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Taskbeschleuniger in einem HealthOmics Workflow-Definition

In der Workflow-Definition können Sie optional die GPU-Beschleuniger-Spezifikation für eine Aufgabe angeben. HealthOmics unterstützt die folgenden Accelerator-Spezifikationswerte zusammen mit den unterstützten Instanztypen:

Wenn Sie einen Beschleunigertyp angeben, der mehrere Instanztypen unterstützt, HealthOmics wählt den Instanztyp auf der Grundlage der verfügbaren Kapazität aus. Wenn beide Instanztypen verfügbar sind, HealthOmics bevorzugt die kostengünstigere Instanz. Die Ausnahme bildet der nvidia-t4-a10g-l4 Task Accelerator, der der verfügbaren Instanz der neuesten Generation den Vorzug gibt.

Einzelheiten zu den Instanztypen finden Sie unter Accelerated-computing Instanzen.

Im folgenden Beispiel spezifiziert die Workflow-Definition nvidia-l4 als Beschleuniger:

WDL

task my_task {
 runtime {
    ...
    acceleratorCount: 1
    acceleratorType: "nvidia-l4"
 }
 ...
}          

NextFlow

process my_task {
 ...
 accelerator 1, type: "nvidia-l4"
 ...
}          

CWL

cwlVersion: v1.2
class: CommandLineTool
requirements:
  ...
  cwltool:CUDARequirement:
      cudaDeviceCountMin: 1
      cudaComputeCapability: "nvidia-l4"
      cudaVersionMin: "1.0"
          

Erweiterte Ressourcenkonfiguration

Sie können eine Aufgabe auch so konfigurieren, dass mehrere Beschleuniger in der von Ihnen bevorzugten Prioritätsreihenfolge reserviert werden. Verwenden Sie dazu omicsResourceFallbackOrder Richtlinie. Diese Direktive ist für WDL und Nextflow verfügbar. HealthOmics probiert jedes Beschleunigerprofil in der von Ihnen definierten Reihenfolge aus, bis eines erfolgreich ist, einschließlich eines optionalen endgültigen CPU-Profils.

Dies ist in den folgenden Szenarien nützlich:

Für vollständige Informationen über omicsResourceFallbackOrder, einschließlich Profil-Feldverweise, Validierungsregeln und vollständiger WDL- und Nextflow-Beispiele, finden Sie unter Erweiterte Ressourcenkonfiguration.