本文為英文版的機器翻譯版本，如內容有任何歧義或不一致之處，概以英文版為準。

# 在 HealthOmics 變體存放區上執行查詢
<a name="analytics-run-queries"></a>

**重要**  
AWS HealthOmics 變體存放區和註釋存放區不再開放給新客戶。現有客戶可以繼續正常使用該服務。如需詳細資訊，請參閱[AWS HealthOmics 變體存放區和註釋存放區可用性變更](variant-store-availability-change.md)。

您可以使用 Amazon Athena 在變體存放區上執行查詢。請注意，變體和註釋存放區中的基因體座標表示為以零為基礎、半封閉的半開間隔。

## 使用 Athena 主控台執行簡單的查詢
<a name="run-queries-athena-simple"></a>

下列範例示範如何執行簡單的查詢。

1. 開啟 Athena 查詢編輯器：[Athena 查詢編輯器](https://console.aws.amazon.com//athena)

1. 在**工作群組**下，選取您在設定期間建立的工作群組。

1. 確認**資料來源**是 **AwsDataCatalog**。

1. 針對**資料庫**，選取您在 Lake Formation 設定期間建立的資料庫資源連結。

1. 將下列查詢複製到查詢 ******1 索引標籤下的查詢編輯器**：

   ```
   SELECT * from omicsvariants limit 10
   ```

1. 選擇**執行**以執行查詢。主控台會將資料表的前 10 列填入結果**omicsvariants**資料表。

## 使用 Athena 主控台執行複雜的查詢
<a name="run-queries-athena-complex"></a>

下列範例示範如何執行複雜的查詢。若要執行此查詢，`ClinVar`請將 匯入註釋存放區。

**執行複雜的查詢**

1. 開啟 Athena 查詢編輯器：[Athena 查詢編輯器](https://console.aws.amazon.com//athena)

1. 在**工作群組**下，選取您在設定期間建立的工作群組。

1. 確認**資料來源**是 **AwsDataCatalog**。

1. 針對**資料庫**，選取您在 Lake Formation 設定期間建立的資料庫資源連結。

1. 選擇右上角**\$1**的 ，以建立新的查詢索引標籤，名為**查詢 2**。

1. 將下列查詢複製到查詢 ******2 索引標籤下的查詢編輯器**：

   ```
   SELECT variants.sampleid,
     variants.contigname,
     variants.start,
     variants."end",
     variants.referenceallele,
     variants.alternatealleles,
     variants.attributes AS variant_attributes,
     clinvar.attributes AS clinvar_attributes  
   FROM omicsvariants as variants 
   INNER JOIN omicsannotations as clinvar ON 
     variants.contigname=CONCAT('chr',clinvar.contigname) 
     AND variants.start=clinvar.start 
     AND variants."end"=clinvar."end" 
     AND variants.referenceallele=clinvar.referenceallele 
     AND variants.alternatealleles=clinvar.alternatealleles 
   WHERE clinvar.attributes['CLNSIG']='Likely_pathogenic'
   ```

1. 選擇**執行**以開始執行查詢。