本文為英文版的機器翻譯版本，如內容有任何歧義或不一致之處，概以英文版為準。
# 使用 的 HealthOmics 範例 AWS CLI
下列程式碼範例示範如何使用 AWS Command Line Interface 搭配 HealthOmics 來執行動作和實作常見案例。
*Actions* 是大型程式的程式碼摘錄，必須在內容中執行。雖然動作會告訴您如何呼叫個別服務函數，但您可以在其相關情境中查看內容中的動作。
每個範例均包含完整原始碼的連結，您可在連結中找到如何設定和執行內容中程式碼的相關指示。
**Topics**
+ [動作](#actions)
## 動作
### `abort-multipart-read-set-upload`
以下程式碼範例顯示如何使用 `abort-multipart-read-set-upload`。
**AWS CLI**
**停止分段讀取集上傳**
下列 `abort-multipart-read-set-upload` 範例會停止將分段讀取集上傳到您的 HealthOmics 序列存放區。
```
aws omics abort-multipart-read-set-upload \
--sequence-store-id 0123456789 \
--upload-id 1122334455
```
此命令不會產生輸出。
如需詳細資訊，請參閱《*AWS HealthOmics 使用者指南*》中的[直接上傳至序列存放區](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/synchronous-uploads.html)。
+ 如需 API 詳細資訊，請參閱《AWS CLI 命令參考》**中的 [AbortMultipartReadSetUpload](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/abort-multipart-read-set-upload.html)。
### `accept-share`
以下程式碼範例顯示如何使用 `accept-share`。
**AWS CLI**
**接受分析存放區資料的共用**
下列 `accept-share` 範例接受 HealthOmics 分析存放區資料的共用。
```
aws omics accept-share \
----share-id "495c21bedc889d07d0ab69d710a6841e-dd75ab7a1a9c384fa848b5bd8e5a7e0a"
```
輸出：
```
{
"status": "ACTIVATING"
}
```
如需詳細資訊，請參閱《*AWS HealthOmics 使用者指南*》中的[跨帳戶共享](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/cross-account-sharing.html)。
+ 如需 API 詳細資訊，請參閱《AWS CLI 命令參考》**中的 [AcceptShare](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/accept-share.html)。
### `batch-delete-read-set`
以下程式碼範例顯示如何使用 `batch-delete-read-set`。
**AWS CLI**
**刪除多個讀取集**
下列 `batch-delete-read-set` 範例會刪除兩個讀取集。
```
aws omics batch-delete-read-set \
--sequence-store-id 1234567890 \
--ids 1234567890 0123456789
```
如果在刪除任何指定的讀取集時發生錯誤，服務會傳回錯誤清單。
```
{
"errors": [
{
"code": "",
"id": "0123456789",
"message": "The specified readset does not exist."
}
]
}
```
如需詳細資訊，請參閱《*Amazon Omics 開發人員指南*》中的[體學資料儲存功能](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html)。
+ 如需 API 詳細資訊，請參閱《AWS CLI 命令參考》**中的 [BatchDeleteReadSet](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/batch-delete-read-set.html)。
### `cancel-annotation-import-job`
以下程式碼範例顯示如何使用 `cancel-annotation-import-job`。
**AWS CLI**
**取消註釋匯入任務**
下列 `cancel-annotation-import-job` 範例會取消 ID 為 `04f57618-xmpl-4fd0-9349-e5a85aefb997` 的註釋匯入任務。
```
aws omics cancel-annotation-import-job \
--job-id 04f57618-xmpl-4fd0-9349-e5a85aefb997
```
如需詳細資訊，請參閱《*Amazon Omics 開發人員指南*》中的[體學分析功能](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/omics-analytics.html)。
+ 如需 API 詳細資訊，請參閱《*AWS CLI 命令參考*》中的 [CancelAnnotationImportJob](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/cancel-annotation-import-job.html)。
### `cancel-run`
以下程式碼範例顯示如何使用 `cancel-run`。
**AWS CLI**
**取消執行**
下列 `cancel-run` 範例會取消以 ID `1234567` 執行。
```
aws omics cancel-run \
--id 1234567
```
如需詳細資訊，請參閱《*AWS HealthOmics 使用者指南*》中的[在工作流程中執行生命週期](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/monitoring-runs.html)。
+ 如需 API 詳細資訊，請參閱《AWS CLI 命令參考》**中的 [CancelRun](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/cancel-run.html)。
### `cancel-variant-import-job`
以下程式碼範例顯示如何使用 `cancel-variant-import-job`。
**AWS CLI**
**取消變體匯入任務**
下列 `cancel-variant-import-job` 範例會取消 ID 為 `69cb65d6-xmpl-4a4a-9025-4565794b684e` 的變體匯入任務。
```
aws omics cancel-variant-import-job \
--job-id 69cb65d6-xmpl-4a4a-9025-4565794b684e
```
如需詳細資訊，請參閱《*Amazon Omics 開發人員指南*》中的[體學分析功能](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/omics-analytics.html)。
+ 如需 API 詳細資訊，請參閱《*AWS CLI 命令參考*》中的 [CancelVariantImportJob](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/cancel-variant-import-job.html)。
### `complete-multipart-read-set-upload`
以下程式碼範例顯示如何使用 `complete-multipart-read-set-upload`。
**AWS CLI**
**上傳完所有元件後，即可完成分段上傳。**
上傳完所有元件後，下列 `complete-multipart-read-set-upload` 範例會結束分段上傳至序列存放區。
```
aws omics complete-multipart-read-set-upload \
--sequence-store-id 0123456789 \
--upload-id 1122334455 \
--parts '[{"checksum":"gaCBQMe+rpCFZxLpoP6gydBoXaKKDA/Vobh5zBDb4W4=","partNumber":1,"partSource":"SOURCE1"}]'
```
輸出：
```
{
"readSetId": "0000000001"
"readSetId": "0000000002"
"readSetId": "0000000003"
}
```
如需詳細資訊，請參閱《*AWS HealthOmics 使用者指南*》中的[直接上傳至序列存放區](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/synchronous-uploads.html)。
+ 如需 API 詳細資訊，請參閱《AWS CLI 命令參考》**中的 [CompleteMultipartReadSetUpload](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/complete-multipart-read-set-upload.html)。
### `create-annotation-store-version`
以下程式碼範例顯示如何使用 `create-annotation-store-version`。
**AWS CLI**
**建立新版本的註釋存放區**
下列 `create-annotation-store-version` 範例會建立新的註釋存放區版本。
```
aws omics create-annotation-store-version \
--name my_annotation_store \
--version-name my_version
```
輸出：
```
{
"creationTime": "2023-07-21T17:15:49.251040+00:00",
"id": "3b93cdef69d2",
"name": "my_annotation_store",
"reference": {
"referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:referenceStore/6505293348/reference/5987565360"
},
"status": "CREATING",
"versionName": "my_version"
}
```
如需詳細資訊，請參閱《*AWS HealthOmics 使用者指南*》中的[建立新版本的註釋存放區](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/annotation-store-versioning.html)。
+ 如需 API 詳細資訊，請參閱《AWS CLI 命令參考》**中的 [CreateAnnotationStoreVersion](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/create-annotation-store-version.html)。
### `create-annotation-store`
以下程式碼範例顯示如何使用 `create-annotation-store`。
**AWS CLI**
**範例 1：建立 VCF 註釋存放區**
下列 `create-annotation-store` 範例會建立 VCF 格式註釋存放區。
```
aws omics create-annotation-store \
--name my_ann_store \
--store-format VCF \
--reference referenceArn=arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890
```
輸出：
```
{
"creationTime": "2022-11-23T22:48:39.226492Z",
"id": "0a91xmplc71f",
"name": "my_ann_store",
"reference": {
"referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890"
},
"status": "CREATING",
"storeFormat": "VCF"
}
```
**範例 2：建立 TSV 註釋存放區**
下列 `create-annotation-store` 範例會建立 TSV 格式註釋存放區。
```
aws omics create-annotation-store \
--name tsv_ann_store \
--store-format TSV \
--reference referenceArn=arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890 \
--store-options file://tsv-store-options.json
```
`tsv-store-options.json` 設定註釋的格式選項。
```
{
"tsvStoreOptions": {
"annotationType": "CHR_START_END_ZERO_BASE",
"formatToHeader": {
"CHR": "chromosome",
"START": "start",
"END": "end"
},
"schema": [
{
"chromosome": "STRING"
},
{
"start": "LONG"
},
{
"end": "LONG"
},
{
"name": "STRING"
}
]
}
}
```
輸出：
```
{
"creationTime": "2022-11-30T01:28:08.525586Z",
"id": "861cxmpl96b0",
"name": "tsv_ann_store",
"reference": {
"referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890"
},
"status": "CREATING",
"storeFormat": "TSV",
"storeOptions": {
"tsvStoreOptions": {
"annotationType": "CHR_START_END_ZERO_BASE",
"formatToHeader": {
"CHR": "chromosome",
"END": "end",
"START": "start"
},
"schema": [
{
"chromosome": "STRING"
},
{
"start": "LONG"
},
{
"end": "LONG"
},
{
"name": "STRING"
}
]
}
}
}
```
如需詳細資訊，請參閱《Amazon Omics 開發人員指南》中的[體學分析功能](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/omics-analytics.html)。
+ 如需 API 詳細資訊，請參閱《AWS CLI 命令參考》**中的 [CreateAnnotationStore](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/create-annotation-store.html)。
### `create-multipart-read-set-upload`
以下程式碼範例顯示如何使用 `create-multipart-read-set-upload`。
**AWS CLI**
**開始分段讀取集上傳。**
下列 `create-multipart-read-set-upload` 範例會啟動分段讀取集上傳。
```
aws omics create-multipart-read-set-upload \
--sequence-store-id 0123456789 \
--name HG00146 \
--source-file-type FASTQ \
--subject-id mySubject\
--sample-id mySample\
--description "FASTQ for HG00146"\
--generated-from "1000 Genomes"
```
輸出：
```
{
"creationTime": "2022-07-13T23:25:20Z",
"description": "FASTQ for HG00146",
"generatedFrom": "1000 Genomes",
"name": "HG00146",
"sampleId": "mySample",
"sequenceStoreId": "0123456789",
"sourceFileType": "FASTQ",
"subjectId": "mySubject",
"uploadId": "1122334455"
}
```
如需詳細資訊，請參閱《*AWS HealthOmics 使用者指南*》中的[直接上傳至序列存放區](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/synchronous-uploads.html)。
+ 如需 API 詳細資訊，請參閱《AWS CLI 命令參考》**中的 [CreateMultipartReadSetUpload](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/create-multipart-read-set-upload.html)。
### `create-reference-store`
以下程式碼範例顯示如何使用 `create-reference-store`。
**AWS CLI**
**建立參考存放區**
下列 `create-reference-store` 範例會建立參考存放區 `my-ref-store`。
```
aws omics create-reference-store \
--name my-ref-store
```
輸出：
```
{
"arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890",
"creationTime": "2022-11-22T22:13:25.947Z",
"id": "1234567890",
"name": "my-ref-store"
}
```
如需詳細資訊，請參閱《*Amazon Omics 開發人員指南*》中的[體學資料儲存功能](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html)。
+ 如需 API 詳細資訊，請參閱《AWS CLI 命令參考》**中的 [CreateReferenceStore](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/create-reference-store.html)。
### `create-run-group`
以下程式碼範例顯示如何使用 `create-run-group`。
**AWS CLI**
**建立執行群組**
下列 `create-run-group` 範例建立名為 `cram-converter` 的執行群組。
```
aws omics create-run-group \
--name cram-converter \
--max-cpus 20 \
--max-gpus 10 \
--max-duration 600 \
--max-runs 5
```
輸出：
```
{
"arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:runGroup/1234567",
"id": "1234567",
"tags": {}
}
```
如需詳細資訊，請參閱《AWS HealthOmics 使用者指南》**中的[建立執行群組](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/creating-run-groups.html)。
+ 如需 API 詳細資訊，請參閱《AWS CLI 命令參考》**中的 [CreateRunGroup](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/create-run-group.html)。
### `create-sequence-store`
以下程式碼範例顯示如何使用 `create-sequence-store`。
**AWS CLI**
**建立序列存放區**
下列 `create-sequence-store` 範例會建立序列存放區：
```
aws omics create-sequence-store \
--name my-seq-store
```
輸出：
```
{
"arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:sequenceStore/1234567890",
"creationTime": "2022-11-23T01:24:33.629Z",
"id": "1234567890",
"name": "my-seq-store"
}
```
如需詳細資訊，請參閱《*Amazon Omics 開發人員指南*》中的[體學資料儲存功能](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html)。
+ 如需 API 詳細資訊，請參閱《AWS CLI 命令參考》**中的 [CreateSequenceStore](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/create-sequence-store.html)。
### `create-share`
以下程式碼範例顯示如何使用 `create-share`。
**AWS CLI**
**建立 HealthOmics 分析存放區的共用**
下列 `create-share` 範例示範如何建立 HealthOmics 分析存放區的共用，該共享可由帳戶外部的訂閱用戶接受。
```
aws omics create-share \
--resource-arn "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:variantStore/omics_dev_var_store" \
--principal-subscriber "123456789012" \
--name "my_Share-123"
```
輸出：
```
{
"shareId": "495c21bedc889d07d0ab69d710a6841e-dd75ab7a1a9c384fa848b5bd8e5a7e0a",
"name": "my_Share-123",
"status": "PENDING"
}
```
如需詳細資訊，請參閱《*AWS HealthOmics 使用者指南*》中的[跨帳戶共用](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/cross-account-sharing.html)。
+ 如需 API 詳細資訊，請參閱《AWS CLI 命令參考》**中的 [CreateShare](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/create-share.html)。
### `create-variant-store`
以下程式碼範例顯示如何使用 `create-variant-store`。
**AWS CLI**
**建立變體存放區**
下列 `create-variant-store` 範例會建立名為 `my_var_store` 的變體存放區。
```
aws omics create-variant-store \
--name my_var_store \
--reference referenceArn=arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890
```
輸出：
```
{
"creationTime": "2022-11-23T22:09:07.534499Z",
"id": "02dexmplcfdd",
"name": "my_var_store",
"reference": {
"referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890"
},
"status": "CREATING"
}
```
如需詳細資訊，請參閱《*Amazon Omics 開發人員指南*》中的[體學分析功能](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/omics-analytics.html)。
+ 如需 API 詳細資訊，請參閱《AWS CLI 命令參考》**中的 [CreateVariantStore](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/create-variant-store.html)。
### `create-workflow`
以下程式碼範例顯示如何使用 `create-workflow`。
**AWS CLI**
**建立工作流程**
下列 `create-workflow` 範例會建立 WDL 工作流程。
```
aws omics create-workflow \
--name cram-converter \
--engine WDL \
--definition-zip fileb://workflow-crambam.zip \
--parameter-template file://workflow-params.json
```
`workflow-crambam.zip` 是包含工作流程定義的 ZIP 存檔。`workflow-params.json` 定義工作流程的執行時期參數。
```
{
"ref_fasta" : {
"description": "Reference genome fasta file",
"optional": false
},
"ref_fasta_index" : {
"description": "Index of the reference genome fasta file",
"optional": false
},
"ref_dict" : {
"description": "dictionary file for 'ref_fasta'",
"optional": false
},
"input_cram" : {
"description": "The Cram file to convert to BAM",
"optional": false
},
"sample_name" : {
"description": "The name of the input sample, used to name the output BAM",
"optional": false
}
}
```
輸出：
```
{
"arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:workflow/1234567",
"id": "1234567",
"status": "CREATING",
"tags": {}
}
```
如需詳細資訊，請參閱《AWS HealthOmics 使用者指南》**中的[建立私有工作流程](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/workflows-setup.html)。
+ 如需 API 詳細資訊，請參閱《AWS CLI 命令參考》**中的 [CreateWorkflow](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/create-workflow.html)。
### `delete-annotation-store-versions`
以下程式碼範例顯示如何使用 `delete-annotation-store-versions`。
**AWS CLI**
**刪除註釋存放區版本**
下列 `delete-annotation-store-versions` 範例會刪除註釋存放區版本。
```
aws omics delete-annotation-store-versions \
--name my_annotation_store \
--versions my_version
```
輸出：
```
{
"errors": []
}
```
如需詳細資訊，請參閱《*AWS HealthOmics 使用者指南*》中的[建立新版本的註釋存放區](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/annotation-store-versioning.html)。
+ 如需 API 詳細資訊，請參閱《AWS CLI 命令參考》**中的 [DeleteAnnotationStoreVersions](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/delete-annotation-store-versions.html)。
### `delete-annotation-store`
以下程式碼範例顯示如何使用 `delete-annotation-store`。
**AWS CLI**
**刪除註釋存放區**
下列 `delete-annotation-store` 範例會刪除名為 `my_vcf_store` 的註釋存放區。
```
aws omics delete-annotation-store \
--name my_vcf_store
```
輸出：
```
{
"status": "DELETING"
}
```
如需詳細資訊，請參閱《*Amazon Omics 開發人員指南*》中的[體學分析功能](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/omics-analytics.html)。
+ 如需 API 詳細資訊，請參閱《AWS CLI 命令參考》**中的 [DeleteAnnotationStore](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/delete-annotation-store.html)。
### `delete-reference-store`
以下程式碼範例顯示如何使用 `delete-reference-store`。
**AWS CLI**
**刪除參考存放區**
下列 `delete-reference-store` 範例會刪除 ID 為 `1234567890` 的參考存放區。
```
aws omics delete-reference-store \
--id 1234567890
```
如需詳細資訊，請參閱《*Amazon Omics 開發人員指南*》中的[體學資料儲存功能](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html)。
+ 如需 API 詳細資訊，請參閱《AWS CLI 命令參考》**中的 [DeleteReferenceStore](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/delete-reference-store.html)。
### `delete-reference`
以下程式碼範例顯示如何使用 `delete-reference`。
**AWS CLI**
**刪除參考**
下列 `delete-reference` 範例會刪除參考。
```
aws omics delete-reference \
--reference-store-id 1234567890 \
--id 1234567890
```
如需詳細資訊，請參閱《*Amazon Omics 開發人員指南*》中的[體學資料儲存功能](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html)。
+ 如需 API 詳細資訊，請參閱《AWS CLI 命令參考》**中的 [DeleteReference](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/delete-reference.html)。
### `delete-run-group`
以下程式碼範例顯示如何使用 `delete-run-group`。
**AWS CLI**
**刪除執行群組**
下列 `delete-run-group` 範例會刪除 ID 為 `1234567` 的執行群組。
```
aws omics delete-run-group \
--id 1234567
```
如需詳細資訊，請參閱《AWS HealthOmics 使用者指南》**中的[刪除執行與執行群組](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/deleting-workflows-and-runs.html)。
+ 如需 API 詳細資訊，請參閱《AWS CLI 命令參考》**中的 [DeleteRunGroup](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/delete-run-group.html)。
### `delete-run`
以下程式碼範例顯示如何使用 `delete-run`。
**AWS CLI**
**刪除工作流程執行**
下列 `delete-run` 範例會刪除 ID 為 `1234567` 的執行。
```
aws omics delete-run \
--id 1234567
```
如需詳細資訊，請參閱《AWS HealthOmics 使用者指南》**中的[刪除執行與執行群組](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/deleting-workflows-and-runs.html)。
+ 如需 API 詳細資訊，請參閱《AWS CLI 命令參考》**中的 [DeleteRun](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/delete-run.html)。
### `delete-sequence-store`
以下程式碼範例顯示如何使用 `delete-sequence-store`。
**AWS CLI**
**刪除序列存放區**
下列 `delete-sequence-store` 範例會刪除 ID 為 `1234567890` 的序列存放區。
```
aws omics delete-sequence-store \
--id 1234567890
```
如需詳細資訊，請參閱《*Amazon Omics 開發人員指南*》中的[體學資料儲存功能](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html)。
+ 如需 API 詳細資訊，請參閱《AWS CLI 命令參考》**中的 [DeleteSequenceStore](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/delete-sequence-store.html)。
### `delete-share`
以下程式碼範例顯示如何使用 `delete-share`。
**AWS CLI**
**刪除 HealthOmics 分析資料共用**
下列 `delete-share` 範例會刪除分析資料的跨帳戶共用。
```
aws omics delete-share \
--share-id "495c21bedc889d07d0ab69d710a6841e-dd75ab7a1a9c384fa848b5bd8e5a7e0a"
```
輸出：
```
{
"status": "DELETING"
}
```
如需詳細資訊，請參閱《*AWS HealthOmics 使用者指南*》中的[跨帳戶共享](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/cross-account-sharing.html)。
+ 如需 API 詳細資訊，請參閱《AWS CLI 命令參考》**中的 [DeleteShare](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/delete-share.html)。
### `delete-variant-store`
以下程式碼範例顯示如何使用 `delete-variant-store`。
**AWS CLI**
**刪除變體存放區**
以下 `delete-variant-store` 範例刪除名為 `my_var_store` 的變體存放區。
```
aws omics delete-variant-store \
--name my_var_store
```
輸出：
```
{
"status": "DELETING"
}
```
如需詳細資訊，請參閱《*Amazon Omics 開發人員指南*》中的[體學分析功能](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/omics-analytics.html)。
+ 如需 API 詳細資訊，請參閱《AWS CLI 命令參考》**中的 [DeleteVariantStore](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/delete-variant-store.html)。
### `delete-workflow`
以下程式碼範例顯示如何使用 `delete-workflow`。
**AWS CLI**
**刪除工作流程**
下列 `delete-workflow` 範例會刪除 ID 為 `1234567` 的工作流程。
```
aws omics delete-workflow \
--id 1234567
```
如需詳細資訊，請參閱《AWS HealthOmics 使用者指南》**中的[刪除私有工作流程](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/delete-private-workflow.html)。
+ 如需 API 詳細資訊，請參閱《AWS CLI 命令參考》**中的 [DeleteWorkflow](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/delete-workflow.html)。
### `get-annotation-import-job`
以下程式碼範例顯示如何使用 `get-annotation-import-job`。
**AWS CLI**
**檢視註釋匯入任務**
下列 `get-annotation-import-job` 範例會取得註釋匯入任務的詳細資訊。
```
aws omics get-annotation-import-job \
--job-id 984162c7-xmpl-4d23-ab47-286f7950bfbf
```
輸出：
```
{
"creationTime": "2022-11-30T01:40:11.017746Z",
"destinationName": "tsv_ann_store",
"id": "984162c7-xmpl-4d23-ab47-286f7950bfbf",
"items": [
{
"jobStatus": "COMPLETED",
"source": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/targetedregions.bed.gz"
}
],
"roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
"runLeftNormalization": false,
"status": "COMPLETED",
"updateTime": "2022-11-30T01:42:39.134009Z"
}
```
如需詳細資訊，請參閱《*Amazon Omics 開發人員指南*》中的[體學分析功能](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/omics-analytics.html)。
+ 如需 API 詳細資訊，請參閱《AWS CLI 命令參考》**中的 [GetAnnotationImportJob](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/get-annotation-import-job.html)。
### `get-annotation-store-version`
以下程式碼範例顯示如何使用 `get-annotation-store-version`。
**AWS CLI**
**擷取註釋存放區版本的中繼資料**
下列 `get-annotation-store-version` 範例會擷取請求之註釋存放區版本的中繼資料。
```
aws omics get-annotation-store-version \
--name my_annotation_store \
--version-name my_version
```
輸出：
```
{
"storeId": "4934045d1c6d",
"id": "2a3f4a44aa7b",
"status": "ACTIVE",
"versionArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:annotationStore/my_annotation_store/version/my_version",
"name": "my_annotation_store",
"versionName": "my_version",
"creationTime": "2023-07-21T17:15:49.251040+00:00",
"updateTime": "2023-07-21T17:15:56.434223+00:00",
"statusMessage": "",
"versionSizeBytes": 0
}
```
如需詳細資訊，請參閱《*AWS HealthOmics 使用者指南*》中的[建立新版本的註釋存放區](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/annotation-store-versioning.html)。
+ 如需 API 詳細資訊，請參閱《AWS CLI 命令參考》**中的 [GetAnnotationStoreVersion](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/get-annotation-store-version.html)。
### `get-annotation-store`
以下程式碼範例顯示如何使用 `get-annotation-store`。
**AWS CLI**
**檢視註釋存放區**
下列 `get-annotation-store` 範例會取得名為 `my_ann_store` 的註釋存放區的詳細資訊。
```
aws omics get-annotation-store \
--name my_ann_store
```
輸出：
```
{
"creationTime": "2022-11-23T22:48:39.226492Z",
"id": "0a91xmplc71f",
"name": "my_ann_store",
"reference": {
"referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890"
},
"status": "CREATING",
"storeArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:annotationStore/my_ann_store",
"storeFormat": "VCF",
"storeSizeBytes": 0,
"tags": {}
}
```
如需詳細資訊，請參閱《*Amazon Omics 開發人員指南*》中的[體學分析功能](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/omics-analytics.html)。
+ 如需 API 詳細資訊，請參閱《AWS CLI 命令參考》**中的 [GetAnnotationStore](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/get-annotation-store.html)。
### `get-read-set-activation-job`
以下程式碼範例顯示如何使用 `get-read-set-activation-job`。
**AWS CLI**
**檢視讀取集啟用任務**
下列 `get-read-set-activation-job` 範例會取得讀取集啟用任務的詳細資訊。
```
aws omics get-read-set-activation-job \
--sequence-store-id 1234567890 \
--id 1234567890
```
輸出：
```
{
"completionTime": "2022-12-06T22:33:42.828Z",
"creationTime": "2022-12-06T22:32:45.213Z",
"id": "1234567890",
"sequenceStoreId": "1234567890",
"sources": [
{
"readSetId": "1234567890",
"status": "FINISHED",
"statusMessage": "No activation needed as read set is already in ACTIVATING or ACTIVE state."
}
],
"status": "COMPLETED",
"statusMessage": "The job completed successfully."
}
```
如需詳細資訊，請參閱《*Amazon Omics 開發人員指南*》中的[體學資料儲存功能](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html)。
+ 如需 API 詳細資訊，請參閱《AWS CLI 命令參考》**中的 [GetReadSetActivationJob](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/get-read-set-activation-job.html)。
### `get-read-set-export-job`
以下程式碼範例顯示如何使用 `get-read-set-export-job`。
**AWS CLI**
**檢視讀取集匯出任務**
下列 `get-read-set-export-job` 範例會取得讀取集匯出任務的詳細資訊。
```
aws omics get-read-set-export-job \
--sequence-store-id 1234567890 \
--id 1234567890
```
輸出：
```
{
"completionTime": "2022-12-06T22:39:14.491Z",
"creationTime": "2022-12-06T22:37:18.612Z",
"destination": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/read-set-export/",
"id": "1234567890",
"sequenceStoreId": "1234567890",
"status": "COMPLETED",
"statusMessage": "The job is submitted and will start soon."
}
```
如需詳細資訊，請參閱《*Amazon Omics 開發人員指南*》中的[體學資料儲存功能](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html)。
+ 如需 API 詳細資訊，請參閱《AWS CLI 命令參考》**中的 [GetReadSetExportJob](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/get-read-set-export-job.html)。
### `get-read-set-import-job`
以下程式碼範例顯示如何使用 `get-read-set-import-job`。
**AWS CLI**
**檢視讀取集匯入任務**
下列 `get-read-set-import-job` 範例會取得讀取集匯入任務的詳細資訊。
```
aws omics get-read-set-import-job \
--sequence-store-id 1234567890 \
--id 1234567890
```
輸出：
```
{
"creationTime": "2022-11-23T01:36:38.158Z",
"id": "1234567890",
"roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
"sequenceStoreId": "1234567890",
"sources": [
{
"name": "HG00100",
"referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890",
"sampleId": "bam-sample",
"sourceFileType": "BAM",
"sourceFiles": {
"source1": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/HG00100.chrom20.ILLUMINA.bwa.GBR.low_coverage.20101123.bam",
"source2": ""
},
"status": "IN_PROGRESS",
"statusMessage": "The source job is currently in progress.",
"subjectId": "bam-subject",
"tags": {
"aws:omics:sampleId": "bam-sample",
"aws:omics:subjectId": "bam-subject"
}
},
{
"name": "HG00146",
"referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890",
"sampleId": "fastq-sample",
"sourceFileType": "FASTQ",
"sourceFiles": {
"source1": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/SRR233106_1.filt.fastq.gz",
"source2": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/SRR233106_2.filt.fastq.gz"
},
"status": "IN_PROGRESS",
"statusMessage": "The source job is currently in progress.",
"subjectId": "fastq-subject",
"tags": {
"aws:omics:sampleId": "fastq-sample",
"aws:omics:subjectId": "fastq-subject"
}
},
{
"name": "HG00096",
"referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890",
"sampleId": "cram-sample",
"sourceFileType": "CRAM",
"sourceFiles": {
"source1": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/HG00096.alt_bwamem_GRCh38DH.20150718.GBR.low_coverage.cram",
"source2": ""
},
"status": "IN_PROGRESS",
"statusMessage": "The source job is currently in progress.",
"subjectId": "cram-subject",
"tags": {
"aws:omics:sampleId": "cram-sample",
"aws:omics:subjectId": "cram-subject"
}
}
],
"status": "IN_PROGRESS",
"statusMessage": "The job is currently in progress."
}
```
如需詳細資訊，請參閱《*Amazon Omics 開發人員指南*》中的[體學資料儲存功能](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html)。
+ 如需 API 詳細資訊，請參閱《AWS CLI 命令參考》**中的 [GetReadSetImportJob](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/get-read-set-import-job.html)。
### `get-read-set-metadata`
以下程式碼範例顯示如何使用 `get-read-set-metadata`。
**AWS CLI**
**檢視讀取集**
下列 `get-read-set-metadata` 範例會取得讀取集檔案的詳細資訊。
```
aws omics get-read-set-metadata \
--sequence-store-id 1234567890 \
--id 1234567890
```
輸出：
```
{
"arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:sequenceStore/1234567890/readSet/1234567890",
"creationTime": "2022-11-23T21:55:00.515Z",
"fileType": "FASTQ",
"files": {
"source1": {
"contentLength": 310054739,
"partSize": 104857600,
"totalParts": 3
},
"source2": {
"contentLength": 307846621,
"partSize": 104857600,
"totalParts": 3
}
},
"id": "1234567890",
"name": "HG00146",
"referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890",
"sampleId": "fastq-sample",
"sequenceInformation": {
"alignment": "UNALIGNED",
"totalBaseCount": 677717384,
"totalReadCount": 8917334
},
"sequenceStoreId": "1234567890",
"status": "ACTIVE",
"subjectId": "fastq-subject"
}
```
如需詳細資訊，請參閱《*Amazon Omics 開發人員指南*》中的[體學資料儲存功能](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html)。
+ 如需 API 詳細資訊，請參閱《AWS CLI 命令參考》**中的 [GetReadSetMetadata](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/get-read-set-metadata.html)。
### `get-read-set`
以下程式碼範例顯示如何使用 `get-read-set`。
**AWS CLI**
**下載讀取集**
下列 `get-read-set` 範例會將讀取集的第 3 部分下載為 `1234567890.3.bam`。
```
aws omics get-read-set \
--sequence-store-id 1234567890 \
--id 1234567890 \
--part-number 3 1234567890.3.bam
```
如需詳細資訊，請參閱《*Amazon Omics 開發人員指南*》中的[體學資料儲存功能](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html)。
+ 如需 API 詳細資訊，請參閱《AWS CLI 命令參考》**中的 [GetReadSet](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/get-read-set.html)。
### `get-reference-import-job`
以下程式碼範例顯示如何使用 `get-reference-import-job`。
**AWS CLI**
**檢視參考匯入任務**
下列 `get-reference-import-job` 範例會取得參考匯入任務的詳細資訊。
```
aws omics get-reference-import-job \
--reference-store-id 1234567890 \
--id 1234567890
```
輸出：
```
{
"creationTime": "2022-11-22T22:25:41.124Z",
"id": "1234567890",
"referenceStoreId": "1234567890",
"roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
"sources": [
{
"name": "assembly-38",
"sourceFile": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.fasta",
"status": "IN_PROGRESS",
"statusMessage": "The source job is currently in progress."
}
],
"status": "IN_PROGRESS",
"statusMessage": "The job is currently in progress."
}
```
如需詳細資訊，請參閱《*Amazon Omics 開發人員指南*》中的[體學資料儲存功能](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html)。
+ 如需 API 詳細資訊，請參閱《AWS CLI 命令參考》**中的 [GetReferenceImportJob](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/get-reference-import-job.html)。
### `get-reference-metadata`
以下程式碼範例顯示如何使用 `get-reference-metadata`。
**AWS CLI**
**檢視參考**
下列 `get-reference-metadata` 範例會取得參考的詳細資訊。
```
aws omics get-reference-metadata \
--reference-store-id 1234567890 \
--id 1234567890
```
輸出：
```
{
"arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890",
"creationTime": "2022-11-22T22:27:09.033Z",
"files": {
"index": {
"contentLength": 160928,
"partSize": 104857600,
"totalParts": 1
},
"source": {
"contentLength": 3249912778,
"partSize": 104857600,
"totalParts": 31
}
},
"id": "1234567890",
"md5": "7ff134953dcca8c8997453bbb80b6b5e",
"name": "assembly-38",
"referenceStoreId": "1234567890",
"status": "ACTIVE",
"updateTime": "2022-11-22T22:27:09.033Z"
}
```
如需詳細資訊，請參閱《*Amazon Omics 開發人員指南*》中的[體學資料儲存功能](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html)。
+ 如需 API 詳細資訊，請參閱《AWS CLI 命令參考》**中的 [GetReferenceMetadata](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/get-reference-metadata.html)。
### `get-reference-store`
以下程式碼範例顯示如何使用 `get-reference-store`。
**AWS CLI**
**檢視參考存放區**
下列 `get-reference-store` 範例會取得參考存放區的詳細資訊。
```
aws omics get-reference-store \
--id 1234567890
```
輸出：
```
{
"arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890",
"creationTime": "2022-09-23T23:27:20.364Z",
"id": "1234567890",
"name": "my-rstore-0"
}
```
如需詳細資訊，請參閱《*Amazon Omics 開發人員指南*》中的[體學資料儲存功能](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html)。
+ 如需 API 詳細資訊，請參閱《AWS CLI 命令參考》**中的 [GetReferenceStore](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/get-reference-store.html)。
### `get-reference`
以下程式碼範例顯示如何使用 `get-reference`。
**AWS CLI**
**下載基因組參考**
下列 `get-reference` 範例會將基因組的第 1 部分下載為 `hg38.1.fa`。
```
aws omics get-reference \
--reference-store-id 1234567890 \
--id 1234567890 \
--part-number 1 hg38.1.fa
```
如需詳細資訊，請參閱《*Amazon Omics 開發人員指南*》中的[體學資料儲存功能](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html)。
+ 如需 API 詳細資訊，請參閱《AWS CLI 命令參考》**中的 [GetReference](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/get-reference.html)。
### `get-run-group`
以下程式碼範例顯示如何使用 `get-run-group`。
**AWS CLI**
**檢視執行群組**
下列 `get-run-group` 範例會取得執行群組的詳細資訊。
```
aws omics get-run-group \
--id 1234567
```
輸出：
```
{
"arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:runGroup/1234567",
"creationTime": "2022-12-01T00:58:42.915219Z",
"id": "1234567",
"maxCpus": 20,
"maxDuration": 600,
"name": "cram-convert",
"tags": {}
}
```
如需詳細資訊，請參閱《AWS HealthOmics 使用者指南》**中的[建立執行群組](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/creating-run-groups.html)。
+ 如需 API 詳細資訊，請參閱《AWS CLI 命令參考》**中的 [GetRunGroup](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/get-run-group.html)。
### `get-run-task`
以下程式碼範例顯示如何使用 `get-run-task`。
**AWS CLI**
**檢視任務**
下列 `get-run-task` 範例會取得工作流程任務的詳細資訊。
```
aws omics get-run-task \
--id 1234567 \
--task-id 1234567
```
輸出：
```
{
"cpus": 1,
"creationTime": "2022-11-30T23:13:00.718651Z",
"logStream": "arn:aws:logs:us-west-2:123456789012:log-group:/aws/omics/WorkflowLog:log-stream:run/1234567/task/1234567",
"memory": 15,
"name": "CramToBamTask",
"startTime": "2022-11-30T23:17:47.016Z",
"status": "COMPLETED",
"stopTime": "2022-11-30T23:18:21.503Z",
"taskId": "1234567"
}
```
如需詳細資訊，請參閱《*AWS HealthOmics 使用者指南*》中的 [HealthOmics 執行中的任務生命週期](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/workflow-run-tasks.html)。
+ 如需 API 詳細資訊，請參閱《AWS CLI 命令參考》**中的 [GetRunTask](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/get-run-task.html)。
### `get-run`
以下程式碼範例顯示如何使用 `get-run`。
**AWS CLI**
**檢視工作流程執行**
下列 `get-run` 範例會取得工作流程執行的詳細資訊。
```
aws omics get-run \
--id 1234567
```
輸出：
```
{
"arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:run/1234567",
"creationTime": "2022-11-30T22:58:22.615865Z",
"digest": "sha256:c54bxmpl742dcc26f7fa1f10e37550ddd8f251f418277c0a58e895b801ed28cf",
"id": "1234567",
"name": "cram-to-bam",
"outputUri": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/workflow-output/",
"parameters": {
"ref_dict": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.dict",
"ref_fasta_index": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.fasta.fai",
"ref_fasta": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.fasta",
"sample_name": "NA12878",
"input_cram": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/NA12878.cram"
},
"resourceDigests": {
"s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.fasta.fai": "etag:f76371b113734a56cde236bc0372de0a",
"s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.dict": "etag:3884c62eb0e53fa92459ed9bff133ae6",
"s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.fasta": "etag:e307d81c605fb91b7720a08f00276842-388",
"s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/NA12878.cram": "etag:a9f52976381286c6143b5cc681671ec6"
},
"roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
"startedBy": "arn:aws:iam::123456789012:user/laptop-2020",
"status": "STARTING",
"tags": {},
"workflowId": "1234567",
"workflowType": "PRIVATE"
}
```
如需詳細資訊，請參閱《*AWS HealthOmics 使用者指南*》中的[在工作流程中執行生命週期](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/monitoring-runs.html)。
+ 如需 API 詳細資訊，請參閱《AWS CLI 命令參考》**中的 [GetRun](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/get-run.html)。
### `get-sequence-store`
以下程式碼範例顯示如何使用 `get-sequence-store`。
**AWS CLI**
**檢視序列存放區**
下列 `get-sequence-store` 範例會取得 ID 為 `1234567890` 之序列存放區的詳細資訊。
```
aws omics get-sequence-store \
--id 1234567890
```
輸出：
```
{
"arn": "arn:aws:omics:us-east-1:123456789012:sequenceStore/1234567890",
"creationTime": "2022-11-23T19:55:48.376Z",
"id": "1234567890",
"name": "my-seq-store"
}
```
如需詳細資訊，請參閱《*Amazon Omics 開發人員指南*》中的[體學資料儲存功能](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html)。
+ 如需 API 詳細資訊，請參閱《AWS CLI 命令參考》**中的 [GetSequenceStore](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/get-sequence-store.html)。
### `get-share`
以下程式碼範例顯示如何使用 `get-share`。
**AWS CLI**
**擷取 HealthOmics 分析資料共用的相關中繼資料**
下列 `get-share` 範例會擷取分析資料跨帳戶共用的中繼資料。
```
aws omics get-share \
--share-id "495c21bedc889d07d0ab69d710a6841e-dd75ab7a1a9c384fa848b5bd8e5a7e0a"
```
輸出：
```
{
"share": {
"shareId": "495c21bedc889d07d0ab69d710a6841e-dd75ab7a1a9c384fa848b5bd8e5a7e0a",
"name": "my_Share-123",
"resourceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:variantStore/omics_dev_var_store",
"principalSubscriber": "123456789012",
"ownerId": "555555555555",
"status": "PENDING"
}
}
```
如需詳細資訊，請參閱《*AWS HealthOmics 使用者指南*》中的[跨帳戶共享](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/cross-account-sharing.html)。
+ 如需 API 詳細資訊，請參閱《AWS CLI 命令參考》**中的 [GetShare](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/get-share.html)。
### `get-variant-import-job`
以下程式碼範例顯示如何使用 `get-variant-import-job`。
**AWS CLI**
**檢視變體匯入任務**
下列 `get-variant-import-job` 範例會取得變體匯入任務的詳細資訊。
```
aws omics get-variant-import-job \
--job-id edd7b8ce-xmpl-47e2-bc99-258cac95a508
```
輸出：
```
{
"creationTime": "2022-11-23T22:42:50.037812Z",
"destinationName": "my_var_store",
"id": "edd7b8ce-xmpl-47e2-bc99-258cac95a508",
"items": [
{
"jobStatus": "IN_PROGRESS",
"source": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.known_indels.vcf.gz"
}
],
"roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
"runLeftNormalization": false,
"status": "IN_PROGRESS",
"updateTime": "2022-11-23T22:43:05.898309Z"
}
```
如需詳細資訊，請參閱《*Amazon Omics 開發人員指南*》中的[體學分析功能](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/omics-analytics.html)。
+ 如需 API 詳細資訊，請參閱《AWS CLI 命令參考》**中的 [GetVariantImportJob](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/get-variant-import-job.html)。
### `get-variant-store`
以下程式碼範例顯示如何使用 `get-variant-store`。
**AWS CLI**
**檢視變體存放區**
下列 `get-variant-store` 範例會取得變體存放區的詳細資訊。
```
aws omics get-variant-store \
--name my_var_store
```
輸出：
```
{
"creationTime": "2022-11-23T22:09:07.534499Z",
"id": "02dexmplcfdd",
"name": "my_var_store",
"reference": {
"referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890"
},
"status": "CREATING",
"storeArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:variantStore/my_var_store",
"storeSizeBytes": 0,
"tags": {},
"updateTime": "2022-11-23T22:09:24.931711Z"
}
```
如需詳細資訊，請參閱《*Amazon Omics 開發人員指南*》中的[體學分析功能](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/omics-analytics.html)。
+ 如需 API 詳細資訊，請參閱《AWS CLI 命令參考》**中的 [GetVariantStore](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/get-variant-store.html)。
### `get-workflow`
以下程式碼範例顯示如何使用 `get-workflow`。
**AWS CLI**
**檢視工作流程**
下列 `get-workflow` 範例會取得 ID 為 `1234567` 之工作流程的詳細資訊。
```
aws omics get-workflow \
--id 1234567
```
輸出：
```
{
"arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:workflow/1234567",
"creationTime": "2022-11-30T22:33:16.225368Z",
"digest": "sha256:c54bxmpl742dcc26f7fa1f10e37550ddd8f251f418277c0a58e895b801ed28cf",
"engine": "WDL",
"id": "1234567",
"main": "workflow-crambam.wdl",
"name": "cram-converter",
"parameterTemplate": {
"ref_dict": {
"description": "dictionary file for 'ref_fasta'"
},
"ref_fasta_index": {
"description": "Index of the reference genome fasta file"
},
"ref_fasta": {
"description": "Reference genome fasta file"
},
"input_cram": {
"description": "The Cram file to convert to BAM"
},
"sample_name": {
"description": "The name of the input sample, used to name the output BAM"
}
},
"status": "ACTIVE",
"statusMessage": "workflow-crambam.wdl\n workflow CramToBamFlow\n call CramToBamTask\n call ValidateSamFile\n task CramToBamTask\n task ValidateSamFile\n",
"tags": {},
"type": "PRIVATE"
}
```
如需詳細資訊，請參閱《AWS HealthOmics 使用者指南》**中的[建立私有工作流程](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/workflows-setup.html)。
+ 如需 API 詳細資訊，請參閱《AWS CLI 命令參考》**中的 [GetWorkflow](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/get-workflow.html)。
### `list-annotation-import-jobs`
以下程式碼範例顯示如何使用 `list-annotation-import-jobs`。
**AWS CLI**
**取得註釋匯入任務的清單**
以下 `list-annotation-import-jobs` 會取得註釋匯入任務的清單。
```
aws omics list-annotation-import-jobs
```
輸出：
```
{
"annotationImportJobs": [
{
"creationTime": "2022-11-30T01:39:41.478294Z",
"destinationName": "gff_ann_store",
"id": "18a9e792-xmpl-4869-a105-e5b602900444",
"roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
"runLeftNormalization": false,
"status": "COMPLETED",
"updateTime": "2022-11-30T01:47:09.145178Z"
},
{
"creationTime": "2022-11-30T00:45:58.007838Z",
"destinationName": "my_ann_store",
"id": "4e9eafc8-xmpl-431e-a0b2-3bda27cb600a",
"roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
"runLeftNormalization": false,
"status": "FAILED",
"updateTime": "2022-11-30T00:47:01.706325Z"
}
]
}
```
如需詳細資訊，請參閱《*Amazon Omics 開發人員指南*》中的[體學分析功能](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/omics-analytics.html)。
+ 如需 API 詳細資訊，請參閱《AWS CLI 命令參考》**中的 [ListAnnotationImportJobs](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/list-annotation-import-jobs.html)。
### `list-annotation-store-versions`
以下程式碼範例顯示如何使用 `list-annotation-store-versions`。
**AWS CLI**
**列出註釋存放區的所有版本。**
下列 `list-annotation-store-versions` 範例列出註釋存放區的所有版本。
```
aws omics list-annotation-store-versions \
--name my_annotation_store
```
輸出：
```
{
"annotationStoreVersions": [
{
"storeId": "4934045d1c6d",
"id": "2a3f4a44aa7b",
"status": "CREATING",
"versionArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:annotationStore/my_annotation_store/version/my_version_2",
"name": "my_annotation_store",
"versionName": "my_version_2",
"creation Time": "2023-07-21T17:20:59.380043+00:00",
"versionSizeBytes": 0
},
{
"storeId": "4934045d1c6d",
"id": "4934045d1c6d",
"status": "ACTIVE",
"versionArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:annotationStore/my_annotation_store/version/my_version_1",
"name": "my_annotation_store",
"versionName": "my_version_1",
"creationTime": "2023-07-21T17:15:49.251040+00:00",
"updateTime": "2023-07-21T17:15:56.434223+00:00",
"statusMessage": "",
"versionSizeBytes": 0
}
}
```
如需詳細資訊，請參閱《*AWS HealthOmics 使用者指南*》中的[建立新版本的註釋存放區](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/annotation-store-versioning.html)。
+ 如需 API 詳細資訊，請參閱《AWS CLI 命令參考》**中的 [ListAnnotationStoreVersions](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/list-annotation-store-versions.html)。
### `list-annotation-stores`
以下程式碼範例顯示如何使用 `list-annotation-stores`。
**AWS CLI**
**取得註釋存放區的清單**
下列 `list-annotation-stores` 範例會取得註釋存放區的清單。
```
aws omics list-annotation-stores
```
輸出：
```
{
"annotationStores": [
{
"creationTime": "2022-11-23T22:48:39.226492Z",
"id": "0a91xmplc71f",
"name": "my_ann_store",
"reference": {
"referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890"
},
"status": "ACTIVE",
"statusMessage": "",
"storeArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:annotationStore/my_ann_store",
"storeFormat": "VCF",
"storeSizeBytes": 0,
"updateTime": "2022-11-23T22:53:27.372840Z"
}
]
}
```
如需詳細資訊，請參閱《*Amazon Omics 開發人員指南*》中的[體學分析功能](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/omics-analytics.html)。
+ 如需 API 詳細資訊，請參閱《AWS CLI 命令參考》**中的 [ListAnnotationStores](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/list-annotation-stores.html)。
### `list-multipart-read-set-uploads`
以下程式碼範例顯示如何使用 `list-multipart-read-set-uploads`。
**AWS CLI**
**列出所有分段讀取集上傳及其狀態。**
下列 `list-multipart-read-set-uploads` 範例列出所有分段讀取集上傳及其狀態。
```
aws omics list-multipart-read-set-uploads \
--sequence-store-id 0123456789
```
輸出：
```
{
"uploads":
[
{
"sequenceStoreId": "0123456789",
"uploadId": "8749584421",
"sourceFileType": "FASTQ",
"subjectId": "mySubject",
"sampleId": "mySample",
"generatedFrom": "1000 Genomes",
"name": "HG00146",
"description": "FASTQ for HG00146",
"creationTime": "2023-11-29T19:22:51.349298+00:00"
},
{
"sequenceStoreId": "0123456789",
"uploadId": "5290538638",
"sourceFileType": "BAM",
"subjectId": "mySubject",
"sampleId": "mySample",
"generatedFrom": "1000 Genomes",
"referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:845448930428:referenceStore/8168613728/reference/2190697383",
"name": "HG00146",
"description": "BAM for HG00146",
"creationTime": "2023-11-29T19:23:33.116516+00:00"
},
{
"sequenceStoreId": "0123456789",
"uploadId": "4174220862",
"sourceFileType": "BAM",
"subjectId": "mySubject",
"sampleId": "mySample",
"generatedFrom": "1000 Genomes",
"referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:845448930428:referenceStore/8168613728/reference/2190697383",
"name": "HG00147",
"description": "BAM for HG00147",
"creationTime": "2023-11-29T19:23:47.007866+00:00"
}
]
}
```
如需詳細資訊，請參閱《*AWS HealthOmics 使用者指南*》中的[直接上傳至序列存放區](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/synchronous-uploads.html)。
+ 如需 API 詳細資訊，請參閱《AWS CLI 命令參考》**中的 [ListMultipartReadSetUploads](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/list-multipart-read-set-uploads.html)。
### `list-read-set-activation-jobs`
以下程式碼範例顯示如何使用 `list-read-set-activation-jobs`。
**AWS CLI**
**取得讀取集啟用任務的清單**
下列 `list-read-set-activation-jobs` 範例會取得 ID 為 `1234567890` 之序列存放區的啟用任務清單。
```
aws omics list-read-set-activation-jobs \
--sequence-store-id 1234567890
```
輸出：
```
{
"activationJobs": [
{
"completionTime": "2022-12-06T22:33:42.828Z",
"creationTime": "2022-12-06T22:32:45.213Z",
"id": "1234567890",
"sequenceStoreId": "1234567890",
"status": "COMPLETED"
},
{
"creationTime": "2022-12-06T22:35:10.100Z",
"id": "1234567890",
"sequenceStoreId": "1234567890",
"status": "IN_PROGRESS"
}
]
}
```
如需詳細資訊，請參閱《*Amazon Omics 開發人員指南*》中的[體學資料儲存功能](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html)。
+ 如需 API 詳細資訊，請參閱《AWS CLI 命令參考》**中的 [ListReadSetActivationJobs](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/list-read-set-activation-jobs.html)。
### `list-read-set-export-jobs`
以下程式碼範例顯示如何使用 `list-read-set-export-jobs`。
**AWS CLI**
**取得讀取集匯出任務的清單**
下列 `list-read-set-export-jobs` 範例會取得 ID 為 `1234567890` 之序列存放區的匯出任務清單。
```
aws omics list-read-set-export-jobs \
--sequence-store-id 1234567890
```
輸出：
```
{
"exportJobs": [
{
"completionTime": "2022-12-06T22:39:14.491Z",
"creationTime": "2022-12-06T22:37:18.612Z",
"destination": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/read-set-export/",
"id": "1234567890",
"sequenceStoreId": "1234567890",
"status": "COMPLETED"
},
{
"creationTime": "2022-12-06T22:38:04.871Z",
"destination": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/read-set-export/",
"id": "1234567890",
"sequenceStoreId": "1234567890",
"status": "IN_PROGRESS"
}
]
}
```
如需詳細資訊，請參閱《*Amazon Omics 開發人員指南*》中的[體學資料儲存功能](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html)。
+ 如需 API 詳細資訊，請參閱《AWS CLI 命令參考》**中的 [ListReadSetExportJobs](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/list-read-set-export-jobs.html)。
### `list-read-set-import-jobs`
以下程式碼範例顯示如何使用 `list-read-set-import-jobs`。
**AWS CLI**
**取得讀取集匯入任務的清單**
下列 `list-read-set-import-jobs` 範例會取得 ID 為 `1234567890` 之序列存放區的匯入任務清單。
```
aws omics list-read-set-import-jobs \
--sequence-store-id 1234567890
```
輸出：
```
{
"importJobs": [
{
"completionTime": "2022-11-29T18:17:49.244Z",
"creationTime": "2022-11-29T17:32:47.700Z",
"id": "1234567890",
"roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
"sequenceStoreId": "1234567890",
"status": "COMPLETED"
},
{
"completionTime": "2022-11-23T22:01:34.090Z",
"creationTime": "2022-11-23T21:52:43.289Z",
"id": "1234567890",
"roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
"sequenceStoreId": "1234567890",
"status": "COMPLETED_WITH_FAILURES"
}
]
}
```
如需詳細資訊，請參閱《*Amazon Omics 開發人員指南*》中的[體學資料儲存功能](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html)。
+ 如需 API 詳細資訊，請參閱《AWS CLI 命令參考》**中的 [ListReadSetImportJobs](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/list-read-set-import-jobs.html)。
### `list-read-set-upload-parts`
以下程式碼範例顯示如何使用 `list-read-set-upload-parts`。
**AWS CLI**
**列出序列存放區所請求分段上傳中的所有部分。**
下列 `list-read-set-upload-parts` 範例列出序列存放區所請求分段上傳中的所有部分。
```
aws omics list-read-set-upload-parts \
--sequence-store-id 0123456789 \
--upload-id 1122334455 \
--part-source SOURCE1
```
輸出：
```
{
"parts": [
{
"partNumber": 1,
"partSize": 94371840,
"file": "SOURCE1",
"checksum": "984979b9928ae8d8622286c4a9cd8e99d964a22d59ed0f5722e1733eb280e635",
"lastUpdatedTime": "2023-02-02T20:14:47.533000+00:00"
}
{
"partNumber": 2,
"partSize": 10471840,
"file": "SOURCE1",
"checksum": "984979b9928ae8d8622286c4a9cd8e99d964a22d59ed0f5722e1733eb280e635",
"lastUpdatedTime": "2023-02-02T20:14:47.533000+00:00"
}
]
}
```
如需詳細資訊，請參閱《*AWS HealthOmics 使用者指南*》中的[直接上傳至序列存放區](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/synchronous-uploads.html)。
+ 如需 API 詳細資訊，請參閱《AWS CLI 命令參考》**中的 [ListReadSetUploadParts](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/list-read-set-upload-parts.html)。
### `list-read-sets`
以下程式碼範例顯示如何使用 `list-read-sets`。
**AWS CLI**
**取得讀取集的清單**
下列 `list-read-sets` 範例會取得 ID 為 `1234567890` 之序列存放區的讀取集清單。
```
aws omics list-read-sets \
--sequence-store-id 1234567890
```
輸出：
```
{
"readSets": [
{
"arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:sequenceStore/1234567890/readSet/1234567890",
"creationTime": "2022-11-23T21:55:00.515Z",
"fileType": "FASTQ",
"id": "1234567890",
"name": "HG00146",
"referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890",
"sampleId": "fastq-sample",
"sequenceStoreId": "1234567890",
"status": "ACTIVE",
"subjectId": "fastq-subject"
}
]
}
```
如需詳細資訊，請參閱《*Amazon Omics 開發人員指南*》中的[體學資料儲存功能](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html)。
+ 如需 API 詳細資訊，請參閱《AWS CLI 命令參考》**中的 [ListReadSets](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/list-read-sets.html)。
### `list-reference-import-jobs`
以下程式碼範例顯示如何使用 `list-reference-import-jobs`。
**AWS CLI**
**取得參考匯入任務的清單**
下列 `list-reference-import-jobs` 範例會取得 ID 為 `1234567890` 之參考存放區的參考匯入任務清單。
```
aws omics list-reference-import-jobs \
--reference-store-id 1234567890
```
輸出：
```
{
"importJobs": [
{
"completionTime": "2022-11-23T19:54:58.204Z",
"creationTime": "2022-11-23T19:53:20.729Z",
"id": "1234567890",
"referenceStoreId": "1234567890",
"roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
"status": "COMPLETED"
},
{
"creationTime": "2022-11-23T20:34:03.250Z",
"id": "1234567890",
"referenceStoreId": "1234567890",
"roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
"status": "IN_PROGRESS"
}
]
}
```
如需詳細資訊，請參閱《*Amazon Omics 開發人員指南*》中的[體學資料儲存功能](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html)。
+ 如需 API 詳細資訊，請參閱《AWS CLI 命令參考》**中的 [ListReferenceImportJobs](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/list-reference-import-jobs.html)。
### `list-reference-stores`
以下程式碼範例顯示如何使用 `list-reference-stores`。
**AWS CLI**
**取得參考存放區的清單**
下列 `list-reference-stores` 範例會取得參考存放區的清單。
```
aws omics list-reference-stores
```
輸出：
```
{
"referenceStores": [
{
"arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890",
"creationTime": "2022-11-22T22:13:25.947Z",
"id": "1234567890",
"name": "my-ref-store"
}
]
}
```
如需詳細資訊，請參閱《*Amazon Omics 開發人員指南*》中的[體學資料儲存功能](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html)。
+ 如需 API 詳細資訊，請參閱《AWS CLI 命令參考》**中的 [ListReferenceStores](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/list-reference-stores.html)。
### `list-references`
以下程式碼範例顯示如何使用 `list-references`。
**AWS CLI**
**取得參考清單**
下列 `list-references` 範例會取得 ID 為 `1234567890` 之參考存放區的基因組參考清單。
```
aws omics list-references \
--reference-store-id 1234567890
```
輸出：
```
{
"references": [
{
"arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890",
"creationTime": "2022-11-22T22:27:09.033Z",
"id": "1234567890",
"md5": "7ff134953dcca8c8997453bbb80b6b5e",
"name": "assembly-38",
"referenceStoreId": "1234567890",
"status": "ACTIVE",
"updateTime": "2022-11-22T22:27:09.033Z"
}
]
}
```
如需詳細資訊，請參閱《*Amazon Omics 開發人員指南*》中的[體學資料儲存功能](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html)。
+ 如需 API 詳細資訊，請參閱《AWS CLI 命令參考》**中的 [ListReferences](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/list-references.html)。
### `list-run-groups`
以下程式碼範例顯示如何使用 `list-run-groups`。
**AWS CLI**
**取得執行群組的清單**
下列 `list-run-groups` 範例會取得執行群組的清單。
```
aws omics list-run-groups
```
輸出：
```
{
"items": [
{
"arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:runGroup/1234567",
"creationTime": "2022-12-01T00:58:42.915219Z",
"id": "1234567",
"maxCpus": 20,
"maxDuration": 600,
"name": "cram-convert"
}
]
}
```
如需詳細資訊，請參閱《AWS HealthOmics 使用者指南》**中的[建立執行群組](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/creating-run-groups.html)。
+ 如需 API 詳細資訊，請參閱《AWS CLI 命令參考》**中的 [ListRunGroups](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/list-run-groups.html)。
### `list-run-tasks`
以下程式碼範例顯示如何使用 `list-run-tasks`。
**AWS CLI**
**取得任務清單**
下列 `list-run-tasks` 範例會取得工作流程執行的任務清單。
```
aws omics list-run-tasks \
--id 1234567
```
輸出：
```
{
"items": [
{
"cpus": 1,
"creationTime": "2022-11-30T23:13:00.718651Z",
"memory": 15,
"name": "CramToBamTask",
"startTime": "2022-11-30T23:17:47.016Z",
"status": "COMPLETED",
"stopTime": "2022-11-30T23:18:21.503Z",
"taskId": "1234567"
},
{
"cpus": 1,
"creationTime": "2022-11-30T23:18:32.315606Z",
"memory": 4,
"name": "ValidateSamFile",
"startTime": "2022-11-30T23:23:40.165Z",
"status": "COMPLETED",
"stopTime": "2022-11-30T23:24:14.766Z",
"taskId": "1234567"
}
]
}
```
如需詳細資訊，請參閱《*AWS HealthOmics 使用者指南*》中的 [HealthOmics 執行中的任務生命週期](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/workflow-run-tasks.html)。
+ 如需 API 詳細資訊，請參閱《AWS CLI 命令參考》**中的 [ListRunTasks](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/list-run-tasks.html)。
### `list-runs`
以下程式碼範例顯示如何使用 `list-runs`。
**AWS CLI**
**取得工作流程執行的清單**
下列 `list-runs` 範例會取得工作流程執行的清單。
```
aws omics list-runs
```
輸出：
```
{
"items": [
{
"arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:run/1234567",
"creationTime": "2022-12-02T23:20:01.202074Z",
"id": "1234567",
"name": "cram-to-bam",
"priority": 1,
"startTime": "2022-12-02T23:29:18.115Z",
"status": "COMPLETED",
"stopTime": "2022-12-02T23:57:54.428812Z",
"storageCapacity": 10,
"workflowId": "1234567"
},
{
"arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:run/1234567",
"creationTime": "2022-12-03T00:16:57.180066Z",
"id": "1234567",
"name": "cram-to-bam",
"priority": 1,
"startTime": "2022-12-03T00:26:50.233Z",
"status": "FAILED",
"stopTime": "2022-12-03T00:37:21.451340Z",
"storageCapacity": 10,
"workflowId": "1234567"
},
{
"arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:run/1234567",
"creationTime": "2022-12-05T17:57:08.444817Z",
"id": "1234567",
"name": "cram-to-bam",
"status": "STARTING",
"workflowId": "1234567"
}
]
}
```
如需詳細資訊，請參閱《*AWS HealthOmics 使用者指南*》中的[在工作流程中執行生命週期](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/monitoring-runs.html)。
+ 如需 API 詳細資訊，請參閱《AWS CLI 命令參考》**中的 [ListRuns](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/list-runs.html)。
### `list-sequence-stores`
以下程式碼範例顯示如何使用 `list-sequence-stores`。
**AWS CLI**
**取得序列存放區的清單**
下列 `list-sequence-stores` 範例會取得序列存放區的清單。
```
aws omics list-sequence-stores
```
輸出：
```
{
"sequenceStores": [
{
"arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:sequenceStore/1234567890",
"creationTime": "2022-11-23T01:24:33.629Z",
"id": "1234567890",
"name": "my-seq-store"
}
]
}
```
如需詳細資訊，請參閱《*Amazon Omics 開發人員指南*》中的[體學資料儲存功能](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html)。
+ 如需 API 詳細資訊，請參閱《AWS CLI 命令參考》**中的 [ListSequenceStores](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/list-sequence-stores.html)。
### `list-shares`
以下程式碼範例顯示如何使用 `list-shares`。
**AWS CLI**
**列出 HealthOmics 分析資料的可用共享**
下列 `list-shares` 範例列出為資源擁有者建立的所有共享。
```
aws omics list-shares \
--resource-owner SELF
```
輸出：
```
{
"shares": [
{
"shareId": "595c1cbd-a008-4eca-a887-954d30c91c6e",
"name": "myShare",
"resourceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:variantStore/store_1",
"principalSubscriber": "123456789012",
"ownerId": "555555555555",
"status": "PENDING"
}
{
"shareId": "39b65d0d-4368-4a19-9814-b0e31d73c10a",
"name": "myShare3456",
"resourceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:variantStore/store_2",
"principalSubscriber": "123456789012",
"ownerId": "555555555555",
"status": "ACTIVE"
},
{
"shareId": "203152f5-eef9-459d-a4e0-a691668d44ef",
"name": "myShare4",
"resourceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:variantStore/store_3",
"principalSubscriber": "123456789012",
"ownerId": "555555555555",
"status": "ACTIVE"
}
]
}
```
如需詳細資訊，請參閱《*AWS HealthOmics 使用者指南*》中的[跨帳戶共享](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/cross-account-sharing.html)。
+ 如需 API 詳細資訊，請參閱《AWS CLI 命令參考》**中的 [ListShares](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/list-shares.html)。
### `list-tags-for-resource`
以下程式碼範例顯示如何使用 `list-tags-for-resource`。
**AWS CLI**
**取得標籤清單**
下列 `list-tags-for-resource` 範例會取得 ID 為 `1234567` 之工作流程的標籤清單。
```
aws omics list-tags-for-resource \
--resource-arn arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:workflow/1234567
```
輸出：
```
{
"tags": {
"department": "analytics"
}
}
```
如需詳細資訊，請參閱《Amazon Omics 開發人員指南》**中的[標記 Amazon Omics 中的資源](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/workflows.html)。
+ 如需 API 詳細資訊，請參閱《AWS CLI 命令參考》**中的 [ListTagsForResource](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/list-tags-for-resource.html)。
### `list-variant-import-jobs`
以下程式碼範例顯示如何使用 `list-variant-import-jobs`。
**AWS CLI**
**取得變體匯入任務的清單**
下列 `list-variant-import-jobs` 範例會取得變體匯入任務的清單。
```
aws omics list-variant-import-jobs
```
輸出：
```
{
"variantImportJobs": [
{
"creationTime": "2022-11-23T22:47:02.514002Z",
"destinationName": "my_var_store",
"id": "69cb65d6-xmpl-4a4a-9025-4565794b684e",
"roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
"runLeftNormalization": false,
"status": "COMPLETED",
"updateTime": "2022-11-23T22:49:17.976597Z"
},
{
"creationTime": "2022-11-23T22:42:50.037812Z",
"destinationName": "my_var_store",
"id": "edd7b8ce-xmpl-47e2-bc99-258cac95a508",
"roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
"runLeftNormalization": false,
"status": "COMPLETED",
"updateTime": "2022-11-23T22:45:26.009880Z"
}
]
}
```
如需詳細資訊，請參閱《*Amazon Omics 開發人員指南*》中的[體學分析功能](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/omics-analytics.html)。
+ 如需 API 詳細資訊，請參閱《AWS CLI 命令參考》**中的 [ListVariantImportJobs](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/list-variant-import-jobs.html)。
### `list-variant-stores`
以下程式碼範例顯示如何使用 `list-variant-stores`。
**AWS CLI**
**取得變體存放區的清單**
下列 `list-variant-stores` 範例會取得變體存放區的清單。
```
aws omics list-variant-stores
```
輸出：
```
{
"variantStores": [
{
"creationTime": "2022-11-23T22:09:07.534499Z",
"id": "02dexmplcfdd",
"name": "my_var_store",
"reference": {
"referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890"
},
"status": "CREATING",
"storeArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:variantStore/my_var_store",
"storeSizeBytes": 0,
"updateTime": "2022-11-23T22:09:24.931711Z"
},
{
"creationTime": "2022-09-23T23:00:09.140265Z",
"id": "8777xmpl1a24",
"name": "myvstore0",
"status": "ACTIVE",
"storeArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:variantStore/myvstore0",
"storeSizeBytes": 0,
"updateTime": "2022-09-23T23:03:26.013220Z"
}
]
}
```
如需詳細資訊，請參閱《*Amazon Omics 開發人員指南*》中的[體學分析功能](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/omics-analytics.html)。
+ 如需 API 詳細資訊，請參閱《AWS CLI 命令參考》**中的 [ListVariantStores](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/list-variant-stores.html)。
### `list-workflows`
以下程式碼範例顯示如何使用 `list-workflows`。
**AWS CLI**
**取得工作流程清單**
下列 `list-workflows` 範例會取得工作流程清單。
```
aws omics list-workflows
```
輸出：
```
{
"items": [
{
"arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:workflow/1234567",
"creationTime": "2022-09-23T23:08:22.041227Z",
"digest": "nSCNo/qMWFxmplXpUdokXJnwgneOaxyyc2YOxVxrJTE=",
"id": "1234567",
"name": "my-wkflow-0",
"status": "ACTIVE",
"type": "PRIVATE"
},
{
"arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:workflow/1234567",
"creationTime": "2022-11-30T22:33:16.225368Z",
"digest": "sha256:c54bxmpl742dcc26f7fa1f10e37550ddd8f251f418277c0a58e895b801ed28cf",
"id": "1234567",
"name": "cram-converter",
"status": "ACTIVE",
"type": "PRIVATE"
}
]
}
```
如需詳細資訊，請參閱《AWS HealthOmics 使用者指南》**中的[建立私有工作流程](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/workflows-setup.html)。
+ 如需 API 詳細資訊，請參閱《AWS CLI 命令參考》**中的 [ListWorkflows](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/list-workflows.html)。
### `start-annotation-import-job`
以下程式碼範例顯示如何使用 `start-annotation-import-job`。
**AWS CLI**
**匯入註釋**
下列 `start-annotation-import-job` 範例會從 Amazon S3 匯入註釋。
```
aws omics start-annotation-import-job \
--destination-name tsv_ann_store \
--no-run-left-normalization \
--role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ \
--items source=s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/targetedregions.bed.gz
```
輸出：
```
{
"jobId": "984162c7-xmpl-4d23-ab47-286f7950bfbf"
}
```
如需詳細資訊，請參閱《*Amazon Omics 開發人員指南*》中的[體學分析功能](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/omics-analytics.html)。
+ 如需 API 詳細資訊，請參閱《AWS CLI 命令參考》**中的 [StartAnnotationImportJob](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/start-annotation-import-job.html)。
### `start-read-set-activation-job`
以下程式碼範例顯示如何使用 `start-read-set-activation-job`。
**AWS CLI**
**啟用封存的讀取集**
下列 `start-read-set-activation-job` 範例會啟用兩個讀取集。
```
aws omics start-read-set-activation-job \
--sequence-store-id 1234567890 \
--sources readSetId=1234567890 readSetId=1234567890
```
輸出：
```
{
"creationTime": "2022-12-06T22:35:10.100Z",
"id": "1234567890",
"sequenceStoreId": "1234567890",
"status": "SUBMITTED"
}
```
如需詳細資訊，請參閱《*Amazon Omics 開發人員指南*》中的[體學資料儲存功能](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html)。
+ 如需 API 詳細資訊，請參閱《AWS CLI 命令參考》**中的 [StartReadSetActivationJob](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/start-read-set-activation-job.html)。
### `start-read-set-export-job`
以下程式碼範例顯示如何使用 `start-read-set-export-job`。
**AWS CLI**
**匯出讀取集**
下列 `start-read-set-export-job` 範例會將兩個讀取集匯出至 Amazon S3。
```
aws omics start-read-set-export-job \
--sequence-store-id 1234567890 \
--sources readSetId=1234567890 readSetId=1234567890 \
--role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ
\
--destination s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/read-set-export/
```
輸出：
```
{
"creationTime": "2022-12-06T22:37:18.612Z",
"destination": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/read-set-export/",
"id": "1234567890",
"sequenceStoreId": "1234567890",
"status": "SUBMITTED"
}
```
如需詳細資訊，請參閱《*Amazon Omics 開發人員指南*》中的[體學資料儲存功能](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html)。
+ 如需 API 詳細資訊，請參閱《AWS CLI 命令參考》**中的 [StartReadSetExportJob](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/start-read-set-export-job.html)。
### `start-read-set-import-job`
以下程式碼範例顯示如何使用 `start-read-set-import-job`。
**AWS CLI**
**匯入讀取集**
下列 `start-read-set-import-job` 範例會匯入讀取集。
```
aws omics start-read-set-import-job \
--sequence-store-id 1234567890 \
--role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ \
--sources file://readset-sources.json
```
readset-sources.json 是具有下列內容的 JSON 文件。
```
[
{
"sourceFiles":
{
"source1": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/HG00100.chrom20.ILLUMINA.bwa.GBR.low_coverage.20101123.bam"
},
"sourceFileType": "BAM",
"subjectId": "bam-subject",
"sampleId": "bam-sample",
"referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890",
"name": "HG00100"
}
]
```
輸出：
```
{
"creationTime": "2022-11-23T01:36:38.158Z",
"id": "1234567890",
"roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
"sequenceStoreId": "1234567890",
"status": "SUBMITTED"
}
```
如需詳細資訊，請參閱《*Amazon Omics 開發人員指南*》中的[體學資料儲存功能](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html)。
+ 如需 API 詳細資訊，請參閱《AWS CLI 命令參考》**中的 [StartReadSetImportJob](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/start-read-set-import-job.html)。
### `start-reference-import-job`
以下程式碼範例顯示如何使用 `start-reference-import-job`。
**AWS CLI**
**匯入參考基因組**
下列 `start-reference-import-job` 範例會從 Amazon S3 匯入參考基因組。
```
aws omics start-reference-import-job \
--reference-store-id 1234567890 \
--role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ \
--sources sourceFile=s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.fasta,name=assembly-38
```
輸出：
```
{
"creationTime": "2022-11-22T22:25:41.124Z",
"id": "1234567890",
"referenceStoreId": "1234567890",
"roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
"status": "SUBMITTED"
}
```
如需詳細資訊，請參閱《*Amazon Omics 開發人員指南*》中的[體學資料儲存功能](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html)。
+ 如需 API 詳細資訊，請參閱《AWS CLI 命令參考》**中的 [StartReferenceImportJob](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/start-reference-import-job.html)。
### `start-run`
以下程式碼範例顯示如何使用 `start-run`。
**AWS CLI**
**執行工作流程**
下列 `start-run` 範例會執行 ID 為 `1234567` 的工作流程。
```
aws omics start-run \
--workflow-id 1234567 \
--role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ \
--name 'cram-to-bam' \
--output-uri s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/workflow-output/ \
--run-group-id 1234567 \
--priority 1 \
--storage-capacity 10 \
--log-level ALL \
--parameters file://workflow-inputs.json
```
workflow-inputs.json 是具下列內容的 JSON 文件。
```
{
"sample_name": "NA12878",
"input_cram": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/NA12878.cram",
"ref_dict": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.dict",
"ref_fasta": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.fasta",
"ref_fasta_index": "omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.fasta.fai"
}
```
輸出：
```
{
"arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:run/1234567",
"id": "1234567",
"status": "PENDING",
"tags": {}
}
```
如需詳細資訊，請參閱《*AWS HealthOmics 使用者指南*》中的[開始執行](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/starting-a-run.html)。
**從 Amazon Omics 載入來源檔案**
您也可以使用特定服務的 URI，從 Amazon Omics 儲存體載入來源檔案。下列範例 workflow-inputs.json 檔案，會將 Amazon Omics URI 用於讀取集和參考基因組來源。
```
{
"sample_name": "NA12878",
"input_cram": "omics://123456789012.storage.us-west-2.amazonaws.com/1234567890/readSet/1234567890/source1",
"ref_dict": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.dict",
"ref_fasta": "omics://123456789012.storage.us-west-2.amazonaws.com/1234567890/reference/1234567890",
"ref_fasta_index": "omics://123456789012.storage.us-west-2.amazonaws.com/1234567890/reference/1234567890/index"
}
```
+ 如需 API 詳細資訊，請參閱《AWS CLI 命令參考》**中的 [StartRun](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/start-run.html)。
### `start-variant-import-job`
以下程式碼範例顯示如何使用 `start-variant-import-job`。
**AWS CLI**
**匯入變體檔案**
下列 `start-variant-import-job` 範例會匯入 VCF 格式變體檔案。
```
aws omics start-variant-import-job \
--destination-name my_var_store \
--no-run-left-normalization \
--role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ \
--items source=s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.known_indels.vcf.gz
```
輸出：
```
{
"jobId": "edd7b8ce-xmpl-47e2-bc99-258cac95a508"
}
```
如需詳細資訊，請參閱《*Amazon Omics 開發人員指南*》中的[體學分析功能](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/omics-analytics.html)。
+ 如需 API 詳細資訊，請參閱《AWS CLI 命令參考》**中的 [StartVariantImportJob](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/start-variant-import-job.html)。
### `tag-resource`
以下程式碼範例顯示如何使用 `tag-resource`。
**AWS CLI**
**標記資源**
下列 `tag-resource` 範例會將 `department` 標籤新增至 ID 為 `1234567` 的工作流程。
```
aws omics tag-resource \
--resource-arn arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:workflow/1234567 \
--tags department=analytics
```
如需詳細資訊，請參閱《Amazon Omics 開發人員指南》**中的[標記 Amazon Omics 中的資源](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/workflows.html)。
+ 如需 API 詳細資訊，請參閱《AWS CLI 命令參考》**中的 [TagResource](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/tag-resource.html)。
### `untag-resource`
以下程式碼範例顯示如何使用 `untag-resource`。
**AWS CLI**
**將標籤從資源中移除**
下列 `untag-resource` 範例會從工作流程中移除 `department` 標籤。
```
aws omics untag-resource \
--resource-arn arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:workflow/1234567 \
--tag-keys department
```
如需詳細資訊，請參閱《*Amazon Omics 開發人員指南*》中的[體學資料儲存功能](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/tagging.html)。
+ 如需 API 詳細資訊，請參閱《AWS CLI 命令參考》**中的 [UntagResource](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/untag-resource.html)。
### `update-annotation-store`
以下程式碼範例顯示如何使用 `update-annotation-store`。
**AWS CLI**
**更新註釋存放區**
下列 `update-annotation-store` 範例會更新名為 `my_vcf_store` 的註釋存放區的描述。
```
aws omics update-annotation-store \
--name my_vcf_store \
--description "VCF annotation store"
```
輸出：
```
{
"creationTime": "2022-12-05T18:00:56.101860Z",
"description": "VCF annotation store",
"id": "bd6axmpl2444",
"name": "my_vcf_store",
"reference": {
"referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890"
},
"status": "ACTIVE",
"storeFormat": "VCF",
"updateTime": "2022-12-05T18:13:16.100051Z"
}
```
如需詳細資訊，請參閱《*Amazon Omics 開發人員指南*》中的[體學分析功能](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/omics-analytics.html)。
+ 如需 API 詳細資訊，請參閱《*AWS CLI 命令參考*》中的 [UpdateAnnotationStore](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/update-annotation-store.html)。
### `update-run-group`
以下程式碼範例顯示如何使用 `update-run-group`。
**AWS CLI**
**更新執行群組**
下列 `update-run-group` 範例會更新 ID 為 `1234567` 之執行群組的設定。
```
aws omics update-run-group \
--id 1234567 \
--max-cpus 10
```
輸出：
```
{
"arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:runGroup/1234567",
"creationTime": "2022-12-01T00:58:42.915219Z",
"id": "1234567",
"maxCpus": 10,
"maxDuration": 600,
"name": "cram-convert",
"tags": {}
}
```
如需詳細資訊，請參閱《*Amazon Omics 開發人員指南*》中的[體學工作流程](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/workflows.html)。
+ 如需 API 詳細資訊，請參閱《AWS CLI 命令參考》**中的 [UpdateRunGroup](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/update-run-group.html)。
### `update-variant-store`
以下程式碼範例顯示如何使用 `update-variant-store`。
**AWS CLI**
**更新變體存放區**
下列 `update-variant-store` 範例會更新名為 `my_var_store` 的變體存放區的描述。
```
aws omics update-variant-store \
--name my_var_store \
--description "variant store"
```
輸出：
```
{
"creationTime": "2022-11-23T22:09:07.534499Z",
"description": "variant store",
"id": "02dexmplcfdd",
"name": "my_var_store",
"reference": {
"referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890"
},
"status": "ACTIVE",
"updateTime": "2022-12-05T18:23:37.686402Z"
}
```
如需詳細資訊，請參閱《*Amazon Omics 開發人員指南*》中的[體學分析功能](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/omics-analytics.html)。
+ 如需 API 詳細資訊，請參閱《AWS CLI 命令參考》**中的 [UpdateVariantStore](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/update-variant-store.html)。
### `update-workflow`
以下程式碼範例顯示如何使用 `update-workflow`。
**AWS CLI**
**更新工作流程**
下列 `1234567` 範例會更新 ID 為 `update-workflow` 的工作流程的描述。
```
aws omics update-workflow \
--id 1234567 \
--description "copy workflow"
```
如需詳細資訊，請參閱《AWS HealthOmics 使用者指南》**中的[建立或更新工作流程](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/creating-private-workflows.html)。
+ 如需 API 詳細資訊，請參閱《AWS CLI 命令參考》**中的 [UpdateWorkflow](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/update-workflow.html)。
### `upload-read-set-part`
以下程式碼範例顯示如何使用 `upload-read-set-part`。
**AWS CLI**
**上傳讀取集部分。**
下列 `upload-read-set-part` 範例會上傳讀取集的指定部分。
```
aws omics upload-read-set-part \
--sequence-store-id 0123456789 \
--upload-id 1122334455 \
--part-source SOURCE1 \
--part-number 1 \
--payload /path/to/file/read_1_part_1.fastq.gz
```
輸出：
```
{
"checksum": "984979b9928ae8d8622286c4a9cd8e99d964a22d59ed0f5722e1733eb280e635"
}
```
如需詳細資訊，請參閱《*AWS HealthOmics 使用者指南*》中的[直接上傳至序列存放區](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/synchronous-uploads.html)。
+ 如需 API 詳細資訊，請參閱《AWS CLI 命令參考》**中的 [UploadReadSetPart](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/upload-read-set-part.html)。