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Führen Sie GROMACS-Molekulardynamiksimulationen auf Deadline Cloud aus - Deadline Cloud

Die vorliegende Übersetzung wurde maschinell erstellt. Im Falle eines Konflikts oder eines Widerspruchs zwischen dieser übersetzten Fassung und der englischen Fassung (einschließlich infolge von Verzögerungen bei der Übersetzung) ist die englische Fassung maßgeblich.

Führen Sie GROMACS-Molekulardynamiksimulationen auf Deadline Cloud aus

Das Jobpaket gromacs_md betreibt eine GROMACS-Simulationspipeline zur Molekulardynamik von der Rohproteinstruktur bis zur analysierten Trajektorie. In der Pipeline werden Systemvorbereitung, Energieminimierung, NVT/NPT Gleichgewicht, Produktion und Analyse (RMSD, RMSF, Gyrationsradius, Wasserstoffbrücken) durchgeführt. Mehrere unabhängige Repliken werden über den MaxReplicaIndex Parameter parallel ausgefächert.

Das Paket erfordert eine Deadline Cloud-Farm mit einer vom Service verwalteten Linux x86_64-Flotte (mindestens 4 vCPUs) und einer Conda-Warteschlangenumgebung mit von. gromacs conda-forge Es ist kein Host-Konfigurationsskript oder ein benutzerdefiniertes Conda-Rezept erforderlich.

Das Paket enthält Beispieldaten für Hühnereiweiß-Lysozym (PDB: 1AKI) und MDP-Parameterdateien unter. sample_inputs/mdp/

Reichen Sie den Job aus dem Verzeichnis ein: job_bundles

deadline bundle submit gromacs_md \
  -p "InputPdb=sample_inputs/protein.pdb" \
  -p "MdpMinimization=sample_inputs/mdp/minimization.mdp" \
  -p "MdpNvt=sample_inputs/mdp/nvt.mdp" \
  -p "MdpNpt=sample_inputs/mdp/npt.mdp" \
  -p "MdpProduction=sample_inputs/mdp/production.mdp" \
  -p "ProductionSteps=500000"

So führen Sie 10 unabhängige Replikate parallel aus:

deadline bundle submit gromacs_md \
  -p "InputPdb=protein.pdb" \
  -p "MaxReplicaIndex=9" \
  -p "ProductionSteps=5000000"