HealthOmics exemplos usando AWS CLI

Para interromper o upload de um conjunto de leitura em várias partes

O abort-multipart-read-set-upload exemplo a seguir interrompe o upload de um conjunto de leitura de várias partes em seu armazenamento de HealthOmics sequências.

aws omics abort-multipart-read-set-upload \
    --sequence-store-id 0123456789 \
    --upload-id 1122334455

Este comando não produz saída.

Para obter mais informações, consulte Carregamento direto para um armazenamento de sequências no Guia AWS HealthOmics do usuário.

Para aceitar um compartilhamento dos dados da loja de análises

O accept-share exemplo a seguir aceita um compartilhamento dos dados do HealthOmics Analytics Store.

aws omics accept-share \
    ----share-id "495c21bedc889d07d0ab69d710a6841e-dd75ab7a1a9c384fa848b5bd8e5a7e0a"

Saída:

{
    "status": "ACTIVATING"
}

Para obter mais informações, consulte Compartilhamento entre contas no Guia do AWS HealthOmics usuário.

Para excluir vários conjuntos de leitura

O batch-delete-read-set exemplo a seguir exclui dois conjuntos de leitura.

aws omics batch-delete-read-set \
    --sequence-store-id 1234567890 \
    --ids 1234567890 0123456789

Se houver um erro ao excluir qualquer um dos conjuntos de leitura especificados, o serviço retornará uma lista de erros.

{
    "errors": [
        {
            "code": "",
            "id": "0123456789",
            "message": "The specified readset does not exist."
        }
    ]
}

Para obter mais informações, consulte Omics Storage no Amazon Omics Developer Guide.

Para cancelar um trabalho de importação de anotações

O cancel-annotation-import-job exemplo a seguir cancela um trabalho de importação de anotações com ID. 04f57618-xmpl-4fd0-9349-e5a85aefb997

aws omics cancel-annotation-import-job \
    --job-id 04f57618-xmpl-4fd0-9349-e5a85aefb997

Para obter mais informações, consulte Omics Analytics no Amazon Omics Developer Guide.

Para cancelar uma corrida

O cancel-run exemplo a seguir cancela uma execução com ID1234567.

aws omics cancel-run \
    --id 1234567

Para obter mais informações, consulte Fluxos de trabalho do Omics no Amazon Omics Developer Guide.

Para cancelar um trabalho de importação de variantes

O cancel-variant-import-job exemplo a seguir cancela um trabalho de importação de variantes com ID69cb65d6-xmpl-4a4a-9025-4565794b684e.

aws omics cancel-variant-import-job \
    --job-id 69cb65d6-xmpl-4a4a-9025-4565794b684e

Para obter mais informações, consulte Omics Analytics no Amazon Omics Developer Guide.

Para concluir um upload de várias partes depois de fazer o upload de todos os componentes.

O complete-multipart-read-set-upload exemplo a seguir conclui um upload de várias partes em um armazenamento de sequências depois que todos os componentes tiverem sido carregados.

aws omics complete-multipart-read-set-upload \
    --sequence-store-id 0123456789 \
    --upload-id 1122334455 \
    --parts '[{"checksum":"gaCBQMe+rpCFZxLpoP6gydBoXaKKDA/Vobh5zBDb4W4=","partNumber":1,"partSource":"SOURCE1"}]'

Saída:

{
    "readSetId": "0000000001"
    "readSetId": "0000000002"
    "readSetId": "0000000003"
}

Para obter mais informações, consulte Carregamento direto para um armazenamento de sequências no Guia AWS HealthOmics do usuário.

Para criar uma nova versão de um repositório de anotações

O create-annotation-store-version exemplo a seguir cria uma nova versão de um repositório de anotações.

aws omics create-annotation-store-version \
    --name my_annotation_store \
    --version-name my_version

Saída:

{
    "creationTime": "2023-07-21T17:15:49.251040+00:00",
    "id": "3b93cdef69d2",
    "name": "my_annotation_store",
    "reference": {
        "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:referenceStore/6505293348/reference/5987565360"
    },
    "status": "CREATING",
    "versionName": "my_version"
}

Para obter mais informações, consulte Criação de novas versões de repositórios de anotações no Guia do AWS HealthOmics usuário.

Exemplo 1: Para criar um repositório de VCF anotações

O create-annotation-store exemplo a seguir cria um armazenamento de anotações de VCF formato.

aws omics create-annotation-store \
    --name my_ann_store \
    --store-format VCF \
    --reference referenceArn=arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890

Saída:

{
    "creationTime": "2022-11-23T22:48:39.226492Z",
    "id": "0a91xmplc71f",
    "name": "my_ann_store",
    "reference": {
        "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890"
    },
    "status": "CREATING",
    "storeFormat": "VCF"
}

Exemplo 2: Para criar um repositório de TSV anotações

O create-annotation-store exemplo a seguir cria um armazenamento de anotações de TSV formato.

aws omics create-annotation-store \
    --name tsv_ann_store \
    --store-format TSV \
    --reference referenceArn=arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890 \
    --store-options file://tsv-store-options.json

tsv-store-options.jsonconfigura as opções de formato para anotações.

{
    "tsvStoreOptions": {
        "annotationType": "CHR_START_END_ZERO_BASE",
        "formatToHeader": {
            "CHR": "chromosome",
            "START": "start",
            "END": "end"
        },
        "schema": [
            {
                "chromosome": "STRING"
            },
            {
                "start": "LONG"
            },
            {
                "end": "LONG"
            },
            {
                "name": "STRING"
            }
        ]
    }
}

Saída:

{
    "creationTime": "2022-11-30T01:28:08.525586Z",
    "id": "861cxmpl96b0",
    "name": "tsv_ann_store",
    "reference": {
        "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890"
    },
    "status": "CREATING",
    "storeFormat": "TSV",
    "storeOptions": {
        "tsvStoreOptions": {
            "annotationType": "CHR_START_END_ZERO_BASE",
            "formatToHeader": {
                "CHR": "chromosome",
                "END": "end",
                "START": "start"
            },
            "schema": [
                {
                    "chromosome": "STRING"
                },
                {
                    "start": "LONG"
                },
                {
                    "end": "LONG"
                },
                {
                    "name": "STRING"
                }
            ]
        }
    }
}

Para obter mais informações, consulte Omics Analytics no Amazon Omics Developer Guide.

Para iniciar um upload do conjunto de leitura em várias partes.

O create-multipart-read-set-upload exemplo a seguir inicia o upload de um conjunto de leitura em várias partes.

aws omics create-multipart-read-set-upload \
    --sequence-store-id 0123456789 \
    --name HG00146 \
    --source-file-type FASTQ \
    --subject-id mySubject\
    --sample-id mySample\
    --description "FASTQ for HG00146"\
    --generated-from "1000 Genomes"

Saída:

{
    "creationTime": "2022-07-13T23:25:20Z",
    "description": "FASTQ for HG00146",
    "generatedFrom": "1000 Genomes",
    "name": "HG00146",
    "sampleId": "mySample",
    "sequenceStoreId": "0123456789",
    "sourceFileType": "FASTQ",
    "subjectId": "mySubject",
    "uploadId": "1122334455"
}

Para obter mais informações, consulte Carregamento direto para um armazenamento de sequências no Guia AWS HealthOmics do usuário.

Para criar uma loja de referência

O create-reference-store exemplo a seguir cria um repositório de referênciamy-ref-store.

aws omics create-reference-store \
    --name my-ref-store

Saída:

{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890",
    "creationTime": "2022-11-22T22:13:25.947Z",
    "id": "1234567890",
    "name": "my-ref-store"
}

Para obter mais informações, consulte Omics Storage no Amazon Omics Developer Guide.

Para criar um grupo de execução

O create-run-group exemplo a seguir cria um grupo de execução chamadocram-converter.

aws omics create-run-group \
    --name cram-converter \
    --max-cpus 20 \
    --max-duration 600

Saída:

{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:runGroup/1234567",
    "id": "1234567",
    "tags": {}
}

Para obter mais informações, consulte Fluxos de trabalho do Omics no Amazon Omics Developer Guide.

Para criar um armazenamento de sequências

O create-sequence-store exemplo a seguir cria um armazenamento de sequências.

aws omics create-sequence-store \
    --name my-seq-store

Saída:

{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:sequenceStore/1234567890",
    "creationTime": "2022-11-23T01:24:33.629Z",
    "id": "1234567890",
    "name": "my-seq-store"
}

Para obter mais informações, consulte Omics Storage no Amazon Omics Developer Guide.

Para criar um compartilhamento de uma loja de HealthOmics análises

O create-share exemplo a seguir mostra como criar um compartilhamento de uma loja de HealthOmics análises que pode ser aceito por um assinante fora da conta.

aws omics create-share \
    --resource-arn "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:variantStore/omics_dev_var_store" \
    --principal-subscriber "123456789012" \
    --name "my_Share-123"

Saída:

{
    "shareId": "495c21bedc889d07d0ab69d710a6841e-dd75ab7a1a9c384fa848b5bd8e5a7e0a",
    "name": "my_Share-123",
    "status": "PENDING"
}

Para obter mais informações, consulte Compartilhamento entre contas no Guia do AWS HealthOmics usuário.

Para criar uma loja de variantes

O create-variant-store exemplo a seguir cria um armazenamento de variantes chamadomy_var_store.

aws omics create-variant-store \
    --name my_var_store \
    --reference referenceArn=arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890

Saída:

{
    "creationTime": "2022-11-23T22:09:07.534499Z",
    "id": "02dexmplcfdd",
    "name": "my_var_store",
    "reference": {
        "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890"
    },
    "status": "CREATING"
}

Para obter mais informações, consulte Omics Analytics no Amazon Omics Developer Guide.

Para criar um fluxo de trabalho

O create-workflow exemplo a seguir cria um WDL fluxo de trabalho.

aws omics create-workflow \
    --name cram-converter \
    --engine WDL \
    --definition-zip fileb://workflow-crambam.zip \
    --parameter-template file://workflow-params.json

workflow-crambam.zipé um ZIP arquivo contendo uma definição de fluxo de trabalho. workflow-params.jsondefine parâmetros de tempo de execução para o fluxo de trabalho.

{
    "ref_fasta" : {
        "description": "Reference genome fasta file",
        "optional": false
    },
    "ref_fasta_index" : {
        "description": "Index of the reference genome fasta file",
        "optional": false
    },
    "ref_dict" : {
        "description": "dictionary file for 'ref_fasta'",
        "optional": false
    },
    "input_cram" : {
        "description": "The Cram file to convert to BAM",
        "optional": false
    },
    "sample_name" : {
        "description": "The name of the input sample, used to name the output BAM",
        "optional": false
    }
}

Saída:

{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:workflow/1234567",
    "id": "1234567",
    "status": "CREATING",
    "tags": {}
}

Para obter mais informações, consulte Fluxos de trabalho do Omics no Amazon Omics Developer Guide.

Para excluir uma versão do armazenamento de anotações

O delete-annotation-store-versions exemplo a seguir exclui uma versão do armazenamento de anotações.

aws omics delete-annotation-store-versions \
    --name my_annotation_store \
    --versions my_version

Saída:

{
    "errors": []
}

Para obter mais informações, consulte Criação de novas versões de repositórios de anotações no Guia do AWS HealthOmics usuário.

Para excluir um repositório de anotações

O delete-annotation-store exemplo a seguir exclui um repositório de anotações chamado. my_vcf_store

aws omics delete-annotation-store \
    --name my_vcf_store

Saída:

{
    "status": "DELETING"
}

Para obter mais informações, consulte Omics Analytics no Amazon Omics Developer Guide.

Para excluir uma loja de referência

O delete-reference-store exemplo a seguir exclui um repositório de referência com ID1234567890.

aws omics delete-reference-store \
    --id 1234567890

Para obter mais informações, consulte Omics Storage no Amazon Omics Developer Guide.

Para excluir uma referência

O delete-reference exemplo a seguir exclui uma referência.

aws omics delete-reference \
    --reference-store-id 1234567890 \
    --id 1234567890

Para obter mais informações, consulte Omics Storage no Amazon Omics Developer Guide.

Para excluir um grupo de execução

O delete-run-group exemplo a seguir exclui um grupo de execução com ID1234567.

aws omics delete-run-group \
    --id 1234567

Para obter mais informações, consulte Fluxos de trabalho do Omics no Amazon Omics Developer Guide.

Para excluir uma execução de fluxo de trabalho

O delete-run exemplo a seguir exclui uma execução com ID1234567.

aws omics delete-run \
    --id 1234567

Para obter mais informações, consulte Fluxos de trabalho do Omics no Amazon Omics Developer Guide.

Para excluir um armazenamento de sequências

O delete-sequence-store exemplo a seguir exclui um armazenamento de sequência com ID1234567890.

aws omics delete-sequence-store \
    --id 1234567890

Para obter mais informações, consulte Omics Storage no Amazon Omics Developer Guide.

Para excluir um compartilhamento de dados de HealthOmics análise

O delete-share exemplo a seguir exclui um compartilhamento de dados analíticos entre contas.

aws omics delete-share \
    --share-id "495c21bedc889d07d0ab69d710a6841e-dd75ab7a1a9c384fa848b5bd8e5a7e0a"

Saída:

{
    "status": "DELETING"
}

Para obter mais informações, consulte Compartilhamento entre contas no Guia do AWS HealthOmics usuário.

Para excluir um armazenamento de variantes

O delete-variant-store exemplo a seguir exclui um repositório de variantes chamadomy_var_store.

aws omics delete-variant-store \
    --name my_var_store

Saída:

{
    "status": "DELETING"
}

Para obter mais informações, consulte Omics Analytics no Amazon Omics Developer Guide.

Para excluir um fluxo de trabalho

O delete-workflow exemplo a seguir exclui um fluxo de trabalho com ID1234567.

aws omics delete-workflow \
    --id 1234567

Para obter mais informações, consulte Fluxos de trabalho do Omics no Amazon Omics Developer Guide.

Para visualizar um trabalho de importação de anotações

O get-annotation-import-job exemplo a seguir obtém detalhes sobre um trabalho de importação de anotações.

aws omics get-annotation-import-job \
    --job-id 984162c7-xmpl-4d23-ab47-286f7950bfbf

Saída:

{
    "creationTime": "2022-11-30T01:40:11.017746Z",
    "destinationName": "tsv_ann_store",
    "id": "984162c7-xmpl-4d23-ab47-286f7950bfbf",
    "items": [
        {
            "jobStatus": "COMPLETED",
            "source": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/targetedregions.bed.gz"
        }
    ],
    "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
    "runLeftNormalization": false,
    "status": "COMPLETED",
    "updateTime": "2022-11-30T01:42:39.134009Z"
}

Para obter mais informações, consulte Omics Analytics no Amazon Omics Developer Guide.

Para recuperar os metadados de uma versão do armazenamento de anotações

O get-annotation-store-version exemplo a seguir recupera os metadados da versão solicitada do armazenamento de anotações.

aws omics get-annotation-store-version \
    --name my_annotation_store \
    --version-name my_version

Saída:

{
    "storeId": "4934045d1c6d",
    "id": "2a3f4a44aa7b",
    "status": "ACTIVE",
    "versionArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:annotationStore/my_annotation_store/version/my_version",
    "name": "my_annotation_store",
    "versionName": "my_version",
    "creationTime": "2023-07-21T17:15:49.251040+00:00",
    "updateTime": "2023-07-21T17:15:56.434223+00:00",
    "statusMessage": "",
    "versionSizeBytes": 0
}

Para obter mais informações, consulte Criação de novas versões de repositórios de anotações no Guia do AWS HealthOmics usuário.

Para ver um repositório de anotações

O get-annotation-store exemplo a seguir obtém detalhes sobre um repositório de anotações chamado. my_ann_store

aws omics get-annotation-store \
    --name my_ann_store

Saída:

{
    "creationTime": "2022-11-23T22:48:39.226492Z",
    "id": "0a91xmplc71f",
    "name": "my_ann_store",
    "reference": {
        "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890"
    },
    "status": "CREATING",
    "storeArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:annotationStore/my_ann_store",
    "storeFormat": "VCF",
    "storeSizeBytes": 0,
    "tags": {}
}

Para obter mais informações, consulte Omics Analytics no Amazon Omics Developer Guide.

Para visualizar um trabalho de ativação do conjunto de leitura

O get-read-set-activation-job exemplo a seguir mostra detalhes sobre um trabalho de ativação do conjunto de leitura.

aws omics get-read-set-activation-job \
    --sequence-store-id 1234567890 \
    --id 1234567890

Saída:

{
    "completionTime": "2022-12-06T22:33:42.828Z",
    "creationTime": "2022-12-06T22:32:45.213Z",
    "id": "1234567890",
    "sequenceStoreId": "1234567890",
    "sources": [
        {
            "readSetId": "1234567890",
            "status": "FINISHED",
            "statusMessage": "No activation needed as read set is already in ACTIVATING or ACTIVE state."
        }
    ],
    "status": "COMPLETED",
    "statusMessage": "The job completed successfully."
}

Para obter mais informações, consulte Omics Storage no Amazon Omics Developer Guide.

Para visualizar um trabalho de exportação do conjunto de leitura

O get-read-set-export-job exemplo a seguir obtém detalhes sobre um trabalho de exportação do conjunto de leitura.

aws omics get-read-set-export-job \
    --sequence-store-id 1234567890 \
    --id 1234567890

Saída:

{
    "completionTime": "2022-12-06T22:39:14.491Z",
    "creationTime": "2022-12-06T22:37:18.612Z",
    "destination": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/read-set-export/",
    "id": "1234567890",
    "sequenceStoreId": "1234567890",
    "status": "COMPLETED",
    "statusMessage": "The job is submitted and will start soon."
}

Para obter mais informações, consulte Omics Storage no Amazon Omics Developer Guide.

Para visualizar um trabalho de importação de conjunto de leitura

O get-read-set-import-job exemplo a seguir obtém detalhes sobre um trabalho de importação de conjunto de leitura.

aws omics get-read-set-import-job \
    --sequence-store-id 1234567890 \
    --id 1234567890

Saída:

{
    "creationTime": "2022-11-23T01:36:38.158Z",
    "id": "1234567890",
    "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
    "sequenceStoreId": "1234567890",
    "sources": [
        {
            "name": "HG00100",
            "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890",
            "sampleId": "bam-sample",
            "sourceFileType": "BAM",
            "sourceFiles": {
                "source1": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/HG00100.chrom20.ILLUMINA.bwa.GBR.low_coverage.20101123.bam",
                "source2": ""
            },
            "status": "IN_PROGRESS",
            "statusMessage": "The source job is currently in progress.",
            "subjectId": "bam-subject",
            "tags": {
                "aws:omics:sampleId": "bam-sample",
                "aws:omics:subjectId": "bam-subject"
            }
        },
        {
            "name": "HG00146",
            "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890",
            "sampleId": "fastq-sample",
            "sourceFileType": "FASTQ",
            "sourceFiles": {
                "source1": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/SRR233106_1.filt.fastq.gz",
                "source2": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/SRR233106_2.filt.fastq.gz"
            },
            "status": "IN_PROGRESS",
            "statusMessage": "The source job is currently in progress.",
            "subjectId": "fastq-subject",
            "tags": {
                "aws:omics:sampleId": "fastq-sample",
                "aws:omics:subjectId": "fastq-subject"
            }
        },
        {
            "name": "HG00096",
            "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890",
            "sampleId": "cram-sample",
            "sourceFileType": "CRAM",
            "sourceFiles": {
                "source1": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/HG00096.alt_bwamem_GRCh38DH.20150718.GBR.low_coverage.cram",
                "source2": ""
            },
            "status": "IN_PROGRESS",
            "statusMessage": "The source job is currently in progress.",
            "subjectId": "cram-subject",
            "tags": {
                "aws:omics:sampleId": "cram-sample",
                "aws:omics:subjectId": "cram-subject"
            }
        }
    ],
    "status": "IN_PROGRESS",
    "statusMessage": "The job is currently in progress."
}

Para obter mais informações, consulte Omics Storage no Amazon Omics Developer Guide.

Para ver um conjunto de leitura

O get-read-set-metadata exemplo a seguir obtém detalhes sobre os arquivos de um conjunto de leitura.

aws omics get-read-set-metadata \
    --sequence-store-id 1234567890 \
    --id 1234567890

Saída:

{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:sequenceStore/1234567890/readSet/1234567890",
    "creationTime": "2022-11-23T21:55:00.515Z",
    "fileType": "FASTQ",
    "files": {
        "source1": {
            "contentLength": 310054739,
            "partSize": 104857600,
            "totalParts": 3
        },
        "source2": {
            "contentLength": 307846621,
            "partSize": 104857600,
            "totalParts": 3
        }
    },
    "id": "1234567890",
    "name": "HG00146",
    "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890",
    "sampleId": "fastq-sample",
    "sequenceInformation": {
        "alignment": "UNALIGNED",
        "totalBaseCount": 677717384,
        "totalReadCount": 8917334
    },
    "sequenceStoreId": "1234567890",
    "status": "ACTIVE",
    "subjectId": "fastq-subject"
}

Para obter mais informações, consulte Omics Storage no Amazon Omics Developer Guide.

Para baixar um conjunto de leitura

O get-read-set exemplo a seguir baixa a parte 3 de um conjunto de leitura como1234567890.3.bam.

aws omics get-read-set \
    --sequence-store-id 1234567890 \
    --id 1234567890 \
    --part-number 3  1234567890.3.bam

Para obter mais informações, consulte Omics Storage no Amazon Omics Developer Guide.

Para visualizar um trabalho de importação de referência

O get-reference-import-job exemplo a seguir obtém detalhes sobre um trabalho de importação de referência.

aws omics get-reference-import-job \
    --reference-store-id 1234567890 \
    --id 1234567890

Saída:

{
    "creationTime": "2022-11-22T22:25:41.124Z",
    "id": "1234567890",
    "referenceStoreId": "1234567890",
    "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
    "sources": [
        {
            "name": "assembly-38",
            "sourceFile": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.fasta",
            "status": "IN_PROGRESS",
            "statusMessage": "The source job is currently in progress."
        }
    ],
    "status": "IN_PROGRESS",
    "statusMessage": "The job is currently in progress."
}

Para obter mais informações, consulte Omics Storage no Amazon Omics Developer Guide.

Para ver uma referência

O get-reference-metadata exemplo a seguir obtém detalhes sobre uma referência.

aws omics get-reference-metadata \
    --reference-store-id 1234567890 \
    --id 1234567890

Saída:

{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890",
    "creationTime": "2022-11-22T22:27:09.033Z",
    "files": {
        "index": {
            "contentLength": 160928,
            "partSize": 104857600,
            "totalParts": 1
        },
        "source": {
            "contentLength": 3249912778,
            "partSize": 104857600,
            "totalParts": 31
        }
    },
    "id": "1234567890",
    "md5": "7ff134953dcca8c8997453bbb80b6b5e",
    "name": "assembly-38",
    "referenceStoreId": "1234567890",
    "status": "ACTIVE",
    "updateTime": "2022-11-22T22:27:09.033Z"
}

Para obter mais informações, consulte Omics Storage no Amazon Omics Developer Guide.

Para ver uma loja de referência

O get-reference-store exemplo a seguir mostra detalhes sobre uma loja de referência.

aws omics get-reference-store \
    --id 1234567890

Saída:

{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890",
    "creationTime": "2022-09-23T23:27:20.364Z",
    "id": "1234567890",
    "name": "my-rstore-0"
}

Para obter mais informações, consulte Omics Storage no Amazon Omics Developer Guide.

Para baixar uma referência do genoma

O get-reference exemplo a seguir baixa a parte 1 de um genoma comohg38.1.fa.

aws omics get-reference \
    --reference-store-id 1234567890 \
    --id 1234567890 \
    --part-number 1 hg38.1.fa

Para obter mais informações, consulte Omics Storage no Amazon Omics Developer Guide.

Para ver um grupo de corrida

O get-run-group exemplo a seguir obtém detalhes sobre um grupo de execução.

aws omics get-run-group \
    --id 1234567

Saída:

{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:runGroup/1234567",
    "creationTime": "2022-12-01T00:58:42.915219Z",
    "id": "1234567",
    "maxCpus": 20,
    "maxDuration": 600,
    "name": "cram-convert",
    "tags": {}
}

Para obter mais informações, consulte Fluxos de trabalho do Omics no Amazon Omics Developer Guide.

Para ver uma tarefa

O get-run-task exemplo a seguir obtém detalhes sobre uma tarefa de fluxo de trabalho.

aws omics get-run-task \
    --id 1234567 \
    --task-id 1234567

Saída:

{
    "cpus": 1,
    "creationTime": "2022-11-30T23:13:00.718651Z",
    "logStream": "arn:aws:logs:us-west-2:123456789012:log-group:/aws/omics/WorkflowLog:log-stream:run/1234567/task/1234567",
    "memory": 15,
    "name": "CramToBamTask",
    "startTime": "2022-11-30T23:17:47.016Z",
    "status": "COMPLETED",
    "stopTime": "2022-11-30T23:18:21.503Z",
    "taskId": "1234567"
}

Para obter mais informações, consulte Fluxos de trabalho do Omics no Amazon Omics Developer Guide.

Para visualizar a execução de um fluxo de trabalho

O get-run exemplo a seguir obtém detalhes sobre a execução de um fluxo de trabalho.

aws omics get-run \
    --id 1234567

Saída:

{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:run/1234567",
    "creationTime": "2022-11-30T22:58:22.615865Z",
    "digest": "sha256:c54bxmpl742dcc26f7fa1f10e37550ddd8f251f418277c0a58e895b801ed28cf",
    "id": "1234567",
    "name": "cram-to-bam",
    "outputUri": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/workflow-output/",
    "parameters": {
        "ref_dict": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.dict",
        "ref_fasta_index": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.fasta.fai",
        "ref_fasta": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.fasta",
        "sample_name": "NA12878",
        "input_cram": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/NA12878.cram"
    },
    "resourceDigests": {
        "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.fasta.fai": "etag:f76371b113734a56cde236bc0372de0a",
        "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.dict": "etag:3884c62eb0e53fa92459ed9bff133ae6",
        "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.fasta": "etag:e307d81c605fb91b7720a08f00276842-388",
        "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/NA12878.cram": "etag:a9f52976381286c6143b5cc681671ec6"
    },
    "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
    "startedBy": "arn:aws:iam::123456789012:user/laptop-2020",
    "status": "STARTING",
    "tags": {},
    "workflowId": "1234567",
    "workflowType": "PRIVATE"
}

Para obter mais informações, consulte Fluxos de trabalho do Omics no Amazon Omics Developer Guide.

Para visualizar um armazenamento de sequências

O get-sequence-store exemplo a seguir obtém detalhes sobre um armazenamento de sequência com ID1234567890.

aws omics get-sequence-store \
    --id 1234567890

Saída:

{
    "arn": "arn:aws:omics:us-east-1:123456789012:sequenceStore/1234567890",
    "creationTime": "2022-11-23T19:55:48.376Z",
    "id": "1234567890",
    "name": "my-seq-store"
}

Para obter mais informações, consulte Omics Storage no Amazon Omics Developer Guide.

Para recuperar os metadados sobre um compartilhamento de dados analíticos HealthOmics

O get-share exemplo a seguir recupera os metadados de um compartilhamento de dados analíticos entre contas.

aws omics get-share \
    --share-id "495c21bedc889d07d0ab69d710a6841e-dd75ab7a1a9c384fa848b5bd8e5a7e0a"

Saída:

{
    "share": {
        "shareId": "495c21bedc889d07d0ab69d710a6841e-dd75ab7a1a9c384fa848b5bd8e5a7e0a",
        "name": "my_Share-123",
        "resourceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:variantStore/omics_dev_var_store",
        "principalSubscriber": "123456789012",
        "ownerId": "555555555555",
        "status": "PENDING"
    }
}

Para obter mais informações, consulte Compartilhamento entre contas no Guia do AWS HealthOmics usuário.

Para visualizar um trabalho de importação de variantes

O get-variant-import-job exemplo a seguir obtém detalhes sobre um trabalho de importação de variantes.

aws omics get-variant-import-job \
    --job-id edd7b8ce-xmpl-47e2-bc99-258cac95a508

Saída:

{
    "creationTime": "2022-11-23T22:42:50.037812Z",
    "destinationName": "my_var_store",
    "id": "edd7b8ce-xmpl-47e2-bc99-258cac95a508",
    "items": [
        {
            "jobStatus": "IN_PROGRESS",
            "source": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.known_indels.vcf.gz"
        }
    ],
    "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
    "runLeftNormalization": false,
    "status": "IN_PROGRESS",
    "updateTime": "2022-11-23T22:43:05.898309Z"
}

Para obter mais informações, consulte Omics Analytics no Amazon Omics Developer Guide.

Para ver uma loja de variantes

O get-variant-store exemplo a seguir mostra detalhes sobre uma loja de variantes.

aws omics get-variant-store \
    --name my_var_store

Saída:

{
    "creationTime": "2022-11-23T22:09:07.534499Z",
    "id": "02dexmplcfdd",
    "name": "my_var_store",
    "reference": {
        "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890"
    },
    "status": "CREATING",
    "storeArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:variantStore/my_var_store",
    "storeSizeBytes": 0,
    "tags": {},
    "updateTime": "2022-11-23T22:09:24.931711Z"
}

Para obter mais informações, consulte Omics Analytics no Amazon Omics Developer Guide.

Para visualizar um fluxo de trabalho

O get-workflow exemplo a seguir obtém detalhes sobre um fluxo de trabalho com ID1234567.

aws omics get-workflow \
    --id 1234567

Saída:

{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:workflow/1234567",
    "creationTime": "2022-11-30T22:33:16.225368Z",
    "digest": "sha256:c54bxmpl742dcc26f7fa1f10e37550ddd8f251f418277c0a58e895b801ed28cf",
    "engine": "WDL",
    "id": "1234567",
    "main": "workflow-crambam.wdl",
    "name": "cram-converter",
    "parameterTemplate": {
        "ref_dict": {
            "description": "dictionary file for 'ref_fasta'"
        },
        "ref_fasta_index": {
            "description": "Index of the reference genome fasta file"
        },
        "ref_fasta": {
            "description": "Reference genome fasta file"
        },
        "input_cram": {
            "description": "The Cram file to convert to BAM"
        },
        "sample_name": {
            "description": "The name of the input sample, used to name the output BAM"
        }
    },
    "status": "ACTIVE",
    "statusMessage": "workflow-crambam.wdl\n    workflow CramToBamFlow\n        call CramToBamTask\n        call ValidateSamFile\n    task CramToBamTask\n    task ValidateSamFile\n",
    "tags": {},
    "type": "PRIVATE"
}

Para obter mais informações, consulte Fluxos de trabalho do Omics no Amazon Omics Developer Guide.

Para obter uma lista de trabalhos de importação de anotações

Veja a seguir list-annotation-import-jobs uma lista de trabalhos de importação de anotações.

aws omics list-annotation-import-jobs

Saída:

{
    "annotationImportJobs": [
        {
            "creationTime": "2022-11-30T01:39:41.478294Z",
            "destinationName": "gff_ann_store",
            "id": "18a9e792-xmpl-4869-a105-e5b602900444",
            "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
            "runLeftNormalization": false,
            "status": "COMPLETED",
            "updateTime": "2022-11-30T01:47:09.145178Z"
        },
        {
            "creationTime": "2022-11-30T00:45:58.007838Z",
            "destinationName": "my_ann_store",
            "id": "4e9eafc8-xmpl-431e-a0b2-3bda27cb600a",
            "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
            "runLeftNormalization": false,
            "status": "FAILED",
            "updateTime": "2022-11-30T00:47:01.706325Z"
        }
    ]
}

Para obter mais informações, consulte Omics Analytics no Amazon Omics Developer Guide.

Para listar todas as versões de um repositório de anotações.

O list-annotation-store-versions exemplo a seguir lista todas as versões existentes de um repositório de anotações.

aws omics list-annotation-store-versions \
    --name my_annotation_store

Saída:

{
    "annotationStoreVersions": [
        {
        "storeId": "4934045d1c6d",
        "id": "2a3f4a44aa7b",
        "status": "CREATING",
        "versionArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:annotationStore/my_annotation_store/version/my_version_2",
        "name": "my_annotation_store",
        "versionName": "my_version_2",
        "creation Time": "2023-07-21T17:20:59.380043+00:00",
        "versionSizeBytes": 0
},
{
     "storeId": "4934045d1c6d",
     "id": "4934045d1c6d",
     "status": "ACTIVE",
     "versionArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:annotationStore/my_annotation_store/version/my_version_1",
     "name": "my_annotation_store",
     "versionName": "my_version_1",
     "creationTime": "2023-07-21T17:15:49.251040+00:00",
     "updateTime": "2023-07-21T17:15:56.434223+00:00",
     "statusMessage": "",
     "versionSizeBytes": 0
     }

}

Para obter mais informações, consulte Criação de novas versões de repositórios de anotações no Guia do AWS HealthOmics usuário.

Para obter uma lista de lojas de anotações

O list-annotation-stores exemplo a seguir obtém uma lista de lojas de anotações.

aws omics list-annotation-stores

Saída:

{
    "annotationStores": [
        {
            "creationTime": "2022-11-23T22:48:39.226492Z",
            "id": "0a91xmplc71f",
            "name": "my_ann_store",
            "reference": {
                "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890"
            },
            "status": "ACTIVE",
            "statusMessage": "",
            "storeArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:annotationStore/my_ann_store",
            "storeFormat": "VCF",
            "storeSizeBytes": 0,
            "updateTime": "2022-11-23T22:53:27.372840Z"
        }
    ]
}

Para obter mais informações, consulte Omics Analytics no Amazon Omics Developer Guide.

Para listar todas as leituras em várias partes, configure os uploads e seus status.

O list-multipart-read-set-uploads exemplo a seguir lista todos os uploads de conjuntos de leitura de várias partes e seus status.

aws omics list-multipart-read-set-uploads \
    --sequence-store-id 0123456789

Saída:

{
"uploads":
    [
        {
           "sequenceStoreId": "0123456789",
           "uploadId": "8749584421",
           "sourceFileType": "FASTQ",
            "subjectId": "mySubject",
            "sampleId": "mySample",
            "generatedFrom": "1000 Genomes",
            "name": "HG00146",
            "description": "FASTQ for HG00146",
            "creationTime": "2023-11-29T19:22:51.349298+00:00"
        },
        {
            "sequenceStoreId": "0123456789",
            "uploadId": "5290538638",
            "sourceFileType": "BAM",
            "subjectId": "mySubject",
            "sampleId": "mySample",
            "generatedFrom": "1000 Genomes",
            "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:845448930428:referenceStore/8168613728/reference/2190697383",
            "name": "HG00146",
            "description": "BAM for HG00146",
            "creationTime": "2023-11-29T19:23:33.116516+00:00"
        },
        {
            "sequenceStoreId": "0123456789",
            "uploadId": "4174220862",
            "sourceFileType": "BAM",
            "subjectId": "mySubject",
            "sampleId": "mySample",
            "generatedFrom": "1000 Genomes",
            "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:845448930428:referenceStore/8168613728/reference/2190697383",
            "name": "HG00147",
            "description": "BAM for HG00147",
            "creationTime": "2023-11-29T19:23:47.007866+00:00"
        }
    ]
}

Para obter mais informações, consulte Carregamento direto para um armazenamento de sequências no Guia AWS HealthOmics do usuário.

Para obter uma lista de trabalhos de ativação do conjunto de leitura

O list-read-set-activation-jobs exemplo a seguir obtém uma lista de trabalhos de ativação para um armazenamento de sequência com id1234567890.

aws omics list-read-set-activation-jobs \
    --sequence-store-id 1234567890

Saída:

{
    "activationJobs": [
        {
            "completionTime": "2022-12-06T22:33:42.828Z",
            "creationTime": "2022-12-06T22:32:45.213Z",
            "id": "1234567890",
            "sequenceStoreId": "1234567890",
            "status": "COMPLETED"
        },
        {
            "creationTime": "2022-12-06T22:35:10.100Z",
            "id": "1234567890",
            "sequenceStoreId": "1234567890",
            "status": "IN_PROGRESS"
        }
    ]
}

Para obter mais informações, consulte Omics Storage no Amazon Omics Developer Guide.

Para obter uma lista de trabalhos de exportação do conjunto de leitura

O list-read-set-export-jobs exemplo a seguir obtém uma lista de trabalhos de exportação para um armazenamento de sequência com id1234567890.

aws omics list-read-set-export-jobs \
    --sequence-store-id 1234567890

Saída:

{
    "exportJobs": [
        {
            "completionTime": "2022-12-06T22:39:14.491Z",
            "creationTime": "2022-12-06T22:37:18.612Z",
            "destination": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/read-set-export/",
            "id": "1234567890",
            "sequenceStoreId": "1234567890",
            "status": "COMPLETED"
        },
        {
            "creationTime": "2022-12-06T22:38:04.871Z",
            "destination": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/read-set-export/",
            "id": "1234567890",
            "sequenceStoreId": "1234567890",
            "status": "IN_PROGRESS"
        }
    ]
}

Para obter mais informações, consulte Omics Storage no Amazon Omics Developer Guide.

Para obter uma lista de trabalhos de importação de conjuntos de leitura

O list-read-set-import-jobs exemplo a seguir obtém uma lista de trabalhos de importação para um armazenamento de sequência com id1234567890.

aws omics list-read-set-import-jobs \
    --sequence-store-id 1234567890

Saída:

{
    "importJobs": [
        {
            "completionTime": "2022-11-29T18:17:49.244Z",
            "creationTime": "2022-11-29T17:32:47.700Z",
            "id": "1234567890",
            "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
            "sequenceStoreId": "1234567890",
            "status": "COMPLETED"
        },
        {
            "completionTime": "2022-11-23T22:01:34.090Z",
            "creationTime": "2022-11-23T21:52:43.289Z",
            "id": "1234567890",
            "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
            "sequenceStoreId": "1234567890",
            "status": "COMPLETED_WITH_FAILURES"
        }
    ]
}

Para obter mais informações, consulte Omics Storage no Amazon Omics Developer Guide.

Para listar todas as partes em um upload de várias partes solicitado para um armazenamento de sequências.

O list-read-set-upload-parts exemplo a seguir lista todas as partes em um upload de várias partes solicitado para um armazenamento de sequências.

aws omics list-read-set-upload-parts \
    --sequence-store-id 0123456789 \
    --upload-id 1122334455 \
    --part-source SOURCE1

Saída:

{
    "parts": [
        {
            "partNumber": 1,
            "partSize": 94371840,
            "file": "SOURCE1",
            "checksum": "984979b9928ae8d8622286c4a9cd8e99d964a22d59ed0f5722e1733eb280e635",
            "lastUpdatedTime": "2023-02-02T20:14:47.533000+00:00"
        }
        {
            "partNumber": 2,
            "partSize": 10471840,
            "file": "SOURCE1",
            "checksum": "984979b9928ae8d8622286c4a9cd8e99d964a22d59ed0f5722e1733eb280e635",
            "lastUpdatedTime": "2023-02-02T20:14:47.533000+00:00"
        }
      ]

}

Para obter mais informações, consulte Carregamento direto para um armazenamento de sequências no Guia AWS HealthOmics do usuário.

Para obter uma lista de conjuntos de leitura

O list-read-sets exemplo a seguir obtém uma lista de conjuntos de leitura para um armazenamento de sequência com id1234567890.

aws omics list-read-sets \
    --sequence-store-id 1234567890

Saída:

{
    "readSets": [
        {
            "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:sequenceStore/1234567890/readSet/1234567890",
            "creationTime": "2022-11-23T21:55:00.515Z",
            "fileType": "FASTQ",
            "id": "1234567890",
            "name": "HG00146",
            "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890",
            "sampleId": "fastq-sample",
            "sequenceStoreId": "1234567890",
            "status": "ACTIVE",
            "subjectId": "fastq-subject"
        }
    ]
}

Para obter mais informações, consulte Omics Storage no Amazon Omics Developer Guide.

Para obter uma lista de trabalhos de importação de referência

O list-reference-import-jobs exemplo a seguir obtém uma lista de trabalhos de importação de referência para uma loja de referência com id1234567890.

aws omics list-reference-import-jobs \
    --reference-store-id 1234567890

Saída:

{
    "importJobs": [
        {
            "completionTime": "2022-11-23T19:54:58.204Z",
            "creationTime": "2022-11-23T19:53:20.729Z",
            "id": "1234567890",
            "referenceStoreId": "1234567890",
            "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
            "status": "COMPLETED"
        },
        {
            "creationTime": "2022-11-23T20:34:03.250Z",
            "id": "1234567890",
            "referenceStoreId": "1234567890",
            "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
            "status": "IN_PROGRESS"
        }
    ]
}

Para obter mais informações, consulte Omics Storage no Amazon Omics Developer Guide.

Para obter uma lista de lojas de referência

O list-reference-stores exemplo a seguir obtém uma lista de lojas de referência.

aws omics list-reference-stores

Saída:

{
    "referenceStores": [
        {
            "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890",
            "creationTime": "2022-11-22T22:13:25.947Z",
            "id": "1234567890",
            "name": "my-ref-store"
        }
    ]
}

Para obter mais informações, consulte Omics Storage no Amazon Omics Developer Guide.

Para obter uma lista de referências

O list-references exemplo a seguir obtém uma lista de referências de genoma para um repositório de referência com id1234567890.

aws omics list-references \
    --reference-store-id 1234567890

Saída:

{
    "references": [
        {
            "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890",
            "creationTime": "2022-11-22T22:27:09.033Z",
            "id": "1234567890",
            "md5": "7ff134953dcca8c8997453bbb80b6b5e",
            "name": "assembly-38",
            "referenceStoreId": "1234567890",
            "status": "ACTIVE",
            "updateTime": "2022-11-22T22:27:09.033Z"
        }
    ]
}

Para obter mais informações, consulte Omics Storage no Amazon Omics Developer Guide.

Para obter uma lista de grupos de corrida

O list-run-groups exemplo a seguir obtém uma lista de grupos de execução.

aws omics list-run-groups

Saída:

{
    "items": [
        {
            "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:runGroup/1234567",
            "creationTime": "2022-12-01T00:58:42.915219Z",
            "id": "1234567",
            "maxCpus": 20,
            "maxDuration": 600,
            "name": "cram-convert"
        }
    ]
}

Para obter mais informações, consulte Fluxos de trabalho do Omics no Amazon Omics Developer Guide.

Para obter uma lista de tarefas

O list-run-tasks exemplo a seguir obtém uma lista de tarefas para a execução de um fluxo de trabalho.

aws omics list-run-tasks \
    --id 1234567

Saída:

{
    "items": [
        {
            "cpus": 1,
            "creationTime": "2022-11-30T23:13:00.718651Z",
            "memory": 15,
            "name": "CramToBamTask",
            "startTime": "2022-11-30T23:17:47.016Z",
            "status": "COMPLETED",
            "stopTime": "2022-11-30T23:18:21.503Z",
            "taskId": "1234567"
        },
        {
            "cpus": 1,
            "creationTime": "2022-11-30T23:18:32.315606Z",
            "memory": 4,
            "name": "ValidateSamFile",
            "startTime": "2022-11-30T23:23:40.165Z",
            "status": "COMPLETED",
            "stopTime": "2022-11-30T23:24:14.766Z",
            "taskId": "1234567"
        }
    ]
}

Para obter mais informações, consulte Fluxos de trabalho do Omics no Amazon Omics Developer Guide.

Para obter uma lista das execuções do fluxo de trabalho

O list-runs exemplo a seguir obtém uma lista das execuções do fluxo de trabalho.

aws omics list-runs

Saída:

{
    "items": [
        {
            "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:run/1234567",
            "creationTime": "2022-12-02T23:20:01.202074Z",
            "id": "1234567",
            "name": "cram-to-bam",
            "priority": 1,
            "startTime": "2022-12-02T23:29:18.115Z",
            "status": "COMPLETED",
            "stopTime": "2022-12-02T23:57:54.428812Z",
            "storageCapacity": 10,
            "workflowId": "1234567"
        },
        {
            "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:run/1234567",
            "creationTime": "2022-12-03T00:16:57.180066Z",
            "id": "1234567",
            "name": "cram-to-bam",
            "priority": 1,
            "startTime": "2022-12-03T00:26:50.233Z",
            "status": "FAILED",
            "stopTime": "2022-12-03T00:37:21.451340Z",
            "storageCapacity": 10,
            "workflowId": "1234567"
        },
        {
            "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:run/1234567",
            "creationTime": "2022-12-05T17:57:08.444817Z",
            "id": "1234567",
            "name": "cram-to-bam",
            "status": "STARTING",
            "workflowId": "1234567"
        }
    ]
}

Para obter mais informações, consulte Fluxos de trabalho do Omics no Amazon Omics Developer Guide.

Para obter uma lista de armazenamentos de sequências

O list-sequence-stores exemplo a seguir obtém uma lista de armazenamentos de sequências.

aws omics list-sequence-stores

Saída:

{
    "sequenceStores": [
        {
            "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:sequenceStore/1234567890",
            "creationTime": "2022-11-23T01:24:33.629Z",
            "id": "1234567890",
            "name": "my-seq-store"
        }
    ]
}

Para obter mais informações, consulte Omics Storage no Amazon Omics Developer Guide.

Para listar os compartilhamentos disponíveis de dados de HealthOmics análise

O list-shares exemplo a seguir lista todos os compartilhamentos que foram criados para um proprietário do recurso.

aws omics list-shares \
    --resource-owner SELF

Saída:

{
    "shares": [
        {
            "shareId": "595c1cbd-a008-4eca-a887-954d30c91c6e",
            "name": "myShare",
            "resourceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:variantStore/store_1",
            "principalSubscriber": "123456789012",
            "ownerId": "555555555555",
            "status": "PENDING"
        }
        {
            "shareId": "39b65d0d-4368-4a19-9814-b0e31d73c10a",
            "name": "myShare3456",
            "resourceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:variantStore/store_2",
            "principalSubscriber": "123456789012",
            "ownerId": "555555555555",
            "status": "ACTIVE"
        },
        {
            "shareId": "203152f5-eef9-459d-a4e0-a691668d44ef",
            "name": "myShare4",
            "resourceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:variantStore/store_3",
            "principalSubscriber": "123456789012",
            "ownerId": "555555555555",
            "status": "ACTIVE"
        }
    ]
}

Para obter mais informações, consulte Compartilhamento entre contas no Guia do AWS HealthOmics usuário.

Para obter uma lista de tags

O list-tags-for-resource exemplo a seguir obtém uma lista de tags para um fluxo de trabalho com id1234567.

aws omics list-tags-for-resource \
    --resource-arn arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:workflow/1234567

Saída:

{
    "tags": {
        "department": "analytics"
    }
}

Para obter mais informações, consulte Marcar recursos no Amazon Omics no Amazon Omics Developer Guide.

Para obter uma lista de trabalhos de importação de variantes

O list-variant-import-jobs exemplo a seguir obtém uma lista de trabalhos de importação de variantes.

aws omics list-variant-import-jobs

Saída:

{
    "variantImportJobs": [
        {
            "creationTime": "2022-11-23T22:47:02.514002Z",
            "destinationName": "my_var_store",
            "id": "69cb65d6-xmpl-4a4a-9025-4565794b684e",
            "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
            "runLeftNormalization": false,
            "status": "COMPLETED",
            "updateTime": "2022-11-23T22:49:17.976597Z"
        },
        {
            "creationTime": "2022-11-23T22:42:50.037812Z",
            "destinationName": "my_var_store",
            "id": "edd7b8ce-xmpl-47e2-bc99-258cac95a508",
            "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
            "runLeftNormalization": false,
            "status": "COMPLETED",
            "updateTime": "2022-11-23T22:45:26.009880Z"
        }
    ]
}

Para obter mais informações, consulte Omics Analytics no Amazon Omics Developer Guide.

Para obter uma lista de lojas variantes

O list-variant-stores exemplo a seguir obtém uma lista de lojas de variantes.

aws omics list-variant-stores

Saída:

{
    "variantStores": [
        {
            "creationTime": "2022-11-23T22:09:07.534499Z",
            "id": "02dexmplcfdd",
            "name": "my_var_store",
            "reference": {
                "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890"
            },
            "status": "CREATING",
            "storeArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:variantStore/my_var_store",
            "storeSizeBytes": 0,
            "updateTime": "2022-11-23T22:09:24.931711Z"
        },
        {
            "creationTime": "2022-09-23T23:00:09.140265Z",
            "id": "8777xmpl1a24",
            "name": "myvstore0",
            "status": "ACTIVE",
            "storeArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:variantStore/myvstore0",
            "storeSizeBytes": 0,
            "updateTime": "2022-09-23T23:03:26.013220Z"
        }
    ]
}

Para obter mais informações, consulte Omics Analytics no Amazon Omics Developer Guide.

Para obter uma lista de fluxos de trabalho

O list-workflows exemplo a seguir obtém uma lista de fluxos de trabalho.

aws omics list-workflows

Saída:

{
    "items": [
        {
            "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:workflow/1234567",
            "creationTime": "2022-09-23T23:08:22.041227Z",
            "digest": "nSCNo/qMWFxmplXpUdokXJnwgneOaxyyc2YOxVxrJTE=",
            "id": "1234567",
            "name": "my-wkflow-0",
            "status": "ACTIVE",
            "type": "PRIVATE"
        },
        {
            "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:workflow/1234567",
            "creationTime": "2022-11-30T22:33:16.225368Z",
            "digest": "sha256:c54bxmpl742dcc26f7fa1f10e37550ddd8f251f418277c0a58e895b801ed28cf",
            "id": "1234567",
            "name": "cram-converter",
            "status": "ACTIVE",
            "type": "PRIVATE"
        }
    ]
}

Para obter mais informações, consulte Fluxos de trabalho do Omics no Amazon Omics Developer Guide.

Para importar anotações

O start-annotation-import-job exemplo a seguir importa anotações do Amazon S3.

aws omics start-annotation-import-job \
    --destination-name tsv_ann_store \
    --no-run-left-normalization \
    --role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ \
    --items source=s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/targetedregions.bed.gz

Saída:

{
    "jobId": "984162c7-xmpl-4d23-ab47-286f7950bfbf"
}

Para obter mais informações, consulte Omics Analytics no Amazon Omics Developer Guide.

Para ativar um conjunto de leitura arquivado

O start-read-set-activation-job exemplo a seguir ativa dois conjuntos de leitura.

aws omics start-read-set-activation-job \
    --sequence-store-id 1234567890 \
    --sources readSetId=1234567890 readSetId=1234567890

Saída:

{
    "creationTime": "2022-12-06T22:35:10.100Z",
    "id": "1234567890",
    "sequenceStoreId": "1234567890",
    "status": "SUBMITTED"
}

Para obter mais informações, consulte Omics Storage no Amazon Omics Developer Guide.

Para exportar um conjunto de leitura

O start-read-set-export-job exemplo a seguir exporta dois conjuntos de leitura para o Amazon S3.

   aws omics start-read-set-export-job \
       --sequence-store-id 1234567890 \
       --sources readSetId=1234567890 readSetId=1234567890 \
       --role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ
\
       --destination s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/read-set-export/

Saída:

{
    "creationTime": "2022-12-06T22:37:18.612Z",
    "destination": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/read-set-export/",
    "id": "1234567890",
    "sequenceStoreId": "1234567890",
    "status": "SUBMITTED"
}

Para obter mais informações, consulte Omics Storage no Amazon Omics Developer Guide.

Para importar um conjunto de leitura

O start-read-set-import-job exemplo a seguir importa um conjunto de leitura.

aws omics start-read-set-import-job \
    --sequence-store-id 1234567890 \
    --role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ \
    --sources file://readset-sources.json

readset-sources.json é um documento com o seguinte conteúdo. JSON

[
    {
        "sourceFiles":
        {
            "source1": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/HG00100.chrom20.ILLUMINA.bwa.GBR.low_coverage.20101123.bam"
        },
        "sourceFileType": "BAM",
        "subjectId": "bam-subject",
        "sampleId": "bam-sample",
        "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890",
        "name": "HG00100"
    }
]

Saída:

{
    "creationTime": "2022-11-23T01:36:38.158Z",
    "id": "1234567890",
    "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
    "sequenceStoreId": "1234567890",
    "status": "SUBMITTED"
}

Para obter mais informações, consulte Omics Storage no Amazon Omics Developer Guide.

Para importar um genoma de referência

O start-reference-import-job exemplo a seguir importa um genoma de referência do Amazon S3.

aws omics start-reference-import-job \
    --reference-store-id 1234567890 \
    --role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ \
    --sources sourceFile=s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.fasta,name=assembly-38

Saída:

{
    "creationTime": "2022-11-22T22:25:41.124Z",
    "id": "1234567890",
    "referenceStoreId": "1234567890",
    "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
    "status": "SUBMITTED"
}

Para obter mais informações, consulte Omics Storage no Amazon Omics Developer Guide.

Para executar um fluxo de trabalho

O start-run exemplo a seguir executa um fluxo de trabalho com ID1234567.

aws omics start-run \
    --workflow-id 1234567 \
    --role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ \
    --name 'cram-to-bam' \
    --output-uri s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/workflow-output/ \
    --run-group-id 1234567 \
    --priority 1 \
    --storage-capacity 10 \
    --log-level ALL \
    --parameters file://workflow-inputs.json

workflow-inputs.json é um documento com o seguinte conteúdo. JSON

{
    "sample_name": "NA12878",
    "input_cram": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/NA12878.cram",
    "ref_dict": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.dict",
    "ref_fasta": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.fasta",
    "ref_fasta_index": "omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.fasta.fai"
}

Saída:

{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:run/1234567",
    "id": "1234567",
    "status": "PENDING",
    "tags": {}
}

Para obter mais informações, consulte Fluxos de trabalho do Omics no Amazon Omics Developer Guide.

Para carregar arquivos de origem do Amazon Omics

Você também pode carregar arquivos de origem do armazenamento do Amazon Omics usando serviços URIs específicos. O exemplo de arquivo workflow-inputs.json a seguir usa o Amazon URIs Omics para fontes de conjuntos de leitura e de referência do genoma.

{
    "sample_name": "NA12878",
    "input_cram": "omics://123456789012.storage.us-west-2.amazonaws.com/1234567890/readSet/1234567890/source1",
    "ref_dict": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.dict",
    "ref_fasta": "omics://123456789012.storage.us-west-2.amazonaws.com/1234567890/reference/1234567890",
    "ref_fasta_index": "omics://123456789012.storage.us-west-2.amazonaws.com/1234567890/reference/1234567890/index"
}

Para obter mais informações, consulte Fluxos de trabalho do Omics no Amazon Omics Developer Guide.

Para importar um arquivo variante

O start-variant-import-job exemplo a seguir importa um arquivo de variante de VCF formato.

aws omics start-variant-import-job \
    --destination-name my_var_store \
    --no-run-left-normalization  \
    --role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ \
    --items source=s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.known_indels.vcf.gz

Saída:

{
    "jobId": "edd7b8ce-xmpl-47e2-bc99-258cac95a508"
}

Para obter mais informações, consulte Omics Analytics no Amazon Omics Developer Guide.

Para marcar um recurso

O tag-resource exemplo a seguir adiciona uma department tag a um fluxo de trabalho com id1234567.

aws omics tag-resource \
    --resource-arn arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:workflow/1234567 \
    --tags department=analytics

Para obter mais informações, consulte Marcar recursos no Amazon Omics no Amazon Omics Developer Guide.

Para remover uma tag de um recurso

O untag-resource exemplo a seguir remove a department tag de um fluxo de trabalho.

aws omics untag-resource \
    --resource-arn arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:workflow/1234567 \
    --tag-keys department

Para obter mais informações, consulte Omics Storage no Amazon Omics Developer Guide.

Para atualizar um repositório de anotações

O update-annotation-store exemplo a seguir atualiza a descrição de um repositório de anotações chamado. my_vcf_store

aws omics update-annotation-store \
    --name my_vcf_store \
    --description "VCF annotation store"

Saída:

{
    "creationTime": "2022-12-05T18:00:56.101860Z",
    "description": "VCF annotation store",
    "id": "bd6axmpl2444",
    "name": "my_vcf_store",
    "reference": {
        "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890"
    },
    "status": "ACTIVE",
    "storeFormat": "VCF",
    "updateTime": "2022-12-05T18:13:16.100051Z"
}

Para obter mais informações, consulte Omics Analytics no Amazon Omics Developer Guide.

Para atualizar um grupo de execução

O update-run-group exemplo a seguir atualiza as configurações de um grupo de execução com id1234567.

aws omics update-run-group \
    --id 1234567 \
    --max-cpus 10

Saída:

{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:runGroup/1234567",
    "creationTime": "2022-12-01T00:58:42.915219Z",
    "id": "1234567",
    "maxCpus": 10,
    "maxDuration": 600,
    "name": "cram-convert",
    "tags": {}
}

Para obter mais informações, consulte Fluxos de trabalho do Omics no Amazon Omics Developer Guide.

Para atualizar uma loja de variantes

O update-variant-store exemplo a seguir atualiza a descrição de um repositório de variantes chamadomy_var_store.

aws omics update-variant-store \
    --name my_var_store \
    --description "variant store"

Saída:

{
    "creationTime": "2022-11-23T22:09:07.534499Z",
    "description": "variant store",
    "id": "02dexmplcfdd",
    "name": "my_var_store",
    "reference": {
        "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890"
    },
    "status": "ACTIVE",
    "updateTime": "2022-12-05T18:23:37.686402Z"
}

Para obter mais informações, consulte Omics Analytics no Amazon Omics Developer Guide.

Para atualizar um fluxo de trabalho

O update-workflow exemplo a seguir atualiza a descrição de um fluxo de trabalho com ID1234567.

aws omics update-workflow \
    --id 1234567 \
    --description "copy workflow"

Para obter mais informações, consulte Omics Storage no Amazon Omics Developer Guide.

Para fazer o upload de uma parte do conjunto de leitura.

O upload-read-set-part exemplo a seguir carrega uma parte específica de um conjunto de leitura.

aws omics upload-read-set-part \
    --sequence-store-id 0123456789 \
    --upload-id 1122334455 \
    --part-source SOURCE1 \
    --part-number 1 \
    --payload /path/to/file/read_1_part_1.fastq.gz

Saída:

{
    "checksum": "984979b9928ae8d8622286c4a9cd8e99d964a22d59ed0f5722e1733eb280e635"
}

Para obter mais informações, consulte Carregamento direto para um armazenamento de sequências no Guia AWS HealthOmics do usuário.