View a markdown version of this page

Fluxo de trabalho intermitente em HealthOmics - AWS HealthOmics
Built-in forrosLanternas externas

As traduções são geradas por tradução automática. Em caso de conflito entre o conteúdo da tradução e da versão original em inglês, a versão em inglês prevalecerá.

Fluxo de trabalho intermitente em HealthOmics

HealthOmics linta automaticamente os fluxos de trabalho WDL e Nextflow DSL2 durante a criação. Os linters integrados detectam erros em seus arquivos de definição de fluxo de trabalho que podem causar falhas nas execuções. As descobertas do Lint aparecem no statusMessage campo da GetWorkflow resposta.

Para fluxos de trabalho da WDL, as descobertas de lint estão bloqueando — o fluxo de trabalho não passa para ATIVO se forem detectados erros. Para fluxos de trabalho Nextflow DSL2, as descobertas do lint não bloqueiam — o fluxo de trabalho muda para ACTIVE independentemente das descobertas.

HealthOmics também fornece linters externos que você pode executar localmente antes de criar um fluxo de trabalho. Essas impressoras podem incluir HealthOmics-specific regras adicionais.

Built-in forros

HealthOmics executa linters embutidos no lado do servidor quando você liga para ou. CreateWorkflow CreateWorkflowVersion

Revestimento embutido WDL

Para WDL, executa HealthOmics automaticamente um linter ao criar o fluxo de trabalho. O linter WDL está bloqueando — se o linter detectar erros, o fluxo de trabalho não fará a transição para ATIVO. Você pode encontrar a saída do linter no statusMessage campo da GetWorkflow resposta. Use o seguinte comando CLI para recuperar a saída de status (use o ID do fluxo de trabalho do fluxo de trabalho WDL que você criou): 

aws omics get-workflow 
   —id 123456 
   —query 'statusMessage'

Fiapos embutidos Nextflow

HealthOmics executa o linter DSL2 estrito embutido do Nextflow (nf-lang/v2) automaticamente durante CreateWorkflow e CreateWorkflowVersion para todas as versões compatíveis do Nextflow DSL2:

  • Nextflow v22.04 (somente DSL2)

  • Nextflow v23.10

  • Nextflow v24.10

  • Nextflow v25.10

  • Nextflow v26.04

nota

O linter embutido se aplica somente aos fluxos de trabalho DSL2. Os fluxos de trabalho DSL1 não estão bloqueados.

O linter Nextflow opera no modo sem bloqueio. As descobertas não impedem que o fluxo de trabalho se torne ATIVO. Você pode revisar as descobertas a qualquer momento sem interromper o processo de criação do fluxo de trabalho.

nota

O linter Nextflow integrado valida sua sintaxe de definição de fluxo de trabalho no momento da criação. É diferente do analisador de sintaxe estrito disponível para o Nextflow v26.04, que é controlado e afeta o comportamento do tempo de execução. engineSettings.syntaxVersion O linter é executado no momento da criação em todas as versões do DSL2, independentemente de qual analisador o fluxo de trabalho usa em tempo de execução.

Para recuperar a saída de lint do Nextflow

As descobertas do Lint aparecem como JSON estruturado no statusMessage campo da GetWorkflow resposta. Use o seguinte comando da CLI para recuperar a saída do lint:

aws omics get-workflow --id 1234567 --query 'statusMessage'

O exemplo a seguir mostra a saída JSON do linter Nextflow:

{
  "advisory": "Linting findings are from the strict Nextflow DSL2 (nf-lang/v2) linter and reflect the syntax that will be required in Nextflow 25/26 strict mode. On Nextflow 23/24 (legacy grammar) findings are advisory only.",
  "summary": {
    "errors": 2,
    "filesWithErrors": 1,
    "filesWithoutErrors": 0,
    "filesFormatted": 0,
    "warnings": 0,
    "filesWithWarnings": 0,
    "filesWithoutWarnings": 2
  },
  "errors": [
    {
      "filename": "nextflow-lint-legacy.nf",
      "startLine": 24,
      "startColumn": 5,
      "message": "`for` loops are no longer supported"
    },
    {
      "filename": "nextflow-lint-legacy.nf",
      "startLine": 24,
      "startColumn": 10,
      "message": "`i` is not defined"
    }
  ],
  "warnings": []
}

Campos de saída do Lint

A saída JSON contém os seguintes campos:

  • advisory— Explica a aplicabilidade específica das descobertas em cada versão. No Nextflow v22.04, v23.10 e v24.10 (gramática antiga), as descobertas são apenas consultivas. No Nextflow v25.10 e v26.04, as descobertas refletem os requisitos de sintaxe do modo estrito.

  • summary— Contém contagens agregadas de erros e avisos em todos os arquivos no fluxo de trabalho.

  • errors— Uma matriz de objetos de erro. Cada erro contém filename startLinestartColumn,, message e.

  • warnings— Uma variedade de objetos de aviso. Cada aviso contém os mesmos campos dos objetos de erro.

  • truncated— Um sinalizador condicional que aparece quando a saída do lint excede os limites de tamanho do campo. Quando ocorre um truncamento, os avisos são eliminados primeiro. O fluxo de trabalho permanece ATIVO com um relatório reduzido válido.

Recomendações

Recomendamos o seguinte fluxo de trabalho para abordar as descobertas do lint:

  1. Analise as descobertas de fiapos no statusMessage campo.

  2. Corrija os erros em seu arquivo de definição de fluxo de trabalho.

  3. Re-create o fluxo de trabalho para gerar um relatório de fiapos limpos.

Lanternas externas

As seguintes impressoras externas estão disponíveis:

A lista a seguir descreve a distinção entre linters embutidos e externos:

  • Built-in linters — Execute no lado do servidor durante e. CreateWorkflow CreateWorkflowVersion Para a WDL, as descobertas estão bloqueando. Para o Nextflow DSL2, as descobertas não bloqueiam. Aplique somente aos fluxos de trabalho WDL e Nextflow DSL2.

  • Linters externos — Execute localmente antes da criação do fluxo de trabalho. Pode incluir regras adicionais de HealthOmics-specific compatibilidade. Disponível como imagens públicas do Amazon ECR.