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Comece uma corrida em HealthOmics

Ao iniciar uma execução, você especifica os recursos que são HealthOmics alocados para a execução. As seguintes configurações estão disponíveis:

Iniciando uma execução usando o console

O assistente de início de execução tem quatro etapas:

Para começar uma corrida

Etapa 1: especificar detalhes da execução

Forneça as seguintes configurações:

Escolha Avançar para prosseguir para a Etapa 2.

Etapa 2: Adicionar valores de parâmetros

Nessa página, insira os valores dos parâmetros para a execução ou selecione valores predefinidos fornecidos pelo autor do fluxo de trabalho.

Quando você seleciona um fluxo de trabalho Nextflow para iniciar a execução, seções adicionais para configurações do mecanismo Nextflow e perfis Nextflow aparecem na parte superior desta etapa. Para obter detalhes completos sobre essas configurações (valores suportados, comportamento e precedência do perfil), consulteEspecifique as configurações do mecanismo Nextflow.

Valores dos parâmetros de execução

Forneça os parâmetros de execução. Você pode fazer upload de um arquivo JSON ou inserir manualmente os valores. O arquivo JSON contém o nome exato de cada parâmetro de entrada e um valor para o parâmetro.

HealthOmics suporta os seguintes tipos de JSON para valores de parâmetros.

Para obter mais informações, consulte HealthOmics entradas de execução e Gerenciando o tamanho dos parâmetros de execução.

Escolha Avançar para prosseguir para a Etapa 3.

Etapa 3: adicionar grupo de execução, cache de execução e tags

Todas as configurações nesta página são opcionais.

Escolha Avançar para prosseguir para a Etapa 4.

Etapa 4: revisar e iniciar a execução

Revise a configuração de execução de todas as etapas anteriores. Para modificar uma configuração, escolha Editar ao lado da etapa relevante. Quando estiver pronto, escolha Iniciar execução.

Iniciando uma execução usando a API

Use a operação StartRun da API para criar e iniciar uma execução.

Inicie uma corrida básica

O exemplo a seguir especifica a ID do fluxo de trabalho, a função de serviço e o URI de saída. Este exemplo define o modo de retenção comoREMOVE. Para obter mais informações sobre o modo de retenção, consulteExecute o modo de retenção para HealthOmics execuções.

aws omics start-run \
     --workflow-id workflow id \
     --role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/OmicsRole \
     --output-uri s3://amzn-s3-demo-bucket/output \
     --name "my-workflow-run" \
     --retention-mode REMOVE

Em resposta, você obtém a seguinte saída. uuidÉ exclusivo para a execução e, junto com ele, outputUri pode ser usado para rastrear onde os dados de saída são gravados.

{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:run/1234567",
    "id": "123456789",
    "uuid": "96c57683-74bf-9d6d-ae7e-f09b097db14a",
    "outputUri": "s3://bucket/folder/8405154/96c57683-74bf-9d6d-ae7e-f09b097db14a",
    "status": "PENDING"
}

Opções comuns de API

Incluir um arquivo de parâmetros

Se o modelo de parâmetro de um fluxo de trabalho declarar quaisquer parâmetros necessários, você poderá fornecer um arquivo JSON local das entradas ao iniciar a execução de um fluxo de trabalho. O arquivo JSON contém o nome exato de cada parâmetro de entrada e um valor para o parâmetro.

Faça referência ao arquivo JSON de entrada no AWS CLI adicionando --parameters file://<input_file.json> à sua start-run solicitação. Para obter mais informações, consulte os tipos de JSON compatíveis para valores de parâmetros em Etapa 2: Adicionar valores de parâmetros e. HealthOmics entradas de execução

Forneça um ID de solicitação

Você pode fornecer um item exclusivo requestId para cada corrida. O ID da solicitação é um token de idempotência usado HealthOmics para capturar solicitações duplicadas. Ela não iniciará uma execução se o ID da solicitação for uma duplicata de uma execução anterior.

Se você usa infraestrutura (como funções Lambda ou funções de etapas) para orquestrar o início da execução, a melhor prática é fornecer um ID de solicitação exclusivo para cada solicitação. StartRun Isso garante que, se sua infraestrutura inadvertidamente iniciar uma execução já iniciada, HealthOmics não inicie a execução duplicada.

aws omics start-run \
     --workflow-id workflow id \
     ... \
     --request-id "unique-request-id-12345"

Escolha uma versão do fluxo de trabalho

Você pode especificar uma versão do fluxo de trabalho para a execução. Se você não especificar uma versão, HealthOmics iniciará a execução com a versão padrão do fluxo de trabalho.

aws omics start-run \
     --workflow-id workflow id \
     ... \
     --workflow-version-name '1.2.1'

Substituir o tipo de armazenamento de execução

Você pode substituir o tipo de armazenamento de execução padrão que foi definido no fluxo de trabalho.

aws omics start-run \
     --workflow-id workflow id \
     ... \
     --storage-type STATIC \
     --storage-capacity 2400

Habilitando o armazenamento temporário

Para habilitar o armazenamento temporário para uma execução, defina como LOCAL quando você inicia --scratch-storage-mode a execução. HealthOmics monta um volume de armazenamento local dedicado /tmp para cada instância de tarefa do fluxo de trabalho.

aws omics start-run \
    --workflow-id workflow-id \
    --role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/OmicsServiceRole \
    --output-uri s3://amzn-s3-demo-bucket/output-folder/ \
    --parameters file:///path/to/parameters.json \
    --scratch-storage-mode LOCAL

Para desativar o armazenamento temporário para uma execução específica (por exemplo, para isolar uma falha), defina como. --scratch-storage-mode SHARED

Para obter mais informações, consulte Armazenamento temporário para tarefas de fluxo de trabalho HealthOmics.

Para as configurações do mecanismo Nextflow (versão do mecanismo, perfis, analisador de sintaxe), consulte. Especifique as configurações do mecanismo Nextflow

Especifique as configurações do mecanismo Nextflow

Para fluxos de trabalho do Nextflow, você pode passar um engineSettings mapa na solicitação da StartRun API para controlar o comportamento do mecanismo sem modificar o código-fonte do fluxo de trabalho. No console, essas configurações estão disponíveis na Etapa 2: Adicionar valores de parâmetros como uma seção separada que aparece para fluxos de trabalho do Nextflow.

Chaves compatíveis

Fixação da versão do motor Nextflow

Você pode selecionar uma versão específica do mecanismo Nextflow para executar seu fluxo de trabalho, permitindo a migração controlada entre as versões do mecanismo. A substituição da versão em tempo de execução garante que, mesmo quando uma definição de fluxo de trabalho especifica uma versão por meio de sua configuração ou perfil, a versão do mecanismo especificada em tempo de execução tenha precedência. Isso permite testar o mesmo fluxo de trabalho em várias versões do mecanismo sem modificar o código-fonte do fluxo de trabalho.

Versões suportadas: 22.04.0 (ou 22.04), 23.10.0 (ou 23.10), 24.10.8 (ou 24.10), 25.10.0 (ou 25.10) e 26.04.0 (ou 26.04). Os formatos de versão completa e curta são aceitos.

API e CLI

Use a engineVersion chave em--engine-settings:

aws omics start-run \
    --workflow-id workflow id \
    --role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/OmicsRole \
    --output-uri s3://amzn-s3-demo-bucket/output \
    --engine-settings '{"engineVersion":"26.04"}'

Console

EmEtapa 2: Adicionar valores de parâmetros, selecione a versão no menu suspenso Versão do mecanismo na seção Configurações do mecanismo Nextflow.

Perfis Nextflow

Os perfis do Nextflow são conjuntos nomeados de configurações de execução definidas no seu fluxo de trabalho. nextflow.config Você pode ativar um ou mais perfis em tempo de execução para aplicar configurações específicas do ambiente (por exemplo, desenvolvimento, teste ou produção) sem modificar o código-fonte do fluxo de trabalho.

API e CLI

Use a profile chave--engine-settings. Especifique vários perfis como uma lista separada por vírgulas:

aws omics start-run \
    --workflow-id workflow id \
    --role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/OmicsRole \
    --output-uri s3://amzn-s3-demo-bucket/output \
    --engine-settings '{"profile":"test,docker"}'

Console

EmEtapa 2: Adicionar valores de parâmetros, a seção de perfis do Nextflow aparece abaixo das configurações do mecanismo. Selecione um ou mais perfis no menu suspenso Selecionar perfis. O console exibe a ordem do aplicativo de perfil. Para remover um perfil, escolha o × ao lado do nome.

Pedido de inscrição de perfil

Quando você especifica vários perfis, a ordem do aplicativo depende da versão do mecanismo Nextflow e do analisador de sintaxe:

Precedência de configuração

O Nextflow resolve os parâmetros na seguinte ordem, com as camadas posteriores substituindo as anteriores:

Rede VPC

Você pode executar fluxos de trabalho em sua Virtual Private Cloud (VPC), que permite acesso à Internet pública, tráfego entre regiões e comunicação com recursos em sua VPC.

Para habilitar a rede VPC:

Para obter mais informações, consulte Conectando HealthOmics fluxos de trabalho a uma VPC.