本文為英文版的機器翻譯版本，如內容有任何歧義或不一致之處，概以英文版為準。 # 在 HealthOmics 中開始執行 當您開始執行時，您可以指定 HealthOmics 配置的資源，以便在執行期間使用。 指定執行儲存類型和儲存量 （用於靜態儲存）。為了確保資料隔離和安全性，HealthOmics 會在每次執行開始時佈建儲存體，並在執行結束時取消佈建儲存體。如需其他資訊，請參閱 [在 HealthOmics 工作流程中執行儲存類型](workflows-run-types.md)。 指定輸出檔案的 Amazon S3 位置。如果您同時執行大量工作流程，請針對每個工作流程使用個別的 Amazon S3 輸出 URIs，以避免儲存貯體調節。如需詳細資訊，請參閱《*Amazon S3 使用者指南*》中的[使用字首組織物件](https://docs.aws.amazon.com/AmazonS3/latest/userguide/using-prefixes.html)，以及*《最佳化 Amazon S3 效能*白皮書》中的[水平擴展儲存連線](https://docs.aws.amazon.com/whitepapers/latest/s3-optimizing-performance-best-practices/scale-storage-connections-horizontally.html)。 您也可以指定執行優先順序。優先順序如何影響執行取決於執行是否與執行群組相關聯。如需其他資訊，請參閱 [執行優先順序](creating-run-groups.md#run-priority)。 如果工作流程有一或多個版本，您可以在開始執行時指定版本。如果您未指定版本，HealthOmics 會啟動[預設工作流程版本](workflows-default-version.md)。 使用 HealthOmics API 時，您可以為每個執行提供唯一的請求 ID。請求 ID 是 HealthOmics 用來識別重複請求的等冪字符。 和 只會啟動一次執行。 **注意** 您可以在開始執行時指定 IAM 服務角色。或者，主控台可以為您建立服務角色。如需詳細資訊，請參閱[的服務角色 AWS HealthOmics](permissions-service.md)。 **Topics** + [HealthOmics 執行參數](#run-parameters) + [使用主控台啟動執行](#starting-a-run-console) + [使用 API 開始執行](#starting-a-run-api) + [取得執行的相關資訊](#getinfo-about-runs) + [VPC 聯網](#start-run-vpc-networking) ## HealthOmics 執行參數 當您開始執行時，您可以在執行參數 JSON 檔案中指定執行輸入，也可以內嵌輸入參數值。如需管理執行參數 JSON 檔案大小的資訊，請參閱 [管理執行參數大小](workflows-run-inputs.md#run-input-file-options)。 HealthOmics 支援下列參數值的 JSON 類型。 | JSON 類型 | 範例索引鍵和值 | 備註 | | --- | --- | --- | | boolean | "b"：true | 值不在引號中，且全部小寫。 | | integer | "i"：7 | 值不在引號中。 | | number | "f"：42.3 | 值不在引號中。 | | string | "s"："字元" | 值以引號表示。針對文字值和 URIs使用字串類型。URI 目標必須是預期的輸入類型。 | | 陣列 | "a"：【1，2，3】 | 值不在引號中。陣列成員必須各自具有輸入參數定義的類型。 | | object | "o"：\$1"left"："a"、"right"：1\$1 | 在 WDL 中，物件映射至 WDL 配對、映射或結構 | ## 使用主控台啟動執行 **開始執行** 1. 開啟 [HealthOmics 主控台](https://console.aws.amazon.com/omics/)。 1. 如有需要，請開啟左側導覽窗格 (≡)。選擇**執行**。 1. 在**執行**頁面上，選擇**開始執行**。 1. 在**執行詳細資訊**面板中，提供下列資訊 + **工作流程來源** - 選擇**擁有的工作流程**或**共享工作流程**。 + **工作流程 ID** - 與此執行相關聯的工作流程 ID。 + **工作流程版本** （選用） - 選取要用於此執行的工作流程版本。如果您未選取版本，則執行會使用工作流程預設版本。 + **執行名稱** - 此執行的獨特名稱。 + **執行優先順序** （選用） - 此執行的優先順序。較高的數字會指定較高的優先順序，而最高優先順序的任務會先執行。 + **執行儲存類型** - 在此指定儲存類型，以覆寫為工作流程指定的預設執行儲存類型。靜態儲存會配置執行的固定儲存量。動態儲存會視需要擴展和縮減執行中每個任務的規模。 + **執行儲存容量** - 針對靜態執行儲存，指定執行所需的儲存量。此項目會覆寫為工作流程指定的預設執行儲存量。 + **選取 S3 輸出目的地** - 將儲存執行輸出的 S3 位置。 + **輸出儲存貯體擁有者的帳戶 ID** （選用） - 如果您的帳戶不擁有輸出儲存貯體，請輸入儲存貯體擁有者的 AWS 帳戶 ID。需要此資訊，以便 HealthOmics 可以驗證儲存貯體擁有權。 + **執行中繼資料保留模式** - 選擇是否要保留所有執行的中繼資料，或在您的帳戶達到執行次數上限時，讓系統移除最舊的執行中繼資料。如需詳細資訊，請參閱[HealthOmics 執行的執行保留模式](run-retention.md)。 1. 在**服務角色**下，您可以使用現有的服務角色或建立新的服務角色。 1. （選用） 對於**標籤**，您最多可以將 50 個標籤指派給執行。 1. 選擇**下一步**。 1. 在**新增參數值**頁面上，提供執行參數。您可以上傳指定參數的 JSON 檔案，或手動輸入值。 1. 選擇**下一步**。 1. 在**執行群組**面板中，您可以選擇指定此執行的執行群組。如需詳細資訊，請參閱[使用 HealthOmics 執行群組](creating-run-groups.md)。 1. 在**執行快取**面板中，您可以選擇為此執行指定執行快取。如需詳細資訊，請參閱[使用主控台設定具有執行快取的執行](workflow-cache-startrun.md#workflow-cache-startrun-console)。 1. 選擇 **Review and start run (檢閱並開始執行)**。 1. 檢閱執行組態後，選擇**開始執行**。 ## 使用 API 開始執行 使用 **Start-run** API 操作來建立和啟動執行。 下列範例指定工作流程 ID 和服務角色。此範例會將保留模式設定為 `REMOVE`。如需保留模式的詳細資訊，請參閱 [HealthOmics 執行的執行保留模式](run-retention.md)。 ``` aws omics start-run --workflow-id workflow id \ --role-arn arn:aws:iam::1234567892012:role/service-role/OmicsWorkflow-20221004T164236 \ --name workflow name \ --retention-mode REMOVE ``` 為了回應，您會取得下列輸出。對執行`uuid`而言是唯一的，而且 與 `outputUri`可用來追蹤輸出資料的寫入位置。 ``` { "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:....:run/1234567", "id": "123456789", "uuid":"96c57683-74bf-9d6d-ae7e-f09b097db14a", "outputUri":"s3://bucket/folder/8405154/96c57683-74bf-9d6d-ae7e-f09b097db14a" "status": "PENDING" } ``` ### 包含參數檔案 如果工作流程的參數範本宣告任何必要的參數，您可以在啟動工作流程執行時提供輸入的本機 JSON 檔案。JSON 檔案包含每個輸入參數的確切名稱，以及 參數的值。 將 `--parameters file://`新增至您的`start-run`請求 AWS CLI ，以參考 中的輸入 JSON 檔案。如需執行參數的詳細資訊，請參閱 [HealthOmics 執行輸入](workflows-run-inputs.md)。 ### 提供請求 ID 您可以`requestId`為每個執行提供唯一的 。請求 ID 是 HealthOmics 用來擷取重複請求的等冪字符。如果請求 ID 與先前的執行重複，則不會啟動執行。 如果您使用基礎設施 （例如 Lambda 函數或步驟函數） 來協調執行開始，最佳實務是為每個 StartRun 請求提供唯一的請求 ID。這可確保如果您的基礎設施不小心啟動已啟動的執行，HealthOmics 不會啟動重複的執行。例如，如果基礎設施正在嘗試從上游錯誤中復原，它可能會重新執行指令碼，嘗試啟動重複請求的執行。 ### 選擇工作流程版本 您可以指定執行的工作流程版本。如果您未指定版本，HealthOmics 會使用預設工作流程版本啟動執行。 ``` aws omics start-run --workflow-id workflow id \ ... --workflow-version-name '1.2.1' ``` ### 覆寫執行儲存類型 您可以覆寫工作流程中設定的預設執行儲存體類型。 ``` aws omics start-run --workflow-id workflow id \ ... --storage-type STATIC --storage-capacity 2400 ``` ### 執行 GPU 工作流程 您也可以指定 GPU 工作流程 ID，如下列範例所示： ``` aws omics start-run --workflow-id workflow id \ --role-arn arn:aws:iam::1234567892012:role/service-role/OmicsWorkflow-20221004T164236 \ --name GPUTestRunModel \ --output-uri s3://amzn-s3-demo-bucket1 ``` ## 取得執行的相關資訊 您可以在回應中使用 ID 搭配 **get-run** API 來檢查執行的狀態，如下所示。 ``` aws omics get-run --id run id ``` 此 API 操作的回應會告訴您工作流程執行的狀態。可能的狀態為 `PENDING`、`RUNNING`、 `STARTING`和 `COMPLETED`。當執行為 時`COMPLETED`，您可以在輸出 `outfile.txt` Amazon S3 儲存貯體、以執行 ID 命名的資料夾中，找到名為 的輸出檔案。 **get-run** API 操作也會傳回其他詳細資訊，例如工作流程是 `Ready2Run`還是 `PRIVATE`、工作流程引擎和加速器詳細資訊。下列範例顯示私有工作流程執行的 **get-run** 回應，如使用 GPU 加速器且未指派給執行的標籤的 WDL 中所述。 ``` { "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:run/7830534", "id": "7830534", "uuid":"96c57683-74bf-9d6d-ae7e-f09b097db14a", "outputUri":"s3://bucket/folder/8405154/96c57683-74bf-9d6d-ae7e-f09b097db14a" "status": "COMPLETED", "workflowId": "4074992", "workflowType": "PRIVATE", "workflowVersionName": "3.0.0", "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/service-role/OmicsWorkflow-20221004T164236", "name": "RunGroupMaxGpuTest", "runGroupId": "9938959", "digest": "sha256:a23a6fc54040d36784206234c02147302ab8658bed89860a86976048f6cad5ac", "accelerators": "GPU", "outputUri": "s3://amzn-s3-demo-bucket1", "startedBy": "arn:aws:sts::123456789012:assumed-role/Admin/", "creationTime": "2023-04-07T16:44:22.262471+00:00", "startTime": "2023-04-07T16:56:12.504000+00:00", "stopTime": "2023-04-07T17:22:29.908813+00:00", "tags": {} } ``` 您可以使用 **list-runs** API 操作查看所有執行的狀態，如下所示。 ``` aws omics list-runs ``` 若要查看特定執行完成的所有任務，請使用 **list-run-tasks** API。 ``` aws omics list-run-tasks --id task ID ``` 若要取得任何特定任務的詳細資訊，請使用 get-run-task API。 ``` aws omics get-run-task --id --task-id task ID ``` 執行完成後，中繼資料會傳送至串流 下的 CloudWatch`manifest/run//`。 以下是資訊清單的範例。 ``` { "arn": "arn:aws:omics:us-east-1:123456789012:run/1695324", "creationTime": "2022-08-24T19:53:55.284Z", "resourceDigests": { "s3://omics-data/broad-references/hg38/v0/Homo_sapiens_assembly38.dict": "etag:3884c62eb0e53fa92459ed9bff133ae6", "s3://omics-data/broad-references/hg38/v0/Homo_sapiens_assembly38.fasta": "etag:e307d81c605fb91b7720a08f00276842-388", "s3://omics-data/broad-references/hg38/v0/Homo_sapiens_assembly38.fasta.fai": "etag:f76371b113734a56cde236bc0372de0a", "s3://omics-data/intervals/hg38-mjs-whole-chr.500M.intervals": "etag:27fdd1341246896721ec49a46a575334", "s3://omics-data/workflow-input-lists/dragen-gvcf-list.txt": "etag:e22f5aeed0b350a66696d8ffae453227" }, "digest": "sha256:a5baaff84dd54085eb03f78766b0a367e93439486bc3f67de42bb38b93304964", "engine": "WDL", "main": "gatk4-basic-joint-genotyping-v2.wdl", "name": "1044-gvcfs", "outputUri": "s3://omics-data/workflow-output", "parameters": { "callset_name": "cohort", "input_gvcf_uris": "s3://omics-data/workflow-input-lists/dragen-gvcf-list.txt", "interval_list": "s3://omics-data/intervals/hg38-mjs-whole-chr.500M.intervals", "ref_dict": "s3://omics-data/broad-references/hg38/v0/Homo_sapiens_assembly38.dict", "ref_fasta": "s3://omics-data/broad-references/hg38/v0/Homo_sapiens_assembly38.fasta", "ref_fasta_index": "s3://omics-data/broad-references/hg38/v0/Homo_sapiens_assembly38.fasta.fai" }, "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/OmicsServiceRole", "startedBy": "arn:aws:sts::123456789012:assumed-role/admin/ahenroid-Isengard", "startTime": "2022-08-24T20:08:22.582Z", "status": "COMPLETED", "stopTime": "2022-08-24T20:08:22.582Z", "storageCapacity": 9600, "uuid": "a3b0ca7e-9597-4ecc-94a4-6ed45481aeab", "workflow": "arn:aws:omics:us-east-1:123456789012:workflow/1558364", "workflowType": "PRIVATE" }, { "arn": "arn:aws:omics:us-east-1:123456789012:task/1245938", "cpus": 16, "creationTime": "2022-08-24T20:06:32.971290", "image": "123456789012.dkr.ecr.us-west-2.amazonaws.com/gatk", "imageDigest": "sha256:8051adab0ff725e7e9c2af5997680346f3c3799b2df3785dd51d4abdd3da747b", "memory": 32, "name": "geno-123", "run": "arn:aws:omics:us-east-1:123456789012:run/1695324", "startTime": "2022-08-24T20:08:22.278Z", "status": "SUCCESS", "stopTime": "2022-08-24T20:08:22.278Z", "uuid": "44c1a30a-4eee-426d-88ea-1af403858f76" }, ... ``` 如果 CloudWatch 日誌中沒有執行中繼資料，則不會將其刪除。 ## VPC 聯網 您可以設定執行以使用 VPC 聯網，讓執行透過公有網際網路或私有網路存取資源。開始執行時指定聯網模式和組態名稱： ``` aws omics start-run \ --workflow-id workflow-id \ --role-arn role-arn \ --output-uri s3://bucket-name/prefix/ \ --networking-mode VPC \ --configuration-name configuration-name \ --region region ``` 如需詳細資訊，請參閱[將 HealthOmics 工作流程連線至 VPC](workflows-vpc-networking.md)。