本文為英文版的機器翻譯版本，如內容有任何歧義或不一致之處，概以英文版為準。
# 建立 HealthOmics 參考存放區
HealthOmics 中的參考存放區是用於儲存參考基因體的資料存放區。您可以在每個 AWS 帳戶 和區域中擁有單一參考存放區。您可以使用 主控台或 CLI 建立參考存放區。
**Topics**
+ [使用主控台建立參考存放區](#console-create-reference-store)
+ [使用 CLI 建立參考存放區](#api-create-reference-store)
## 使用主控台建立參考存放區
**建立參考存放區**
1. 開啟 [HealthOmics 主控台](https://console.aws.amazon.com/omics/)。
1. 如有需要，請開啟左側導覽窗格 (≡)。選擇**參考存放區**。
1. 從 Genomics 資料儲存選項中選擇**參考基因體**。
1. 您可以選擇先前匯入的參考基因體，或匯入新的參考基因體。如果您尚未匯入參考基因體，請選擇右上角的**匯入參考基因體**。
1. 在**建立參考基因體匯入任務**頁面上，選擇**快速建立**或**手動建立**選項來建立參考存放區，然後提供下列資訊。
+ **參考基因體名稱** - 此存放區的唯一名稱。
+ **描述** （選用） - 此參考存放區的描述。
+ **IAM 角色** - 選取可存取參考基因體的角色。
+ **來自 Amazon S3 的參考** - 選取 Amazon S3 儲存貯體中的參考序列檔案。
+ **標籤 **（選用） - 為此參考存放區提供最多 50 個標籤。
## 使用 CLI 建立參考存放區
下列範例說明如何使用 建立參考存放區 AWS CLI。每個 AWS 區域可以有一個參考存放區。
參考存放區支援儲存副檔名為 `.fasta`、`.fa`、`.fas`、`.fsa`、`.faa`、`.fna`、`.ffn`、`.frn``.mpfa`、、、 `.seq`的 FASTA 檔案`.txt`。也支援這些擴充功能的`bgzip`版本。
在下列範例中，將 `reference store name`取代為您為參考存放區選擇的名稱。
```
aws omics create-reference-store --name "reference store name"
```
您會收到 JSON 回應，其中包含參考存放區 ID 和名稱、ARN，以及建立參考存放區時的時間戳記。
```
{
"id": "3242349265",
"arn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:referenceStore/3242349265",
"name": "MyReferenceStore",
"creationTime": "2022-07-01T20:58:42.878Z"
}
```
您可以在其他 AWS CLI 命令中使用參考存放區 ID。您可以使用 **list-reference-stores** 命令擷取連結至您帳戶的參考存放區 IDs 清單，如下列範例所示。
```
aws omics list-reference-stores
```
為了回應，您收到新建立的參考存放區名稱。
```
{
"referenceStores": [
{
"id": "3242349265",
"arn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:referenceStore/3242349265",
"name": "MyReferenceStore",
"creationTime": "2022-07-01T20:58:42.878Z"
}
]
}
```
建立參考存放區之後，您可以建立匯入任務，將基因體參考檔案載入其中。若要這樣做，您必須使用或建立 IAM 角色來存取資料。政策範例如下。
------
#### [ JSON ]
****
```
{
"Version":"2012-10-17",
"Statement": [
{
"Effect": "Allow",
"Action": [
"s3:GetObject",
"s3:GetBucketLocation"
],
"Resource": [
"arn:aws:s3:::amzn-s3-demo-bucket1",
"arn:aws:s3:::amzn-s3-demo-bucket1/*"
]
}
]
}
```
------
您還必須擁有類似下列範例的信任政策。
------
#### [ JSON ]
****
```
{
"Version":"2012-10-17",
"Statement": [
{
"Effect": "Allow",
"Principal": {
"Service": [
"omics.amazonaws.com"
]
},
"Action": "sts:AssumeRole"
}
]
}
```
------
您現在可以匯入參考基因體。此範例使用 Genome Reference Consortium Human Build 38 (hg38)，這是開放存取，可從 [上的開放資料登錄 AWS](https://registry.opendata.aws/)檔取得。託管此資料的儲存貯體位於美國東部 （俄亥俄）。若要在其他 AWS 區域中使用儲存貯體，您可以將資料複製到您區域中託管的 Amazon S3 儲存貯體。使用下列 AWS CLI 命令將基因體複製到 Amazon S3 儲存貯體。
```
aws s3 cp s3://broad-references/hg38/v0/Homo_sapiens_assembly38.fasta s3://amzn-s3-demo-bucket
```
然後，您可以開始匯入任務。`source file path` 使用您自己的輸入取代 `reference store ID``role ARN`、 和 。
```
aws omics start-reference-import-job --reference-store-id reference store ID --role-arn role ARN --sources source file path
```
匯入資料後，您會以 JSON 收到下列回應。
```
{
"id": "7252016478",
"referenceStoreId": "3242349265",
"roleArn": "arn:aws:iam::111122223333:role/OmicsReferenceImport",
"status": "CREATED",
"creationTime": "2022-07-01T21:15:13.727Z"
}
```
您可以使用下列命令來監控任務的狀態。在下列範例中，將 `reference store ID`和 取代`job ID`為您的參考存放區 ID，以及您想要進一步了解的任務 ID。
```
aws omics get-reference-import-job --reference-store-id reference store ID --id job ID
```
為了回應，您會收到回應，其中包含該參考存放區的詳細資訊及其狀態。
```
{
"id": "7252016478",
"referenceStoreId": "3242349265",
"roleArn": "arn:aws:iam::555555555555:role/OmicsReferenceImport",
"status": "RUNNING",
"creationTime": "2022-07-01T21:15:13.727Z",
"sources": [
{
"sourceFile": "s3://amzn-s3-demo-bucket/Homo_sapiens_assembly38.fasta",
"status": "IN_PROGRESS",
"name": "MyReference"
}
]
}
```
您也可以列出您的參考，並根據參考名稱篩選它們，以找到匯入的參考。`reference store ID` 將 取代為您的參考存放區 ID，並新增選用篩選條件以縮小清單範圍。
```
aws omics list-references --reference-store-id reference store ID --filter name=MyReference
```
為了回應，您會收到下列資訊。
```
{
"references": [
{
"id": "1234567890",
"arn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:referenceStore/1234567890/reference/1234567890",
"referenceStoreId": "12345678",
"md5": "7ff134953dcca8c8997453bbb80b6b5e",
"status": "ACTIVE",
"name": "MyReference",
"creationTime": "2022-07-02T00:15:19.787Z",
"updateTime": "2022-07-02T00:15:19.787Z"
}
]
}
```
若要進一步了解參考中繼資料，請使用 **get-reference-metadata** API 操作。在下列範例中，`reference store ID`將 取代為您的參考存放區 ID，並將 取代`reference ID`為您想要進一步了解的參考 ID。
```
aws omics get-reference-metadata --reference-store-id reference store ID --id reference ID
```
您收到以下資訊以回應。
```
{
"id": "1234567890",
"arn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:referenceStore/referencestoreID/reference/referenceID",
"referenceStoreId": "1234567890",
"md5": "7ff134953dcca8c8997453bbb80b6b5e",
"status": "ACTIVE",
"name": "MyReference",
"creationTime": "2022-07-02T00:15:19.787Z",
"updateTime": "2022-07-02T00:15:19.787Z",
"files": {
"source": {
"totalParts": 31,
"partSize": 104857600,
"contentLength": 3249912778
},
"index": {
"totalParts": 1,
"partSize": 104857600,
"contentLength": 160928
}
}
}
```
您也可以使用 **get-reference** 下載部分參考檔案。在下列範例中，將 取代`reference store ID`為參考存放區 ID，並將 `reference ID` 取代為您要從中下載的參考 ID。
```
aws omics get-reference --reference-store-id reference store ID --id reference ID --part-number 1 outfile.fa
```