HealthOmics 工作流程定义要求

任务必须定义 input/output 参数、Amazon ECR 容器存储库和运行时规范，例如内存或 CPU 分配。

验证您的 IAM 角色是否具有所需的权限。

在工作流程定义中声明输出文件。要将中间运行文件复制到输出位置，请将其声明为工作流输出。

输入和输出位置必须与工作流程位于同一区域。

HealthOmics 存储工作流输入必须处于ACTIVE状态。 HealthOmics 不会导入带有ARCHIVED状态的输入，从而导致工作流程失败。有关 Amazon S3 对象输入的信息，请参阅HealthOmics 运行输入。

如果您的 ZIP 存档包含单个工作流程定义或名为 “main” 的文件，则工作流程的main位置是可选的。

在从 Amazon S3 或本地驱动器创建工作流程之前，请创建工作流程定义文件和任何依赖关系（例如子工作流程）的 zip 存档。

我们建议您在工作流程中声明亚马逊 ECR 容器作为验证亚马逊 ECR 权限的输入参数。

/bin

Nextflow 工作流程定义可能包括一个包含可执行脚本的 /bin 文件夹。此路径具有对任务的只读访问权限和可执行权限。依赖这些脚本的任务应使用使用使用相应脚本解释器构建的容器。最佳做法是直接给口译员打电话。例如：

process my_bin_task {
   ...
   script:
      """
      python3 my_python_script.py
      """
}       
        

includeConfig

Nextflow-based 工作流定义可以包括 nextflow.config 文件，这些文件有助于抽象参数定义或流程资源配置文件。要支持在多个环境中开发和执行 Nextflow 管道，请使用使用 includeConfig 指令添加到全局配置中的 HealthOmics-specific 配置。要保持可移植性，请使用以下代码将工作流程配置为仅在 HealthOmics 运行时包含文件：

// at the end of the nextflow.config file
if ("$AWS_WORKFLOW_RUN") {
    includeConfig 'conf/omics.config'
}       

Reports

HealthOmics 支持 Nextflow 执行报告、时间表、跟踪和 DAG 报告。将每份报告配置为在下方写入其输出，/mnt/workflow/output/以便将其 HealthOmics 导出到运行的 Amazon S3 输出位置。有关更多信息，请参阅 生成 Nextflow 执行报告。

自动语法验证 — 对于 WDL 和 Nextflow，在工作流程创建期间 HealthOmics 运行内置语法。有关更多信息，请参阅 工作流程提示器已输入 HealthOmics。

Container image uri interpolation

HealthOmics 允许的 dockerPull 属性成为内联 javaScript 表达式。 DockerRequirement 例如：

requirements:
  DockerRequirement:
    dockerPull: "$(inputs.container_image)"  

这允许您指定容器镜像 URI 作为工作流程的输入参数。

Javascript expressions

JavaScript 表达式必须strict mode兼容。

Operation process

HealthOmics 不支持 CWL 操作流程。