本文属于机器翻译版本。若本译文内容与英语原文存在差异，则一律以英文原文为准。 # HealthOmics 工作流程操作 要创建私有工作流程，您需要： + **Workflow definition file:**用WDL、Nextflow或写入的工作流程定义文件CWL。工作流定义为使用该工作流的运行指定输入和输出。它还包括工作流程的运行和运行任务规范，包括计算和内存要求。工作流程定义文件必须采用`.zip`格式。有关更多信息，请参阅中的[工作流定义文件](workflow-definition-files.md) HealthOmics。 + 你可以使用 [Kiro CLI](https://docs.aws.amazon.com/kiro/latest/userguide/what-is.html) 在 WDL、Nextflow 和 CWL 中构建和验证你的工作流程定义文件。有关更多信息，请参阅 [Kiro CLI 的示例提示](getting-started.md#omics-kiro-prompts)和上的 A [HealthOmics gentic 生成人工智能教程](https://github.com/aws-samples/aws-healthomics-tutorials/tree/main/generative-ai)。 GitHub + **(Optional) Parameter template file:**写入的参数模板文件JSON。创建文件来定义运行参数，或者为您 HealthOmics 生成参数模板。有关更多信息，请参阅[ HealthOmics 工作流程的参数模板文件](parameter-templates.md)。 + **Amazon ECR container images:**为工作流程中使用的每个容器创建私有 Amazon ECR 存储库。为工作流程创建容器映像并将其存储在私有存储库中，或者将支持的上游注册表的内容与 ECR 私有存储库同步。 + **(Optional) Sentieon licenses:**申请Sentieon许可证，以便在私人工作流程中使用该Sentieon软件。 对于大于 4 MiB（已压缩）的工作流定义文件，请在创建工作流程时选择以下选项之一： + 上传到 Amazon 简单存储服务文件夹并指定位置。 + 上传到外部存储库（最大大小 1 GiB）并指定存储库的详细信息。 创建工作流程后，您可以通过该`UpdateWorkflow`操作更新以下工作流信息： + Name + 说明 + 默认存储类型 + 默认存储容量（带工作流程 ID） + README.md 文件 要更改工作流程中的其他信息，请创建新的工作流程或工作流程版本。 使用工作流版本控制来组织和构造您的工作流程。版本还可以帮助您管理迭代工作流程更新的引入。有关版本的更多信息，请参阅[创建工作流程版本](workflows-version-create.md)。 **Topics** + [创建私有工作流程](create-private-workflow.md) + [更新私有工作流程](update-private-workflow.md) + [删除私有工作流程](delete-private-workflow.md) + [验证工作流程状态](using-get-workflow.md) + [从工作流程定义中引用基因组文件](create-ref-files.md) # 创建私有工作流程 使用 HealthOmics 控制台、 AWS CLI 命令或其中一个创建工作流程 AWS SDKs。 **注意** 请勿在工作流程名称中包含任何个人身份信息 (PII)。这些名称在 CloudWatch 日志中可见。 创建工作流程时，会为该工作流程 HealthOmics 分配一个通用唯一标识符 (UUID)。工作流程 UUID 是一个全局唯一标识符 (guid)，在工作流程和工作流程版本中都是唯一的。出于数据来源的目的，我们建议您使用工作流程 UUID 来唯一标识工作流程。 如果您的工作流程任务使用任何外部工具（可执行文件、库或脚本），则可以将这些工具构建到容器映像中。您可以通过以下选项来托管容器镜像： + 将容器镜像托管在 ECR 私有注册表中。此选项的先决条件： + 创建 ECR 私有存储库，或选择现有存储库。 + 按中所述配置 ECR 资源策略。[Amazon ECR 权限](permissions-ecr.md) + 将您的容器镜像上传到私有存储库。 + 将容器镜像与支持的第三方注册表的内容同步。此选项的先决条件： + 在 ECR 私有注册表中，为每个上游注册表配置一条直通缓存规则。有关更多信息，请参阅 [镜像映射](workflows-ecr.md#ecr-pull-through-mapping-format)。 + 按中所述配置 ECR 资源策略。[Amazon ECR 权限](permissions-ecr.md) + 创建存储库创建模板。该模板定义了 Amazon ECR 何时为上游注册表创建私有存储库的设置。 + 创建前缀映射以将工作流程定义中的容器映像引用重新映射到 ECR 缓存命名空间。 创建工作流程时，您需要提供一个包含有关工作流、运行和任务的信息的工作流定义。 HealthOmics 可以将工作流程定义检索为存储在本地或 Amazon S3 存储桶中的.zip 档案，或者从支持的基于 Git 的存储库中检索。 **Topics** + [使用控制台创建工作流程](#console-create-workflows) + [使用 CLI 创建工作流程](#api-create-workflows) + [使用 SDK 创建工作流程](#sdk-create-workflows) ## 使用控制台创建工作流程 **创建工作流程的步骤** 1. 打开 [HealthOmics 控制台](https://console.aws.amazon.com/omics/)。 1. 如果需要，请打开左侧导航窗格 (►)。选择 “**私有工作流程**”。 1. 在**私有工作流程**页面上，选择**创建工作流程**。 1. 在 “**定义工作流程**” 页面上，提供以下信息： 1. **工作流程名称**：此工作流程的独特名称。我们建议您设置工作流程名称，以便在 AWS HealthOmics 控制台和 CloudWatch 日志中整理运行情况。 1. **描述**（可选）：此工作流程的描述。 1. 在 “**工作流定义**” 面板中，提供以下信息： 1. **工作流语言**（可选）：选择工作流程的规范语言。否则， HealthOmics 根据工作流程定义确定语言。 1. 对于**工作流定义源**，请选择从基于 Git 的存储库、Amazon S3 位置或本地驱动器导入定义文件夹。 1. 对于**从存储库服务导入**： **注意** HealthOmics 支持、、GitHub、GitLabBitbucket、GitHub self-managed的公有和私有存储库GitLab self-managed。 1. 选择一个**连接**，将您的 AWS 资源连接到外部存储库。要创建连接，请参阅[Connect 连接外部代码存储库](setting-up-new.md#setting-up-omics-repository)。 **注意** 该TLV地区的客户需要在 IAD (us-east-1) 区域创建连接才能创建工作流程。 1. 在**完整存储库 ID** 中，输入您的存储库 ID 作为用户名/存储库名称。确认您有权访问此存储库中的文件。 1. 在**源引用**（可选）中，输入存储库源引用（分支、标签或提交 ID）。 HealthOmics 如果未指定源引用，则使用默认分支。 1. 在**排除文件模式**中，输入文件模式以排除特定的文件夹、文件或扩展名。这有助于在导入存储库文件时管理数据大小。最多有 50 个模式，并且模式必须遵循[全局模式语法](https://fossil-scm.org/home/doc/tip/www/globs.md)。例如： 1. `tests/` 1. `*.jpeg` 1. `large_data.zip` 1. 对于**从 S3 中选择定义文件夹**： 1. 输入包含压缩工作流程定义文件夹的 Amazon S3 位置。Amazon S3 存储桶必须与工作流程位于同一区域。 1. 如果您的账户不拥有 Amazon S3 存储桶，请在 S3 存储桶拥有者的 AWS 账户 ID 中输入**存储桶拥有者的账户 ID**。为了验证存储桶所有权 HealthOmics ，必须提供此信息。 1. 对于**从本地来源选择定义文件夹**： 1. 输入压缩的工作流程定义文件夹的本地驱动器位置。 1. **工作流定义文件主路径**（可选）：输入从压缩的工作流定义文件夹或存储库到该`main`文件的文件路径。如果工作流定义文件夹中只有一个文件，或者主文件名为 “main”，则不需要此参数。 1. 在**自述文件**（可选）面板中，选择**自述文件来源**并提供以下信息： + 对于**从存储库服务导入**，在**自述文件路径**中，输入存储库中自述文件的路径。 + 对于**从 S3 中选择文件**，在 S3 的**自述文件中**，输入自述文件的 Amazon S3 URI。 + 对于 **“从本地来源选择文件**：在**自述文件-可选**” 中，选择 “选择**文件” 以选择**要上传的 markdown (.md) 文件。 1. 在**默认运行存储配置**面板中，为使用此工作流程的运行提供默认的运行存储类型和容量： 1. **运行存储类型**：选择使用静态存储还是动态存储作为临时运行存储的默认值。默认为静态存储。 1. **运行存储容量**（可选）：对于静态运行存储类型，您可以输入此工作流程所需的默认运行存储量。此参数的默认值为 1200 GiB。当你开始运行时，你可以覆盖这些默认值。 1. **标签**（可选）：您最多可以将 50 个标签与该工作流程相关联。 1. 选择**下一步**。 1. 在**添加工作流程参数**（可选）页面上，选择**参数来源**： 1. 对于**从工作流定义文件解析**， HealthOmics 将自动解析工作流定义文件中的工作流参数。 1. 对于**从 Git 存储库提供参数模板**，请使用仓库中参数模板文件的路径。 1. 对于**从本地源选择 JSON JSON 文件**，请从本地源上传指定参数的文件。 1. 对于**手动输入工作流参数**，请手动输入参数名称和描述。 1. 在**参数预览**面板中，您可以查看或更改此工作流程版本的参数。如果恢复该JSON文件，则您所做的任何本地更改都将丢失。 1. 选择**下一步**。 1. 在**容器 URI 重新映射**页面的**映射规则**面板中，您可以为工作流程定义 URI 映射规则。 在 “**映射文件来源**” 中，选择以下选项之一： + **无**-无需映射规则。 + **从 S3 中选择 JSON 文件**-指定映射文件的 S3 位置。 + **从本地源选择 JSON 文件**-指定本地设备上的映射文件位置。 + **手动输入映射** **-在 “映射” 面板中输入注册表映射和图像映射。** 1. 控制台将显示 “**映射**” 面板。如果您选择了映射源文件，则控制台会显示该文件中的值。 1. 在**注册表映射**中，您可以编辑映射或添加映射（最多 20 个注册表映射）。 每个注册表映射都包含以下字段： + **上游注册表 URL**-上游注册表的 URI。 + **ECR 存储库前缀** — Amazon ECR 私有存储库中使用的存储库前缀。 + （可选）**上游存储库前**缀-上游注册表中存储库的前缀。 + （可选）**ECR 账户 ID**-拥有上游容器映像的账户的账户 ID。 1. 在**图像映射**中，您可以编辑图像映射或添加映射（最多 100 个图像映射）。 每个图像映射都包含以下字段： + **源图像**-指定上游注册表中源图像的 URI。 + **目标图片**-指定私有 Amazon ECR 注册表中相应图像的 URI。 1. 选择**下一步**。 1. 查看工作流程配置，然后选择**创建工作流程**。 ## 使用 CLI 创建工作流程 如果您的工作流程文件和参数模板文件位于本地计算机上，则可以使用以下 CLI 命令创建工作流。 ``` aws omics create-workflow \ --name "my_workflow" \ --definition-zip fileb://my-definition.zip \ --parameter-template file://my-parameter-template.json ``` 该`create-workflow`操作返回以下响应： ``` { "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:....", "id": "1234567", "status": "CREATING", "tags": { "resourceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:...." }, "uuid": "64c9a39e-8302-cc45-0262-2ea7116d854f" } ``` ### 创建工作流程时要使用的可选参数 创建工作流程时，您可以指定任何可选参数。有关语法的详细信息，请参阅 AWS HealthOmics API 参考[CreateWorkflow](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/api/API_CreateWorkflow.html)中的。 **Topics** + [指定工作流程定义 Amazon S3 位置](#create-defn-uri-parameter) + [使用基于 Git 的存储库中的工作流程定义](#create-defn-uri-git) + [指定自述文件](#specify-readme-file) + [指定**main**定义文件](#create-main-parameter) + [指定运行存储类型](#create-run-storage-parameter) + [指定 GPU 配置](#create-accelerator-parameter) + [配置直通缓存映射参数](#create-prefix-mapping-parameters) #### 指定工作流程定义 Amazon S3 位置 如果您的工作流程定义文件位于 Amazon S3 文件夹中，请使用`definition-uri`参数指定位置，如以下示例所示。如果您的账户不拥有 Amazon S3 存储桶，请提供所有者的 AWS 账户 ID。 ``` aws omics create-workflow \ --name Test \ --definition-uri s3://omics-bucket/workflow-definition/ \ --owner-id 123456789012 ... ``` #### 使用基于 Git 的存储库中的工作流程定义 要使用支持的基于 Git 的存储库中的工作流程定义，请在请求中使用`definition-repository`参数。请勿提供任何其他`definition`参数，因为如果请求包含多个输入源，则请求会失败。 该`definition-respository`参数包含以下字段： + **connectionArn**— 将您的 AWS 资源连接到外部存储库的代码连接的 ARN。 + **fullRepositoryId**— 将存储库 ID 输入为`owner-name/repo-name`。确认您有权访问此存储库中的文件。 + **sourceReference**（可选）-输入存储库引用类型（BRANCH、TAG 或 COMMIT）和值。 HealthOmics 如果您未指定源引用，则使用默认分支上的最新提交。 + **excludeFilePatterns**（可选）-输入文件模式以排除特定的文件夹、文件或扩展名。这有助于在导入存储库文件时管理数据大小。最多提供 50 个模式。这些模式必须遵循全局模式[语法](https://fossil-scm.org/home/doc/tip/www/globs.md)。例如： + `tests/` + `*.jpeg` + `large_data.zip` 在基于 Git 的存储库中指定工作流程定义时，请使用`parameter-template-path`来指定参数模板文件。如果您未提供此参数，则会在没有参数模板的情况下 HealthOmics 创建工作流程。 以下示例显示了与基于 Git 的私有存储库中的内容相关的参数： ``` aws omics create-workflow \ --name custom-variant \ --description "Custom variant calling pipeline" \ --engine "WDL" \ --definition-repository '{ "connectionArn": "arn:aws:codeconnections:us-east-1:123456789012:connection/abcd1234-5678-90ab-cdef-1234567890ab", "fullRepositoryId": "myorg/my-genomics-workflows", "sourceReference": { "type": "BRANCH", "value": "main" }, "excludeFilePatterns": ["tests/**", "*.log"] }' \ --main "workflows/variant-calling/main.wdl" \ --parameter-template-path "parameters/variant-calling-params.json" \ --readme-path "docs/variant-calling-README.md" \ --storage-type "DYNAMIC" \ ``` 有关更多示例，请参阅博客文章《[如何从 Git 中的内容创建 AWS HealthOmics 工作流程](https://repost.aws/articles/ARCEN7AjhaRSmteczRoc_QsA/how-to-create-an-aws-healthomics-workflows-from-content-in-git)》。 #### 指定自述文件 您可以使用以下参数之一来指定 README 文件的位置： + **readme-markdown**— 字符串输入或本地计算机上的文件。 + **readme-uri**— 存储在 S3 上的文件的 URI。 + **readme-path **— 存储库中自述文件的路径。 **只能将自述路径与定义存储库结合使用。**如果您未指定任何 README 参数，则会在存储库中 HealthOmics 导入根级 README.md 文件（如果存在）。 以下示例说明如何使用自述文件路径和自述文件URI指定自述文件位置。 ``` # Using README from repository aws omics create-workflow \ --name "documented-workflow" \ --definition-repository '...' \ --readme-path "docs/workflow-guide.md" # Using README from S3 aws omics create-workflow \ --name "s3-readme-workflow" \ --definition-repository '...' \ --readme-uri "s3://my-bucket/workflow-docs/readme.md" ``` 有关更多信息，请参阅 [HealthOmics 工作流程自述文件](workflows-readme.md)。 #### 指定**main**定义文件 如果您要包括多个工作流定义文件，请使用`main`参数为您的工作流程指定主定义文件。 ``` aws omics create-workflow \ --name Test \ --main multi_workflow/workflow2.wdl \ ... ``` #### 指定运行存储类型 您可以指定默认的运行存储类型（动态或静态）和运行存储容量（静态存储所必需的）。有关运行存储类型的更多信息，请参阅[在 HealthOmics 工作流程中运行存储类型](workflows-run-types.md)。 ``` aws omics create-workflow \ --name my_workflow \ --definition-zip fileb://my-definition.zip \ --parameter-template file://my-parameter-template.json \ --storage-type 'STATIC' \ --storage-capacity 1200 \ ``` #### 指定 GPU 配置 使用 accelerators 参数创建在加速计算实例上运行的工作流程。以下示例说明如何使用该`accelerators`参数。您可以在工作流程定义中指定 GPU 配置。请参阅[加速计算实例](memory-and-compute-tasks.md#workflow-task-accelerated-computing-instances)。 ``` aws omics create-workflow --name workflow name \ --definition-uri s3://amzn-s3-demo-bucket1/GPUWorkflow.zip \ --accelerators GPU ``` #### 配置直通缓存映射参数 如果您使用的是 Amazon ECR 直通缓存映射功能，则可以覆盖默认映射。有关容器设置参数的更多信息，请参阅[私有工作流程的容器镜像](workflows-ecr.md)。 在以下示例中，文件`mappings.json`包含以下内容： ``` { "registryMappings": [ { "upstreamRegistryUrl": "registry-1.docker.io", "ecrRepositoryPrefix": "docker-hub" }, { "upstreamRegistryUrl": "quay.io", "ecrRepositoryPrefix": "quay", "accountId": "123412341234" }, { "upstreamRegistryUrl": "public.ecr.aws", "ecrRepositoryPrefix": "ecr-public" } ], "imageMappings": [{ "sourceImage": "docker.io/library/ubuntu:latest", "destinationImage": "healthomics-docker-2/custom/ubuntu:latest", "accountId": "123412341234" }, { "sourceImage": "nvcr.io/nvidia/k8s/dcgm-exporter", "destinationImage": "healthomics-nvidia/k8s/dcgm-exporter" } ] } ``` 在创建工作流命令中指定映射参数： ``` aws omics create-workflow \ ... --container-registry-map-file file://mappings.json ... ``` 您也可以指定映射参数文件的 S3 位置： ``` aws omics create-workflow \ ... --container-registry-map-uri s3://amzn-s3-demo-bucket1/test.zip ... ``` ## 使用 SDK 创建工作流程 您可以使用其中一个来创建工作流程 SDKs。以下示例展示了如何使用 Python 开发工具包创建工作流程 ``` import boto3 omics = boto3.client('omics') with open('definition.zip', 'rb') as f: definition = f.read() response = omics.create_workflow( name='my_workflow', definitionZip=definition, parameterTemplate={ ... } ) ``` # 更新私有工作流程 您可以使用 HealthOmics 控制台、 AWS CLI 命令或其中一个来更新工作流程 AWS SDKs。 **注意** 请勿在工作流程名称中包含任何个人身份信息 (PII)。这些名称在 CloudWatch 日志中可见。 **Topics** + [使用控制台更新工作流程](#console-update-workflows) + [使用 CLI 更新工作流程](#api-update-workflows) + [使用 SDK 更新工作流程](#sdk-update-workflows) ## 使用控制台更新工作流程 **更新工作流程的步骤** 1. 打开 [HealthOmics 控制台](https://console.aws.amazon.com/omics/)。 1. 如果需要，请打开左侧导航窗格 (►)。选择**私有工作流程**。 1. 在**私有工作流程**页面上，选择要更新的工作流程。 1. 在 “工作**流程**” 页面上： + 如果工作流程有版本，请确保选择**默认版本**。 + 从 “**操作**” 列表中选择 “**编辑**”。 1. 在**编辑工作流程**页面上，您可以更改以下任何值： + **工作流程名称**。 + **工作流程描述**。 + 工作流程的默认 “**运行” 存储类型**。 + 默认**运行存储容量**（如果运行存储类型为静态存储）。有关默认运行存储配置的更多信息，请参阅[使用控制台创建工作流程](create-private-workflow.md#console-create-workflows)。 1. 选择**保存更改**以应用更改。 ## 使用 CLI 更新工作流程 如以下示例所示，您可以更新工作流程名称和描述。您也可以更改默认的运行存储类型（静态或动态）和运行存储容量（对于静态存储类型）。有关运行存储类型的更多信息，请参阅[在 HealthOmics 工作流程中运行存储类型](workflows-run-types.md)。 ``` aws omics update-workflow \ --id 1234567 \ --name my_workflow \ --description "updated workflow" \ --storage-type 'STATIC' \ --storage-capacity 1200 ``` 您没有收到对`update-workflow`请求的回复。 ## 使用 SDK 更新工作流程 您可以使用其中一个来更新工作流程 SDKs。 以下示例说明如何使用 Python 开发工具包更新工作流程 ``` import boto3 omics = boto3.client('omics') response = omics.update_workflow( name='my_workflow', description='updated workflow' ) ``` # 删除私有工作流程 当您不再需要某个工作流程时，可以使用 HealthOmics 控制台、 AWS CLI 命令或其中一个将其删除 AWS SDKs。您可以删除符合以下条件的工作流程： + 其状态为 “活动” 或 “失败”。 + 它没有活跃股份。 + 您已经删除了所有工作流程版本。 删除工作流程不会影响正在使用该工作流程的任何正在进行的运行。 **Topics** + [使用控制台删除工作流程](#console-delete-workflows) + [使用 CLI 删除工作流程](#api-delete-workflows) + [使用 SDK 删除工作流程](#sdk-delete-workflows) ## 使用控制台删除工作流程 **删除工作流** 1. 打开 [HealthOmics 管理控制台](https://console.aws.amazon.com/omics/)。 1. 如果需要，请打开左侧导航窗格 (►)。选择 “**私有工作流程**”。 1. 在**私有工作流程**页面上，选择要删除的工作流程。 1. 在 “**工作流程**” 页面上，从 “**操作**” 列表中选择 “**删除选定**内容”。 1. 在**删除工作流程**模式中，输入 “确认” 以确认删除。 1. 选择**删除**。 ## 使用 CLI 删除工作流程 以下示例说明如何使用 AWS CLI 命令删除工作流程。要运行此示例，请将`workflow id`替换为您要删除的工作流程的 ID。 ``` aws omics delete-workflow --id workflow id ``` HealthOmics 不会发送对`delete-workflow`请求的响应。 ## 使用 SDK 删除工作流程 您可以使用其中一个来删除工作流程 SDKs。 以下示例说明如何使用 Python 开发工具包删除工作流程。 ``` import boto3 omics = boto3.client('omics') response = omics.delete_workflow( id='1234567' ) ``` # 验证工作流程状态 创建工作流程后，您可以使用 **get-workflow 验证工作流程的状态并查看其他详细信息，如图**所示。 ``` aws omics get-workflow --id 1234567 ``` 响应包括工作流程的详细信息，包括状态，如图所示。 ``` { "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:....", "creationTime": "2022-07-06T00:27:05.542459" "id": "1234567", "engine": "WDL", "status": "ACTIVE", "type": "PRIVATE", "main": "workflow-crambam.wdl", "name": "workflow_name", "storageType": "STATIC", "storageCapacity": "1200", "uuid": "64c9a39e-8302-cc45-0262-2ea7116d854f" } ``` 状态转换到后，您可以使用此工作流程开始运行`ACTIVE`。 # 从工作流程定义中引用基因组文件 可以使用如下所示的 URI 来引用 HealthOmics 参考存储对象。使用您自己的`account ID``reference store ID`、和（`reference ID`如果有指示）。 ``` omics://account ID.storage.us-west-2.amazonaws.com/reference store id/reference/id ``` 有些工作流程需要同时使用`SOURCE`和`INDEX`文件作为参考基因组。之前的 URI 是默认的简写形式，默认为源文件。要指定任一文件，您可以使用长 URI 格式，如下所示。 ``` omics://account ID.storage.us-west-2.amazonaws.com/reference store id/reference/id/source omics://account ID.storage.us-west-2.amazonaws.com/reference store id/reference/id/index ``` 如图所示，使用序列读取集将具有类似的模式。 ``` aws omics create-workflow \ --name workflow name \ --main sample workflow.wdl \ --definition-uri omics://account ID.storage.us-west-2.amazonaws.com/sequence_store_id/readSet/id \ --parameter-template file://parameters_sample_description.json ``` 某些读取集（例如基于 FASTQ 的读取集）可能包含配对读取。在以下示例中，它们被称为 SOURCE1 和 SOURCE2。诸如 BAM 和 CRAM 之类的格式只能有一个文件。 SOURCE1 某些读取集将包含索引文件，例如`bai`或`crai`文件。前面的 URI 是默认的简写形式，默认为该 SOURCE1 文件。要指定确切的文件或索引，可以使用长 URI 格式，如下所示。 ``` omics://123456789012.storage.us-west-2.amazonaws.com//readSet//source1 omics://123456789012.storage.us-west-2.amazonaws.com//readSet//source2 omics://123456789012.storage.us-west-2.amazonaws.com//readSet//index ``` 以下是使用两个 Omics 存储空间 URIs的输入 JSON 文件的示例。 ``` { "input_fasta": "omics://123456789012.storage.us-west-2.amazonaws.com//reference/", "input_cram": "omics://123456789012.storage.us-west-2.amazonaws.com//readSet/" } ``` AWS CLI 通过将输入的 JSON 文件添加到您的**开始运行请求中，引`--inputs file://`用输入 JS** ON 文件。