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# 在 HealthOmics 变体商店上运行查询
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**重要**  
AWS HealthOmics 变体存储和注释存储不再向新客户开放。现有客户可以继续正常使用该服务。有关更多信息，请参阅 [AWS HealthOmics 变体存储和注释存储可用性变更](variant-store-availability-change.md)。

您可以使用 Amazon Athena 对您的多属性商店进行查询。请注意，变体和注释存储中的基因组坐标表示为从零开始、半封闭的半开间隔。

## 使用 Athena 控制台运行简单查询
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以下示例说明如何运行简单查询。

1. [打开 Athena 查询编辑器：Athena 查询编辑器](https://console.aws.amazon.com//athena)

1. 在 “**工作组**” 下，选择您在安装过程中创建的工作组。

1. 验证**数据源**是否为**AwsDataCatalog**。

1. 对于**数据库**，选择您在 Lake Formation 设置期间创建的数据库资源链接。

1. 将以下查询复制到**查询编辑器**的 Qu **ery 1** 选项卡下：

   ```
   SELECT * from omicsvariants limit 10
   ```

1. 选择**运行**以运行查询。控制台使用表格的前 10 行填充结果**omicsvariants**表。

## 使用 Athena 控制台运行复杂查询
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以下示例说明如何运行复杂查询。要运行此查询，请导`ClinVar`入注释存储库。

**运行复杂查询**

1. [打开 Athena 查询编辑器：Athena 查询编辑器](https://console.aws.amazon.com//athena)

1. 在 “**工作组**” 下，选择您在安装过程中创建的工作组。

1. 验证**数据源**是否为**AwsDataCatalog**。

1. 对于**数据库**，选择您在 Lake Formation 设置期间创建的数据库资源链接。

1. 选择右**\$1**上角的，创建一个名为 Query **2 的新查询**选项卡。

1. 将以下查询复制到 Query **2 选项卡下的查询****编辑器**中：

   ```
   SELECT variants.sampleid,
     variants.contigname,
     variants.start,
     variants."end",
     variants.referenceallele,
     variants.alternatealleles,
     variants.attributes AS variant_attributes,
     clinvar.attributes AS clinvar_attributes  
   FROM omicsvariants as variants 
   INNER JOIN omicsannotations as clinvar ON 
     variants.contigname=CONCAT('chr',clinvar.contigname) 
     AND variants.start=clinvar.start 
     AND variants."end"=clinvar."end" 
     AND variants.referenceallele=clinvar.referenceallele 
     AND variants.alternatealleles=clinvar.alternatealleles 
   WHERE clinvar.attributes['CLNSIG']='Likely_pathogenic'
   ```

1. 选择 **Run** 开始运行查询。