options.json` configura as opções de formato para anotações.
```
{
"tsvStoreOptions": {
"annotationType": "CHR_START_END_ZERO_BASE",
"formatToHeader": {
"CHR": "chromosome",
"START": "start",
"END": "end"
},
"schema": [
{
"chromosome": "STRING"
},
{
"start": "LONG"
},
{
"end": "LONG"
},
{
"name": "STRING"
}
]
}
}
```
Resultado:
```
{
"creationTime": "2022-11-30T01:28:08.525586Z",
"id": "861cxmpl96b0",
"name": "tsv_ann_store",
"reference": {
"referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890"
},
"status": "CREATING",
"storeFormat": "TSV",
"storeOptions": {
"tsvStoreOptions": {
"annotationType": "CHR_START_END_ZERO_BASE",
"formatToHeader": {
"CHR": "chromosome",
"END": "end",
"START": "start"
},
"schema": [
{
"chromosome": "STRING"
},
{
"start": "LONG"
},
{
"end": "LONG"
},
{
"name": "STRING"
}
]
}
}
}
```
Para obter mais informações, consulte [Omics Analytics](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/omics-analytics.html) no Guia do desenvolvedor do Amazon Omics.
+ Para ver detalhes da API, consulte [CreateAnnotationStore](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/create-annotation-store.html) na *Referência de comandos da AWS CLI*.
### `create-multipart-read-set-upload`
O código de exemplo a seguir mostra como usar `create-multipart-read-set-upload`.
**AWS CLI**
**Para iniciar um upload de um conjunto de leitura multipartes.**
O exemplo `create-multipart-read-set-upload` a seguir inicia um upload de conjunto de leitura multipartes.
```
aws omics create-multipart-read-set-upload \
--sequence-store-id 0123456789 \
--name HG00146 \
--source-file-type FASTQ \
--subject-id mySubject\
--sample-id mySample\
--description "FASTQ for HG00146"\
--generated-from "1000 Genomes"
```
Resultado:
```
{
"creationTime": "2022-07-13T23:25:20Z",
"description": "FASTQ for HG00146",
"generatedFrom": "1000 Genomes",
"name": "HG00146",
"sampleId": "mySample",
"sequenceStoreId": "0123456789",
"sourceFileType": "FASTQ",
"subjectId": "mySubject",
"uploadId": "1122334455"
}
```
Para obter mais informações, consulte [Fazer upload direto a um repositório de sequências](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/synchronous-uploads.html) no *Guia do usuário do AWS HealthOmics*.
+ Para ver detalhes da API, consulte [CreateMultipartReadSetUpload](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/create-multipart-read-set-upload.html) na *Referência de comandos da AWS CLI*.
### `create-reference-store`
O código de exemplo a seguir mostra como usar `create-reference-store`.
**AWS CLI**
**Para criar um repositório de referências**
O exemplo `create-reference-store` a seguir cria o repositório de referências `my-ref-store`.
```
aws omics create-reference-store \
--name my-ref-store
```
Resultado:
```
{
"arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890",
"creationTime": "2022-11-22T22:13:25.947Z",
"id": "1234567890",
"name": "my-ref-store"
}
```
Para obter mais informações, consulte [Armazenamento Ômico](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html) no *Guia do desenvolvedor do Amazon Omics*.
+ Para ver detalhes da API, consulte [CreateReferenceStore](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/create-reference-store.html) na *Referência de comandos da AWS CLI*.
### `create-run-group`
O código de exemplo a seguir mostra como usar `create-run-group`.
**AWS CLI**
**Para criar um grupo de execução**
O exemplo `create-run-group` a seguir cria um grupo de execução chamado `cram-converter`.
```
aws omics create-run-group \
--name cram-converter \
--max-cpus 20 \
--max-gpus 10 \
--max-duration 600 \
--max-runs 5
```
Resultado:
```
{
"arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:runGroup/1234567",
"id": "1234567",
"tags": {}
}
```
Para ter mais informações, consulte [Creating run groups](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/creating-run-groups.html) no *Guia do usuário do AWS HealthOmics*.
+ Para ver detalhes da API, consulte [CreateRunGroup](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/create-run-group.html) na *Referência de comandos da AWS CLI*.
### `create-sequence-store`
O código de exemplo a seguir mostra como usar `create-sequence-store`.
**AWS CLI**
**Para criar um repositório de sequências**
O exemplo `create-sequence-store` a seguir cria um repositório de sequências.
```
aws omics create-sequence-store \
--name my-seq-store
```
Resultado:
```
{
"arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:sequenceStore/1234567890",
"creationTime": "2022-11-23T01:24:33.629Z",
"id": "1234567890",
"name": "my-seq-store"
}
```
Para obter mais informações, consulte [Armazenamento Ômico](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html) no *Guia do desenvolvedor do Amazon Omics*.
+ Para ver detalhes da API, consulte [CreateSequenceStore](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/create-sequence-store.html) na *Referência de comandos da AWS CLI*.
### `create-share`
O código de exemplo a seguir mostra como usar `create-share`.
**AWS CLI**
**Para criar um compartilhamento de um repositório de análises da HealthOmics**
O exemplo `create-share` a seguir mostra como criar um compartilhamento de um repositório de análises da HealthOmics que pode ser aceito por um assinante fora da conta.
```
aws omics create-share \
--resource-arn "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:variantStore/omics_dev_var_store" \
--principal-subscriber "123456789012" \
--name "my_Share-123"
```
Resultado:
```
{
"shareId": "495c21bedc889d07d0ab69d710a6841e-dd75ab7a1a9c384fa848b5bd8e5a7e0a",
"name": "my_Share-123",
"status": "PENDING"
}
```
Para obter mais informações, consulte [Compartilhamento entre contas](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/cross-account-sharing.html) no *Guia do usuário do AWS HealthOmics*.
+ Para ver detalhes da API, consulte [CreateShare](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/create-share.html) na *Referência de comandos da AWS CLI*.
### `create-variant-store`
O código de exemplo a seguir mostra como usar `create-variant-store`.
**AWS CLI**
**Para criar um repositório de variantes**
O exemplo `create-variant-store` a seguir cria um repositório de variantes chamado `my_var_store`.
```
aws omics create-variant-store \
--name my_var_store \
--reference referenceArn=arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890
```
Resultado:
```
{
"creationTime": "2022-11-23T22:09:07.534499Z",
"id": "02dexmplcfdd",
"name": "my_var_store",
"reference": {
"referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890"
},
"status": "CREATING"
}
```
Para obter mais informações, consulte [Omics Analytics](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/omics-analytics.html) no *Guia do desenvolvedor do Amazon Omics*.
+ Para ver detalhes da API, consulte [CreateVariantStore](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/create-variant-store.html) na *Referência de comandos da AWS CLI*.
### `create-workflow`
O código de exemplo a seguir mostra como usar `create-workflow`.
**AWS CLI**
**Para criar um fluxo de trabalho**
O exemplo `create-workflow` a seguir cria um fluxo de trabalho WDL.
```
aws omics create-workflow \
--name cram-converter \
--engine WDL \
--definition-zip fileb://workflow-crambam.zip \
--parameter-template file://workflow-params.json
```
`workflow-crambam.zip` é um arquivo ZIP contendo uma definição de fluxo de trabalho. `workflow-params.json` define parâmetros de runtime para o fluxo de trabalho.
```
{
"ref_fasta" : {
"description": "Reference genome fasta file",
"optional": false
},
"ref_fasta_index" : {
"description": "Index of the reference genome fasta file",
"optional": false
},
"ref_dict" : {
"description": "dictionary file for 'ref_fasta'",
"optional": false
},
"input_cram" : {
"description": "The Cram file to convert to BAM",
"optional": false
},
"sample_name" : {
"description": "The name of the input sample, used to name the output BAM",
"optional": false
}
}
```
Resultado:
```
{
"arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:workflow/1234567",
"id": "1234567",
"status": "CREATING",
"tags": {}
}
```
Para ter mais informações, consulte [Creating private workflows](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/workflows-setup.html) no *Guia do usuário do AWS HealthOmics*.
+ Para ver detalhes da API, consulte [CreateWorkflow](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/create-workflow.html) na *Referência de comandos da AWS CLI*.
### `delete-annotation-store-versions`
O código de exemplo a seguir mostra como usar `delete-annotation-store-versions`.
**AWS CLI**
**Para excluir uma versão do repositório de anotações**
O exemplo `delete-annotation-store-versions` a seguir exclui uma versão do repositório de anotações.
```
aws omics delete-annotation-store-versions \
--name my_annotation_store \
--versions my_version
```
Resultado:
```
{
"errors": []
}
```
Para obter mais informações, consulte [Criar de novas versões de repositórios de anotações](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/annotation-store-versioning.html) no *Guia do usuário do AWS HealthOmics*.
+ Para ver detalhes da API, consulte [DeleteAnnotationStoreVersions](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/delete-annotation-store-versions.html) na *Referência de comandos da AWS CLI*.
### `delete-annotation-store`
O código de exemplo a seguir mostra como usar `delete-annotation-store`.
**AWS CLI**
**Para excluir um repositório de anotações**
O exemplo `delete-annotation-store` a seguir exclui o repositório de anotações chamado `my_vcf_store`.
```
aws omics delete-annotation-store \
--name my_vcf_store
```
Resultado:
```
{
"status": "DELETING"
}
```
Para obter mais informações, consulte [Omics Analytics](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/omics-analytics.html) no *Guia do desenvolvedor do Amazon Omics*.
+ Para ver detalhes da API, consulte [DeleteAnnotationStore](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/delete-annotation-store.html) na *Referência de comandos da AWS CLI*.
### `delete-reference-store`
O código de exemplo a seguir mostra como usar `delete-reference-store`.
**AWS CLI**
**Para excluir um repositório de referências**
O exemplo `delete-reference-store` a seguir exclui o repositório de referências com o ID `1234567890`.
```
aws omics delete-reference-store \
--id 1234567890
```
Para obter mais informações, consulte [Armazenamento Ômico](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html) no *Guia do desenvolvedor do Amazon Omics*.
+ Para ver detalhes da API, consulte [DeleteReferenceStore](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/delete-reference-store.html) na *Referência de comandos da AWS CLI*.
### `delete-reference`
O código de exemplo a seguir mostra como usar `delete-reference`.
**AWS CLI**
**Para excluir uma referência**
O exemplo `delete-reference` a seguir exclui uma referência.
```
aws omics delete-reference \
--reference-store-id 1234567890 \
--id 1234567890
```
Para obter mais informações, consulte [Armazenamento Ômico](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html) no *Guia do desenvolvedor do Amazon Omics*.
+ Para ver detalhes da API, consulte [DeleteReference](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/delete-reference.html) na *Referência de comandos da AWS CLI*.
### `delete-run-group`
O código de exemplo a seguir mostra como usar `delete-run-group`.
**AWS CLI**
**Para excluir um grupo de execução**
O exemplo `delete-run-group` a seguir exclui o grupo de execução com o ID `1234567`.
```
aws omics delete-run-group \
--id 1234567
```
Para ter mais informações, consulte [Deleting runs and run groups](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/deleting-workflows-and-runs.html) no *Guia do usuário do AWS HealthOmics*.
+ Para ver detalhes da API, consulte [DeleteRunGroup](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/delete-run-group.html) na *Referência de comandos da AWS CLI*.
### `delete-run`
O código de exemplo a seguir mostra como usar `delete-run`.
**AWS CLI**
**Para excluir uma execução de fluxo de trabalho**
O exemplo `delete-run` a seguir exclui a execução com o ID `1234567`.
```
aws omics delete-run \
--id 1234567
```
Para ter mais informações, consulte [Deleting runs and run groups](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/deleting-workflows-and-runs.html) no *Guia do usuário do AWS HealthOmics*.
+ Para ver detalhes da API, consulte [DeleteRun](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/delete-run.html) na *Referência de comandos da AWS CLI*.
### `delete-sequence-store`
O código de exemplo a seguir mostra como usar `delete-sequence-store`.
**AWS CLI**
**Para excluir um repositório de sequências**
O exemplo `delete-sequence-store` a seguir exclui o repositório de referências com o ID `1234567890`.
```
aws omics delete-sequence-store \
--id 1234567890
```
Para obter mais informações, consulte [Armazenamento Ômico](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html) no *Guia do desenvolvedor do Amazon Omics*.
+ Para ver detalhes da API, consulte [DeleteSequenceStore](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/delete-sequence-store.html) na *Referência de comandos da AWS CLI*.
### `delete-share`
O código de exemplo a seguir mostra como usar `delete-share`.
**AWS CLI**
**Para excluir um compartilhamento dos dados de análise do HealthOmics**
O exemplo `delete-share` a seguir exclui um compartilhamento de dados de análise entre contas.
```
aws omics delete-share \
--share-id "495c21bedc889d07d0ab69d710a6841e-dd75ab7a1a9c384fa848b5bd8e5a7e0a"
```
Resultado:
```
{
"status": "DELETING"
}
```
Para obter mais informações, consulte [Compartilhamento entre contas](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/cross-account-sharing.html) no *Guia do usuário do AWS HealthOmics*.
+ Para ver detalhes da API, consulte [DeleteShare](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/delete-share.html) na *Referência de comandos da AWS CLI*.
### `delete-variant-store`
O código de exemplo a seguir mostra como usar `delete-variant-store`.
**AWS CLI**
**Para excluir um repositório de variantes**
O exemplo `delete-variant-store` a seguir exclui um repositório de variantes chamado `my_var_store`.
```
aws omics delete-variant-store \
--name my_var_store
```
Resultado:
```
{
"status": "DELETING"
}
```
Para obter mais informações, consulte [Omics Analytics](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/omics-analytics.html) no *Guia do desenvolvedor do Amazon Omics*.
+ Para ver detalhes da API, consulte [DeleteVariantStore](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/delete-variant-store.html) na *Referência de comandos da AWS CLI*.
### `delete-workflow`
O código de exemplo a seguir mostra como usar `delete-workflow`.
**AWS CLI**
**Para excluir um fluxo de trabalho**
O exemplo `delete-workflow` a seguir exclui o fluxo de trabalho com o ID `1234567`.
```
aws omics delete-workflow \
--id 1234567
```
Para ter mais informações, consulte [Delete a private workflow](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/delete-private-workflow.html) no *Guia do usuário do AWS HealthOmics*.
+ Para ver detalhes da API, consulte [DeleteWorkflow](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/delete-workflow.html) na *Referência de comandos da AWS CLI*.
### `get-annotation-import-job`
O código de exemplo a seguir mostra como usar `get-annotation-import-job`.
**AWS CLI**
**visualizar um trabalho de importação de anotações**
O exemplo `get-annotation-import-job` a seguir obtém detalhes sobre um trabalho de importação de anotações.
```
aws omics get-annotation-import-job \
--job-id 984162c7-xmpl-4d23-ab47-286f7950bfbf
```
Resultado:
```
{
"creationTime": "2022-11-30T01:40:11.017746Z",
"destinationName": "tsv_ann_store",
"id": "984162c7-xmpl-4d23-ab47-286f7950bfbf",
"items": [
{
"jobStatus": "COMPLETED",
"source": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/targetedregions.bed.gz"
}
],
"roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
"runLeftNormalization": false,
"status": "COMPLETED",
"updateTime": "2022-11-30T01:42:39.134009Z"
}
```
Para obter mais informações, consulte [Omics Analytics](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/omics-analytics.html) no *Guia do desenvolvedor do Amazon Omics*.
+ Para ver detalhes da API, consulte [GetAnnotationImportJob](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/get-annotation-import-job.html) na *Referência de comandos da AWS CLI*.
### `get-annotation-store-version`
O código de exemplo a seguir mostra como usar `get-annotation-store-version`.
**AWS CLI**
**Para recuperar os metadados de uma versão do repositório de anotações**
O exemplo `get-annotation-store-version` a seguir recupera os metadados da versão solicitada do repositório de anotações.
```
aws omics get-annotation-store-version \
--name my_annotation_store \
--version-name my_version
```
Resultado:
```
{
"storeId": "4934045d1c6d",
"id": "2a3f4a44aa7b",
"status": "ACTIVE",
"versionArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:annotationStore/my_annotation_store/version/my_version",
"name": "my_annotation_store",
"versionName": "my_version",
"creationTime": "2023-07-21T17:15:49.251040+00:00",
"updateTime": "2023-07-21T17:15:56.434223+00:00",
"statusMessage": "",
"versionSizeBytes": 0
}
```
Para obter mais informações, consulte [Criar de novas versões de repositórios de anotações](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/annotation-store-versioning.html) no *Guia do usuário do AWS HealthOmics*.
+ Para ver detalhes da API, consulte [GetAnnotationStoreVersion](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/get-annotation-store-version.html) na *Referência de comandos da AWS CLI*.
### `get-annotation-store`
O código de exemplo a seguir mostra como usar `get-annotation-store`.
**AWS CLI**
**Como visualizar um repositório de anotações**
O exemplo `get-annotation-store` a seguir obtém detalhes sobre o repositório de anotações chamado `my_ann_store`.
```
aws omics get-annotation-store \
--name my_ann_store
```
Resultado:
```
{
"creationTime": "2022-11-23T22:48:39.226492Z",
"id": "0a91xmplc71f",
"name": "my_ann_store",
"reference": {
"referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890"
},
"status": "CREATING",
"storeArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:annotationStore/my_ann_store",
"storeFormat": "VCF",
"storeSizeBytes": 0,
"tags": {}
}
```
Para obter mais informações, consulte [Omics Analytics](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/omics-analytics.html) no *Guia do desenvolvedor do Amazon Omics*.
+ Para ver detalhes da API, consulte [GetAnnotationStore](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/get-annotation-store.html) na *Referência de comandos da AWS CLI*.
### `get-read-set-activation-job`
O código de exemplo a seguir mostra como usar `get-read-set-activation-job`.
**AWS CLI**
**Como visualizar um trabalho de ativação do conjunto de leitura**
O exemplo `get-read-set-activation-job` a seguir obtém detalhes sobre um trabalho de ativação do conjunto de leitura.
```
aws omics get-read-set-activation-job \
--sequence-store-id 1234567890 \
--id 1234567890
```
Resultado:
```
{
"completionTime": "2022-12-06T22:33:42.828Z",
"creationTime": "2022-12-06T22:32:45.213Z",
"id": "1234567890",
"sequenceStoreId": "1234567890",
"sources": [
{
"readSetId": "1234567890",
"status": "FINISHED",
"statusMessage": "No activation needed as read set is already in ACTIVATING or ACTIVE state."
}
],
"status": "COMPLETED",
"statusMessage": "The job completed successfully."
}
```
Para obter mais informações, consulte [Armazenamento Ômico](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html) no *Guia do desenvolvedor do Amazon Omics*.
+ Para ver detalhes da API, consulte [GetReadSetActivationJob](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/get-read-set-activation-job.html) na *Referência de comandos da AWS CLI*.
### `get-read-set-export-job`
O código de exemplo a seguir mostra como usar `get-read-set-export-job`.
**AWS CLI**
**Como visualizar um trabalho de exportação do conjunto de leitura**
O exemplo `get-read-set-export-job` a seguir obtém detalhes sobre um trabalho de exportação do conjunto de leitura.
```
aws omics get-read-set-export-job \
--sequence-store-id 1234567890 \
--id 1234567890
```
Resultado:
```
{
"completionTime": "2022-12-06T22:39:14.491Z",
"creationTime": "2022-12-06T22:37:18.612Z",
"destination": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/read-set-export/",
"id": "1234567890",
"sequenceStoreId": "1234567890",
"status": "COMPLETED",
"statusMessage": "The job is submitted and will start soon."
}
```
Para obter mais informações, consulte [Armazenamento Ômico](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html) no *Guia do desenvolvedor do Amazon Omics*.
+ Para receber detalhes da API, consulte [GetReadSetExportJob](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/get-read-set-export-job.html) na *Referência de comandos da AWS CLI*.
### `get-read-set-import-job`
O código de exemplo a seguir mostra como usar `get-read-set-import-job`.
**AWS CLI**
**Como visualizar um trabalho de importação do conjunto de leitura**
O exemplo `get-read-set-import-job` a seguir obtém detalhes sobre um trabalho de importação do conjunto de leitura.
```
aws omics get-read-set-import-job \
--sequence-store-id 1234567890 \
--id 1234567890
```
Resultado:
```
{
"creationTime": "2022-11-23T01:36:38.158Z",
"id": "1234567890",
"roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
"sequenceStoreId": "1234567890",
"sources": [
{
"name": "HG00100",
"referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890",
"sampleId": "bam-sample",
"sourceFileType": "BAM",
"sourceFiles": {
"source1": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/HG00100.chrom20.ILLUMINA.bwa.GBR.low_coverage.20101123.bam",
"source2": ""
},
"status": "IN_PROGRESS",
"statusMessage": "The source job is currently in progress.",
"subjectId": "bam-subject",
"tags": {
"aws:omics:sampleId": "bam-sample",
"aws:omics:subjectId": "bam-subject"
}
},
{
"name": "HG00146",
"referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890",
"sampleId": "fastq-sample",
"sourceFileType": "FASTQ",
"sourceFiles": {
"source1": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/SRR233106_1.filt.fastq.gz",
"source2": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/SRR233106_2.filt.fastq.gz"
},
"status": "IN_PROGRESS",
"statusMessage": "The source job is currently in progress.",
"subjectId": "fastq-subject",
"tags": {
"aws:omics:sampleId": "fastq-sample",
"aws:omics:subjectId": "fastq-subject"
}
},
{
"name": "HG00096",
"referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890",
"sampleId": "cram-sample",
"sourceFileType": "CRAM",
"sourceFiles": {
"source1": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/HG00096.alt_bwamem_GRCh38DH.20150718.GBR.low_coverage.cram",
"source2": ""
},
"status": "IN_PROGRESS",
"statusMessage": "The source job is currently in progress.",
"subjectId": "cram-subject",
"tags": {
"aws:omics:sampleId": "cram-sample",
"aws:omics:subjectId": "cram-subject"
}
}
],
"status": "IN_PROGRESS",
"statusMessage": "The job is currently in progress."
}
```
Para obter mais informações, consulte [Armazenamento Ômico](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html) no *Guia do desenvolvedor do Amazon Omics*.
+ Para receber detalhes da API, consulte [GetReadSetImportJob](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/get-read-set-import-job.html) na *Referência de comandos da AWS CLI*.
### `get-read-set-metadata`
O código de exemplo a seguir mostra como usar `get-read-set-metadata`.
**AWS CLI**
**Como visualizar um conjunto de leitura**
O exemplo `get-read-set-metadata` a seguir obtém detalhes sobre os arquivos de um conjunto de leitura.
```
aws omics get-read-set-metadata \
--sequence-store-id 1234567890 \
--id 1234567890
```
Resultado:
```
{
"arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:sequenceStore/1234567890/readSet/1234567890",
"creationTime": "2022-11-23T21:55:00.515Z",
"fileType": "FASTQ",
"files": {
"source1": {
"contentLength": 310054739,
"partSize": 104857600,
"totalParts": 3
},
"source2": {
"contentLength": 307846621,
"partSize": 104857600,
"totalParts": 3
}
},
"id": "1234567890",
"name": "HG00146",
"referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890",
"sampleId": "fastq-sample",
"sequenceInformation": {
"alignment": "UNALIGNED",
"totalBaseCount": 677717384,
"totalReadCount": 8917334
},
"sequenceStoreId": "1234567890",
"status": "ACTIVE",
"subjectId": "fastq-subject"
}
```
Para obter mais informações, consulte [Armazenamento Ômico](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html) no *Guia do desenvolvedor do Amazon Omics*.
+ Para ver detalhes da API, consulte [GetReadSetMetadata](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/get-read-set-metadata.html) na *Referência de comandos da AWS CLI*.
### `get-read-set`
O código de exemplo a seguir mostra como usar `get-read-set`.
**AWS CLI**
**Como baixar um conjunto de leitura**
O exemplo `get-read-set` a seguir baixa a parte 3 de um conjunto de leitura como `1234567890.3.bam`.
```
aws omics get-read-set \
--sequence-store-id 1234567890 \
--id 1234567890 \
--part-number 3 1234567890.3.bam
```
Para obter mais informações, consulte [Armazenamento Ômico](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html) no *Guia do desenvolvedor do Amazon Omics*.
+ Para ver detalhes da API, consulte [GetReadSet](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/get-read-set.html) na *Referência de comandos da AWS CLI*.
### `get-reference-import-job`
O código de exemplo a seguir mostra como usar `get-reference-import-job`.
**AWS CLI**
**Como visualizar um trabalho de importação de referências**
O exemplo `get-reference-import-job` a seguir obtém detalhes sobre um trabalho de importação de uma referência.
```
aws omics get-reference-import-job \
--reference-store-id 1234567890 \
--id 1234567890
```
Resultado:
```
{
"creationTime": "2022-11-22T22:25:41.124Z",
"id": "1234567890",
"referenceStoreId": "1234567890",
"roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
"sources": [
{
"name": "assembly-38",
"sourceFile": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.fasta",
"status": "IN_PROGRESS",
"statusMessage": "The source job is currently in progress."
}
],
"status": "IN_PROGRESS",
"statusMessage": "The job is currently in progress."
}
```
Para obter mais informações, consulte [Armazenamento Ômico](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html) no *Guia do desenvolvedor do Amazon Omics*.
+ Para ver detalhes da API, consulte [GetReferenceImportJob](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/get-reference-import-job.html) na *Referência de comandos da AWS CLI*.
### `get-reference-metadata`
O código de exemplo a seguir mostra como usar `get-reference-metadata`.
**AWS CLI**
**Como visualizar uma referência**
O exemplo `get-reference-metadata` a seguir obtém detalhes sobre uma referência.
```
aws omics get-reference-metadata \
--reference-store-id 1234567890 \
--id 1234567890
```
Resultado:
```
{
"arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890",
"creationTime": "2022-11-22T22:27:09.033Z",
"files": {
"index": {
"contentLength": 160928,
"partSize": 104857600,
"totalParts": 1
},
"source": {
"contentLength": 3249912778,
"partSize": 104857600,
"totalParts": 31
}
},
"id": "1234567890",
"md5": "7ff134953dcca8c8997453bbb80b6b5e",
"name": "assembly-38",
"referenceStoreId": "1234567890",
"status": "ACTIVE",
"updateTime": "2022-11-22T22:27:09.033Z"
}
```
Para obter mais informações, consulte [Armazenamento Ômico](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html) no *Guia do desenvolvedor do Amazon Omics*.
+ Para ver detalhes da API, consulte [GetReferenceMetadata](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/get-reference-metadata.html) na *Referência de comandos da AWS CLI*.
### `get-reference-store`
O código de exemplo a seguir mostra como usar `get-reference-store`.
**AWS CLI**
**Como visualizar um repositório de referências**
O exemplo `get-reference-store` a seguir obtém detalhes sobre um repositório de referências.
```
aws omics get-reference-store \
--id 1234567890
```
Resultado:
```
{
"arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890",
"creationTime": "2022-09-23T23:27:20.364Z",
"id": "1234567890",
"name": "my-rstore-0"
}
```
Para obter mais informações, consulte [Armazenamento Ômico](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html) no *Guia do desenvolvedor do Amazon Omics*.
+ Para ver detalhes da API, consulte [GetReferenceStore](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/get-reference-store.html) na *Referência de comandos da AWS CLI*.
### `get-reference`
O código de exemplo a seguir mostra como usar `get-reference`.
**AWS CLI**
**Como baixar uma referência de genomas**
O exemplo `get-reference` a seguir baixa a parte 1 de um genoma como `hg38.1.fa`.
```
aws omics get-reference \
--reference-store-id 1234567890 \
--id 1234567890 \
--part-number 1 hg38.1.fa
```
Para obter mais informações, consulte [Armazenamento Ômico](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html) no *Guia do desenvolvedor do Amazon Omics*.
+ Para ver detalhes da API, consulte [GetReference](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/get-reference.html) na *Referência de comandos da AWS CLI*.
### `get-run-group`
O código de exemplo a seguir mostra como usar `get-run-group`.
**AWS CLI**
**Como visualizar um grupo de execução**
O exemplo `get-run-group` a seguir obtém detalhes sobre um grupo de execução.
```
aws omics get-run-group \
--id 1234567
```
Resultado:
```
{
"arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:runGroup/1234567",
"creationTime": "2022-12-01T00:58:42.915219Z",
"id": "1234567",
"maxCpus": 20,
"maxDuration": 600,
"name": "cram-convert",
"tags": {}
}
```
Para ter mais informações, consulte [Creating run groups](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/creating-run-groups.html) no *Guia do usuário do AWS HealthOmics*.
+ Para ver detalhes da API, consulte [GetRunGroup](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/get-run-group.html) na *Referência de comandos da AWS CLI*.
### `get-run-task`
O código de exemplo a seguir mostra como usar `get-run-task`.
**AWS CLI**
**Para visualizar uma tarefa**
O exemplo `get-run-task` a seguir obtém detalhes sobre uma tarefa do fluxo de trabalho.
```
aws omics get-run-task \
--id 1234567 \
--task-id 1234567
```
Resultado:
```
{
"cpus": 1,
"creationTime": "2022-11-30T23:13:00.718651Z",
"logStream": "arn:aws:logs:us-west-2:123456789012:log-group:/aws/omics/WorkflowLog:log-stream:run/1234567/task/1234567",
"memory": 15,
"name": "CramToBamTask",
"startTime": "2022-11-30T23:17:47.016Z",
"status": "COMPLETED",
"stopTime": "2022-11-30T23:18:21.503Z",
"taskId": "1234567"
}
```
Para ter mais informações, consulte [Task lifecycle in a HealthOmics run](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/workflow-run-tasks.html) no *Guia do usuário do AWS HealthOmics*.
+ Para ver detalhes da API, consulte [GetRunTask](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/get-run-task.html) na *Referência de comandos da AWS CLI*.
### `get-run`
O código de exemplo a seguir mostra como usar `get-run`.
**AWS CLI**
**Como visualizar a execução de um fluxo de trabalho**
O exemplo `get-run` a seguir obtém detalhes sobre a execução de um fluxo de trabalho.
```
aws omics get-run \
--id 1234567
```
Resultado:
```
{
"arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:run/1234567",
"creationTime": "2022-11-30T22:58:22.615865Z",
"digest": "sha256:c54bxmpl742dcc26f7fa1f10e37550ddd8f251f418277c0a58e895b801ed28cf",
"id": "1234567",
"name": "cram-to-bam",
"outputUri": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/workflow-output/",
"parameters": {
"ref_dict": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.dict",
"ref_fasta_index": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.fasta.fai",
"ref_fasta": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.fasta",
"sample_name": "NA12878",
"input_cram": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/NA12878.cram"
},
"resourceDigests": {
"s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.fasta.fai": "etag:f76371b113734a56cde236bc0372de0a",
"s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.dict": "etag:3884c62eb0e53fa92459ed9bff133ae6",
"s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.fasta": "etag:e307d81c605fb91b7720a08f00276842-388",
"s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/NA12878.cram": "etag:a9f52976381286c6143b5cc681671ec6"
},
"roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
"startedBy": "arn:aws:iam::123456789012:user/laptop-2020",
"status": "STARTING",
"tags": {},
"workflowId": "1234567",
"workflowType": "PRIVATE"
}
```
Para ter mais informações, consulte [Run lifecycle in a workflow](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/monitoring-runs.html) no *Guia do usuário do AWS HealthOmics*.
+ Para ver detalhes da API, consulte [GetRun](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/get-run.html) na *Referência de comandos da AWS CLI*.
### `get-sequence-store`
O código de exemplo a seguir mostra como usar `get-sequence-store`.
**AWS CLI**
**Como visualizar um repositório de sequências**
O exemplo `get-sequence-store` a seguir obtém detalhes sobre o repositório de referências com o ID `1234567890`.
```
aws omics get-sequence-store \
--id 1234567890
```
Resultado:
```
{
"arn": "arn:aws:omics:us-east-1:123456789012:sequenceStore/1234567890",
"creationTime": "2022-11-23T19:55:48.376Z",
"id": "1234567890",
"name": "my-seq-store"
}
```
Para obter mais informações, consulte [Armazenamento Ômico](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html) no *Guia do desenvolvedor do Amazon Omics*.
+ Para ver detalhes da API, consulte [GetSequenceStore](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/get-sequence-store.html) na *Referência de comandos da AWS CLI*.
### `get-share`
O código de exemplo a seguir mostra como usar `get-share`.
**AWS CLI**
**Para recuperar os metadados de um compartilhamento de dados de análise do HealthOmics**
O exemplo `get-share` a seguir recupera um compartilhamento de dados de análise entre contas.
```
aws omics get-share \
--share-id "495c21bedc889d07d0ab69d710a6841e-dd75ab7a1a9c384fa848b5bd8e5a7e0a"
```
Resultado:
```
{
"share": {
"shareId": "495c21bedc889d07d0ab69d710a6841e-dd75ab7a1a9c384fa848b5bd8e5a7e0a",
"name": "my_Share-123",
"resourceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:variantStore/omics_dev_var_store",
"principalSubscriber": "123456789012",
"ownerId": "555555555555",
"status": "PENDING"
}
}
```
Para obter mais informações, consulte [Compartilhamento entre contas](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/cross-account-sharing.html) no *Guia do usuário do AWS HealthOmics*.
+ Para ver detalhes da API, consulte [GetShare](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/get-share.html) na *Referência de comandos da AWS CLI*.
### `get-variant-import-job`
O código de exemplo a seguir mostra como usar `get-variant-import-job`.
**AWS CLI**
**Como visualizar um trabalho de importação de variantes**
O exemplo `get-variant-import-job` a seguir obtém detalhes sobre um trabalho de importação de variantes.
```
aws omics get-variant-import-job \
--job-id edd7b8ce-xmpl-47e2-bc99-258cac95a508
```
Resultado:
```
{
"creationTime": "2022-11-23T22:42:50.037812Z",
"destinationName": "my_var_store",
"id": "edd7b8ce-xmpl-47e2-bc99-258cac95a508",
"items": [
{
"jobStatus": "IN_PROGRESS",
"source": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.known_indels.vcf.gz"
}
],
"roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
"runLeftNormalization": false,
"status": "IN_PROGRESS",
"updateTime": "2022-11-23T22:43:05.898309Z"
}
```
Para obter mais informações, consulte [Omics Analytics](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/omics-analytics.html) no *Guia do desenvolvedor do Amazon Omics*.
+ Para ver detalhes da API, consulte [GetVariantImportJob](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/get-variant-import-job.html) na *Referência de comandos da AWS CLI*.
### `get-variant-store`
O código de exemplo a seguir mostra como usar `get-variant-store`.
**AWS CLI**
**Como visualizar um repositório de variantes**
O exemplo `get-variant-store` a seguir obtém detalhes sobre um repositório de variantes.
```
aws omics get-variant-store \
--name my_var_store
```
Resultado:
```
{
"creationTime": "2022-11-23T22:09:07.534499Z",
"id": "02dexmplcfdd",
"name": "my_var_store",
"reference": {
"referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890"
},
"status": "CREATING",
"storeArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:variantStore/my_var_store",
"storeSizeBytes": 0,
"tags": {},
"updateTime": "2022-11-23T22:09:24.931711Z"
}
```
Para obter mais informações, consulte [Omics Analytics](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/omics-analytics.html) no *Guia do desenvolvedor do Amazon Omics*.
+ Para ver detalhes da API, consulte [GetVariantStore](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/get-variant-store.html) na *Referência de comandos da AWS CLI*.
### `get-workflow`
O código de exemplo a seguir mostra como usar `get-workflow`.
**AWS CLI**
**Como visualizar um fluxo de trabalho**
O exemplo `get-workflow` a seguir obtém detalhes sobre o fluxo de trabalho om o ID `1234567`.
```
aws omics get-workflow \
--id 1234567
```
Resultado:
```
{
"arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:workflow/1234567",
"creationTime": "2022-11-30T22:33:16.225368Z",
"digest": "sha256:c54bxmpl742dcc26f7fa1f10e37550ddd8f251f418277c0a58e895b801ed28cf",
"engine": "WDL",
"id": "1234567",
"main": "workflow-crambam.wdl",
"name": "cram-converter",
"parameterTemplate": {
"ref_dict": {
"description": "dictionary file for 'ref_fasta'"
},
"ref_fasta_index": {
"description": "Index of the reference genome fasta file"
},
"ref_fasta": {
"description": "Reference genome fasta file"
},
"input_cram": {
"description": "The Cram file to convert to BAM"
},
"sample_name": {
"description": "The name of the input sample, used to name the output BAM"
}
},
"status": "ACTIVE",
"statusMessage": "workflow-crambam.wdl\n workflow CramToBamFlow\n call CramToBamTask\n call ValidateSamFile\n task CramToBamTask\n task ValidateSamFile\n",
"tags": {},
"type": "PRIVATE"
}
```
Para ter mais informações, consulte [Creating private workflows](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/workflows-setup.html) no *Guia do usuário do AWS HealthOmics*.
+ Para ver detalhes da API, consulte [GetWorkflow](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/get-workflow.html) na *Referência de comandos da AWS CLI*.
### `list-annotation-import-jobs`
O código de exemplo a seguir mostra como usar `list-annotation-import-jobs`.
**AWS CLI**
**Para obter uma lista de trabalhos de importação de anotações**
O `list-annotation-import-jobs` a seguir obtém uma lista de trabalhos de importação de anotações.
```
aws omics list-annotation-import-jobs
```
Resultado:
```
{
"annotationImportJobs": [
{
"creationTime": "2022-11-30T01:39:41.478294Z",
"destinationName": "gff_ann_store",
"id": "18a9e792-xmpl-4869-a105-e5b602900444",
"roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
"runLeftNormalization": false,
"status": "COMPLETED",
"updateTime": "2022-11-30T01:47:09.145178Z"
},
{
"creationTime": "2022-11-30T00:45:58.007838Z",
"destinationName": "my_ann_store",
"id": "4e9eafc8-xmpl-431e-a0b2-3bda27cb600a",
"roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
"runLeftNormalization": false,
"status": "FAILED",
"updateTime": "2022-11-30T00:47:01.706325Z"
}
]
}
```
Para obter mais informações, consulte [Omics Analytics](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/omics-analytics.html) no *Guia do desenvolvedor do Amazon Omics*.
+ Para ver detalhes da API, consulte [ListAnnotationImportJobs](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/list-annotation-import-jobs.html) na *Referência de comandos da AWS CLI*.
### `list-annotation-store-versions`
O código de exemplo a seguir mostra como usar `list-annotation-store-versions`.
**AWS CLI**
**Para listar todas as versões de um repositório de anotações.**
O exemplo `list-annotation-store-versions` a seguir lista todas as versões existentes de um repositório de anotações.
```
aws omics list-annotation-store-versions \
--name my_annotation_store
```
Resultado:
```
{
"annotationStoreVersions": [
{
"storeId": "4934045d1c6d",
"id": "2a3f4a44aa7b",
"status": "CREATING",
"versionArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:annotationStore/my_annotation_store/version/my_version_2",
"name": "my_annotation_store",
"versionName": "my_version_2",
"creation Time": "2023-07-21T17:20:59.380043+00:00",
"versionSizeBytes": 0
},
{
"storeId": "4934045d1c6d",
"id": "4934045d1c6d",
"status": "ACTIVE",
"versionArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:annotationStore/my_annotation_store/version/my_version_1",
"name": "my_annotation_store",
"versionName": "my_version_1",
"creationTime": "2023-07-21T17:15:49.251040+00:00",
"updateTime": "2023-07-21T17:15:56.434223+00:00",
"statusMessage": "",
"versionSizeBytes": 0
}
}
```
Para obter mais informações, consulte [Criar de novas versões de repositórios de anotações](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/annotation-store-versioning.html) no *Guia do usuário do AWS HealthOmics*.
+ Para ver detalhes da API, consulte [ListAnnotationStoreVersions](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/list-annotation-store-versions.html) na *Referência de comandos da AWS CLI*.
### `list-annotation-stores`
O código de exemplo a seguir mostra como usar `list-annotation-stores`.
**AWS CLI**
**Para obter uma lista de repositórios de anotações**
O exemplo `list-annotation-stores` a seguir obtém uma lista de repositórios de anotações.
```
aws omics list-annotation-stores
```
Resultado:
```
{
"annotationStores": [
{
"creationTime": "2022-11-23T22:48:39.226492Z",
"id": "0a91xmplc71f",
"name": "my_ann_store",
"reference": {
"referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890"
},
"status": "ACTIVE",
"statusMessage": "",
"storeArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:annotationStore/my_ann_store",
"storeFormat": "VCF",
"storeSizeBytes": 0,
"updateTime": "2022-11-23T22:53:27.372840Z"
}
]
}
```
Para obter mais informações, consulte [Omics Analytics](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/omics-analytics.html) no *Guia do desenvolvedor do Amazon Omics*.
+ Para ver detalhes da API, consulte [ListAnnotationStores](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/list-annotation-stores.html) na *Referência de comandos da AWS CLI*.
### `list-multipart-read-set-uploads`
O código de exemplo a seguir mostra como usar `list-multipart-read-set-uploads`.
**AWS CLI**
**Para listar todos os uploads multipartes de conjuntos de leitura e seus status.**
O exemplo `list-multipart-read-set-uploads` a seguir lista todos os uploads de conjuntos de leitura de multipartes e seus status.
```
aws omics list-multipart-read-set-uploads \
--sequence-store-id 0123456789
```
Resultado:
```
{
"uploads":
[
{
"sequenceStoreId": "0123456789",
"uploadId": "8749584421",
"sourceFileType": "FASTQ",
"subjectId": "mySubject",
"sampleId": "mySample",
"generatedFrom": "1000 Genomes",
"name": "HG00146",
"description": "FASTQ for HG00146",
"creationTime": "2023-11-29T19:22:51.349298+00:00"
},
{
"sequenceStoreId": "0123456789",
"uploadId": "5290538638",
"sourceFileType": "BAM",
"subjectId": "mySubject",
"sampleId": "mySample",
"generatedFrom": "1000 Genomes",
"referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:845448930428:referenceStore/8168613728/reference/2190697383",
"name": "HG00146",
"description": "BAM for HG00146",
"creationTime": "2023-11-29T19:23:33.116516+00:00"
},
{
"sequenceStoreId": "0123456789",
"uploadId": "4174220862",
"sourceFileType": "BAM",
"subjectId": "mySubject",
"sampleId": "mySample",
"generatedFrom": "1000 Genomes",
"referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:845448930428:referenceStore/8168613728/reference/2190697383",
"name": "HG00147",
"description": "BAM for HG00147",
"creationTime": "2023-11-29T19:23:47.007866+00:00"
}
]
}
```
Para obter mais informações, consulte [Fazer upload direto a um repositório de sequências](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/synchronous-uploads.html) no *Guia do usuário do AWS HealthOmics*.
+ Para ver detalhes da API, consulte [ListMultipartReadSetUploads](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/list-multipart-read-set-uploads.html) na *Referência de comandos da AWS CLI*.
### `list-read-set-activation-jobs`
O código de exemplo a seguir mostra como usar `list-read-set-activation-jobs`.
**AWS CLI**
**Para obter uma lista de trabalhos de ativação do conjunto de leitura**
O exemplo `list-read-set-activation-jobs` a seguir obtém uma lista de trabalhos de ativação para o repositório de sequências com o ID `1234567890`.
```
aws omics list-read-set-activation-jobs \
--sequence-store-id 1234567890
```
Resultado:
```
{
"activationJobs": [
{
"completionTime": "2022-12-06T22:33:42.828Z",
"creationTime": "2022-12-06T22:32:45.213Z",
"id": "1234567890",
"sequenceStoreId": "1234567890",
"status": "COMPLETED"
},
{
"creationTime": "2022-12-06T22:35:10.100Z",
"id": "1234567890",
"sequenceStoreId": "1234567890",
"status": "IN_PROGRESS"
}
]
}
```
Para obter mais informações, consulte [Armazenamento Ômico](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html) no *Guia do desenvolvedor do Amazon Omics*.
+ Para ver detalhes da API, consulte [ListReadSetActivationJobs](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/list-read-set-activation-jobs.html) na *Referência de comandos da AWS CLI*.
### `list-read-set-export-jobs`
O código de exemplo a seguir mostra como usar `list-read-set-export-jobs`.
**AWS CLI**
**Para obter uma lista de trabalhos de exportação do conjunto de leitura**
O exemplo `list-read-set-export-jobs` a seguir obtém uma lista de trabalhos de exportação para o repositório de sequências com o ID `1234567890`.
```
aws omics list-read-set-export-jobs \
--sequence-store-id 1234567890
```
Resultado:
```
{
"exportJobs": [
{
"completionTime": "2022-12-06T22:39:14.491Z",
"creationTime": "2022-12-06T22:37:18.612Z",
"destination": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/read-set-export/",
"id": "1234567890",
"sequenceStoreId": "1234567890",
"status": "COMPLETED"
},
{
"creationTime": "2022-12-06T22:38:04.871Z",
"destination": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/read-set-export/",
"id": "1234567890",
"sequenceStoreId": "1234567890",
"status": "IN_PROGRESS"
}
]
}
```
Para obter mais informações, consulte [Armazenamento Ômico](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html) no *Guia do desenvolvedor do Amazon Omics*.
+ Para ver detalhes da API, consulte [ListReadSetExportJobs](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/list-read-set-export-jobs.html) na *Referência de comandos da AWS CLI*.
### `list-read-set-import-jobs`
O código de exemplo a seguir mostra como usar `list-read-set-import-jobs`.
**AWS CLI**
**Para obter uma lista de trabalhos de importação do conjunto de leitura**
O exemplo `list-read-set-import-jobs` a seguir obtém uma lista de trabalhos de importação para o repositório de sequências com o ID `1234567890`.
```
aws omics list-read-set-import-jobs \
--sequence-store-id 1234567890
```
Resultado:
```
{
"importJobs": [
{
"completionTime": "2022-11-29T18:17:49.244Z",
"creationTime": "2022-11-29T17:32:47.700Z",
"id": "1234567890",
"roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
"sequenceStoreId": "1234567890",
"status": "COMPLETED"
},
{
"completionTime": "2022-11-23T22:01:34.090Z",
"creationTime": "2022-11-23T21:52:43.289Z",
"id": "1234567890",
"roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
"sequenceStoreId": "1234567890",
"status": "COMPLETED_WITH_FAILURES"
}
]
}
```
Para obter mais informações, consulte [Armazenamento Ômico](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html) no *Guia do desenvolvedor do Amazon Omics*.
+ Para ver detalhes da API, consulte [ListReadSetImportJobs](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/list-read-set-import-jobs.html) na *Referência de comandos da AWS CLI*.
### `list-read-set-upload-parts`
O código de exemplo a seguir mostra como usar `list-read-set-upload-parts`.
**AWS CLI**
**Para listar todas as partes em um upload de multipartes solicitado para um repositório de sequências.**
O exemplo `list-read-set-upload-parts` a seguir lista todas as partes em um upload de multipartes solicitado para um repositório de sequências.
```
aws omics list-read-set-upload-parts \
--sequence-store-id 0123456789 \
--upload-id 1122334455 \
--part-source SOURCE1
```
Resultado:
```
{
"parts": [
{
"partNumber": 1,
"partSize": 94371840,
"file": "SOURCE1",
"checksum": "984979b9928ae8d8622286c4a9cd8e99d964a22d59ed0f5722e1733eb280e635",
"lastUpdatedTime": "2023-02-02T20:14:47.533000+00:00"
}
{
"partNumber": 2,
"partSize": 10471840,
"file": "SOURCE1",
"checksum": "984979b9928ae8d8622286c4a9cd8e99d964a22d59ed0f5722e1733eb280e635",
"lastUpdatedTime": "2023-02-02T20:14:47.533000+00:00"
}
]
}
```
Para obter mais informações, consulte [Fazer upload direto a um repositório de sequências](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/synchronous-uploads.html) no *Guia do usuário do AWS HealthOmics*.
+ Para ver detalhes da API, consulte [ListReadSetUploadParts](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/list-read-set-upload-parts.html) na *Referência de comandos da AWS CLI*.
### `list-read-sets`
O código de exemplo a seguir mostra como usar `list-read-sets`.
**AWS CLI**
**Para obter uma lista de conjuntos de leitura**
O exemplo `list-read-sets` a seguir obtém uma lista de conjuntos de leitura para o repositório de sequências com o ID `1234567890`.
```
aws omics list-read-sets \
--sequence-store-id 1234567890
```
Resultado:
```
{
"readSets": [
{
"arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:sequenceStore/1234567890/readSet/1234567890",
"creationTime": "2022-11-23T21:55:00.515Z",
"fileType": "FASTQ",
"id": "1234567890",
"name": "HG00146",
"referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890",
"sampleId": "fastq-sample",
"sequenceStoreId": "1234567890",
"status": "ACTIVE",
"subjectId": "fastq-subject"
}
]
}
```
Para obter mais informações, consulte [Armazenamento Ômico](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html) no *Guia do desenvolvedor do Amazon Omics*.
+ Para ver detalhes da API, consulte [ListReadSets](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/list-read-sets.html) na *Referência de comandos da AWS CLI*.
### `list-reference-import-jobs`
O código de exemplo a seguir mostra como usar `list-reference-import-jobs`.
**AWS CLI**
**Para obter uma lista de trabalhos de importação de referências**
O exemplo `list-reference-import-jobs` a seguir obtém uma lista de trabalhos de importação para o repositório de referências com o ID `1234567890`.
```
aws omics list-reference-import-jobs \
--reference-store-id 1234567890
```
Resultado:
```
{
"importJobs": [
{
"completionTime": "2022-11-23T19:54:58.204Z",
"creationTime": "2022-11-23T19:53:20.729Z",
"id": "1234567890",
"referenceStoreId": "1234567890",
"roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
"status": "COMPLETED"
},
{
"creationTime": "2022-11-23T20:34:03.250Z",
"id": "1234567890",
"referenceStoreId": "1234567890",
"roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
"status": "IN_PROGRESS"
}
]
}
```
Para obter mais informações, consulte [Armazenamento Ômico](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html) no *Guia do desenvolvedor do Amazon Omics*.
+ Para ver detalhes da API, consulte [ListReferenceImportJobs](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/list-reference-import-jobs.html) na *Referência de comandos da AWS CLI*.
### `list-reference-stores`
O código de exemplo a seguir mostra como usar `list-reference-stores`.
**AWS CLI**
**Para obter uma lista de repositórios de referências**
O exemplo `list-reference-stores` a seguir obtém uma lista de repositórios de referências.
```
aws omics list-reference-stores
```
Resultado:
```
{
"referenceStores": [
{
"arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890",
"creationTime": "2022-11-22T22:13:25.947Z",
"id": "1234567890",
"name": "my-ref-store"
}
]
}
```
Para obter mais informações, consulte [Armazenamento Ômico](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html) no *Guia do desenvolvedor do Amazon Omics*.
+ Para ver detalhes da API, consulte [ListReferenceStores](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/list-reference-stores.html) na *Referência de comandos da AWS CLI*.
### `list-references`
O código de exemplo a seguir mostra como usar `list-references`.
**AWS CLI**
**Para obter uma lista de referências**
O exemplo `list-references` a seguir obtém uma lista de referências de genomas para o repositório de referências com o ID `1234567890`.
```
aws omics list-references \
--reference-store-id 1234567890
```
Resultado:
```
{
"references": [
{
"arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890",
"creationTime": "2022-11-22T22:27:09.033Z",
"id": "1234567890",
"md5": "7ff134953dcca8c8997453bbb80b6b5e",
"name": "assembly-38",
"referenceStoreId": "1234567890",
"status": "ACTIVE",
"updateTime": "2022-11-22T22:27:09.033Z"
}
]
}
```
Para obter mais informações, consulte [Armazenamento Ômico](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html) no *Guia do desenvolvedor do Amazon Omics*.
+ Para ver detalhes da API, consulte [ListReferences](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/list-references.html) na *Referência de comandos da AWS CLI*.
### `list-run-groups`
O código de exemplo a seguir mostra como usar `list-run-groups`.
**AWS CLI**
**Para obter uma lista de grupos de execução**
O exemplo `list-run-groups` a seguir obtém uma lista de grupos de execução.
```
aws omics list-run-groups
```
Resultado:
```
{
"items": [
{
"arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:runGroup/1234567",
"creationTime": "2022-12-01T00:58:42.915219Z",
"id": "1234567",
"maxCpus": 20,
"maxDuration": 600,
"name": "cram-convert"
}
]
}
```
Para ter mais informações, consulte [Creating run groups](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/creating-run-groups.html) no *Guia do usuário do AWS HealthOmics*.
+ Para ver detalhes da API, consulte [ListRunGroups](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/list-run-groups.html) na *Referência de comandos da AWS CLI*.
### `list-run-tasks`
O código de exemplo a seguir mostra como usar `list-run-tasks`.
**AWS CLI**
**Para obter uma lista de tarefas**
O exemplo `list-run-tasks` a seguir obtém uma lista de tarefas para uma execução de fluxo de trabalho.
```
aws omics list-run-tasks \
--id 1234567
```
Resultado:
```
{
"items": [
{
"cpus": 1,
"creationTime": "2022-11-30T23:13:00.718651Z",
"memory": 15,
"name": "CramToBamTask",
"startTime": "2022-11-30T23:17:47.016Z",
"status": "COMPLETED",
"stopTime": "2022-11-30T23:18:21.503Z",
"taskId": "1234567"
},
{
"cpus": 1,
"creationTime": "2022-11-30T23:18:32.315606Z",
"memory": 4,
"name": "ValidateSamFile",
"startTime": "2022-11-30T23:23:40.165Z",
"status": "COMPLETED",
"stopTime": "2022-11-30T23:24:14.766Z",
"taskId": "1234567"
}
]
}
```
Para ter mais informações, consulte [Task lifecycle in a HealthOmics run](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/workflow-run-tasks.html) no *Guia do usuário do AWS HealthOmics*.
+ Para ver detalhes da API, consulte [ListRunTasks](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/list-run-tasks.html) na *Referência de comandos da AWS CLI*.
### `list-runs`
O código de exemplo a seguir mostra como usar `list-runs`.
**AWS CLI**
**Para obter uma lista de execuções do fluxo de trabalho**
O exemplo `list-runs` a seguir obtém uma lista de execuções de fluxo de trabalho.
```
aws omics list-runs
```
Resultado:
```
{
"items": [
{
"arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:run/1234567",
"creationTime": "2022-12-02T23:20:01.202074Z",
"id": "1234567",
"name": "cram-to-bam",
"priority": 1,
"startTime": "2022-12-02T23:29:18.115Z",
"status": "COMPLETED",
"stopTime": "2022-12-02T23:57:54.428812Z",
"storageCapacity": 10,
"workflowId": "1234567"
},
{
"arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:run/1234567",
"creationTime": "2022-12-03T00:16:57.180066Z",
"id": "1234567",
"name": "cram-to-bam",
"priority": 1,
"startTime": "2022-12-03T00:26:50.233Z",
"status": "FAILED",
"stopTime": "2022-12-03T00:37:21.451340Z",
"storageCapacity": 10,
"workflowId": "1234567"
},
{
"arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:run/1234567",
"creationTime": "2022-12-05T17:57:08.444817Z",
"id": "1234567",
"name": "cram-to-bam",
"status": "STARTING",
"workflowId": "1234567"
}
]
}
```
Para ter mais informações, consulte [Run lifecycle in a workflow](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/monitoring-runs.html) no *Guia do usuário do AWS HealthOmics*.
+ Para ver detalhes da API, consulte [ListRuns](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/list-runs.html) na *Referência de comandos da AWS CLI*.
### `list-sequence-stores`
O código de exemplo a seguir mostra como usar `list-sequence-stores`.
**AWS CLI**
**Para obter uma lista de repositórios de sequências**
O exemplo `list-sequence-stores` a seguir obtém uma lista de repositórios de sequências.
```
aws omics list-sequence-stores
```
Resultado:
```
{
"sequenceStores": [
{
"arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:sequenceStore/1234567890",
"creationTime": "2022-11-23T01:24:33.629Z",
"id": "1234567890",
"name": "my-seq-store"
}
]
}
```
Para obter mais informações, consulte [Armazenamento Ômico](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html) no *Guia do desenvolvedor do Amazon Omics*.
+ Para ver detalhes da API, consulte [ListSequenceStores](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/list-sequence-stores.html) na *Referência de comandos da AWS CLI*.
### `list-shares`
O código de exemplo a seguir mostra como usar `list-shares`.
**AWS CLI**
**Para listar os compartilhamentos disponíveis de dados analíticos da HealthOmics**
O exemplo `list-shares` a seguir lista todos os compartilhamentos que foram criados para um proprietário do recurso.
```
aws omics list-shares \
--resource-owner SELF
```
Resultado:
```
{
"shares": [
{
"shareId": "595c1cbd-a008-4eca-a887-954d30c91c6e",
"name": "myShare",
"resourceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:variantStore/store_1",
"principalSubscriber": "123456789012",
"ownerId": "555555555555",
"status": "PENDING"
}
{
"shareId": "39b65d0d-4368-4a19-9814-b0e31d73c10a",
"name": "myShare3456",
"resourceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:variantStore/store_2",
"principalSubscriber": "123456789012",
"ownerId": "555555555555",
"status": "ACTIVE"
},
{
"shareId": "203152f5-eef9-459d-a4e0-a691668d44ef",
"name": "myShare4",
"resourceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:variantStore/store_3",
"principalSubscriber": "123456789012",
"ownerId": "555555555555",
"status": "ACTIVE"
}
]
}
```
Para obter mais informações, consulte [Compartilhamento entre contas](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/cross-account-sharing.html) no *Guia do usuário do AWS HealthOmics*.
+ Para ver detalhes da API, consulte [ListShares](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/list-shares.html) na *Referência de comandos da AWS CLI*.
### `list-tags-for-resource`
O código de exemplo a seguir mostra como usar `list-tags-for-resource`.
**AWS CLI**
**Para obter uma lista de tags**
O exemplo `list-tags-for-resource` a seguir obtém uma lista de tags para um fluxo de trabalho com o ID `1234567`.
```
aws omics list-tags-for-resource \
--resource-arn arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:workflow/1234567
```
Resultado:
```
{
"tags": {
"department": "analytics"
}
}
```
Para obter mais informações, consulte [Adicionar tags a recursos no Amazon Omics](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/workflows.html) no *Guia do desenvolvedor do Amazon Omics*.
+ Para obter detalhes sobre a API, consulte [ListTagsForResource](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/list-tags-for-resource.html) na *AWS CLI Command Reference*.
### `list-variant-import-jobs`
O código de exemplo a seguir mostra como usar `list-variant-import-jobs`.
**AWS CLI**
**Para obter uma lista de trabalhos de importação de variantes**
O exemplo `list-variant-import-jobs` a seguir obtém uma lista de trabalhos de importação de variantes.
```
aws omics list-variant-import-jobs
```
Resultado:
```
{
"variantImportJobs": [
{
"creationTime": "2022-11-23T22:47:02.514002Z",
"destinationName": "my_var_store",
"id": "69cb65d6-xmpl-4a4a-9025-4565794b684e",
"roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
"runLeftNormalization": false,
"status": "COMPLETED",
"updateTime": "2022-11-23T22:49:17.976597Z"
},
{
"creationTime": "2022-11-23T22:42:50.037812Z",
"destinationName": "my_var_store",
"id": "edd7b8ce-xmpl-47e2-bc99-258cac95a508",
"roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
"runLeftNormalization": false,
"status": "COMPLETED",
"updateTime": "2022-11-23T22:45:26.009880Z"
}
]
}
```
Para obter mais informações, consulte [Omics Analytics](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/omics-analytics.html) no *Guia do desenvolvedor do Amazon Omics*.
+ Para ver detalhes da API, consulte [ListVariantImportJobs](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/list-variant-import-jobs.html) na *Referência de comandos da AWS CLI*.
### `list-variant-stores`
O código de exemplo a seguir mostra como usar `list-variant-stores`.
**AWS CLI**
**Para obter uma lista de repositórios de variantes**
O exemplo `list-variant-stores` a seguir obtém uma lista de repositórios de variantes.
```
aws omics list-variant-stores
```
Resultado:
```
{
"variantStores": [
{
"creationTime": "2022-11-23T22:09:07.534499Z",
"id": "02dexmplcfdd",
"name": "my_var_store",
"reference": {
"referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890"
},
"status": "CREATING",
"storeArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:variantStore/my_var_store",
"storeSizeBytes": 0,
"updateTime": "2022-11-23T22:09:24.931711Z"
},
{
"creationTime": "2022-09-23T23:00:09.140265Z",
"id": "8777xmpl1a24",
"name": "myvstore0",
"status": "ACTIVE",
"storeArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:variantStore/myvstore0",
"storeSizeBytes": 0,
"updateTime": "2022-09-23T23:03:26.013220Z"
}
]
}
```
Para obter mais informações, consulte [Omics Analytics](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/omics-analytics.html) no *Guia do desenvolvedor do Amazon Omics*.
+ Para ver detalhes da API, consulte [ListVariantStores](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/list-variant-stores.html) na *Referência de comandos da AWS CLI*.
### `list-workflows`
O código de exemplo a seguir mostra como usar `list-workflows`.
**AWS CLI**
**Para obter uma lista de fluxos de trabalho**
O exemplo `list-workflows` a seguir obtém uma lista de fluxos de trabalho.
```
aws omics list-workflows
```
Resultado:
```
{
"items": [
{
"arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:workflow/1234567",
"creationTime": "2022-09-23T23:08:22.041227Z",
"digest": "nSCNo/qMWFxmplXpUdokXJnwgneOaxyyc2YOxVxrJTE=",
"id": "1234567",
"name": "my-wkflow-0",
"status": "ACTIVE",
"type": "PRIVATE"
},
{
"arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:workflow/1234567",
"creationTime": "2022-11-30T22:33:16.225368Z",
"digest": "sha256:c54bxmpl742dcc26f7fa1f10e37550ddd8f251f418277c0a58e895b801ed28cf",
"id": "1234567",
"name": "cram-converter",
"status": "ACTIVE",
"type": "PRIVATE"
}
]
}
```
Para ter mais informações, consulte [Creating private workflows](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/workflows-setup.html) no *Guia do usuário do AWS HealthOmics*.
+ Para ver detalhes da API, consulte [ListWorkflows](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/list-workflows.html) na *Referência de comandos da AWS CLI*.
### `start-annotation-import-job`
O código de exemplo a seguir mostra como usar `start-annotation-import-job`.
**AWS CLI**
**Para importar anotações**
O exemplo `start-annotation-import-job` a seguir importa anotações do Amazon S3.
```
aws omics start-annotation-import-job \
--destination-name tsv_ann_store \
--no-run-left-normalization \
--role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ \
--items source=s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/targetedregions.bed.gz
```
Resultado:
```
{
"jobId": "984162c7-xmpl-4d23-ab47-286f7950bfbf"
}
```
Para obter mais informações, consulte [Omics Analytics](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/omics-analytics.html) no *Guia do desenvolvedor do Amazon Omics*.
+ Para ver detalhes da API, consulte [StartAnnotationImportJob](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/start-annotation-import-job.html) na *Referência de comandos da AWS CLI*.
### `start-read-set-activation-job`
O código de exemplo a seguir mostra como usar `start-read-set-activation-job`.
**AWS CLI**
**Como ativar um conjunto de leitura arquivado**
O exemplo `start-read-set-activation-job` a seguir ativa dois conjuntos de leitura.
```
aws omics start-read-set-activation-job \
--sequence-store-id 1234567890 \
--sources readSetId=1234567890 readSetId=1234567890
```
Resultado:
```
{
"creationTime": "2022-12-06T22:35:10.100Z",
"id": "1234567890",
"sequenceStoreId": "1234567890",
"status": "SUBMITTED"
}
```
Para obter mais informações, consulte [Armazenamento Ômico](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html) no *Guia do desenvolvedor do Amazon Omics*.
+ Para ver detalhes da API, consulte [StartReadSetActivationJob](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/start-read-set-activation-job.html) na *Referência de comandos da AWS CLI*.
### `start-read-set-export-job`
O código de exemplo a seguir mostra como usar `start-read-set-export-job`.
**AWS CLI**
**Para exportar um conjunto de leitura**
O exemplo `start-read-set-export-job` a seguir exporta dois conjuntos de leitura para o Amazon S3.
```
aws omics start-read-set-export-job \
--sequence-store-id 1234567890 \
--sources readSetId=1234567890 readSetId=1234567890 \
--role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ
\
--destination s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/read-set-export/
```
Resultado:
```
{
"creationTime": "2022-12-06T22:37:18.612Z",
"destination": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/read-set-export/",
"id": "1234567890",
"sequenceStoreId": "1234567890",
"status": "SUBMITTED"
}
```
Para obter mais informações, consulte [Armazenamento Ômico](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html) no *Guia do desenvolvedor do Amazon Omics*.
+ Para ver detalhes da API, consulte [StartReadSetExportJob](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/start-read-set-export-job.html) na *Referência de comandos da AWS CLI*.
### `start-read-set-import-job`
O código de exemplo a seguir mostra como usar `start-read-set-import-job`.
**AWS CLI**
**Para importar um conjunto de leitura**
O exemplo `start-read-set-import-job` a seguir importa um conjunto de leitura.
```
aws omics start-read-set-import-job \
--sequence-store-id 1234567890 \
--role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ \
--sources file://readset-sources.json
```
readset-sources.json é um documento JSON com o seguinte conteúdo.
```
[
{
"sourceFiles":
{
"source1": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/HG00100.chrom20.ILLUMINA.bwa.GBR.low_coverage.20101123.bam"
},
"sourceFileType": "BAM",
"subjectId": "bam-subject",
"sampleId": "bam-sample",
"referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890",
"name": "HG00100"
}
]
```
Resultado:
```
{
"creationTime": "2022-11-23T01:36:38.158Z",
"id": "1234567890",
"roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
"sequenceStoreId": "1234567890",
"status": "SUBMITTED"
}
```
Para obter mais informações, consulte [Armazenamento Ômico](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html) no *Guia do desenvolvedor do Amazon Omics*.
+ Para ver detalhes da API, consulte [StartReadSetImportJob](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/start-read-set-import-job.html) na *Referência de comandos da AWS CLI*.
### `start-reference-import-job`
O código de exemplo a seguir mostra como usar `start-reference-import-job`.
**AWS CLI**
**Para importar um genoma de referência**
O exemplo `start-reference-import-job` a seguir importa um genoma de referência do Amazon S3.
```
aws omics start-reference-import-job \
--reference-store-id 1234567890 \
--role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ \
--sources sourceFile=s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.fasta,name=assembly-38
```
Resultado:
```
{
"creationTime": "2022-11-22T22:25:41.124Z",
"id": "1234567890",
"referenceStoreId": "1234567890",
"roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
"status": "SUBMITTED"
}
```
Para obter mais informações, consulte [Armazenamento Ômico](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html) no *Guia do desenvolvedor do Amazon Omics*.
+ Para ver detalhes da API, consulte [StartReferenceImportJob](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/start-reference-import-job.html) na *Referência de comandos da AWS CLI*.
### `start-run`
O código de exemplo a seguir mostra como usar `start-run`.
**AWS CLI**
**Para executar um fluxo de trabalho**
O exemplo `start-run` a seguir executa o fluxo de trabalho com o ID `1234567`.
```
aws omics start-run \
--workflow-id 1234567 \
--role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ \
--name 'cram-to-bam' \
--output-uri s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/workflow-output/ \
--run-group-id 1234567 \
--priority 1 \
--storage-capacity 10 \
--log-level ALL \
--parameters file://workflow-inputs.json
```
workflow-inputs.json é um documento JSON com o seguinte conteúdo.
```
{
"sample_name": "NA12878",
"input_cram": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/NA12878.cram",
"ref_dict": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.dict",
"ref_fasta": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.fasta",
"ref_fasta_index": "omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.fasta.fai"
}
```
Resultado:
```
{
"arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:run/1234567",
"id": "1234567",
"status": "PENDING",
"tags": {}
}
```
Para ter mais informações, consulte [Start a run](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/starting-a-run.html) no *Guia do usuário do AWS HealthOmics*.
**Como carregar arquivos de fonte do Amazon Omics**
Também é possível carregar arquivos de fonte do repositório do Amazon Omics através de URIs específicos do serviço. O arquivo de exemplo a seguir, workflow-inputs.json, usa URIs do Amazon Omics para fontes de conjuntos de leitura e genomas de referência.
```
{
"sample_name": "NA12878",
"input_cram": "omics://123456789012.storage.us-west-2.amazonaws.com/1234567890/readSet/1234567890/source1",
"ref_dict": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.dict",
"ref_fasta": "omics://123456789012.storage.us-west-2.amazonaws.com/1234567890/reference/1234567890",
"ref_fasta_index": "omics://123456789012.storage.us-west-2.amazonaws.com/1234567890/reference/1234567890/index"
}
```
+ Para ver detalhes da API, consulte [StartRun](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/start-run.html) na *Referência de comandos da AWS CLI*.
### `start-variant-import-job`
O código de exemplo a seguir mostra como usar `start-variant-import-job`.
**AWS CLI**
**Para importar um arquivo de variantes**
O exemplo `start-variant-import-job` a seguir importa um arquivo de variantes no formato VCF.
```
aws omics start-variant-import-job \
--destination-name my_var_store \
--no-run-left-normalization \
--role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ \
--items source=s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.known_indels.vcf.gz
```
Resultado:
```
{
"jobId": "edd7b8ce-xmpl-47e2-bc99-258cac95a508"
}
```
Para obter mais informações, consulte [Omics Analytics](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/omics-analytics.html) no *Guia do desenvolvedor do Amazon Omics*.
+ Para ver detalhes da API, consulte [StartVariantImportJob](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/start-variant-import-job.html) na *Referência de comandos da AWS CLI*.
### `tag-resource`
O código de exemplo a seguir mostra como usar `tag-resource`.
**AWS CLI**
**Como marcar um recurso**
O exemplo `tag-resource` a seguir adiciona uma tag `department` ao fluxo de trabalho com o ID `1234567`.
```
aws omics tag-resource \
--resource-arn arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:workflow/1234567 \
--tags department=analytics
```
Para obter mais informações, consulte [Adicionar tags a recursos no Amazon Omics](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/workflows.html) no *Guia do desenvolvedor do Amazon Omics*.
+ Consulte detalhes da API em [TagResource](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/tag-resource.html) na *Referência de comandos da AWS CLI*.
### `untag-resource`
O código de exemplo a seguir mostra como usar `untag-resource`.
**AWS CLI**
**Para remover uma tag de um recurso**
O exemplo `untag-resource` a seguir remove a tag `department` de um fluxo de trabalho.
```
aws omics untag-resource \
--resource-arn arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:workflow/1234567 \
--tag-keys department
```
Para obter mais informações, consulte [Armazenamento Ômico](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/tagging.html) no *Guia do desenvolvedor do Amazon Omics*.
+ Para obter detalhes sobre a API, consulte [UntagResource](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/untag-resource.html) na *Referência de comandos da AWS CLI*.
### `update-annotation-store`
O código de exemplo a seguir mostra como usar `update-annotation-store`.
**AWS CLI**
**Para atualizar um repositório de anotações**
O exemplo `update-annotation-store` a seguir atualiza a descrição do repositório de anotações chamado `my_vcf_store`.
```
aws omics update-annotation-store \
--name my_vcf_store \
--description "VCF annotation store"
```
Resultado:
```
{
"creationTime": "2022-12-05T18:00:56.101860Z",
"description": "VCF annotation store",
"id": "bd6axmpl2444",
"name": "my_vcf_store",
"reference": {
"referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890"
},
"status": "ACTIVE",
"storeFormat": "VCF",
"updateTime": "2022-12-05T18:13:16.100051Z"
}
```
Para obter mais informações, consulte [Omics Analytics](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/omics-analytics.html) no *Guia do desenvolvedor do Amazon Omics*.
+ Para ver detalhes da API, consulte [UpdateAnnotationStore](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/update-annotation-store.html) na *Referência de comandos da AWS CLI*.
### `update-run-group`
O código de exemplo a seguir mostra como usar `update-run-group`.
**AWS CLI**
**Para atualizar um grupo de execução**
O exemplo `update-run-group` a seguir atualiza as configurações do grupo de execução com o ID `1234567`.
```
aws omics update-run-group \
--id 1234567 \
--max-cpus 10
```
Resultado:
```
{
"arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:runGroup/1234567",
"creationTime": "2022-12-01T00:58:42.915219Z",
"id": "1234567",
"maxCpus": 10,
"maxDuration": 600,
"name": "cram-convert",
"tags": {}
}
```
Para obter mais informações, consulte [Fluxos de Trabalho Ômicos](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/workflows.html) no *Guia do desenvolvedor do Amazon Omics*.
+ Para ver detalhes da API, consulte [UpdateRunGroup](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/update-run-group.html) na *Referência de comandos da AWS CLI*.
### `update-variant-store`
O código de exemplo a seguir mostra como usar `update-variant-store`.
**AWS CLI**
**Para atualizar um repositório de variantes**
O exemplo `update-variant-store` a seguir atualiza a descrição do repositório de variantes chamado `my_var_store`.
```
aws omics update-variant-store \
--name my_var_store \
--description "variant store"
```
Resultado:
```
{
"creationTime": "2022-11-23T22:09:07.534499Z",
"description": "variant store",
"id": "02dexmplcfdd",
"name": "my_var_store",
"reference": {
"referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890"
},
"status": "ACTIVE",
"updateTime": "2022-12-05T18:23:37.686402Z"
}
```
Para obter mais informações, consulte [Omics Analytics](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/omics-analytics.html) no *Guia do desenvolvedor do Amazon Omics*.
+ Para ver detalhes da API, consulte [UpdateVariantStore](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/update-variant-store.html) na *Referência de comandos da AWS CLI*.
### `update-workflow`
O código de exemplo a seguir mostra como usar `update-workflow`.
**AWS CLI**
**Para criar um fluxo de trabalho**
O exemplo `update-workflow` a seguir atualiza a descrição do fluxo de trabalho com o ID `1234567`.
```
aws omics update-workflow \
--id 1234567 \
--description "copy workflow"
```
Para ter mais informações, consulte [Creating or updating a workflow](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/creating-private-workflows.html) no *Guia do usuário do AWS HealthOmics*.
+ Para ver detalhes da API, consulte [UpdateWorkflow](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/update-workflow.html) na *Referência de comandos da AWS CLI*.
### `upload-read-set-part`
O código de exemplo a seguir mostra como usar `upload-read-set-part`.
**AWS CLI**
**Como fazer o upload de uma parte de um conjunto de leitura.**
O exemplo `upload-read-set-part` a seguir faz o upload da parte especificada de um conjunto de leitura.
```
aws omics upload-read-set-part \
--sequence-store-id 0123456789 \
--upload-id 1122334455 \
--part-source SOURCE1 \
--part-number 1 \
--payload /path/to/file/read_1_part_1.fastq.gz
```
Resultado:
```
{
"checksum": "984979b9928ae8d8622286c4a9cd8e99d964a22d59ed0f5722e1733eb280e635"
}
```
Para obter mais informações, consulte [Fazer upload direto a um repositório de sequências](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/synchronous-uploads.html) no *Guia do usuário do AWS HealthOmics*.
+ Para ver detalhes da API, consulte [UploadReadSetPart](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/upload-read-set-part.html) na *Referência de comandos da AWS CLI*.