文档 AWS SDK 示例 GitHub 存储库中还有更多 [S AWS DK 示例](https://github.com/awsdocs/aws-doc-sdk-examples)。 本文属于机器翻译版本。若本译文内容与英语原文存在差异，则一律以英文原文为准。 # HealthOmics 使用示例 AWS CLI 以下代码示例向您展示了如何使用with来执行操作和实现常见场景 HealthOmics。 AWS Command Line Interface *操作*是大型程序的代码摘录，必须在上下文中运行。您可以通过操作了解如何调用单个服务函数，还可以通过函数相关场景的上下文查看操作。 每个示例都包含一个指向完整源代码的链接，您可以从中找到有关如何在上下文中设置和运行代码的说明。 **Topics** + [操作](#actions) ## 操作 ### `abort-multipart-read-set-upload` 以下代码示例演示了如何使用 `abort-multipart-read-set-upload`。 **AWS CLI** **停止分段读取集上传** 以下`abort-multipart-read-set-upload`示例停止将分段读取集上传到您的 HealthOmics 序列存储中。 ``` aws omics abort-multipart-read-set-upload \ --sequence-store-id 0123456789 \ --upload-id 1122334455 ``` 此命令不生成任何输出。 有关更多信息，请参阅《*AWS HealthOmics 用户指南》*中的[直接上传到序列存储](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/synchronous-uploads.html)。 + 有关 API 的详细信息，请参阅*AWS CLI 命令参考[AbortMultipartReadSetUpload](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/abort-multipart-read-set-upload.html)*中的。 ### `accept-share` 以下代码示例演示了如何使用 `accept-share`。 **AWS CLI** **接受分析存储数据共享** 以下`accept-share`示例接受一部分 HealthOmics 分析商店数据。 ``` aws omics accept-share \ ----share-id "495c21bedc889d07d0ab69d710a6841e-dd75ab7a1a9c384fa848b5bd8e5a7e0a" ``` 输出： ``` { "status": "ACTIVATING" } ``` 有关更多信息，请参阅*AWS HealthOmics 用户指南*中的[跨账户共享](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/cross-account-sharing.html)。 + 有关 API 的详细信息，请参阅*AWS CLI 命令参考[AcceptShare](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/accept-share.html)*中的。 ### `batch-delete-read-set` 以下代码示例演示了如何使用 `batch-delete-read-set`。 **AWS CLI** **删除多个读取集** 以下 `batch-delete-read-set` 示例删除了两个读取集。 ``` aws omics batch-delete-read-set \ --sequence-store-id 1234567890 \ --ids 1234567890 0123456789 ``` 如果删除任意指定的读取集时出错，服务将返回错误列表。 ``` { "errors": [ { "code": "", "id": "0123456789", "message": "The specified readset does not exist." } ] } ``` 有关更多信息，请参阅《Amazon Omics 开发人员指南》**中的[组学存储功能](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html)。 + 有关 API 的详细信息，请参阅*AWS CLI 命令参考[BatchDeleteReadSet](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/batch-delete-read-set.html)*中的。 ### `cancel-annotation-import-job` 以下代码示例演示了如何使用 `cancel-annotation-import-job`。 **AWS CLI** **取消注释导入作业** 以下 `cancel-annotation-import-job` 示例取消了 ID 为 `04f57618-xmpl-4fd0-9349-e5a85aefb997` 的注释导入作业。 ``` aws omics cancel-annotation-import-job \ --job-id 04f57618-xmpl-4fd0-9349-e5a85aefb997 ``` 有关更多信息，请参阅《Amazon Omics 开发人员指南》**中的[组学分析功能](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/omics-analytics.html)。 + 有关 API 的详细信息，请参阅*AWS CLI 命令参考[CancelAnnotationImportJob](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/cancel-annotation-import-job.html)*中的。 ### `cancel-run` 以下代码示例演示了如何使用 `cancel-run`。 **AWS CLI** **取消运行** 以下 `cancel-run` 示例取消了 ID 为 `1234567` 的运行。 ``` aws omics cancel-run \ --id 1234567 ``` 有关更多信息，请参阅《*AWS HealthOmics 用户指南》*[中的在工作流程中运行生命周期](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/monitoring-runs.html)。 + 有关 API 的详细信息，请参阅*AWS CLI 命令参考[CancelRun](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/cancel-run.html)*中的。 ### `cancel-variant-import-job` 以下代码示例演示了如何使用 `cancel-variant-import-job`。 **AWS CLI** **取消变体导入作业** 以下 `cancel-variant-import-job` 示例取消了 ID 为 `69cb65d6-xmpl-4a4a-9025-4565794b684e` 的变体导入作业。 ``` aws omics cancel-variant-import-job \ --job-id 69cb65d6-xmpl-4a4a-9025-4565794b684e ``` 有关更多信息，请参阅《Amazon Omics 开发人员指南》**中的[组学分析功能](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/omics-analytics.html)。 + 有关 API 的详细信息，请参阅*AWS CLI 命令参考[CancelVariantImportJob](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/cancel-variant-import-job.html)*中的。 ### `complete-multipart-read-set-upload` 以下代码示例演示了如何使用 `complete-multipart-read-set-upload`。 **AWS CLI** **上传所有组件后结束分段上传。** 以下 `complete-multipart-read-set-upload` 示例将在所有组件都上传完毕后结束向序列存储的分段上传。 ``` aws omics complete-multipart-read-set-upload \ --sequence-store-id 0123456789 \ --upload-id 1122334455 \ --parts '[{"checksum":"gaCBQMe+rpCFZxLpoP6gydBoXaKKDA/Vobh5zBDb4W4=","partNumber":1,"partSource":"SOURCE1"}]' ``` 输出： ``` { "readSetId": "0000000001" "readSetId": "0000000002" "readSetId": "0000000003" } ``` 有关更多信息，请参阅《*AWS HealthOmics 用户指南》*中的[直接上传到序列存储](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/synchronous-uploads.html)。 + 有关 API 的详细信息，请参阅*AWS CLI 命令参考[CompleteMultipartReadSetUpload](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/complete-multipart-read-set-upload.html)*中的。 ### `create-annotation-store-version` 以下代码示例演示了如何使用 `create-annotation-store-version`。 **AWS CLI** **创建注释存储的新版本** 以下 `create-annotation-store-version` 示例创建注释存储的新版本。 ``` aws omics create-annotation-store-version \ --name my_annotation_store \ --version-name my_version ``` 输出： ``` { "creationTime": "2023-07-21T17:15:49.251040+00:00", "id": "3b93cdef69d2", "name": "my_annotation_store", "reference": { "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:referenceStore/6505293348/reference/5987565360" }, "status": "CREATING", "versionName": "my_version" } ``` 有关更多信息，请参阅《*AWS HealthOmics 用户指南*[》中的创建注释存储库的新版本](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/annotation-store-versioning.html)。 + 有关 API 的详细信息，请参阅*AWS CLI 命令参考[CreateAnnotationStoreVersion](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/create-annotation-store-version.html)*中的。 ### `create-annotation-store` 以下代码示例演示了如何使用 `create-annotation-store`。 **AWS CLI** **示例 1：创建 VCF 注释存储** 以下 `create-annotation-store` 示例创建 VCF 格式的注释存储。 ``` aws omics create-annotation-store \ --name my_ann_store \ --store-format VCF \ --reference referenceArn=arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890 ``` 输出： ``` { "creationTime": "2022-11-23T22:48:39.226492Z", "id": "0a91xmplc71f", "name": "my_ann_store", "reference": { "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890" }, "status": "CREATING", "storeFormat": "VCF" } ``` **示例 2：创建 TSV 注释存储** 以下 `create-annotation-store` 示例创建 TSV 格式的注释存储。 ``` aws omics create-annotation-store \ --name tsv_ann_store \ --store-format TSV \ --reference referenceArn=arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890 \ --store-options file://tsv-store-options.json ``` `tsv-store-options.json` 为注释配置格式选项。 ``` { "tsvStoreOptions": { "annotationType": "CHR_START_END_ZERO_BASE", "formatToHeader": { "CHR": "chromosome", "START": "start", "END": "end" }, "schema": [ { "chromosome": "STRING" }, { "start": "LONG" }, { "end": "LONG" }, { "name": "STRING" } ] } } ``` 输出： ``` { "creationTime": "2022-11-30T01:28:08.525586Z", "id": "861cxmpl96b0", "name": "tsv_ann_store", "reference": { "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890" }, "status": "CREATING", "storeFormat": "TSV", "storeOptions": { "tsvStoreOptions": { "annotationType": "CHR_START_END_ZERO_BASE", "formatToHeader": { "CHR": "chromosome", "END": "end", "START": "start" }, "schema": [ { "chromosome": "STRING" }, { "start": "LONG" }, { "end": "LONG" }, { "name": "STRING" } ] } } } ``` 有关更多信息，请参阅《Amazon Omics 开发人员指南》中的[组学分析功能](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/omics-analytics.html)。 + 有关 API 的详细信息，请参阅*AWS CLI 命令参考[CreateAnnotationStore](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/create-annotation-store.html)*中的。 ### `create-multipart-read-set-upload` 以下代码示例演示了如何使用 `create-multipart-read-set-upload`。 **AWS CLI** **开始分段读取集上传。** 以下 `create-multipart-read-set-upload` 示例启动了分段读取集上传。 ``` aws omics create-multipart-read-set-upload \ --sequence-store-id 0123456789 \ --name HG00146 \ --source-file-type FASTQ \ --subject-id mySubject\ --sample-id mySample\ --description "FASTQ for HG00146"\ --generated-from "1000 Genomes" ``` 输出： ``` { "creationTime": "2022-07-13T23:25:20Z", "description": "FASTQ for HG00146", "generatedFrom": "1000 Genomes", "name": "HG00146", "sampleId": "mySample", "sequenceStoreId": "0123456789", "sourceFileType": "FASTQ", "subjectId": "mySubject", "uploadId": "1122334455" } ``` 有关更多信息，请参阅《*AWS HealthOmics 用户指南》*中的[直接上传到序列存储](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/synchronous-uploads.html)。 + 有关 API 的详细信息，请参阅*AWS CLI 命令参考[CreateMultipartReadSetUpload](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/create-multipart-read-set-upload.html)*中的。 ### `create-reference-store` 以下代码示例演示了如何使用 `create-reference-store`。 **AWS CLI** **创建参考存储** 以下 `create-reference-store` 示例创建参考存储 `my-ref-store`。 ``` aws omics create-reference-store \ --name my-ref-store ``` 输出： ``` { "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890", "creationTime": "2022-11-22T22:13:25.947Z", "id": "1234567890", "name": "my-ref-store" } ``` 有关更多信息，请参阅《Amazon Omics 开发人员指南》**中的[组学存储功能](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html)。 + 有关 API 的详细信息，请参阅*AWS CLI 命令参考[CreateReferenceStore](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/create-reference-store.html)*中的。 ### `create-run-group` 以下代码示例演示了如何使用 `create-run-group`。 **AWS CLI** **创建运行组** 以下 `create-run-group` 示例创建名为 `cram-converter` 的运行组。 ``` aws omics create-run-group \ --name cram-converter \ --max-cpus 20 \ --max-gpus 10 \ --max-duration 600 \ --max-runs 5 ``` 输出： ``` { "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:runGroup/1234567", "id": "1234567", "tags": {} } ``` 有关更多信息，请参阅《*AWS HealthOmics 用户指南》*中的[创建运行组](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/creating-run-groups.html)。 + 有关 API 的详细信息，请参阅*AWS CLI 命令参考[CreateRunGroup](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/create-run-group.html)*中的。 ### `create-sequence-store` 以下代码示例演示了如何使用 `create-sequence-store`。 **AWS CLI** **创建序列存储** 以下 `create-sequence-store` 示例创建序列存储。 ``` aws omics create-sequence-store \ --name my-seq-store ``` 输出： ``` { "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:sequenceStore/1234567890", "creationTime": "2022-11-23T01:24:33.629Z", "id": "1234567890", "name": "my-seq-store" } ``` 有关更多信息，请参阅《Amazon Omics 开发人员指南》**中的[组学存储功能](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html)。 + 有关 API 的详细信息，请参阅*AWS CLI 命令参考[CreateSequenceStore](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/create-sequence-store.html)*中的。 ### `create-share` 以下代码示例演示了如何使用 `create-share`。 **AWS CLI** **创建 HealthOmics 分析商店的共享** 以下`create-share`示例说明如何创建可供账户外部订阅者接受的 HealthOmics 分析商店共享。 ``` aws omics create-share \ --resource-arn "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:variantStore/omics_dev_var_store" \ --principal-subscriber "123456789012" \ --name "my_Share-123" ``` 输出： ``` { "shareId": "495c21bedc889d07d0ab69d710a6841e-dd75ab7a1a9c384fa848b5bd8e5a7e0a", "name": "my_Share-123", "status": "PENDING" } ``` 有关更多信息，请参阅《*AWS HealthOmics 用户*指南》中的[跨账户共享](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/cross-account-sharing.html)。 + 有关 API 的详细信息，请参阅*AWS CLI 命令参考[CreateShare](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/create-share.html)*中的。 ### `create-variant-store` 以下代码示例演示了如何使用 `create-variant-store`。 **AWS CLI** **创建变体存储** 以下 `create-variant-store` 示例创建名为 `my_var_store` 的变体存储。 ``` aws omics create-variant-store \ --name my_var_store \ --reference referenceArn=arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890 ``` 输出： ``` { "creationTime": "2022-11-23T22:09:07.534499Z", "id": "02dexmplcfdd", "name": "my_var_store", "reference": { "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890" }, "status": "CREATING" } ``` 有关更多信息，请参阅《Amazon Omics 开发人员指南》**中的[组学分析功能](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/omics-analytics.html)。 + 有关 API 的详细信息，请参阅*AWS CLI 命令参考[CreateVariantStore](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/create-variant-store.html)*中的。 ### `create-workflow` 以下代码示例演示了如何使用 `create-workflow`。 **AWS CLI** **创建工作流** 以下 `create-workflow` 示例创建一个 WDL 工作流。 ``` aws omics create-workflow \ --name cram-converter \ --engine WDL \ --definition-zip fileb://workflow-crambam.zip \ --parameter-template file://workflow-params.json ``` `workflow-crambam.zip` 是包含工作流定义的 ZIP 存档。`workflow-params.json` 定义了工作流的运行时参数。 ``` { "ref_fasta" : { "description": "Reference genome fasta file", "optional": false }, "ref_fasta_index" : { "description": "Index of the reference genome fasta file", "optional": false }, "ref_dict" : { "description": "dictionary file for 'ref_fasta'", "optional": false }, "input_cram" : { "description": "The Cram file to convert to BAM", "optional": false }, "sample_name" : { "description": "The name of the input sample, used to name the output BAM", "optional": false } } ``` 输出： ``` { "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:workflow/1234567", "id": "1234567", "status": "CREATING", "tags": {} } ``` 有关更多信息，请参阅《*AWS HealthOmics 用户指南》*中的[创建私有工作流程](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/workflows-setup.html)。 + 有关 API 的详细信息，请参阅*AWS CLI 命令参考[CreateWorkflow](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/create-workflow.html)*中的。 ### `delete-annotation-store-versions` 以下代码示例演示了如何使用 `delete-annotation-store-versions`。 **AWS CLI** **删除注释存储版本** 以下 `delete-annotation-store-versions` 示例删除注释存储版本。 ``` aws omics delete-annotation-store-versions \ --name my_annotation_store \ --versions my_version ``` 输出： ``` { "errors": [] } ``` 有关更多信息，请参阅《*AWS HealthOmics 用户指南*[》中的创建注释存储库的新版本](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/annotation-store-versioning.html)。 + 有关 API 的详细信息，请参阅*AWS CLI 命令参考[DeleteAnnotationStoreVersions](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/delete-annotation-store-versions.html)*中的。 ### `delete-annotation-store` 以下代码示例演示了如何使用 `delete-annotation-store`。 **AWS CLI** **删除注释存储** 以下 `delete-annotation-store` 示例删除了名为 `my_vcf_store` 的注释存储。 ``` aws omics delete-annotation-store \ --name my_vcf_store ``` 输出： ``` { "status": "DELETING" } ``` 有关更多信息，请参阅《Amazon Omics 开发人员指南》**中的[组学分析功能](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/omics-analytics.html)。 + 有关 API 的详细信息，请参阅*AWS CLI 命令参考[DeleteAnnotationStore](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/delete-annotation-store.html)*中的。 ### `delete-reference-store` 以下代码示例演示了如何使用 `delete-reference-store`。 **AWS CLI** **删除参考存储** 以下 `delete-reference-store` 示例删除了 ID 为 `1234567890` 的参考存储。 ``` aws omics delete-reference-store \ --id 1234567890 ``` 有关更多信息，请参阅《Amazon Omics 开发人员指南》**中的[组学存储功能](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html)。 + 有关 API 的详细信息，请参阅*AWS CLI 命令参考[DeleteReferenceStore](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/delete-reference-store.html)*中的。 ### `delete-reference` 以下代码示例演示了如何使用 `delete-reference`。 **AWS CLI** **删除参考** 以下 `delete-reference` 示例删除了参考。 ``` aws omics delete-reference \ --reference-store-id 1234567890 \ --id 1234567890 ``` 有关更多信息，请参阅《Amazon Omics 开发人员指南》**中的[组学存储功能](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html)。 + 有关 API 的详细信息，请参阅*AWS CLI 命令参考[DeleteReference](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/delete-reference.html)*中的。 ### `delete-run-group` 以下代码示例演示了如何使用 `delete-run-group`。 **AWS CLI** **删除运行组** 以下 `delete-run-group` 示例删除了 ID 为 `1234567` 的运行组。 ``` aws omics delete-run-group \ --id 1234567 ``` 有关更多信息，请参阅《*AWS HealthOmics 用户指南》*中的[删除跑步和跑步组](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/deleting-workflows-and-runs.html)。 + 有关 API 的详细信息，请参阅*AWS CLI 命令参考[DeleteRunGroup](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/delete-run-group.html)*中的。 ### `delete-run` 以下代码示例演示了如何使用 `delete-run`。 **AWS CLI** **删除工作流运行** 以下 `delete-run` 示例删除了 ID 为 `1234567` 的运行。 ``` aws omics delete-run \ --id 1234567 ``` 有关更多信息，请参阅《*AWS HealthOmics 用户指南》*中的[删除跑步和跑步组](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/deleting-workflows-and-runs.html)。 + 有关 API 的详细信息，请参阅*AWS CLI 命令参考[DeleteRun](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/delete-run.html)*中的。 ### `delete-sequence-store` 以下代码示例演示了如何使用 `delete-sequence-store`。 **AWS CLI** **删除序列存储** 以下 `delete-sequence-store` 示例删除了 ID 为 `1234567890` 的序列存储。 ``` aws omics delete-sequence-store \ --id 1234567890 ``` 有关更多信息，请参阅《Amazon Omics 开发人员指南》**中的[组学存储功能](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html)。 + 有关 API 的详细信息，请参阅*AWS CLI 命令参考[DeleteSequenceStore](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/delete-sequence-store.html)*中的。 ### `delete-share` 以下代码示例演示了如何使用 `delete-share`。 **AWS CLI** **删除共享的 HealthOmics 分析数据** 以下 `delete-share` 示例删除了分析数据的跨账户共享。 ``` aws omics delete-share \ --share-id "495c21bedc889d07d0ab69d710a6841e-dd75ab7a1a9c384fa848b5bd8e5a7e0a" ``` 输出： ``` { "status": "DELETING" } ``` 有关更多信息，请参阅*AWS HealthOmics 用户指南*中的[跨账户共享](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/cross-account-sharing.html)。 + 有关 API 的详细信息，请参阅*AWS CLI 命令参考[DeleteShare](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/delete-share.html)*中的。 ### `delete-variant-store` 以下代码示例演示了如何使用 `delete-variant-store`。 **AWS CLI** **删除变体存储** 以下 `delete-variant-store` 示例删除了名为 `my_var_store` 的变体存储。 ``` aws omics delete-variant-store \ --name my_var_store ``` 输出： ``` { "status": "DELETING" } ``` 有关更多信息，请参阅《Amazon Omics 开发人员指南》**中的[组学分析功能](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/omics-analytics.html)。 + 有关 API 的详细信息，请参阅*AWS CLI 命令参考[DeleteVariantStore](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/delete-variant-store.html)*中的。 ### `delete-workflow` 以下代码示例演示了如何使用 `delete-workflow`。 **AWS CLI** **删除工作流** 以下 `delete-workflow` 示例删除了 ID 为 `1234567` 的工作流。 ``` aws omics delete-workflow \ --id 1234567 ``` 有关更多信息，请参阅《*AWS HealthOmics 用户指南》*中的[删除私有工作流程](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/delete-private-workflow.html)。 + 有关 API 的详细信息，请参阅*AWS CLI 命令参考[DeleteWorkflow](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/delete-workflow.html)*中的。 ### `get-annotation-import-job` 以下代码示例演示了如何使用 `get-annotation-import-job`。 **AWS CLI** **查看注释导入作业** 以下 `get-annotation-import-job` 示例获取了有关注释导入作业的详细信息。 ``` aws omics get-annotation-import-job \ --job-id 984162c7-xmpl-4d23-ab47-286f7950bfbf ``` 输出： ``` { "creationTime": "2022-11-30T01:40:11.017746Z", "destinationName": "tsv_ann_store", "id": "984162c7-xmpl-4d23-ab47-286f7950bfbf", "items": [ { "jobStatus": "COMPLETED", "source": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/targetedregions.bed.gz" } ], "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ", "runLeftNormalization": false, "status": "COMPLETED", "updateTime": "2022-11-30T01:42:39.134009Z" } ``` 有关更多信息，请参阅《Amazon Omics 开发人员指南》**中的[组学分析功能](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/omics-analytics.html)。 + 有关 API 的详细信息，请参阅*AWS CLI 命令参考[GetAnnotationImportJob](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/get-annotation-import-job.html)*中的。 ### `get-annotation-store-version` 以下代码示例演示了如何使用 `get-annotation-store-version`。 **AWS CLI** **检索注解存储版本的元数据** 以下 `get-annotation-store-version` 示例检索了所请求的注释存储版本的元数据。 ``` aws omics get-annotation-store-version \ --name my_annotation_store \ --version-name my_version ``` 输出： ``` { "storeId": "4934045d1c6d", "id": "2a3f4a44aa7b", "status": "ACTIVE", "versionArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:annotationStore/my_annotation_store/version/my_version", "name": "my_annotation_store", "versionName": "my_version", "creationTime": "2023-07-21T17:15:49.251040+00:00", "updateTime": "2023-07-21T17:15:56.434223+00:00", "statusMessage": "", "versionSizeBytes": 0 } ``` 有关更多信息，请参阅《*AWS HealthOmics 用户指南*[》中的创建注释存储库的新版本](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/annotation-store-versioning.html)。 + 有关 API 的详细信息，请参阅*AWS CLI 命令参考[GetAnnotationStoreVersion](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/get-annotation-store-version.html)*中的。 ### `get-annotation-store` 以下代码示例演示了如何使用 `get-annotation-store`。 **AWS CLI** **查看注释存储** 以下 `get-annotation-store` 示例获取名为 `my_ann_store` 的注释存储。 ``` aws omics get-annotation-store \ --name my_ann_store ``` 输出： ``` { "creationTime": "2022-11-23T22:48:39.226492Z", "id": "0a91xmplc71f", "name": "my_ann_store", "reference": { "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890" }, "status": "CREATING", "storeArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:annotationStore/my_ann_store", "storeFormat": "VCF", "storeSizeBytes": 0, "tags": {} } ``` 有关更多信息，请参阅《Amazon Omics 开发人员指南》**中的[组学分析功能](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/omics-analytics.html)。 + 有关 API 的详细信息，请参阅*AWS CLI 命令参考[GetAnnotationStore](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/get-annotation-store.html)*中的。 ### `get-read-set-activation-job` 以下代码示例演示了如何使用 `get-read-set-activation-job`。 **AWS CLI** **查看读取集激活作业** 以下 `get-read-set-activation-job` 示例获取有关读取集激活作业的详细信息。 ``` aws omics get-read-set-activation-job \ --sequence-store-id 1234567890 \ --id 1234567890 ``` 输出： ``` { "completionTime": "2022-12-06T22:33:42.828Z", "creationTime": "2022-12-06T22:32:45.213Z", "id": "1234567890", "sequenceStoreId": "1234567890", "sources": [ { "readSetId": "1234567890", "status": "FINISHED", "statusMessage": "No activation needed as read set is already in ACTIVATING or ACTIVE state." } ], "status": "COMPLETED", "statusMessage": "The job completed successfully." } ``` 有关更多信息，请参阅《Amazon Omics 开发人员指南》**中的[组学存储功能](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html)。 + 有关 API 的详细信息，请参阅*AWS CLI 命令参考[GetReadSetActivationJob](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/get-read-set-activation-job.html)*中的。 ### `get-read-set-export-job` 以下代码示例演示了如何使用 `get-read-set-export-job`。 **AWS CLI** **查看读取集导出作业** 以下 `get-read-set-export-job` 示例获取有关读取集导出作业的详细信息。 ``` aws omics get-read-set-export-job \ --sequence-store-id 1234567890 \ --id 1234567890 ``` 输出： ``` { "completionTime": "2022-12-06T22:39:14.491Z", "creationTime": "2022-12-06T22:37:18.612Z", "destination": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/read-set-export/", "id": "1234567890", "sequenceStoreId": "1234567890", "status": "COMPLETED", "statusMessage": "The job is submitted and will start soon." } ``` 有关更多信息，请参阅《Amazon Omics 开发人员指南》**中的[组学存储功能](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html)。 + 有关 API 的详细信息，请参阅*AWS CLI 命令参考[GetReadSetExportJob](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/get-read-set-export-job.html)*中的。 ### `get-read-set-import-job` 以下代码示例演示了如何使用 `get-read-set-import-job`。 **AWS CLI** **查看读取集导入作业** 以下 `get-read-set-import-job` 示例获取有关读取集导入作业的详细信息。 ``` aws omics get-read-set-import-job \ --sequence-store-id 1234567890 \ --id 1234567890 ``` 输出： ``` { "creationTime": "2022-11-23T01:36:38.158Z", "id": "1234567890", "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ", "sequenceStoreId": "1234567890", "sources": [ { "name": "HG00100", "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890", "sampleId": "bam-sample", "sourceFileType": "BAM", "sourceFiles": { "source1": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/HG00100.chrom20.ILLUMINA.bwa.GBR.low_coverage.20101123.bam", "source2": "" }, "status": "IN_PROGRESS", "statusMessage": "The source job is currently in progress.", "subjectId": "bam-subject", "tags": { "aws:omics:sampleId": "bam-sample", "aws:omics:subjectId": "bam-subject" } }, { "name": "HG00146", "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890", "sampleId": "fastq-sample", "sourceFileType": "FASTQ", "sourceFiles": { "source1": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/SRR233106_1.filt.fastq.gz", "source2": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/SRR233106_2.filt.fastq.gz" }, "status": "IN_PROGRESS", "statusMessage": "The source job is currently in progress.", "subjectId": "fastq-subject", "tags": { "aws:omics:sampleId": "fastq-sample", "aws:omics:subjectId": "fastq-subject" } }, { "name": "HG00096", "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890", "sampleId": "cram-sample", "sourceFileType": "CRAM", "sourceFiles": { "source1": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/HG00096.alt_bwamem_GRCh38DH.20150718.GBR.low_coverage.cram", "source2": "" }, "status": "IN_PROGRESS", "statusMessage": "The source job is currently in progress.", "subjectId": "cram-subject", "tags": { "aws:omics:sampleId": "cram-sample", "aws:omics:subjectId": "cram-subject" } } ], "status": "IN_PROGRESS", "statusMessage": "The job is currently in progress." } ``` 有关更多信息，请参阅《Amazon Omics 开发人员指南》**中的[组学存储功能](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html)。 + 有关 API 的详细信息，请参阅*AWS CLI 命令参考[GetReadSetImportJob](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/get-read-set-import-job.html)*中的。 ### `get-read-set-metadata` 以下代码示例演示了如何使用 `get-read-set-metadata`。 **AWS CLI** **查看读取集** 以下 `get-read-set-metadata` 示例获取有关读取集文件的详细信息。 ``` aws omics get-read-set-metadata \ --sequence-store-id 1234567890 \ --id 1234567890 ``` 输出： ``` { "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:sequenceStore/1234567890/readSet/1234567890", "creationTime": "2022-11-23T21:55:00.515Z", "fileType": "FASTQ", "files": { "source1": { "contentLength": 310054739, "partSize": 104857600, "totalParts": 3 }, "source2": { "contentLength": 307846621, "partSize": 104857600, "totalParts": 3 } }, "id": "1234567890", "name": "HG00146", "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890", "sampleId": "fastq-sample", "sequenceInformation": { "alignment": "UNALIGNED", "totalBaseCount": 677717384, "totalReadCount": 8917334 }, "sequenceStoreId": "1234567890", "status": "ACTIVE", "subjectId": "fastq-subject" } ``` 有关更多信息，请参阅《Amazon Omics 开发人员指南》**中的[组学存储功能](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html)。 + 有关 API 的详细信息，请参阅*AWS CLI 命令参考[GetReadSetMetadata](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/get-read-set-metadata.html)*中的。 ### `get-read-set` 以下代码示例演示了如何使用 `get-read-set`。 **AWS CLI** **下载读取集** 以下 `get-read-set` 示例将读取集的第 3 部分下载为 `1234567890.3.bam`。 ``` aws omics get-read-set \ --sequence-store-id 1234567890 \ --id 1234567890 \ --part-number 3 1234567890.3.bam ``` 有关更多信息，请参阅《Amazon Omics 开发人员指南》**中的[组学存储功能](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html)。 + 有关 API 的详细信息，请参阅*AWS CLI 命令参考[GetReadSet](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/get-read-set.html)*中的。 ### `get-reference-import-job` 以下代码示例演示了如何使用 `get-reference-import-job`。 **AWS CLI** **查看参考导入作业** 以下 `get-reference-import-job` 示例获取有关参考导入任务的详细信息。 ``` aws omics get-reference-import-job \ --reference-store-id 1234567890 \ --id 1234567890 ``` 输出： ``` { "creationTime": "2022-11-22T22:25:41.124Z", "id": "1234567890", "referenceStoreId": "1234567890", "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ", "sources": [ { "name": "assembly-38", "sourceFile": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.fasta", "status": "IN_PROGRESS", "statusMessage": "The source job is currently in progress." } ], "status": "IN_PROGRESS", "statusMessage": "The job is currently in progress." } ``` 有关更多信息，请参阅《Amazon Omics 开发人员指南》**中的[组学存储功能](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html)。 + 有关 API 的详细信息，请参阅*AWS CLI 命令参考[GetReferenceImportJob](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/get-reference-import-job.html)*中的。 ### `get-reference-metadata` 以下代码示例演示了如何使用 `get-reference-metadata`。 **AWS CLI** **查看参考** 以下 `get-reference-metadata` 示例获取有关参考的详细信息。 ``` aws omics get-reference-metadata \ --reference-store-id 1234567890 \ --id 1234567890 ``` 输出： ``` { "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890", "creationTime": "2022-11-22T22:27:09.033Z", "files": { "index": { "contentLength": 160928, "partSize": 104857600, "totalParts": 1 }, "source": { "contentLength": 3249912778, "partSize": 104857600, "totalParts": 31 } }, "id": "1234567890", "md5": "7ff134953dcca8c8997453bbb80b6b5e", "name": "assembly-38", "referenceStoreId": "1234567890", "status": "ACTIVE", "updateTime": "2022-11-22T22:27:09.033Z" } ``` 有关更多信息，请参阅《Amazon Omics 开发人员指南》**中的[组学存储功能](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html)。 + 有关 API 的详细信息，请参阅*AWS CLI 命令参考[GetReferenceMetadata](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/get-reference-metadata.html)*中的。 ### `get-reference-store` 以下代码示例演示了如何使用 `get-reference-store`。 **AWS CLI** **查看参考存储** 以下 `get-reference-store` 示例获取有关参考存储的详细信息。 ``` aws omics get-reference-store \ --id 1234567890 ``` 输出： ``` { "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890", "creationTime": "2022-09-23T23:27:20.364Z", "id": "1234567890", "name": "my-rstore-0" } ``` 有关更多信息，请参阅《Amazon Omics 开发人员指南》**中的[组学存储功能](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html)。 + 有关 API 的详细信息，请参阅*AWS CLI 命令参考[GetReferenceStore](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/get-reference-store.html)*中的。 ### `get-reference` 以下代码示例演示了如何使用 `get-reference`。 **AWS CLI** **下载基因组参考** 以下 `get-reference` 示例将基因组的第 1 部分下载为 `hg38.1.fa`。 ``` aws omics get-reference \ --reference-store-id 1234567890 \ --id 1234567890 \ --part-number 1 hg38.1.fa ``` 有关更多信息，请参阅《Amazon Omics 开发人员指南》**中的[组学存储功能](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html)。 + 有关 API 的详细信息，请参阅*AWS CLI 命令参考[GetReference](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/get-reference.html)*中的。 ### `get-run-group` 以下代码示例演示了如何使用 `get-run-group`。 **AWS CLI** **查看运行组** 以下 `get-run-group` 示例获取有关运行组的详细信息。 ``` aws omics get-run-group \ --id 1234567 ``` 输出： ``` { "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:runGroup/1234567", "creationTime": "2022-12-01T00:58:42.915219Z", "id": "1234567", "maxCpus": 20, "maxDuration": 600, "name": "cram-convert", "tags": {} } ``` 有关更多信息，请参阅《*AWS HealthOmics 用户指南》*中的[创建运行组](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/creating-run-groups.html)。 + 有关 API 的详细信息，请参阅*AWS CLI 命令参考[GetRunGroup](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/get-run-group.html)*中的。 ### `get-run-task` 以下代码示例演示了如何使用 `get-run-task`。 **AWS CLI** **查看任务** 以下 `get-run-task` 示例获取有关工作流任务的详细信息。 ``` aws omics get-run-task \ --id 1234567 \ --task-id 1234567 ``` 输出： ``` { "cpus": 1, "creationTime": "2022-11-30T23:13:00.718651Z", "logStream": "arn:aws:logs:us-west-2:123456789012:log-group:/aws/omics/WorkflowLog:log-stream:run/1234567/task/1234567", "memory": 15, "name": "CramToBamTask", "startTime": "2022-11-30T23:17:47.016Z", "status": "COMPLETED", "stopTime": "2022-11-30T23:18:21.503Z", "taskId": "1234567" } ``` 有关更多信息，请参阅《*AWS HealthOmics 用户指南》*[中的 HealthOmics 运行中的任务生命周期](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/workflow-run-tasks.html)。 + 有关 API 的详细信息，请参阅*AWS CLI 命令参考[GetRunTask](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/get-run-task.html)*中的。 ### `get-run` 以下代码示例演示了如何使用 `get-run`。 **AWS CLI** **查看工作流运行** 以下 `get-run` 示例获取有关工作流运行的详细信息。 ``` aws omics get-run \ --id 1234567 ``` 输出： ``` { "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:run/1234567", "creationTime": "2022-11-30T22:58:22.615865Z", "digest": "sha256:c54bxmpl742dcc26f7fa1f10e37550ddd8f251f418277c0a58e895b801ed28cf", "id": "1234567", "name": "cram-to-bam", "outputUri": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/workflow-output/", "parameters": { "ref_dict": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.dict", "ref_fasta_index": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.fasta.fai", "ref_fasta": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.fasta", "sample_name": "NA12878", "input_cram": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/NA12878.cram" }, "resourceDigests": { "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.fasta.fai": "etag:f76371b113734a56cde236bc0372de0a", "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.dict": "etag:3884c62eb0e53fa92459ed9bff133ae6", "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.fasta": "etag:e307d81c605fb91b7720a08f00276842-388", "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/NA12878.cram": "etag:a9f52976381286c6143b5cc681671ec6" }, "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ", "startedBy": "arn:aws:iam::123456789012:user/laptop-2020", "status": "STARTING", "tags": {}, "workflowId": "1234567", "workflowType": "PRIVATE" } ``` 有关更多信息，请参阅《*AWS HealthOmics 用户指南》*[中的在工作流程中运行生命周期](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/monitoring-runs.html)。 + 有关 API 的详细信息，请参阅*AWS CLI 命令参考[GetRun](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/get-run.html)*中的。 ### `get-sequence-store` 以下代码示例演示了如何使用 `get-sequence-store`。 **AWS CLI** **查看序列存储** 以下 `get-sequence-store` 示例获取有关 ID 为 `1234567890` 的序列存储的详细信息。 ``` aws omics get-sequence-store \ --id 1234567890 ``` 输出： ``` { "arn": "arn:aws:omics:us-east-1:123456789012:sequenceStore/1234567890", "creationTime": "2022-11-23T19:55:48.376Z", "id": "1234567890", "name": "my-seq-store" } ``` 有关更多信息，请参阅《Amazon Omics 开发人员指南》**中的[组学存储功能](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html)。 + 有关 API 的详细信息，请参阅*AWS CLI 命令参考[GetSequenceStore](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/get-sequence-store.html)*中的。 ### `get-share` 以下代码示例演示了如何使用 `get-share`。 **AWS CLI** **检索有关 HealthOmics 分析数据份额的元数据** 以下 `get-share` 示例检索分析数据跨账户共享的元数据。 ``` aws omics get-share \ --share-id "495c21bedc889d07d0ab69d710a6841e-dd75ab7a1a9c384fa848b5bd8e5a7e0a" ``` 输出： ``` { "share": { "shareId": "495c21bedc889d07d0ab69d710a6841e-dd75ab7a1a9c384fa848b5bd8e5a7e0a", "name": "my_Share-123", "resourceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:variantStore/omics_dev_var_store", "principalSubscriber": "123456789012", "ownerId": "555555555555", "status": "PENDING" } } ``` 有关更多信息，请参阅*AWS HealthOmics 用户指南*中的[跨账户共享](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/cross-account-sharing.html)。 + 有关 API 的详细信息，请参阅*AWS CLI 命令参考[GetShare](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/get-share.html)*中的。 ### `get-variant-import-job` 以下代码示例演示了如何使用 `get-variant-import-job`。 **AWS CLI** **查看变体导入作业** 以下 `get-variant-import-job` 示例获取有关变体导入作业的详细信息。 ``` aws omics get-variant-import-job \ --job-id edd7b8ce-xmpl-47e2-bc99-258cac95a508 ``` 输出： ``` { "creationTime": "2022-11-23T22:42:50.037812Z", "destinationName": "my_var_store", "id": "edd7b8ce-xmpl-47e2-bc99-258cac95a508", "items": [ { "jobStatus": "IN_PROGRESS", "source": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.known_indels.vcf.gz" } ], "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ", "runLeftNormalization": false, "status": "IN_PROGRESS", "updateTime": "2022-11-23T22:43:05.898309Z" } ``` 有关更多信息，请参阅《Amazon Omics 开发人员指南》**中的[组学分析功能](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/omics-analytics.html)。 + 有关 API 的详细信息，请参阅*AWS CLI 命令参考[GetVariantImportJob](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/get-variant-import-job.html)*中的。 ### `get-variant-store` 以下代码示例演示了如何使用 `get-variant-store`。 **AWS CLI** **查看变体存储** 以下 `get-variant-store` 示例获取有关变体存储的详细信息。 ``` aws omics get-variant-store \ --name my_var_store ``` 输出： ``` { "creationTime": "2022-11-23T22:09:07.534499Z", "id": "02dexmplcfdd", "name": "my_var_store", "reference": { "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890" }, "status": "CREATING", "storeArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:variantStore/my_var_store", "storeSizeBytes": 0, "tags": {}, "updateTime": "2022-11-23T22:09:24.931711Z" } ``` 有关更多信息，请参阅《Amazon Omics 开发人员指南》**中的[组学分析功能](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/omics-analytics.html)。 + 有关 API 的详细信息，请参阅*AWS CLI 命令参考[GetVariantStore](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/get-variant-store.html)*中的。 ### `get-workflow` 以下代码示例演示了如何使用 `get-workflow`。 **AWS CLI** **查看工作流** 以下 `get-workflow` 示例获取有关 ID 为 `1234567` 的工作流的详细信息。 ``` aws omics get-workflow \ --id 1234567 ``` 输出： ``` { "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:workflow/1234567", "creationTime": "2022-11-30T22:33:16.225368Z", "digest": "sha256:c54bxmpl742dcc26f7fa1f10e37550ddd8f251f418277c0a58e895b801ed28cf", "engine": "WDL", "id": "1234567", "main": "workflow-crambam.wdl", "name": "cram-converter", "parameterTemplate": { "ref_dict": { "description": "dictionary file for 'ref_fasta'" }, "ref_fasta_index": { "description": "Index of the reference genome fasta file" }, "ref_fasta": { "description": "Reference genome fasta file" }, "input_cram": { "description": "The Cram file to convert to BAM" }, "sample_name": { "description": "The name of the input sample, used to name the output BAM" } }, "status": "ACTIVE", "statusMessage": "workflow-crambam.wdl\n workflow CramToBamFlow\n call CramToBamTask\n call ValidateSamFile\n task CramToBamTask\n task ValidateSamFile\n", "tags": {}, "type": "PRIVATE" } ``` 有关更多信息，请参阅《*AWS HealthOmics 用户指南》*中的[创建私有工作流程](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/workflows-setup.html)。 + 有关 API 的详细信息，请参阅*AWS CLI 命令参考[GetWorkflow](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/get-workflow.html)*中的。 ### `list-annotation-import-jobs` 以下代码示例演示了如何使用 `list-annotation-import-jobs`。 **AWS CLI** **获取注释导入作业的列表** 以下 `list-annotation-import-jobs` 获取注释导入作业的列表。 ``` aws omics list-annotation-import-jobs ``` 输出： ``` { "annotationImportJobs": [ { "creationTime": "2022-11-30T01:39:41.478294Z", "destinationName": "gff_ann_store", "id": "18a9e792-xmpl-4869-a105-e5b602900444", "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ", "runLeftNormalization": false, "status": "COMPLETED", "updateTime": "2022-11-30T01:47:09.145178Z" }, { "creationTime": "2022-11-30T00:45:58.007838Z", "destinationName": "my_ann_store", "id": "4e9eafc8-xmpl-431e-a0b2-3bda27cb600a", "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ", "runLeftNormalization": false, "status": "FAILED", "updateTime": "2022-11-30T00:47:01.706325Z" } ] } ``` 有关更多信息，请参阅《Amazon Omics 开发人员指南》**中的[组学分析功能](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/omics-analytics.html)。 + 有关 API 的详细信息，请参阅*AWS CLI 命令参考[ListAnnotationImportJobs](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/list-annotation-import-jobs.html)*中的。 ### `list-annotation-store-versions` 以下代码示例演示了如何使用 `list-annotation-store-versions`。 **AWS CLI** **列出注释存储的所有版本。** 以下 `list-annotation-store-versions` 示例列出了注释存储的所有版本。 ``` aws omics list-annotation-store-versions \ --name my_annotation_store ``` 输出： ``` { "annotationStoreVersions": [ { "storeId": "4934045d1c6d", "id": "2a3f4a44aa7b", "status": "CREATING", "versionArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:annotationStore/my_annotation_store/version/my_version_2", "name": "my_annotation_store", "versionName": "my_version_2", "creation Time": "2023-07-21T17:20:59.380043+00:00", "versionSizeBytes": 0 }, { "storeId": "4934045d1c6d", "id": "4934045d1c6d", "status": "ACTIVE", "versionArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:annotationStore/my_annotation_store/version/my_version_1", "name": "my_annotation_store", "versionName": "my_version_1", "creationTime": "2023-07-21T17:15:49.251040+00:00", "updateTime": "2023-07-21T17:15:56.434223+00:00", "statusMessage": "", "versionSizeBytes": 0 } } ``` 有关更多信息，请参阅《*AWS HealthOmics 用户指南*[》中的创建注释存储库的新版本](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/annotation-store-versioning.html)。 + 有关 API 的详细信息，请参阅*AWS CLI 命令参考[ListAnnotationStoreVersions](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/list-annotation-store-versions.html)*中的。 ### `list-annotation-stores` 以下代码示例演示了如何使用 `list-annotation-stores`。 **AWS CLI** **获取注释存储列表** 以下 `list-annotation-stores` 示例获取注释存储列表。 ``` aws omics list-annotation-stores ``` 输出： ``` { "annotationStores": [ { "creationTime": "2022-11-23T22:48:39.226492Z", "id": "0a91xmplc71f", "name": "my_ann_store", "reference": { "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890" }, "status": "ACTIVE", "statusMessage": "", "storeArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:annotationStore/my_ann_store", "storeFormat": "VCF", "storeSizeBytes": 0, "updateTime": "2022-11-23T22:53:27.372840Z" } ] } ``` 有关更多信息，请参阅《Amazon Omics 开发人员指南》**中的[组学分析功能](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/omics-analytics.html)。 + 有关 API 的详细信息，请参阅*AWS CLI 命令参考[ListAnnotationStores](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/list-annotation-stores.html)*中的。 ### `list-multipart-read-set-uploads` 以下代码示例演示了如何使用 `list-multipart-read-set-uploads`。 **AWS CLI** **列出所有分段读取设置上传及其状态。** 以下 `list-multipart-read-set-uploads` 示例列出了所有分段读取集上传及其状态。 ``` aws omics list-multipart-read-set-uploads \ --sequence-store-id 0123456789 ``` 输出： ``` { "uploads": [ { "sequenceStoreId": "0123456789", "uploadId": "8749584421", "sourceFileType": "FASTQ", "subjectId": "mySubject", "sampleId": "mySample", "generatedFrom": "1000 Genomes", "name": "HG00146", "description": "FASTQ for HG00146", "creationTime": "2023-11-29T19:22:51.349298+00:00" }, { "sequenceStoreId": "0123456789", "uploadId": "5290538638", "sourceFileType": "BAM", "subjectId": "mySubject", "sampleId": "mySample", "generatedFrom": "1000 Genomes", "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:845448930428:referenceStore/8168613728/reference/2190697383", "name": "HG00146", "description": "BAM for HG00146", "creationTime": "2023-11-29T19:23:33.116516+00:00" }, { "sequenceStoreId": "0123456789", "uploadId": "4174220862", "sourceFileType": "BAM", "subjectId": "mySubject", "sampleId": "mySample", "generatedFrom": "1000 Genomes", "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:845448930428:referenceStore/8168613728/reference/2190697383", "name": "HG00147", "description": "BAM for HG00147", "creationTime": "2023-11-29T19:23:47.007866+00:00" } ] } ``` 有关更多信息，请参阅《*AWS HealthOmics 用户指南》*中的[直接上传到序列存储](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/synchronous-uploads.html)。 + 有关 API 的详细信息，请参阅*AWS CLI 命令参考[ListMultipartReadSetUploads](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/list-multipart-read-set-uploads.html)*中的。 ### `list-read-set-activation-jobs` 以下代码示例演示了如何使用 `list-read-set-activation-jobs`。 **AWS CLI** **获取读取集激活作业列表** 以下 `list-read-set-activation-jobs` 示例获取 ID 为 `1234567890` 的序列存储的激活作业列表。 ``` aws omics list-read-set-activation-jobs \ --sequence-store-id 1234567890 ``` 输出： ``` { "activationJobs": [ { "completionTime": "2022-12-06T22:33:42.828Z", "creationTime": "2022-12-06T22:32:45.213Z", "id": "1234567890", "sequenceStoreId": "1234567890", "status": "COMPLETED" }, { "creationTime": "2022-12-06T22:35:10.100Z", "id": "1234567890", "sequenceStoreId": "1234567890", "status": "IN_PROGRESS" } ] } ``` 有关更多信息，请参阅《Amazon Omics 开发人员指南》**中的[组学存储功能](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html)。 + 有关 API 的详细信息，请参阅*AWS CLI 命令参考[ListReadSetActivationJobs](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/list-read-set-activation-jobs.html)*中的。 ### `list-read-set-export-jobs` 以下代码示例演示了如何使用 `list-read-set-export-jobs`。 **AWS CLI** **获取读取集导出作业列表** 以下 `list-read-set-export-jobs` 示例获取 ID 为 `1234567890` 的序列存储的导出作业列表。 ``` aws omics list-read-set-export-jobs \ --sequence-store-id 1234567890 ``` 输出： ``` { "exportJobs": [ { "completionTime": "2022-12-06T22:39:14.491Z", "creationTime": "2022-12-06T22:37:18.612Z", "destination": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/read-set-export/", "id": "1234567890", "sequenceStoreId": "1234567890", "status": "COMPLETED" }, { "creationTime": "2022-12-06T22:38:04.871Z", "destination": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/read-set-export/", "id": "1234567890", "sequenceStoreId": "1234567890", "status": "IN_PROGRESS" } ] } ``` 有关更多信息，请参阅《Amazon Omics 开发人员指南》**中的[组学存储功能](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html)。 + 有关 API 的详细信息，请参阅*AWS CLI 命令参考[ListReadSetExportJobs](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/list-read-set-export-jobs.html)*中的。 ### `list-read-set-import-jobs` 以下代码示例演示了如何使用 `list-read-set-import-jobs`。 **AWS CLI** **获取读取集导入作业列表** 以下 `list-read-set-import-jobs` 示例获取 ID 为 `1234567890` 的序列存储的导入作业列表。 ``` aws omics list-read-set-import-jobs \ --sequence-store-id 1234567890 ``` 输出： ``` { "importJobs": [ { "completionTime": "2022-11-29T18:17:49.244Z", "creationTime": "2022-11-29T17:32:47.700Z", "id": "1234567890", "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ", "sequenceStoreId": "1234567890", "status": "COMPLETED" }, { "completionTime": "2022-11-23T22:01:34.090Z", "creationTime": "2022-11-23T21:52:43.289Z", "id": "1234567890", "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ", "sequenceStoreId": "1234567890", "status": "COMPLETED_WITH_FAILURES" } ] } ``` 有关更多信息，请参阅《Amazon Omics 开发人员指南》**中的[组学存储功能](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html)。 + 有关 API 的详细信息，请参阅*AWS CLI 命令参考[ListReadSetImportJobs](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/list-read-set-import-jobs.html)*中的。 ### `list-read-set-upload-parts` 以下代码示例演示了如何使用 `list-read-set-upload-parts`。 **AWS CLI** **列出序列存储请求的分段上传中的所有分段。** 以下 `list-read-set-upload-parts` 示例列出了序列存储请求的分段上传中的所有分段。 ``` aws omics list-read-set-upload-parts \ --sequence-store-id 0123456789 \ --upload-id 1122334455 \ --part-source SOURCE1 ``` 输出： ``` { "parts": [ { "partNumber": 1, "partSize": 94371840, "file": "SOURCE1", "checksum": "984979b9928ae8d8622286c4a9cd8e99d964a22d59ed0f5722e1733eb280e635", "lastUpdatedTime": "2023-02-02T20:14:47.533000+00:00" } { "partNumber": 2, "partSize": 10471840, "file": "SOURCE1", "checksum": "984979b9928ae8d8622286c4a9cd8e99d964a22d59ed0f5722e1733eb280e635", "lastUpdatedTime": "2023-02-02T20:14:47.533000+00:00" } ] } ``` 有关更多信息，请参阅《*AWS HealthOmics 用户指南》*中的[直接上传到序列存储](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/synchronous-uploads.html)。 + 有关 API 的详细信息，请参阅*AWS CLI 命令参考[ListReadSetUploadParts](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/list-read-set-upload-parts.html)*中的。 ### `list-read-sets` 以下代码示例演示了如何使用 `list-read-sets`。 **AWS CLI** **获取读取集列表** 以下 `list-read-sets` 示例获取 ID 为 `1234567890` 的序列存储的读取集列表。 ``` aws omics list-read-sets \ --sequence-store-id 1234567890 ``` 输出： ``` { "readSets": [ { "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:sequenceStore/1234567890/readSet/1234567890", "creationTime": "2022-11-23T21:55:00.515Z", "fileType": "FASTQ", "id": "1234567890", "name": "HG00146", "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890", "sampleId": "fastq-sample", "sequenceStoreId": "1234567890", "status": "ACTIVE", "subjectId": "fastq-subject" } ] } ``` 有关更多信息，请参阅《Amazon Omics 开发人员指南》**中的[组学存储功能](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html)。 + 有关 API 的详细信息，请参阅*AWS CLI 命令参考[ListReadSets](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/list-read-sets.html)*中的。 ### `list-reference-import-jobs` 以下代码示例演示了如何使用 `list-reference-import-jobs`。 **AWS CLI** **获取参考导入作业列表** 以下 `list-reference-import-jobs` 示例获取 ID 为 `1234567890` 的参考存储的参考导入作业列表。 ``` aws omics list-reference-import-jobs \ --reference-store-id 1234567890 ``` 输出： ``` { "importJobs": [ { "completionTime": "2022-11-23T19:54:58.204Z", "creationTime": "2022-11-23T19:53:20.729Z", "id": "1234567890", "referenceStoreId": "1234567890", "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ", "status": "COMPLETED" }, { "creationTime": "2022-11-23T20:34:03.250Z", "id": "1234567890", "referenceStoreId": "1234567890", "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ", "status": "IN_PROGRESS" } ] } ``` 有关更多信息，请参阅《Amazon Omics 开发人员指南》**中的[组学存储功能](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html)。 + 有关 API 的详细信息，请参阅*AWS CLI 命令参考[ListReferenceImportJobs](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/list-reference-import-jobs.html)*中的。 ### `list-reference-stores` 以下代码示例演示了如何使用 `list-reference-stores`。 **AWS CLI** **获取参考存储列表** 以下 `list-reference-stores` 示例获取参考存储列表。 ``` aws omics list-reference-stores ``` 输出： ``` { "referenceStores": [ { "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890", "creationTime": "2022-11-22T22:13:25.947Z", "id": "1234567890", "name": "my-ref-store" } ] } ``` 有关更多信息，请参阅《Amazon Omics 开发人员指南》**中的[组学存储功能](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html)。 + 有关 API 的详细信息，请参阅*AWS CLI 命令参考[ListReferenceStores](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/list-reference-stores.html)*中的。 ### `list-references` 以下代码示例演示了如何使用 `list-references`。 **AWS CLI** **获取参考列表** 以下 `list-references` 示例获取 ID 为 `1234567890` 的参考存储的基因组参考列表。 ``` aws omics list-references \ --reference-store-id 1234567890 ``` 输出： ``` { "references": [ { "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890", "creationTime": "2022-11-22T22:27:09.033Z", "id": "1234567890", "md5": "7ff134953dcca8c8997453bbb80b6b5e", "name": "assembly-38", "referenceStoreId": "1234567890", "status": "ACTIVE", "updateTime": "2022-11-22T22:27:09.033Z" } ] } ``` 有关更多信息，请参阅《Amazon Omics 开发人员指南》**中的[组学存储功能](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html)。 + 有关 API 的详细信息，请参阅*AWS CLI 命令参考[ListReferences](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/list-references.html)*中的。 ### `list-run-groups` 以下代码示例演示了如何使用 `list-run-groups`。 **AWS CLI** **获取运行组列表** 以下 `list-run-groups` 示例获取运行组列表。 ``` aws omics list-run-groups ``` 输出： ``` { "items": [ { "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:runGroup/1234567", "creationTime": "2022-12-01T00:58:42.915219Z", "id": "1234567", "maxCpus": 20, "maxDuration": 600, "name": "cram-convert" } ] } ``` 有关更多信息，请参阅《*AWS HealthOmics 用户指南》*中的[创建运行组](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/creating-run-groups.html)。 + 有关 API 的详细信息，请参阅*AWS CLI 命令参考[ListRunGroups](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/list-run-groups.html)*中的。 ### `list-run-tasks` 以下代码示例演示了如何使用 `list-run-tasks`。 **AWS CLI** **获取任务列表** 以下 `list-run-tasks` 示例获取工作流运行的任务列表。 ``` aws omics list-run-tasks \ --id 1234567 ``` 输出： ``` { "items": [ { "cpus": 1, "creationTime": "2022-11-30T23:13:00.718651Z", "memory": 15, "name": "CramToBamTask", "startTime": "2022-11-30T23:17:47.016Z", "status": "COMPLETED", "stopTime": "2022-11-30T23:18:21.503Z", "taskId": "1234567" }, { "cpus": 1, "creationTime": "2022-11-30T23:18:32.315606Z", "memory": 4, "name": "ValidateSamFile", "startTime": "2022-11-30T23:23:40.165Z", "status": "COMPLETED", "stopTime": "2022-11-30T23:24:14.766Z", "taskId": "1234567" } ] } ``` 有关更多信息，请参阅《*AWS HealthOmics 用户指南》*[中的 HealthOmics 运行中的任务生命周期](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/workflow-run-tasks.html)。 + 有关 API 的详细信息，请参阅*AWS CLI 命令参考[ListRunTasks](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/list-run-tasks.html)*中的。 ### `list-runs` 以下代码示例演示了如何使用 `list-runs`。 **AWS CLI** **获取工作流运行列表** 以下 `list-runs` 示例获取工作流运行列表。 ``` aws omics list-runs ``` 输出： ``` { "items": [ { "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:run/1234567", "creationTime": "2022-12-02T23:20:01.202074Z", "id": "1234567", "name": "cram-to-bam", "priority": 1, "startTime": "2022-12-02T23:29:18.115Z", "status": "COMPLETED", "stopTime": "2022-12-02T23:57:54.428812Z", "storageCapacity": 10, "workflowId": "1234567" }, { "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:run/1234567", "creationTime": "2022-12-03T00:16:57.180066Z", "id": "1234567", "name": "cram-to-bam", "priority": 1, "startTime": "2022-12-03T00:26:50.233Z", "status": "FAILED", "stopTime": "2022-12-03T00:37:21.451340Z", "storageCapacity": 10, "workflowId": "1234567" }, { "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:run/1234567", "creationTime": "2022-12-05T17:57:08.444817Z", "id": "1234567", "name": "cram-to-bam", "status": "STARTING", "workflowId": "1234567" } ] } ``` 有关更多信息，请参阅《*AWS HealthOmics 用户指南》*[中的在工作流程中运行生命周期](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/monitoring-runs.html)。 + 有关 API 的详细信息，请参阅*AWS CLI 命令参考[ListRuns](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/list-runs.html)*中的。 ### `list-sequence-stores` 以下代码示例演示了如何使用 `list-sequence-stores`。 **AWS CLI** **获取序列存储列表** 以下 `list-sequence-stores` 示例获取序列存储列表。 ``` aws omics list-sequence-stores ``` 输出： ``` { "sequenceStores": [ { "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:sequenceStore/1234567890", "creationTime": "2022-11-23T01:24:33.629Z", "id": "1234567890", "name": "my-seq-store" } ] } ``` 有关更多信息，请参阅《Amazon Omics 开发人员指南》**中的[组学存储功能](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html)。 + 有关 API 的详细信息，请参阅*AWS CLI 命令参考[ListSequenceStores](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/list-sequence-stores.html)*中的。 ### `list-shares` 以下代码示例演示了如何使用 `list-shares`。 **AWS CLI** **列出 HealthOmics 分析数据的可用份额** 以下 `list-shares` 示例列出了为资源所有者创建的所有共享。 ``` aws omics list-shares \ --resource-owner SELF ``` 输出： ``` { "shares": [ { "shareId": "595c1cbd-a008-4eca-a887-954d30c91c6e", "name": "myShare", "resourceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:variantStore/store_1", "principalSubscriber": "123456789012", "ownerId": "555555555555", "status": "PENDING" } { "shareId": "39b65d0d-4368-4a19-9814-b0e31d73c10a", "name": "myShare3456", "resourceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:variantStore/store_2", "principalSubscriber": "123456789012", "ownerId": "555555555555", "status": "ACTIVE" }, { "shareId": "203152f5-eef9-459d-a4e0-a691668d44ef", "name": "myShare4", "resourceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:variantStore/store_3", "principalSubscriber": "123456789012", "ownerId": "555555555555", "status": "ACTIVE" } ] } ``` 有关更多信息，请参阅*AWS HealthOmics 用户指南*中的[跨账户共享](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/cross-account-sharing.html)。 + 有关 API 的详细信息，请参阅*AWS CLI 命令参考[ListShares](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/list-shares.html)*中的。 ### `list-tags-for-resource` 以下代码示例演示了如何使用 `list-tags-for-resource`。 **AWS CLI** **获取标签列表** 以下 `list-tags-for-resource` 示例获取 ID 为 `1234567` 的工作流运行的标签列表。 ``` aws omics list-tags-for-resource \ --resource-arn arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:workflow/1234567 ``` 输出： ``` { "tags": { "department": "analytics" } } ``` 有关更多信息，请参阅《**Amazon Omics 开发人员指南》中的[在 Amazon Omics 中标记资源](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/workflows.html)。 + 有关 API 的详细信息，请参阅*AWS CLI 命令参考[ListTagsForResource](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/list-tags-for-resource.html)*中的。 ### `list-variant-import-jobs` 以下代码示例演示了如何使用 `list-variant-import-jobs`。 **AWS CLI** **获取变体导入作业列表** 以下 `list-variant-import-jobs` 示例获取变体导入作业的列表。 ``` aws omics list-variant-import-jobs ``` 输出： ``` { "variantImportJobs": [ { "creationTime": "2022-11-23T22:47:02.514002Z", "destinationName": "my_var_store", "id": "69cb65d6-xmpl-4a4a-9025-4565794b684e", "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ", "runLeftNormalization": false, "status": "COMPLETED", "updateTime": "2022-11-23T22:49:17.976597Z" }, { "creationTime": "2022-11-23T22:42:50.037812Z", "destinationName": "my_var_store", "id": "edd7b8ce-xmpl-47e2-bc99-258cac95a508", "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ", "runLeftNormalization": false, "status": "COMPLETED", "updateTime": "2022-11-23T22:45:26.009880Z" } ] } ``` 有关更多信息，请参阅《Amazon Omics 开发人员指南》**中的[组学分析功能](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/omics-analytics.html)。 + 有关 API 的详细信息，请参阅*AWS CLI 命令参考[ListVariantImportJobs](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/list-variant-import-jobs.html)*中的。 ### `list-variant-stores` 以下代码示例演示了如何使用 `list-variant-stores`。 **AWS CLI** **获取变体存储列表** 以下 `list-variant-stores` 示例获取变体存储列表。 ``` aws omics list-variant-stores ``` 输出： ``` { "variantStores": [ { "creationTime": "2022-11-23T22:09:07.534499Z", "id": "02dexmplcfdd", "name": "my_var_store", "reference": { "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890" }, "status": "CREATING", "storeArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:variantStore/my_var_store", "storeSizeBytes": 0, "updateTime": "2022-11-23T22:09:24.931711Z" }, { "creationTime": "2022-09-23T23:00:09.140265Z", "id": "8777xmpl1a24", "name": "myvstore0", "status": "ACTIVE", "storeArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:variantStore/myvstore0", "storeSizeBytes": 0, "updateTime": "2022-09-23T23:03:26.013220Z" } ] } ``` 有关更多信息，请参阅《Amazon Omics 开发人员指南》**中的[组学分析功能](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/omics-analytics.html)。 + 有关 API 的详细信息，请参阅*AWS CLI 命令参考[ListVariantStores](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/list-variant-stores.html)*中的。 ### `list-workflows` 以下代码示例演示了如何使用 `list-workflows`。 **AWS CLI** **获取工作流列表** 以下 `list-workflows` 示例获取工作流列表。 ``` aws omics list-workflows ``` 输出： ``` { "items": [ { "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:workflow/1234567", "creationTime": "2022-09-23T23:08:22.041227Z", "digest": "nSCNo/qMWFxmplXpUdokXJnwgneOaxyyc2YOxVxrJTE=", "id": "1234567", "name": "my-wkflow-0", "status": "ACTIVE", "type": "PRIVATE" }, { "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:workflow/1234567", "creationTime": "2022-11-30T22:33:16.225368Z", "digest": "sha256:c54bxmpl742dcc26f7fa1f10e37550ddd8f251f418277c0a58e895b801ed28cf", "id": "1234567", "name": "cram-converter", "status": "ACTIVE", "type": "PRIVATE" } ] } ``` 有关更多信息，请参阅《*AWS HealthOmics 用户指南》*中的[创建私有工作流程](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/workflows-setup.html)。 + 有关 API 的详细信息，请参阅*AWS CLI 命令参考[ListWorkflows](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/list-workflows.html)*中的。 ### `start-annotation-import-job` 以下代码示例演示了如何使用 `start-annotation-import-job`。 **AWS CLI** **导入注释** 以下 `start-annotation-import-job` 示例从 Amazon S3 导入注释。 ``` aws omics start-annotation-import-job \ --destination-name tsv_ann_store \ --no-run-left-normalization \ --role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ \ --items source=s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/targetedregions.bed.gz ``` 输出： ``` { "jobId": "984162c7-xmpl-4d23-ab47-286f7950bfbf" } ``` 有关更多信息，请参阅《Amazon Omics 开发人员指南》**中的[组学分析功能](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/omics-analytics.html)。 + 有关 API 的详细信息，请参阅*AWS CLI 命令参考[StartAnnotationImportJob](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/start-annotation-import-job.html)*中的。 ### `start-read-set-activation-job` 以下代码示例演示了如何使用 `start-read-set-activation-job`。 **AWS CLI** **激活已存档的读取集** 以下 `start-read-set-activation-job` 示例激活了两个读取集。 ``` aws omics start-read-set-activation-job \ --sequence-store-id 1234567890 \ --sources readSetId=1234567890 readSetId=1234567890 ``` 输出： ``` { "creationTime": "2022-12-06T22:35:10.100Z", "id": "1234567890", "sequenceStoreId": "1234567890", "status": "SUBMITTED" } ``` 有关更多信息，请参阅《Amazon Omics 开发人员指南》**中的[组学存储功能](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html)。 + 有关 API 的详细信息，请参阅*AWS CLI 命令参考[StartReadSetActivationJob](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/start-read-set-activation-job.html)*中的。 ### `start-read-set-export-job` 以下代码示例演示了如何使用 `start-read-set-export-job`。 **AWS CLI** **导出读取集** 以下 `start-read-set-export-job` 示例将两个读取集导出到 Amazon S3。 ``` aws omics start-read-set-export-job \ --sequence-store-id 1234567890 \ --sources readSetId=1234567890 readSetId=1234567890 \ --role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ \ --destination s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/read-set-export/ ``` 输出： ``` { "creationTime": "2022-12-06T22:37:18.612Z", "destination": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/read-set-export/", "id": "1234567890", "sequenceStoreId": "1234567890", "status": "SUBMITTED" } ``` 有关更多信息，请参阅《Amazon Omics 开发人员指南》**中的[组学存储功能](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html)。 + 有关 API 的详细信息，请参阅*AWS CLI 命令参考[StartReadSetExportJob](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/start-read-set-export-job.html)*中的。 ### `start-read-set-import-job` 以下代码示例演示了如何使用 `start-read-set-import-job`。 **AWS CLI** **导入读取集** 以下 `start-read-set-import-job` 示例导入读取集。 ``` aws omics start-read-set-import-job \ --sequence-store-id 1234567890 \ --role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ \ --sources file://readset-sources.json ``` readset-sources.json 是一个 JSON 文档，内容如下。 ``` [ { "sourceFiles": { "source1": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/HG00100.chrom20.ILLUMINA.bwa.GBR.low_coverage.20101123.bam" }, "sourceFileType": "BAM", "subjectId": "bam-subject", "sampleId": "bam-sample", "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890", "name": "HG00100" } ] ``` 输出： ``` { "creationTime": "2022-11-23T01:36:38.158Z", "id": "1234567890", "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ", "sequenceStoreId": "1234567890", "status": "SUBMITTED" } ``` 有关更多信息，请参阅《Amazon Omics 开发人员指南》**中的[组学存储功能](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html)。 + 有关 API 的详细信息，请参阅*AWS CLI 命令参考[StartReadSetImportJob](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/start-read-set-import-job.html)*中的。 ### `start-reference-import-job` 以下代码示例演示了如何使用 `start-reference-import-job`。 **AWS CLI** **导入参考基因组** 以下 `start-reference-import-job` 示例从 Amazon S3 导入参考基因组。 ``` aws omics start-reference-import-job \ --reference-store-id 1234567890 \ --role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ \ --sources sourceFile=s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.fasta,name=assembly-38 ``` 输出： ``` { "creationTime": "2022-11-22T22:25:41.124Z", "id": "1234567890", "referenceStoreId": "1234567890", "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ", "status": "SUBMITTED" } ``` 有关更多信息，请参阅《Amazon Omics 开发人员指南》**中的[组学存储功能](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html)。 + 有关 API 的详细信息，请参阅*AWS CLI 命令参考[StartReferenceImportJob](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/start-reference-import-job.html)*中的。 ### `start-run` 以下代码示例演示了如何使用 `start-run`。 **AWS CLI** **运行工作流** 以下 `start-run` 示例运行 ID 为 `1234567` 的工作流。 ``` aws omics start-run \ --workflow-id 1234567 \ --role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ \ --name 'cram-to-bam' \ --output-uri s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/workflow-output/ \ --run-group-id 1234567 \ --priority 1 \ --storage-capacity 10 \ --log-level ALL \ --parameters file://workflow-inputs.json ``` workflow-inputs.json 是一个 JSON 文档，内容如下。 ``` { "sample_name": "NA12878", "input_cram": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/NA12878.cram", "ref_dict": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.dict", "ref_fasta": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.fasta", "ref_fasta_index": "omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.fasta.fai" } ``` 输出： ``` { "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:run/1234567", "id": "1234567", "status": "PENDING", "tags": {} } ``` 有关更多信息，请参阅《*AWS HealthOmics 用户指南》*中的[开始运行](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/starting-a-run.html)。 **从 Amazon Omics 加载源文件** 您还可以使用特定服务 URIs从 Amazon Omics 存储空间加载源文件。以下示例工作流-inputs.json 文件使用 Amazon Om URIs ics 作为读取集和参考基因组源。 ``` { "sample_name": "NA12878", "input_cram": "omics://123456789012.storage.us-west-2.amazonaws.com/1234567890/readSet/1234567890/source1", "ref_dict": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.dict", "ref_fasta": "omics://123456789012.storage.us-west-2.amazonaws.com/1234567890/reference/1234567890", "ref_fasta_index": "omics://123456789012.storage.us-west-2.amazonaws.com/1234567890/reference/1234567890/index" } ``` + 有关 API 的详细信息，请参阅*AWS CLI 命令参考[StartRun](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/start-run.html)*中的。 ### `start-variant-import-job` 以下代码示例演示了如何使用 `start-variant-import-job`。 **AWS CLI** **导入变体文件** 以下 `start-variant-import-job` 示例导入 VCF 格式的变体文件。 ``` aws omics start-variant-import-job \ --destination-name my_var_store \ --no-run-left-normalization \ --role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ \ --items source=s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.known_indels.vcf.gz ``` 输出： ``` { "jobId": "edd7b8ce-xmpl-47e2-bc99-258cac95a508" } ``` 有关更多信息，请参阅《Amazon Omics 开发人员指南》**中的[组学分析功能](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/omics-analytics.html)。 + 有关 API 的详细信息，请参阅*AWS CLI 命令参考[StartVariantImportJob](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/start-variant-import-job.html)*中的。 ### `tag-resource` 以下代码示例演示了如何使用 `tag-resource`。 **AWS CLI** **标记资源** 以下 `tag-resource` 示例向 ID 为 `1234567` 的工作流添加了 `department` 标签。 ``` aws omics tag-resource \ --resource-arn arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:workflow/1234567 \ --tags department=analytics ``` 有关更多信息，请参阅《**Amazon Omics 开发人员指南》中的[在 Amazon Omics 中标记资源](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/workflows.html)。 + 有关 API 的详细信息，请参阅*AWS CLI 命令参考[TagResource](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/tag-resource.html)*中的。 ### `untag-resource` 以下代码示例演示了如何使用 `untag-resource`。 **AWS CLI** **从资源中删除标签** 以下 `untag-resource` 示例从工作流中删除了 `department` 标签。 ``` aws omics untag-resource \ --resource-arn arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:workflow/1234567 \ --tag-keys department ``` 有关更多信息，请参阅《Amazon Omics 开发人员指南》**中的[组学存储功能](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/tagging.html)。 + 有关 API 的详细信息，请参阅*AWS CLI 命令参考[UntagResource](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/untag-resource.html)*中的。 ### `update-annotation-store` 以下代码示例演示了如何使用 `update-annotation-store`。 **AWS CLI** **更新注释存储** 以下 `update-annotation-store` 示例更新了名为 `my_vcf_store` 的注释存储的描述。 ``` aws omics update-annotation-store \ --name my_vcf_store \ --description "VCF annotation store" ``` 输出： ``` { "creationTime": "2022-12-05T18:00:56.101860Z", "description": "VCF annotation store", "id": "bd6axmpl2444", "name": "my_vcf_store", "reference": { "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890" }, "status": "ACTIVE", "storeFormat": "VCF", "updateTime": "2022-12-05T18:13:16.100051Z" } ``` 有关更多信息，请参阅《Amazon Omics 开发人员指南》**中的[组学分析功能](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/omics-analytics.html)。 + 有关 API 的详细信息，请参阅*AWS CLI 命令参考[UpdateAnnotationStore](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/update-annotation-store.html)*中的。 ### `update-run-group` 以下代码示例演示了如何使用 `update-run-group`。 **AWS CLI** **更新运行组** 以下 `update-run-group` 示例更新了 ID 为 `1234567` 的运行组的设置。 ``` aws omics update-run-group \ --id 1234567 \ --max-cpus 10 ``` 输出： ``` { "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:runGroup/1234567", "creationTime": "2022-12-01T00:58:42.915219Z", "id": "1234567", "maxCpus": 10, "maxDuration": 600, "name": "cram-convert", "tags": {} } ``` 有关更多信息，请参阅《Amazon Omics 开发人员指南》**中的[组学流程预置扩缩功能](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/workflows.html)。 + 有关 API 的详细信息，请参阅*AWS CLI 命令参考[UpdateRunGroup](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/update-run-group.html)*中的。 ### `update-variant-store` 以下代码示例演示了如何使用 `update-variant-store`。 **AWS CLI** **更新变体存储** 以下 `update-variant-store` 示例更新了名为 `my_var_store` 的变体存储的描述。 ``` aws omics update-variant-store \ --name my_var_store \ --description "variant store" ``` 输出： ``` { "creationTime": "2022-11-23T22:09:07.534499Z", "description": "variant store", "id": "02dexmplcfdd", "name": "my_var_store", "reference": { "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890" }, "status": "ACTIVE", "updateTime": "2022-12-05T18:23:37.686402Z" } ``` 有关更多信息，请参阅《Amazon Omics 开发人员指南》**中的[组学分析功能](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/omics-analytics.html)。 + 有关 API 的详细信息，请参阅*AWS CLI 命令参考[UpdateVariantStore](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/update-variant-store.html)*中的。 ### `update-workflow` 以下代码示例演示了如何使用 `update-workflow`。 **AWS CLI** **更新工作流** 以下 `update-workflow` 示例更新了 ID 为 `1234567` 的工作流的描述。 ``` aws omics update-workflow \ --id 1234567 \ --description "copy workflow" ``` 有关更多信息，请参阅《*AWS HealthOmics 用户指南》*中的[创建或更新工作流程](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/creating-private-workflows.html)。 + 有关 API 的详细信息，请参阅*AWS CLI 命令参考[UpdateWorkflow](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/update-workflow.html)*中的。 ### `upload-read-set-part` 以下代码示例演示了如何使用 `upload-read-set-part`。 **AWS CLI** **上传读取集部分。** 以下 `upload-read-set-part` 示例上传了读取集的指定部分。 ``` aws omics upload-read-set-part \ --sequence-store-id 0123456789 \ --upload-id 1122334455 \ --part-source SOURCE1 \ --part-number 1 \ --payload /path/to/file/read_1_part_1.fastq.gz ``` 输出： ``` { "checksum": "984979b9928ae8d8622286c4a9cd8e99d964a22d59ed0f5722e1733eb280e635" } ``` 有关更多信息，请参阅《*AWS HealthOmics 用户指南》*中的[直接上传到序列存储](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/synchronous-uploads.html)。 + 有关 API 的详细信息，请参阅*AWS CLI 命令参考[UploadReadSetPart](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/upload-read-set-part.html)*中的。