从工作流程定义中引用基因组文件

可以使用如下所示的 URI 来引用 HealthOmics 参考存储对象。使用您自己的 account IDreference store ID，并在指示reference ID的地方使用。

omics://account ID.storage.us-west-2.amazonaws.com/reference store id/reference/id            

某些工作流程需要参考基因组的SOURCE和INDEX文件。先前的 URI 是默认的缩写形式，将默认为源文件。要指定任一文件，可以使用长 URI 格式，如下所示。

omics://account ID.storage.us-west-2.amazonaws.com/reference store id/reference/id/source
omics://account ID.storage.us-west-2.amazonaws.com/reference store id/reference/id/index

使用序列读取集将具有类似的模式，如图所示。

aws omics create-workflow \
     --name workflow name \
     --main sample workflow.wdl \
     --definition-uri omics://account ID.storage.us-west-2.amazonaws.com/sequence_store_id/readSet/id \
     --parameter-template file://parameters_sample_description.json 

一些读取集，例如基于 FASTQ 的读取集，可能包含配对读取。在以下示例中，它们被称为 SOURCE1 和 SOURCE2。诸如 BAM 和 CRAM 之类的格式将只有 SOURCE1 文件。一些读取集将包含索引文件，例如bai或crai文件。前面的 URI 是默认的缩写形式，默认为 SOURCE1 文件。要指定确切的文件或索引，可以使用长 URI 格式，如下所示。

omics://123456789012.storage.us-west-2.amazonaws.com/<sequence_store_id>/readSet/<id>/source1
omics://123456789012.storage.us-west-2.amazonaws.com/<sequence_store_id>/readSet/<id>/source2
omics://123456789012.storage.us-west-2.amazonaws.com/<sequence_store_id>/readSet/<id>/index

以下是使用两个 Omics 存储 URI 的输入 JSON 文件的示例。

{
   "input_fasta": "omics://123456789012.storage.us-west-2.amazonaws.com/<reference_store_id>/reference/<id>",
   "input_cram": "omics://123456789012.storage.us-west-2.amazonaws.com/<sequence_store_id>/readSet/<id>"
}   

AWS CLI 通过添加到--inputs file://<input_file.json>开始运行请求来引用中的输入 JSON 文件。