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Führen Sie eine virtuelle Vorführung mit AutoDock Vina auf Deadline Cloud durch - Deadline Cloud

Die vorliegende Übersetzung wurde maschinell erstellt. Im Falle eines Konflikts oder eines Widerspruchs zwischen dieser übersetzten Fassung und der englischen Fassung (einschließlich infolge von Verzögerungen bei der Übersetzung) ist die englische Fassung maßgeblich.

Führen Sie eine virtuelle Vorführung mit AutoDock Vina auf Deadline Cloud durch

Das Jobpaket virtual_screening_vina auf der GitHub Website verwendet AutoDock Vina, um große Verbindungsbibliotheken anhand eines Protein-Targets zu überprüfen. Das Paket teilt eine Verbindungsbibliothek in Stücke auf und dockt sie parallel an eine Flotte von Arbeitern an. Anschließend werden die Ergebnisse aggregiert und nach Bindungsaffinität geordnet.

Die Pipeline besteht aus vier Schritten:

  1. PrepareReceptor— Konvertiert das Protein PDB mit Open Babel in das PDBQT-Format.

  2. SplitLibrary— Teilt die SDF-Verbindungsbibliothek in N Stücke auf.

  3. DockCompounds— Führt N parallele Docking-Aufgaben aus (eine pro Block). Jede Aufgabe ist idempotent und sicher für Spot-Preemption.

  4. ScoreAndRank— Aggregiert alle Chunk-Ergebnisse in einer Rangliste der Top-Treffer.

Das Paket erfordert eine vom Dienst verwaltete Linux-x86_64-Flotte (Spot wird empfohlen), eine Conda-Queue-Umgebung mit from und Vina. openbabel conda-forge AutoDock Installieren Sie Vina, indem Sie das Erstellen Sie ein AutoDock Vina Conda-Paket für Deadline Cloud Conda-Rezept in Ihren S3-Channel integrieren oder indem Sie die Binärdatei über ein Flottenhost-Konfigurationsskript installieren.

Stellen Sie ein CompoundLibrary=chembl (Standardeinstellung), dass arzneimittelähnliche Moleküle automatisch von ChemBL auf der EMBL-EBI Website heruntergeladen und gefiltert werden, oder stellen Sie Ihre eigene SDF-Datei bereit.

Senden Sie den Job aus dem job_bundles Verzeichnis ab:

deadline bundle submit virtual_screening_vina \
  -p "ReceptorPdb=receptor.pdb" \
  -p "CompoundLibrary=chembl" \
  -p "MaxCompounds=100000" \
  -p "CompoundsPerChunk=100" \
  -p "CenterX=-10.7" \
  -p "CenterY=12.4" \
  -p "CenterZ=68.8"

Einzelheiten zum Erstellen des AutoDock Vina-Conda-Pakets finden Sie unter. Erstellen Sie ein AutoDock Vina Conda-Paket für Deadline Cloud