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Führen Sie GROMACS-Molekulardynamiksimulationen auf Deadline Cloud aus - Deadline Cloud

Die vorliegende Übersetzung wurde maschinell erstellt. Im Falle eines Konflikts oder eines Widerspruchs zwischen dieser übersetzten Fassung und der englischen Fassung (einschließlich infolge von Verzögerungen bei der Übersetzung) ist die englische Fassung maßgeblich.

Führen Sie GROMACS-Molekulardynamiksimulationen auf Deadline Cloud aus

Das gromacs_md-Jobpaket auf der GitHub Website betreibt eine Molekulardynamik-Simulationspipeline von der Rohproteinstruktur bis zur analysierten Trajektorie mit GROMACS auf der GROMACS-Website. In der Pipeline werden die Systemvorbereitung, Energieminimierung, NVT/NPT Gleichgewichtung, MD für die Produktion und Analyse (RMSD, RMSF, Gyrationsradius, Wasserstoffbrücken) durchgeführt. Mehrere unabhängige Replikate werden parallel über den Parameter verteilt. MaxReplicaIndex

Das Paket erfordert eine Deadline Cloud-Farm mit einer vom Dienst verwalteten Linux-x86_64-Flotte (mindestens 4 vCPUs) und eine Conda-Queue-Umgebung mit from. gromacs conda-forge Es ist kein Host-Konfigurationsskript oder ein benutzerdefiniertes Conda-Rezept erforderlich.

Das Paket enthält Beispieldaten für Hühnereiweiß-Lysozym (PDB: 1AKI) und MDP-Parameterdateien unter. sample_inputs/mdp/

Senden Sie den Job aus dem Verzeichnis ab: job_bundles

deadline bundle submit gromacs_md \
  -p "InputPdb=sample_inputs/protein.pdb" \
  -p "MdpMinimization=sample_inputs/mdp/minimization.mdp" \
  -p "MdpNvt=sample_inputs/mdp/nvt.mdp" \
  -p "MdpNpt=sample_inputs/mdp/npt.mdp" \
  -p "MdpProduction=sample_inputs/mdp/production.mdp" \
  -p "ProductionSteps=500000"

So führen Sie 10 unabhängige Replikate parallel aus:

deadline bundle submit gromacs_md \
  -p "InputPdb=protein.pdb" \
  -p "MaxReplicaIndex=9" \
  -p "ProductionSteps=5000000"