View a markdown version of this page

在 Deadline Cloud 上与 AutoDock Vina 一起进行虚拟 - 截止日期云

本文属于机器翻译版本。若本译文内容与英语原文存在差异，则一律以英文原文为准。

在 Deadline Cloud 上与 AutoDock Vina 一起进行虚拟

GitHub 网站上的 virtual_screening_vina 任务包使用 V AutoDock ina 对照蛋白质靶标筛选大型化合物库。该捆绑包将化合物库拆分成多个块，并将它们并行停靠在一组工作人员中，然后通过绑定亲和力对结果进行聚合和排名。

该管道运行四个步骤：

  1. PrepareReceptor— 使用 Open Babel 将蛋白质 PDB 转换为 PDBQT 格式。

  2. SplitLibrary— 将 SDF 化合物库拆分成 N 个块。

  3. DockCompounds— 运行 N 个并行停靠任务（每个区块一个）。每项任务都是等效的，可以安全地进行 Spot 抢占。

  4. ScoreAndRank— 将所有区块结果聚合为排名靠前的热门点击量 CSV。

该捆绑包需要 Linux x86_64 服务管理队列（推荐 Spot）、带有 openbabel from 的 conda 队列环境和 Vina。conda-forge AutoDock 通过在 S3 频道中构建 为 Deadline Cloud 构建 AutoDock Vina conda 包 conda 配方，或者通过舰队主机配置脚本安装二进制文件来安装 Vina。

将CompoundLibrary=chembl（默认）设置为自动从 EMBL-EBI网站上的 ChemBL 下载和过滤类似药物的分子，或提供您自己的 SDF 文件。

从job_bundles目录中提交作业：

deadline bundle submit virtual_screening_vina \
  -p "ReceptorPdb=receptor.pdb" \
  -p "CompoundLibrary=chembl" \
  -p "MaxCompounds=100000" \
  -p "CompoundsPerChunk=100" \
  -p "CenterX=-10.7" \
  -p "CenterY=12.4" \
  -p "CenterZ=68.8"

有关构建 AutoDock Vina conda 软件包的详细信息，请参阅为 Deadline Cloud 构建 AutoDock Vina conda 包。