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Taskbeschleuniger in einer Workflow-Definition HealthOmics

In der Workflow-Definition können Sie optional die GPU-Beschleuniger-Spezifikation für eine Aufgabe angeben. HealthOmics unterstützt die folgenden Accelerator-Spezifikationswerte zusammen mit den unterstützten Instanztypen:

Wenn Sie einen Beschleunigertyp angeben, der mehrere Instanztypen unterstützt, wählen Sie den Instanztyp auf der Grundlage HealthOmics der verfügbaren Kapazität aus. Wenn beide Instanztypen verfügbar sind, wird HealthOmics der kostengünstigeren Instanz der Vorzug gegeben. Die Ausnahme bildet der nvidia-t4-a10g-l4 Task Accelerator, der der verfügbaren Instance der neuesten Generation den Vorzug gibt.

Einzelheiten zu den Instanztypen Accelerated-computing Instanzen finden Sie unter.

Im folgenden Beispiel gibt die Workflow-Definition nvidia-l4 als Beschleuniger an:

WDL

task my_task {
 runtime {
    ...
    acceleratorCount: 1
    acceleratorType: "nvidia-l4"
 }
 ...
}          

NextFlow

process my_task {
 ...
 accelerator 1, type: "nvidia-l4"
 ...
}          

CWL

cwlVersion: v1.2
class: CommandLineTool
requirements:
  ...
  cwltool:CUDARequirement:
      cudaDeviceCountMin: 1
      cudaComputeCapability: "nvidia-l4"
      cudaVersionMin: "1.0"
          

Erweiterte Ressourcenkonfiguration

Mithilfe der omicsResourceFallbackOrder Direktive können Sie eine Aufgabe auch so konfigurieren, dass mehrere Beschleuniger in Ihrer bevorzugten Prioritätsreihenfolge reserviert werden. Diese Direktive ist derzeit nur für WDL verfügbar. HealthOmics probiert jedes Beschleunigerprofil in der von Ihnen definierten Reihenfolge aus, bis eines erfolgreich ist, einschließlich eines optionalen endgültigen CPU-Profils.

Dies ist in den folgenden Szenarien nützlich:

Vollständige InformationenomicsResourceFallbackOrder, einschließlich Profil-Feldverweise, Validierungsregeln und ein vollständiges WDL-Beispiel finden Sie unter. Erweiterte Ressourcenkonfiguration