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在截止日期雲端上使用 bwa 和 bcftools 呼叫基因變體
GitHub 網站上的 variant_calling_bwabwa、使用 呼叫變體bcftools，並將結果合併為一個 VCF 檔案。管道會重新實作 Open Job Description 中的 AWS HealthOmics WDL 變體呼叫教學課程管道。
此套件示範可轉移到其他科學工作負載的模式：
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從 bioconda 通道以 conda 套件形式交付的軟體，而不是內建於容器映像中。
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透過兩個不同的任務參數進行廣發：對齊範例的散射，以及透過基因體區域呼叫散射的變體，合併步驟為集合。
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驗證每個必要工具每個工作階段開啟
PATH一次的任務環境，並報告確切的套件和通道，以便在遺失任何 時進行設定。
套件需要具有 Linux 機群的陣列、頻道設定為 conda-forge bioconda的 Conda 佇列環境，以及截止日期雲端 CLI。下載範例資料 （約 950 KB)，然後提交：
python sample_inputs/fetch_test_data.py deadline bundle submit .
預設參數 (2 個範例，4 個區域） 會產生 10 個任務。README 涵蓋自攜群組、擴展區域清單，以及生產分析將新增的步驟。如需其他生物科學範例，請參閱 在截止日期雲端上使用 ESMFold 預測蛋白質結構、 在截止日期雲端上執行 GROMACS 分子動態模擬和 在截止日期雲端上使用 AutoDock Vina 執行虛擬篩選。
