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将 HealthOmics 工作流程连接到 VPC

借助 Amazon Virtual Private Cloud（亚马逊 VPC），您可以在您定义的私有虚拟网络中启动 AWS 资源。您可以将运行配置为使用 VPC 联网模式，从而允许您的 HealthOmics 工作流程访问您的 VPC 中的资源。启用 VPC 联网后，如果您的 VPC 配置了互联网访问权限，则您的运行可以访问您的 VPC 内的资源并通过公共互联网连接到外部资源。

何时使用 VPC 网络

当您的运行需要时，请使用 VPC 联网：

联网模式

HealthOmics 工作流支持两种联网模式。默认情况下，工作流程运行在 “受限” 模式下运行。在启动工作流程运行时，您可以按运行启用 VPC 联网。

在启动工作流程运行时，您可以使用 StartRun API 中的networkingMode参数指定联网模式。

开始使用

本节将指导您首次为 HealthOmics 工作流程设置 VPC 网络。

先决条件

在为 HealthOmics 工作流程配置 VPC 网络之前，请确保您具备以下条件：

步骤 1：创建或配置您的 VPC

创建包含私有子网、安全组和 NAT 网关的 VPC（如果需要访问互联网）。有关详细 step-by-step说明，请参阅为 VPC 连接的工作流程提供互联网接入。

步骤 2：配置安全组

创建一个安全组，允许出站流量到达您的运行需要访问的目的地。按照最低权限原则，将安全组配置为仅允许所需的最低出站流量。

有关配置示例和详细指南，请参阅中的安全组部分为 VPC 连接的工作流程提供互联网接入。

步骤 3：验证路由表

确保您的私有子网有通往 NAT 网关的路由，以便访问互联网。有关路由表配置的示例，请参阅中的路由表部分为 VPC 连接的工作流程提供互联网接入。

步骤 4：创建配置资源

创建用于定义您的 VPC 网络设置的 HealthOmics 配置资源：

aws omics create-configuration \
  --name my-vpc-config \
  --description "VPC configuration for genomics workflows" \
  --run-configurations '{
    "vpcConfig": {
      "securityGroupIds": ["sg-0123456789abcdef0"],
      "subnetIds": [
        "subnet-0a1b2c3d4e5f6g7h8",
        "subnet-1a2b3c4d5e6f7g8h9"
      ]
    }
  }' \
  --region us-west-2

配置网络资源后，配置将从ACTIVE状态CREATING转换为状态。这最多需要 15 分钟。

步骤 5：开始使用 VPC 网络运行工作流程

配置完成后ACTIVE，在启用 VPC 联网的情况下启动工作流程运行：

aws omics start-run \
  --workflow-id 1234567 \
  --role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/OmicsWorkflowRole \
  --output-uri s3://my-bucket/outputs/ \
  --networking-mode VPC \
  --configuration-name my-vpc-config \
  --region us-west-2

步骤 6：验证连通性

监控您的工作流程运行情况，以验证其是否可以访问所需的外部资源。在 “日志” 中查看工作流程 CloudWatch 日志，了解连接成功或失败的消息。有关测试连接的详细指南，请参阅测试 VPC 连接。

VPC 要求

您的 VPC 必须满足以下要求：

子网要求

安全组要求

安全组控制您跑步的入站和出站流量。

网络接口要求

HealthOmics 在您的 VPC 中配置弹性网络接口 (ENIs) 以将运行连接到您的网络。确保您的 AWS 账户有足够的 ENI 容量（默认限制： ENIs 每个区域 5,000）。

ENIs 创建者使用 HealthOmics 以下标签进行标记：

"TagSet": [
  {
    "Key": "Service",
    "Value": "HealthOmics"
  },
  {
    "Key": "eniType",
    "Value": "CUSTOMER"
  }
]

配置 APIs

HealthOmics APIs 用于创建、管理和删除 VPC 配置。您可以在多个工作流程运行中重复使用配置。

CreateConfiguration

使用 VPC 网络设置创建新的配置资源。有关示 step-by-step例，请参阅步骤 4：创建配置资源。

请求语法：

aws omics create-configuration \
  --name configuration-name \
  --description description \
  --run-configurations '{"vpcConfig":{"securityGroupIds":["security-group-id"],"subnetIds":["subnet-id"]}}' \
  --tags Key=key,Value=value \
  --region region

参数：

响应：

{
  "arn": "arn:aws:omics:region:account-id:configuration/configuration-name",
  "uuid": "configuration-uuid",
  "name": "configuration-name",
  "runConfigurations": {
    "vpcConfig": {
      "securityGroupIds": ["security-group-id"],
      "subnetIds": ["subnet-id"],
      "vpcId": "vpc-id"
    }
  },
  "status": "CREATING",
  "creationTime": "timestamp",
  "tags": {}
}

配置状态值：

GetConfiguration

检索特定配置的详细信息。

请求语法：

aws omics get-configuration \
  --name configuration-name \
  --region region

响应：

{
  "arn": "arn:aws:omics:region:account-id:configuration/configuration-name",
  "uuid": "configuration-uuid",
  "name": "configuration-name",
  "runConfigurations": {
    "vpcConfig": {
      "securityGroupIds": ["security-group-id"],
      "subnetIds": ["subnet-id"],
      "vpcId": "vpc-id"
    }
  },
  "status": "ACTIVE",
  "creationTime": "timestamp",
  "tags": {}
}

ListConfigurations

列出您账户中的所有配置。

请求语法：

aws omics list-configurations \
  --region region

响应：

{
  "items": [
    {
      "arn": "arn:aws:omics:region:account-id:configuration/configuration-name",
      "name": "configuration-name",
      "description": "description",
      "status": "ACTIVE",
      "creationTime": "timestamp"
    }
  ]
}

DeleteConfiguration

删除配置。您无法删除当前由活动工作流程运行使用的配置。

请求语法：

aws omics delete-configuration \
  --name configuration-name \
  --region region

使用 VPC 网络运行工作流程

开始使用 VPC 网络进行跑步

要在工作流程运行中使用 VPC 联网，请指定networking-mode参数和configuration-name：

aws omics start-run \
  --workflow-id 1234567 \
  --role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/OmicsWorkflowRole \
  --output-uri s3://my-bucket/outputs/ \
  --networking-mode VPC \
  --configuration-name my-vpc-config \
  --region us-west-2

参数：

查看运行网络配置

GetRun用于查看运行的网络配置：

aws omics get-run \
  --id run-id \
  --region region

响应包括联网模式、配置详细信息和 VPC 配置。以下示例显示了响应中与 VPC 相关的字段：

{
  "arn": "arn:aws:omics:region:account-id:run/run-id",
  "id": "run-id",
  "status": "status",
  "workflowId": "workflow-id",
  "networkingMode": "VPC",
  "configuration": {
    "name": "configuration-name",
    "arn": "arn:aws:omics:region:account-id:configuration/configuration-name",
    "uuid": "configuration-uuid"
  },
  "vpcConfig": {
    "subnets": ["subnet-id-1", "subnet-id-2"],
    "securityGroupIds": ["security-group-id"],
    "vpcId": "vpc-id"
  }
}

配置不可变性

工作流使用运行开始时存在的配置快照。您可以在运行执行期间安全地修改或删除配置，而不会影响活动运行。

呼叫缓存注意事项

将 VPC 联网与呼叫缓存配合使用时，请确保正确配置您的工作流程引擎。有关每个引擎的呼叫缓存的详细指导，请参阅特定于引擎的缓存功能。

最佳实践

安全性

性能

成本优化

正常运行

VPC 网络配额

下表列出了 VPC 网络配置的配额：

要申请增加配额，请打开 S ervice Quotas 控制台 AWS HealthOmics，选择AWS 服务，搜索，选择要增加的配额，然后选择请求增加配额。配额增加请求通常在 1-2 个工作日内处理。