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Starte einen Lauf in HealthOmics

Wenn Sie einen Lauf starten, geben Sie die Ressourcen an, HealthOmics die dem Lauf zugewiesen werden. Die folgenden Einstellungen sind verfügbar:

Einen Lauf über die Konsole starten

Der Start-Run-Assistent besteht aus vier Schritten:

Um einen Lauf zu starten

Schritt 1: Geben Sie die Ausführungsdetails an

Geben Sie die folgenden Einstellungen an:

Wählen Sie Weiter, um mit Schritt 2 fortzufahren.

Schritt 2: Fügen Sie Parameterwerte hinzu

Geben Sie auf dieser Seite die Parameterwerte für den Lauf ein, oder wählen Sie vordefinierte Werte aus, die vom Workflow-Autor bereitgestellt wurden.

Wenn Sie einen Nextflow-Workflow auswählen, um den Lauf zu starten, werden oben in diesem Schritt zusätzliche Abschnitte für die Nextflow-Engine-Einstellungen und Nextflow-Profile angezeigt. Vollständige Informationen zu diesen Einstellungen (unterstützte Werte, Verhalten und Profilpriorität) finden Sie unter. Geben Sie die Einstellungen der Nextflow-Engine an

Parameterwerte ausführen

Geben Sie die Ausführungsparameter an. Sie können eine JSON-Datei hochladen oder die Werte manuell eingeben. Die JSON-Datei enthält den genauen Namen jedes Eingabeparameters und einen Wert für den Parameter.

HealthOmics unterstützt die folgenden JSON-Typen für Parameterwerte.

Weitere Informationen erhalten Sie unter HealthOmics Eingaben ausführen und Größe der Ausführungsparameter verwalten.

Wählen Sie Weiter, um mit Schritt 3 fortzufahren.

Schritt 3: Ausführungsgruppe, Ausführungs-Cache und Tags hinzufügen

Alle Einstellungen auf dieser Seite sind optional.

Wählen Sie Weiter, um mit Schritt 4 fortzufahren.

Schritt 4: Überprüfen und Ausführung starten

Überprüfen Sie die Run-Konfiguration aus allen vorherigen Schritten. Um eine Einstellung zu ändern, klicken Sie neben dem entsprechenden Schritt auf Bearbeiten. Wenn Sie bereit sind, wählen Sie Start run.

Einen Lauf mithilfe der API starten

Verwenden Sie den StartRun API-Vorgang, um einen Lauf zu erstellen und zu starten.

Starten Sie einen einfachen Lauf

Im folgenden Beispiel werden die Workflow-ID, die Servicerolle und der Ausgabe-URI angegeben. In diesem Beispiel wird der Aufbewahrungsmodus auf festgelegtREMOVE. Weitere Hinweise zum Aufbewahrungsmodus finden Sie unterRetentionsmodus für HealthOmics Läufe ausführen.

aws omics start-run \
     --workflow-id workflow id \
     --role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/OmicsRole \
     --output-uri s3://amzn-s3-demo-bucket/output \
     --name "my-workflow-run" \
     --retention-mode REMOVE

Als Antwort erhalten Sie die folgende Ausgabe. Das uuid ist einzigartig für den Lauf und outputUri kann zusammen mit verwendet werden, um zu verfolgen, wohin die Ausgabedaten geschrieben wurden.

{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:run/1234567",
    "id": "123456789",
    "uuid": "96c57683-74bf-9d6d-ae7e-f09b097db14a",
    "outputUri": "s3://bucket/folder/8405154/96c57683-74bf-9d6d-ae7e-f09b097db14a",
    "status": "PENDING"
}

Allgemeine API-Optionen

Fügen Sie eine Parameterdatei hinzu

Wenn die Parametervorlage für einen Workflow erforderliche Parameter deklariert, können Sie beim Starten einer Workflow-Ausführung eine lokale JSON-Datei mit den Eingaben bereitstellen. Die JSON-Datei enthält den genauen Namen jedes Eingabeparameters und einen Wert für den Parameter.

Verweisen Sie auf die JSON-Eingabedatei in--parameters file://<input_file.json>, AWS CLI indem Sie sie zu Ihrer start-run Anfrage hinzufügen. Weitere Informationen finden Sie unter Unterstützte JSON-Typen für Parameterwerte in Schritt 2: Fügen Sie Parameterwerte hinzu undHealthOmics Eingaben ausführen.

Geben Sie eine Anforderungs-ID an

Sie können requestId für jeden Lauf eine eindeutige Nummer angeben. Die Anforderungs-ID ist ein Idempotenz-Token, das HealthOmics verwendet wird, um doppelte Anfragen abzufangen. Es wird kein Lauf gestartet, wenn die Anforderungs-ID ein Duplikat eines vorherigen Laufs ist.

Wenn Sie Infrastruktur (wie Lambda-Funktionen oder Step-Funktionen) für die Orchestrierung von Runstarts verwenden, empfiehlt es sich, für jede StartRun Anfrage eine eindeutige Anforderungs-ID anzugeben. Dadurch wird sichergestellt, dass, wenn Ihre Infrastruktur versehentlich einen Lauf startet, den sie bereits gestartet hat, nicht der doppelte Lauf gestartet HealthOmics wird.

aws omics start-run \
     --workflow-id workflow id \
     ... \
     --request-id "unique-request-id-12345"

Wählen Sie eine Workflow-Version

Sie können eine Workflow-Version für den Lauf angeben. Wenn Sie keine Version angeben, HealthOmics startet der Lauf mit der Standard-Workflow-Version.

aws omics start-run \
     --workflow-id workflow id \
     ... \
     --workflow-version-name '1.2.1'

Überschreiben Sie den Speichertyp für die Ausführung

Sie können den Standard-Laufspeichertyp überschreiben, der im Workflow festgelegt wurde.

aws omics start-run \
     --workflow-id workflow id \
     ... \
     --storage-type STATIC \
     --storage-capacity 2400

Ephemeren Speicher aktivieren

Um kurzlebigen Speicher für einen Lauf zu aktivieren, stellen Sie ihn auf ein, LOCAL wenn Sie --scratch-storage-mode den Lauf starten. HealthOmics hängt für jede Workflow-Aufgabeninstanz ein eigenes lokales Speichervolume ein. /tmp

aws omics start-run \
    --workflow-id workflow-id \
    --role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/OmicsServiceRole \
    --output-uri s3://amzn-s3-demo-bucket/output-folder/ \
    --parameters file:///path/to/parameters.json \
    --scratch-storage-mode LOCAL

Um kurzlebigen Speicher für einen bestimmten Lauf zu deaktivieren (z. B. um einen Fehler zu isolieren), setzen Sie auf. --scratch-storage-mode SHARED

Weitere Informationen finden Sie unter Kurzlebiger Speicher für Workflow-Aufgaben HealthOmics.

Informationen zu den Einstellungen der Nextflow-Engine (Engine-Version, Profile, Syntaxparser) finden Sie unter. Geben Sie die Einstellungen der Nextflow-Engine an

Geben Sie die Einstellungen der Nextflow-Engine an

Für Nextflow-Workflows können Sie in der StartRun API-Anfrage eine engineSettings Map übergeben, um das Verhalten der Engine zu steuern, ohne Ihren Workflow-Quellcode zu ändern. Auf der Konsole sind diese Einstellungen in Schritt 2: Parameterwerte hinzufügen als separater Abschnitt verfügbar, der für Nextflow-Workflows angezeigt wird.

Unterstützte Schlüssel

Fixieren der Nextflow-Engine-Version

Sie können eine bestimmte Nextflow-Engine-Version auswählen, um Ihren Workflow auszuführen, wodurch eine kontrollierte Migration zwischen Engine-Versionen ermöglicht wird. Durch die Außerkraftsetzung der Laufzeitversion wird sichergestellt, dass selbst dann, wenn eine Workflow-Definition eine Version über ihre Konfiguration oder ihr Profil spezifiziert, die Engine-Version, die Sie zur Laufzeit angeben, Vorrang hat. Auf diese Weise können Sie denselben Workflow in mehreren Engine-Versionen testen, ohne den Workflow-Quellcode zu ändern.

Unterstützte Versionen: 22.04.0 (oder 22.04), 23.10.0 (oder 23.10), 24.10.8 (oder 24.10), 25.10.0 (oder 25.10) und 26.04.0 (oder 26.04). Sowohl Voll- als auch Kurzversionen werden akzeptiert.

API und CLI

Verwenden Sie den engineVersion Schlüssel in--engine-settings:

aws omics start-run \
    --workflow-id workflow id \
    --role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/OmicsRole \
    --output-uri s3://amzn-s3-demo-bucket/output \
    --engine-settings '{"engineVersion":"26.04"}'

Konsole

Wählen Sie in Schritt 2: Fügen Sie Parameterwerte hinzu der Dropdownliste Engine-Version im Abschnitt Nextflow-Engine-Einstellungen die Version aus.

Nextflow-Profile

Nextflow-Profile sind benannte Sätze von Ausführungseinstellungen, die in Ihrem Workflow definiert sind. nextflow.config Sie können ein oder mehrere Profile zur Laufzeit aktivieren, um umgebungsspezifische Einstellungen (z. B. Entwicklung, Test oder Produktion) anzuwenden, ohne den Workflow-Quellcode zu ändern.

API und CLI

Verwenden Sie den profile Schlüssel in--engine-settings. Geben Sie mehrere Profile als kommagetrennte Liste an:

aws omics start-run \
    --workflow-id workflow id \
    --role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/OmicsRole \
    --output-uri s3://amzn-s3-demo-bucket/output \
    --engine-settings '{"profile":"test,docker"}'

Konsole

In Schritt 2: Fügen Sie Parameterwerte hinzu wird der Abschnitt Nextflow-Profile unter den Engine-Einstellungen angezeigt. Wählen Sie ein oder mehrere Profile aus der Dropdownliste Profile auswählen aus. In der Konsole wird die Reihenfolge der Profilanwendungen angezeigt. Um ein Profil zu entfernen, wählen Sie das × neben seinem Namen.

Reihenfolge der Profilanwendungen

Wenn Sie mehrere Profile angeben, hängt die Reihenfolge der Anwendungen von der Nextflow-Engine-Version und dem Syntaxparser ab:

Priorität der Konfiguration

Nextflow löst Parameter in der folgenden Reihenfolge auf, wobei spätere Ebenen frühere überschreiben:

VPC-Netzwerke

Sie können Workflows in Ihrer Virtual Private Cloud (VPC) ausführen, die den Zugriff auf das öffentliche Internet, den regionsübergreifenden Verkehr und die Kommunikation mit Ressourcen in Ihrer VPC ermöglicht.

So aktivieren Sie VPC-Netzwerke:

Weitere Informationen finden Sie unter HealthOmics Workflows mit einer VPC verbinden.