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Workflow-Definitionsdateien in HealthOmics
Sie verwenden eine Workflow-Definition, um Informationen über den Workflow, die Läufe und die Aufgaben in den Läufen anzugeben. Sie erstellen Workflow-Definitionen in einer oder mehreren Dateien mithilfe einer Workflow-Definitionssprache. HealthOmics unterstützt Workflow-Definitionen, die in WDL, Nextflow oder CWL geschrieben sind.
HealthOmics unterstützt die folgenden Optionen für WDL-Workflow-Definitionen:
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WDL — Stellt eine spezifikationskonforme WDL-Engine bereit.
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WDL nachsichtig — Konzipiert für Workflows, die von Cromwell migriert wurden. Es unterstützt Kundenrichtlinien von Cromwell und einige nicht konforme Logiken. Details hierzu finden Sie unter Implizite Typkonvertierung in WDL (milde).
Informationen zu den einzelnen Workflow-Sprachen finden Sie in den sprachspezifischen ausführlichen Abschnitten weiter unten.
In der Workflow-Definition geben Sie die folgenden Informationstypen an:
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Language version— Die Sprache und Version der Workflow-Definition.
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Compute and memory— Die Rechen- und Speicheranforderungen für Aufgaben im Workflow.
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Inputs— Position der Eingaben für die Workflow-Aufgaben. Weitere Informationen finden Sie unter HealthOmics Eingaben ausführen.
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Outputs— Speicherort für die Ausgaben, die die Aufgaben generieren.
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Task resources— Rechen- und Speicheranforderungen für jede Aufgabe.
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Accelerators— andere Ressourcen, die für die Aufgaben erforderlich sind, z. B. Beschleuniger.
