本文為英文版的機器翻譯版本，如內容有任何歧義或不一致之處，概以英文版為準。
# 建立 HealthOmics 序列存放區
HealthOmics 序列存放區支援以未對齊格式 `FASTQ`（僅限 gzip) 和 儲存基因體檔案`uBAM`。它也支援 `BAM`和 的對齊格式`CRAM`。
匯入的檔案會儲存為讀取集。您可以新增標籤至讀取集，並使用 IAM 政策來控制讀取集的存取。對齊的讀取集需要參考基因體才能對齊基因體序列，但未對齊的讀取集是選用的。
若要存放讀取集，請先建立序列存放區。建立序列存放區時，您可以將選用的 Amazon S3 儲存貯體指定為備用位置，以及存放 S3 存取日誌的位置。備用位置用於儲存無法在直接上傳期間建立讀取集的任何檔案。備用位置適用於 2023 年 5 月 15 日之後建立的序列存放區。您可以在建立序列存放區時指定備用位置。
您最多可以指定五個讀取集標籤金鑰。當您建立或更新具有符合其中一個金鑰的標籤金鑰的讀取集時，讀取集標籤會傳播到對應的 Amazon S3 物件。HealthOmics 建立的系統標籤預設會傳播。
**Topics**
+ [使用主控台建立序列存放區](#console-create-sequence-store)
+ [使用 CLI 建立序列存放區](#api-create-sequence-store)
+ [更新序列存放區](#update-sequence-store)
+ [更新序列存放區的讀取集標籤](#sequence-store-manage-tags)
+ [匯入基因體檔案](#import-genomic-files)
## 使用主控台建立序列存放區
**建立序列存放區**
1. 開啟 [HealthOmics 主控台](https://console.aws.amazon.com/omics/)。
1. 如有需要，請開啟左側導覽窗格 (≡)。選擇**序列存放區**。
1. 在**建立序列存放**區頁面上，提供下列資訊
+ **序列存放區名稱** - 此存放區的唯一名稱。
+ **描述** （選用） - 此序列存放區的描述。
1. 針對 ** S3 中的備用位置**，指定 Amazon S3 位置。HealthOmics 使用備用位置來存放無法在直接上傳期間建立讀取集的任何檔案。您需要授予 HealthOmics 服務對 Amazon S3 備用位置的寫入存取權。如需政策範例，請參閱 [設定備用位置](synchronous-uploads.md#synchronous-uploads-fallback)。
備用位置不適用於 2023 年 5 月 16 日之前建立的序列存放區。
1. （選用） 對於 ** S3 傳播的讀取集標籤金鑰**，您可以輸入最多五個讀取集金鑰，以從讀取集傳播到基礎 S3 物件。透過將標籤從讀取集傳播到 S3 物件，您可以根據標籤和/或最終使用者授予 S3 存取許可，以透過 Amazon S3 getObjectTagging API 操作查看傳播的標籤。
1. 在文字方塊中輸入一個索引鍵值。主控台會建立新的文字方塊，以新增下一個金鑰。
1. （選用） 選擇**移除**以移除所有金鑰。
1. 在**資料加密**下，選取您希望資料加密由 擁有和管理， AWS 還是使用客戶受管 CMK。
1. （選用） 在 **S3 資料存取**下，選取是否要建立新的角色和政策，以透過 Amazon S3 存取序列存放區。
1. （選用） 對於 **S3 存取記錄**，`Enabled`如果您希望 Amazon S3 收集存取日誌記錄，請選取 。
對於 ** S3 中的存取記錄位置**，指定要存放日誌的 Amazon S3 位置。只有在您啟用 S3 存取記錄時，才會顯示此欄位。
1. **標籤 **（選用） - 為此序列存放區提供最多 50 個標籤。這些標籤與讀取集匯入/標籤更新期間設定的讀取集標籤不同
建立 存放區後，即可使用 [匯入基因體檔案](#import-genomic-files)。
## 使用 CLI 建立序列存放區
在下列範例中，`sequence store name`將 取代為您為序列存放區選擇的名稱。
```
aws omics create-sequence-store --name sequence store name --fallback-location "s3://amzn-s3-demo-bucket"
```
您會在 JSON 中收到下列回應，其中包含新建立序列存放區的 ID 號碼。
```
{
"id": "3936421177",
"arn": "arn:aws:omics:us-west-2:111122223333:sequenceStore/3936421177",
"name": "sequence_store_example_name",
"creationTime": "2022-07-13T20:09:26.038Z"
"fallbackLocation" : "s3://amzn-s3-demo-bucket"
}
```
您也可以使用 **list-sequence-stores** 命令來檢視與您的帳戶相關聯的所有序列存放區，如下所示。
```
aws omics list-sequence-stores
```
您會收到下列回應。
```
{
"sequenceStores": [
{
"arn": "arn:aws:omics:us-west-2:111122223333:sequenceStore/3936421177",
"id": "3936421177",
"name": "MySequenceStore",
"creationTime": "2022-07-13T20:09:26.038Z",
"updatedTime": "2024-09-13T04:11:31.242Z",
"fallbackLocation" : "s3://amzn-s3-demo-bucket",
"status": "Active"
}
]
}
```
您可以使用 **get-sequence-store** 來進一步了解序列存放區，方法是使用其 ID，如下列範例所示：
```
aws omics get-sequence-store --id sequence store ID
```
您會收到下列回應：
```
{
"arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:sequenceStore/sequencestoreID",
"creationTime": "2024-01-12T04:45:29.857Z",
"updatedTime": "2024-09-13T04:11:31.242Z",
"description": null,
"fallbackLocation": null,
"id": "2015356892",
"name": "MySequenceStore",
"s3Access": {
"s3AccessPointArn": "arn:aws:s3:us-west-2:123456789012:accesspoint/592761533288-2015356892",
"s3Uri": "s3://592761533288-2015356892-ajdpi90jdas90a79fh9a8ja98jdfa9jf98-s3alias/592761533288/sequenceStore/2015356892/",
"accessLogLocation": "s3://IAD-seq-store-log/2015356892/"
},
"sseConfig": {
"keyArn": "arn:aws:kms:us-west-2:123456789012:key/eb2b30f5-635d-4b6d-b0f9-d3889fe0e648",
"type": "KMS"
},
"status": "Active",
"statusMessage": null,
"setTagsToSync": ["withdrawn","protocol"],
}
```
建立之後，也可以更新數個存放區參數。這可以透過 主控台或 API `updateSequenceStore`操作來完成。
## 更新序列存放區
若要更新序列存放區，請遵循下列步驟：
1. 開啟 [HealthOmics 主控台](https://console.aws.amazon.com/omics/)。
1. 如有需要，請開啟左側導覽窗格 (≡)。選擇**序列存放區**。
1. 選擇要更新的序列存放區。
1. 在**詳細資訊**面板中，選擇**編輯**。
1. 在**編輯詳細資訊**頁面上，您可以更新下列欄位：
+ **序列存放區名稱** - 此存放區的唯一名稱。
+ **描述** - 此序列存放區的描述。
+ **S3 中的備用位置**，指定 Amazon S3 位置。HealthOmics 使用備用位置來存放無法在直接上傳期間建立讀取集的任何檔案。
+ **S3 傳播的讀取集標籤金鑰** 您可以輸入最多五個讀取集金鑰以傳播到 Amazon S3。
+ （選用） 對於 **S3 存取記錄**，`Enabled`如果您希望 Amazon S3 收集存取日誌記錄，請選取 。
針對 ** S3 中的存取記錄位置**，指定要存放日誌的 Amazon S3 位置。只有在您啟用 S3 存取記錄時，才會顯示此欄位。
+ **標籤 **（選用） - 為此序列存放區提供最多 50 個標籤。
## 更新序列存放區的讀取集標籤
若要更新序列存放區的讀取集標籤或其他欄位，請遵循下列步驟：
1. 開啟 [HealthOmics 主控台](https://console.aws.amazon.com/omics/)。
1. 如有需要，請開啟左側導覽窗格 (≡)。選擇**序列存放區**。
1. 選擇您要更新的序列存放區。
1. 選擇**詳細資訊**索引標籤。
1. 選擇**編輯**。
1. 視需要新增新的讀取集標籤或刪除現有的標籤。
1. 視需要更新名稱、描述、備用位置或 S3 資料存取。
1. 選擇**儲存變更**。
## 匯入基因體檔案
若要將基因體檔案匯入序列存放區，請遵循下列步驟：
**匯入基因體檔案**
1. 開啟 [HealthOmics 主控台](https://console.aws.amazon.com/omics/)。
1. 如有需要，請開啟左側導覽窗格 (≡)。選擇**序列存放區**。
1. 在**序列存放**區頁面上，選擇要匯入檔案的序列存放區。
1. 在個別序列存放區頁面上，選擇**匯入基因體檔案**。
1. 在**指定匯入詳細資訊**頁面上，提供下列資訊
+ **IAM 角色** - 可存取 Amazon S3 上基因體檔案的 IAM 角色。
+ **參考基因體** - 此基因體資料的參考基因體。
1. 在**指定匯入資訊清單**頁面上，指定下列資訊**資訊清單檔案**。資訊清單檔案是 JSON 或 YAML 檔案，描述基因體資料的重要資訊。如需資訊清單檔案的資訊，請參閱 [將讀取集匯入 HealthOmics 序列存放區](import-sequence-store.md)。
1. 按一下**建立匯入任務**。