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# 在 Deadline Cloud 上运行 GROMACS 分子动力学模拟
<a name="examples-jb-gromacs"></a>

[gromacs\_md](https://github.com/aws-deadline/deadline-cloud-samples/tree/mainline/job_bundles/gromacs_md) 任务包运行从原始蛋白质结构到分析轨迹的 [GROMACS](https://www.gromacs.org/) 分子动力学模拟管道。该管道运行系统准备、能量最小化、 NVT/NPT 平衡、生产 MD 和分析（RMSD、RMSF、回转半径、氢键）。多个独立副本通过`MaxReplicaIndex`参数并行扇出。

该捆绑包需要一个带有 Linux x86\_64 服务托管队列（至少 4 个 vCPU）的 Deadline Cloud 场和带有 from 的 conda 队列环境。`gromacs` `conda-forge`不需要主机配置脚本或自定义 conda 配方。

该捆绑包包括鸡蛋清溶菌酶（PDB：1AKI）的样本数据和下面的 MDP 参数文件。`sample_inputs/mdp/`

从`job_bundles`目录中提交作业：

```
deadline bundle submit gromacs_md \
  -p "InputPdb=sample_inputs/protein.pdb" \
  -p "MdpMinimization=sample_inputs/mdp/minimization.mdp" \
  -p "MdpNvt=sample_inputs/mdp/nvt.mdp" \
  -p "MdpNpt=sample_inputs/mdp/npt.mdp" \
  -p "MdpProduction=sample_inputs/mdp/production.mdp" \
  -p "ProductionSteps=500000"
```

要并行运行 10 个独立副本，请执行以下操作：

```
deadline bundle submit gromacs_md \
  -p "InputPdb=protein.pdb" \
  -p "MaxReplicaIndex=9" \
  -p "ProductionSteps=5000000"
```