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Criando um HealthOmics armazenamento de sequências - AWS HealthOmics
Criação de um armazenamento de sequências usando o consoleCriação de um armazenamento de sequências usando a CLIAtualizando um armazenamento de sequênciasAtualização de tags do conjunto de leitura para um armazenamento de sequênciasImportação de arquivos genômicos

As traduções são geradas por tradução automática. Em caso de conflito entre o conteúdo da tradução e da versão original em inglês, a versão em inglês prevalecerá.

Criando um HealthOmics armazenamento de sequências

HealthOmics os armazenamentos de sequência suportam o armazenamento de arquivos genômicos nos formatos não alinhados de FASTQ (somente gzip) e uBAM. Ele também suporta os formatos alinhados de BAM e CRAM.

Os arquivos importados são armazenados como conjuntos de leitura. Você pode adicionar tags aos conjuntos de leitura e usar políticas do IAM para controlar o acesso aos conjuntos de leitura. Os conjuntos de leitura alinhados exigem um genoma de referência para alinhar as sequências genômicas, mas é opcional para conjuntos de leitura não alinhados.

Para armazenar conjuntos de leitura, primeiro você cria um armazenamento de sequências. Ao criar um armazenamento de sequências, você pode especificar um bucket opcional do Amazon S3 como um local alternativo e o local em que os registros de acesso do S3 são armazenados. O local alternativo é usado para armazenar qualquer arquivo que não consiga criar um conjunto de leitura durante um upload direto. Os locais alternativos estão disponíveis para lojas de sequências criadas após 15 de maio de 2023. Você especifica o local de fallback ao criar o armazenamento de sequências.

Você pode especificar até cinco chaves de tag do conjunto de leitura. Quando você cria ou atualiza um conjunto de leitura com uma chave de tag que corresponde a uma dessas chaves, as tags do conjunto de leitura são propagadas para o objeto Amazon S3 correspondente. Tags do sistema criadas por HealthOmics são propagados por padrão.

Criação de um armazenamento de sequências usando o console

Para criar um repositório de sequências

  1. Abra o console do HealthOmics .

  2. Se necessário, abra o painel de navegação esquerdo (≡). Escolha Armazenamentos de sequência.

  3. Na Criar armazenamento de sequências página, forneça as seguintes informações

    • Nome do armazenamento de sequências - Um nome exclusivo para esta loja.

    • Descrição (opcional) - Uma descrição desse armazenamento de sequências.

  4. Para Localização alternativa no S3, especifique uma localização do Amazon S3. HealthOmics usa o local alternativo para armazenar qualquer arquivo que não consiga criar um conjunto de leitura durante um upload direto. Você precisa conceder o HealthOmics acesso de gravação do serviço ao local alternativo do Amazon S3. Para visualizar um exemplo de política, consulte Configurar um local alternativo.

    Os locais alternativos não estão disponíveis para lojas de sequências criadas antes de 16 de maio de 2023.

  5. (Opcional) Para Leia as chaves de tag do conjunto para propagação do S3, você pode inserir até cinco chaves de conjunto de leitura para propagar de um conjunto de leitura para os objetos subjacentes do S3. Ao propagar tags de um conjunto de leitura para o objeto S3, você pode conceder permissões de acesso ao S3 com base nas tags and/or para que os usuários finais vejam as tags propagadas por meio do Amazon S3, obtenhamObjectTagging Operação da API.

    1. Insira um valor chave na caixa de texto. O console cria uma nova caixa de texto para adicionar a próxima chave.

    2. (Opcional) Escolha Remover para remover todas as chaves.

  6. Abaixo Criptografia de dados, selecione se você deseja que a criptografia de dados seja de propriedade e gerenciada por AWS ou para usar uma CMK gerenciada pelo cliente.

  7. (Opcional) Abaixo Acesso aos dados do S3, selecione se deseja criar uma nova função e política para acessar o armazenamento de sequências por meio do Amazon S3.

  8. (Opcional) Para Registro de acesso do S3, selecione Enabled se você quiser que o Amazon S3 colete registros de log de acesso.

    Para Acesse o local de registro no S3, especifique um local do Amazon S3 para armazenar os registros. Esse campo estará visível somente se você tiver ativado o registro de acesso do S3.

  9. Etiquetas (opcional) - Forneça até 50 tags para esse armazenamento de sequência. Essas tags são separadas das tags do conjunto de leitura que são definidas durante o conjunto de leitura import/tag atualização

Depois de criar a loja, ela estará pronta para Importação de arquivos genômicos.

Criação de um armazenamento de sequências usando a CLI

No exemplo a seguir, substitua sequence store name com o nome que você escolheu para sua loja de sequências.

aws omics create-sequence-store --name sequence store name --fallback-location "s3://amzn-s3-demo-bucket"

Você recebe a seguinte resposta em JSON, que inclui o número de ID do seu repositório de sequências recém-criado.

{
    "id": "3936421177",
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:111122223333:sequenceStore/3936421177",
    "name": "sequence_store_example_name",
    "creationTime": "2022-07-13T20:09:26.038Z"
    "fallbackLocation" : "s3://amzn-s3-demo-bucket"
}

Você também pode visualizar todos os armazenamentos de sequências associados à sua conta usando o armazenamentos de sequências de listas comando, conforme mostrado a seguir.

aws omics list-sequence-stores

Você recebe a seguinte resposta.

{
    "sequenceStores": [
        {
            "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:111122223333:sequenceStore/3936421177",
            "id": "3936421177",
            "name": "MySequenceStore",
            "creationTime": "2022-07-13T20:09:26.038Z",
            "updatedTime": "2024-09-13T04:11:31.242Z",
            "fallbackLocation" : "s3://amzn-s3-demo-bucket",
            "status": "Active"
        }
    ]
}

Você pode usar get-sequence-store para saber mais sobre um armazenamento de sequências usando seu ID, conforme mostrado no exemplo a seguir:

aws omics get-sequence-store --id sequence store ID

Você recebe a seguinte resposta:

{
  "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:sequenceStore/sequencestoreID",
  "creationTime": "2024-01-12T04:45:29.857Z",
  "updatedTime": "2024-09-13T04:11:31.242Z",
  "description": null,
  "fallbackLocation": null,
  "id": "2015356892",
  "name": "MySequenceStore",
  "s3Access": {
      "s3AccessPointArn": "arn:aws:s3:us-west-2:123456789012:accesspoint/592761533288-2015356892",
      "s3Uri": "s3://592761533288-2015356892-ajdpi90jdas90a79fh9a8ja98jdfa9jf98-s3alias/592761533288/sequenceStore/2015356892/",
      "accessLogLocation": "s3://IAD-seq-store-log/2015356892/"
  },
  "sseConfig": {
      "keyArn": "arn:aws:kms:us-west-2:123456789012:key/eb2b30f5-635d-4b6d-b0f9-d3889fe0e648",
      "type": "KMS"
  },
  "status": "Active",
  "statusMessage": null,
  "setTagsToSync": ["withdrawn","protocol"],
}

Após a criação, vários parâmetros da loja também podem ser atualizados. Isso pode ser feito por meio do console ou da API. updateSequenceStore operação.

Atualizando um armazenamento de sequências

Para atualizar um armazenamento de sequências, siga estas etapas:

  1. Abra o console do HealthOmics .

  2. Se necessário, abra o painel de navegação esquerdo (≡). Escolha Armazenamentos de sequência.

  3. Escolha o armazenamento de sequências a ser atualizado.

  4. Na Detalhes painel, escolha Editar.

  5. Na Editar detalhes página, você pode atualizar os seguintes campos:

    • Nome do armazenamento de sequências - Um nome exclusivo para esta loja.

    • Descrição - Uma descrição desse armazenamento de sequências.

    • Localização alternativa no S3, especifique uma localização do Amazon S3. HealthOmics usa o local alternativo para armazenar qualquer arquivo que não consiga criar um conjunto de leitura durante um upload direto.

    • Leia as chaves de tag do conjunto para propagação do S3 você pode inserir até cinco chaves do conjunto de leitura para propagar para o Amazon S3.

    • (Opcional) Para Registro de acesso do S3, selecione Enabled se você quiser que o Amazon S3 colete registros de log de acesso.

      Para Acesse o local de registro no S3, especifique um local do Amazon S3 para armazenar os registros. Esse campo estará visível somente se você tiver ativado o registro de acesso do S3.

    • Etiquetas (opcional) - Forneça até 50 tags para esse armazenamento de sequência.

Atualização de tags do conjunto de leitura para um armazenamento de sequências

Para atualizar as tags do conjunto de leitura ou outros campos para um armazenamento de sequências, siga estas etapas:

  1. Abra o console do HealthOmics .

  2. Se necessário, abra o painel de navegação esquerdo (≡). Escolha Armazenamentos de sequência.

  3. Escolha o armazenamento de sequências que você deseja atualizar.

  4. Escolha a guia Detalhes.

  5. Escolha Editar.

  6. Adicione novas tags do conjunto de leitura ou exclua as tags existentes, conforme necessário.

  7. Atualize o nome, a descrição, o local alternativo ou o acesso aos dados do S3, conforme necessário.

  8. Escolha Salvar alterações.

Importação de arquivos genômicos

Para importar arquivos genômicos para um armazenamento de sequências, siga estas etapas:

Para importar um arquivo genômico

  1. Abra o console do HealthOmics .

  2. Se necessário, abra o painel de navegação esquerdo (≡). Escolha, escolha Armazenamentos de sequência.

  3. Na Armazenamentos de sequência página, escolha o armazenamento de sequências para o qual você deseja importar seus arquivos.

  4. Na página de armazenamento de sequências individuais, escolha Importar arquivos genômicos.

  5. Na Especifique os detalhes da importação página, forneça as seguintes informações

    • Função do IAM - A função do IAM que pode acessar os arquivos genômicos no Amazon S3.

    • Genoma de referência - O genoma de referência para esses dados genômicos.

  6. Na Especificar manifesto de importação página, especifique as seguintes informações Arquivo de manifesto. O arquivo de manifesto é um arquivo JSON ou YAML que descreve informações essenciais de seus dados genômicos. Para obter informações sobre o arquivo de manifesto, consulte Importando conjuntos de leitura em um HealthOmics armazenamento de sequências.

  7. Clique Criar trabalho de importação.