As traduções são geradas por tradução automática. Em caso de conflito entre o conteúdo da tradução e da versão original em inglês, a versão em inglês prevalecerá.

# HealthOmics integração do fluxo de trabalho com repositórios baseados em Git
<a name="workflows-git-integration"></a>

Ao criar um fluxo de trabalho (ou uma versão do fluxo de trabalho), você fornece uma definição de fluxo de trabalho para especificar informações sobre o fluxo de trabalho, as execuções e as tarefas. HealthOmics pode recuperar a definição do fluxo de trabalho como um arquivo.zip (armazenado localmente ou em um bucket do Amazon S3) ou de um repositório compatível baseado em Git.

A HealthOmics integração com repositórios baseados em Git permite os seguintes recursos:
+ Criação direta de fluxo de trabalho a partir de instâncias públicas, privadas e autogerenciadas.
+ Integração de arquivos README do fluxo de trabalho e modelos de parâmetros de repositórios.
+ Support para GitHub, GitLab, e repositórios Bitbucket.

Ao usar um repositório baseado em Git, você evita as etapas manuais de baixar arquivos de definição de fluxo de trabalho e arquivos de modelo de parâmetros de entrada, criar um arquivo.zip e, em seguida, preparar o arquivo para o S3. Isso simplifica a criação do fluxo de trabalho para cenários como os exemplos a seguir:

1. Você quer começar rapidamente usando um fluxo de trabalho comum de código aberto, como nf-core. HealthOmicsrecupera automaticamente todos os arquivos de modelo de definição de fluxo de trabalho e parâmetros de entrada do repositório nf-core GitHub e usa esses arquivos para criar seu novo fluxo de trabalho.

1. Você está usando um fluxo de trabalho público do GitHub, e algumas novas atualizações são disponibilizadas. Você pode criar facilmente uma nova versão do HealthOmics fluxo de trabalho usando a definição atualizada do fluxo de trabalho GitHub como fonte. Os usuários do seu fluxo de trabalho podem escolher entre o fluxo de trabalho original ou a nova versão do fluxo de trabalho que você criou.

1. Sua equipe está criando um funil proprietário que não é público. Você mantém seu código em um repositório git privado e usa essa definição de fluxo de trabalho para seus HealthOmics fluxos de trabalho. A equipe atualiza a definição do fluxo de trabalho com frequência como parte de um ciclo de vida de desenvolvimento de fluxo de trabalho iterativo. Você pode criar facilmente novas versões do fluxo de trabalho, conforme necessário, em seu repositório privado.

**Topics**
+ [Repositórios baseados em Git compatíveis](#workflows-git-supported)
+ [Configurar conexões com repositórios de código externos](#workflows-git-connections)
+ [Acessando repositórios autogerenciados](#workflows-git-self-managed)
+ [Cotas relacionadas a repositórios de código externos](#workflows-git-quotas)
+ [Permissões obrigatórias do IAM](#workflows-git-permissions)

## Repositórios baseados em Git compatíveis
<a name="workflows-git-supported"></a>

HealthOmics oferece suporte a repositórios públicos e privados para os seguintes provedores baseados em Git:
+ GitHub 
+ GitLab 
+ Bitbucket 

HealthOmics oferece suporte a repositórios autogerenciados para os seguintes provedores baseados em Git:
+ GitHubEnterpriseServer 
+ GitLabSelfManaged 

HealthOmics suporta o uso de conexões entre contas para GitHub GitLab, e Bitbucket. Configure permissões compartilhadas por meio do AWS Resource Access Manager. Por exemplo, consulte [Conexões compartilhadas](https://docs.aws.amazon.com/codepipeline/latest/userguide/connections-shared.html) no *guia CodePipeline do usuário*.

## Configurar conexões com repositórios de código externos
<a name="workflows-git-connections"></a>

Conecte seus fluxos de trabalho a repositórios baseados em Git usando a AWS. CodeConnection HealthOmics usa essa conexão para acessar seus repositórios de código-fonte.

**nota**  
O CodeConnections serviço da AWS não está disponível na região il-central-1. Para essa região, configure o serviço us-east-1 para criar fluxos de trabalho ou versões de fluxo de trabalho a partir de um repositório. 

### Criar uma conexão
<a name="workflows-git-connection-create"></a>

Antes de criar conexões, siga as instruções em [Como configurar conexões](https://docs.aws.amazon.com/dtconsole/latest/userguide/setting-up-connections.html) no *Guia do usuário das ferramentas do Developer Console*. 

Para criar uma conexão, siga as instruções em [Criar uma conexão](https://docs.aws.amazon.com/dtconsole/latest/userguide/connections-create.html) no *Guia do usuário das ferramentas do Developer Console*. 

### Configurar a autorização para a conexão
<a name="workflows-git-connection-create"></a>

Você deve autorizar a conexão usando o OAuth fluxo do provedor. Verifique se o status da conexão é `AVAILABLE` antes de usá-la.

Para ver exemplos, consulte a postagem do blog [Como criar AWS HealthOmics fluxos de trabalho a partir de conteúdo no Git](https://repost.aws/articles/ARCEN7AjhaRSmteczRoc_QsA/how-to-create-an-aws-healthomics-workflows-from-content-in-git). 

## Acessando repositórios autogerenciados
<a name="workflows-git-self-managed"></a>

Para configurar conexões com um repositório GitLab autogerenciado, use um token de acesso pessoal de administrador ao criar um host. A criação subsequente da conexão acessa o Oauth com a conta do cliente.

O exemplo a seguir configura uma conexão com um repositório GitLab autogerenciado:

1. Configure o acesso ao token de acesso pessoal de um usuário administrador.

   *Para configurar um PAT em um repositório GitLab autogerenciado, consulte [Tokens de acesso pessoal](https://docs.gitlab.com/user/profile/personal_access_tokens/) no GitLab Docs.*

1. Criar um host

   1. Navegue até **CodePipeline>Configurações>Conexões**.

   1. Escolha a guia **Hosts** e, em seguida, escolha **Create Host**.

   1. Configure os campos a seguir.
      + Insira o nome do host
      + Para o tipo de provedor, escolha **GitLab Autogerenciado**
      + Insira o **URL do host** 
      + Insira as informações da VPC se o host estiver definido em uma VPC

   1. Escolha **Criar host**, que cria o host no estado PENDENTE.

   1. Para concluir a configuração, escolha **Configurar host**.

   1. Insira o token de acesso pessoal (PAT) de um usuário administrador e escolha **Continuar**. 

1. Criar a conexão 

   1. Escolha **Criar conexões** **na guia Conexões**.

   1. Para o tipo de provedor, selecione **GitLab autogerenciado**.

   1. Em **Configurações de conexão > Inserir nome da conexão, insira** a URL do host que você criou anteriormente.

   1. Se sua instância GitLab autogerenciada só puder ser acessada por meio de uma VPC, configure os detalhes da VPC.

   1. Escolha **Atualizar conexão pendente**. A janela modal redireciona você para a página de login. GitLab 

   1. Insira o nome de usuário e a senha da conta do cliente e conclua o processo de autorização.

   1.  Para a primeira configuração, escolha **Autorizar AWS Connector for Gitlab** Self Managed.

## Cotas relacionadas a repositórios de código externos
<a name="workflows-git-quotas"></a>

Para HealthOmics integração com repositórios de código externos, há um tamanho máximo para um repositório, cada arquivo do repositório e cada arquivo README. Para obter detalhes, consulte [HealthOmics cotas de tamanho fixo do fluxo de trabalho](fixed-quotas.md#fixed-quotas-workflows).

## Permissões obrigatórias do IAM
<a name="workflows-git-permissions"></a>

Adicione as seguintes ações à sua política de IAM baseada em identidade:

```
   "codeconnections:CreateConnection",
   "codeconnections:GetConnection",
   "codeconnections:GetHost",
   "codeconnections:ListConnections",
   "codeconnections:UseConnection"
```