

本文属于机器翻译版本。若本译文内容与英语原文存在差异，则一律以英文原文为准。

# 入门 HealthOmics
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首先 HealthOmics，请确保您已正确设置您[的 IAM 权限和角色 HealthOmics](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/setting-up-new.html#setting-up-create-iam-user)。

## 在控制台中使用 Ready2Run 工作流程 HealthOmics
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以下练习显示了如何使用 Ready2Run 工作流程。Ready2Run 工作流程已预先配置了运行工作流程所需的参数和工具参考。工作流程发布者提供示例数据，因此您无需创建自己的数据。

1. 打开 [HealthOmics 管理控制台](https://console.aws.amazon.com/omics/)。

1. 选择左上角的导航窗格 ()，然后选择 **Ready2Run** 工作流程。

1. 在 **Ready2Run 工作流程**页面上，选择工作流程。**ESMFold for up to 800 residues**控制台将打开该工作流程的详细信息页面。

1. 详细信息选项卡提供有关工作流程的信息。要试用工作流程，请在页面的右上角选择 “**开始运行**”。

1. 在 “**指定运行详细信息**” 页面中，输入运行名称。

1. 为运行输出输入或选择一个 Amazon S3 位置。

1. 对于**运行元数据保留模式**，选择是保留还是删除 runmeta 数据。

1. 在**服务角色**面板中，选择**创建并使用新的服务角色**。

1. 选择**下一步**。

1. 在 “**添加参数值**” 页面上，选择 “**使用 Ready2Run 测试数据运行工作流**”。

1. 选择**下一步**。

1. 查看您的输入，然后选择 “**开始运行**”。

## Amazon Q CLI 的示例提示
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Amazon Q CLI AWS HealthOmics 可以使用自然语言命令运行基因组工作流程和分析任务。以下示例提示允许您创建工作流程、管理运行和分析基因组数据。有关更多信息和示例提示 HealthOmics，请参阅上 GitHub的 A [HealthOmics gentic 生成式 AI 教程](https://github.com/aws-samples/aws-healthomics-tutorials/tree/main/generative-ai)。
+ “创建一个 WDL 1.1 工作流程文件`main.wdl`，因为它将在该文件上运行。 HealthOmics该工作流程将以参考基因组作为输入和成对的 fastq 文件。它将使用 BWA 对参考基因组进行索引，然后将每对 fastq 文件映射到参考文献。最后，将每个映射的 BAM 合并到一个 BAM 文件中，然后输出这个文件，它是 bai 索引。”
+ “Package 将工作流程打包并在其中创建 HealthOmics”
+ “更新 inputs.json 文件以使用我的 Amazon S3 存储桶中的真实文件`omics-my-bucket-with-genome-data`”（提供特定的亚马逊 S3 存储桶位置，或者让 Amazon Q 探索）
+ “在我的 Amazon ECR 存储库中找到合适的容器并更新 inputs.json 以使用这些容器”
+ “查找或创建合适的 IAM 角色以在运行工作流程时使用”
+ “为我的工作流程创建运行缓存”
+ “在中运行工作流程 HealthOmics”
+ “检查运行状态”

**警告**  
使用 Amazon Q CLI 时，请先查看所有生成的内容和建议的操作，然后再继续。提供反馈以提高响应质量并满足您的工作流程要求。有关更多信息，请参阅 Amazon Q [的安全注意事项和最佳实践](https://docs.aws.amazon.com/amazonq/latest/qdeveloper-ug/command-line-chat-security.html)。