HealthOmics Anforderungen an die Workflow-Definition

Aufgaben müssen input/output Parameter, Amazon ECR-Container-Repositorys und Laufzeitspezifikationen wie Speicher- oder CPU-Zuweisung definieren.

Stellen Sie sicher, dass Ihre IAM-Rollen über die erforderlichen Berechtigungen verfügen.

Deklarieren Sie die Ausgabedateien in der Workflow-Definition. Um Zwischenlaufdateien an den Ausgabespeicherort zu kopieren, deklarieren Sie sie als Workflow-Ausgaben.

Die Eingabe- und Ausgabespeicherorte müssen sich in derselben Region wie der Workflow befinden.

HealthOmics Die Eingaben des Speicher-Workflows müssen den ACTIVE Status haben. HealthOmics importiert keine Eingaben mit einem ARCHIVED Status, wodurch der Workflow fehlschlägt. Informationen zu Amazon S3-Objekteingaben finden Sie unterHealthOmics Eingaben ausführen.

Ein main Speicherort des Workflows ist optional, wenn Ihr ZIP-Archiv entweder eine einzelne Workflow-Definition oder eine Datei mit dem Namen „main“ enthält.

Bevor Sie einen Workflow von Amazon S3 oder Ihrem lokalen Laufwerk aus erstellen, erstellen Sie ein ZIP-Archiv der Workflow-Definitionsdateien und aller Abhängigkeiten, wie z. B. Unterworkflows.

Wir empfehlen, Amazon ECR-Container im Workflow als Eingabeparameter für die Validierung der Amazon ECR-Berechtigungen zu deklarieren.

/bin

Nextflow-Workflow-Definitionen können einen /bin-Ordner mit ausführbaren Skripten enthalten. Dieser Pfad hat schreibgeschützten und ausführbaren Zugriff auf Aufgaben. Aufgaben, die auf diesen Skripten basieren, sollten einen Container verwenden, der mit den entsprechenden Skriptinterpretern erstellt wurde. Es empfiehlt sich, den Interpreter direkt aufzurufen. Beispiel:

process my_bin_task {
   ...
   script:
      """
      python3 my_python_script.py
      """
}       
        

includeConfig

Nextflow-based Workflow-Definitionen können nextflow.config-Dateien enthalten, mit deren Hilfe Parameterdefinitionen oder Prozessressourcenprofile abstrahiert werden können. Um die Entwicklung und Ausführung von Nextflow-Pipelines in mehreren Umgebungen zu unterstützen, verwenden Sie eine HealthOmics-specific Konfiguration, die Sie mithilfe der IncludeConfig-Direktive zur globalen Konfiguration hinzufügen. Um die Portabilität aufrechtzuerhalten, konfigurieren Sie den Workflow mithilfe des folgenden Codes so, dass die Datei nur dann enthalten ist, wenn sie auf ausgeführt HealthOmics wird:

// at the end of the nextflow.config file
if ("$AWS_WORKFLOW_RUN") {
    includeConfig 'conf/omics.config'
}       

Reports

HealthOmics unterstützt den Nextflow-Ausführungsbericht, die Zeitleiste, die Ablaufverfolgung und die DAG-Berichte. Konfigurieren Sie jeden Bericht so, dass seine Ausgabe /mnt/workflow/output/ so geschrieben wird, dass er an den Amazon S3-Ausgabespeicherort Ihres Laufs HealthOmics exportiert wird. Weitere Informationen finden Sie unter Generieren Sie Nextflow-Ausführungsberichte.

Automatische Syntaxvalidierung — Für WDL und Nextflow werden bei der Workflow-Erstellung integrierte Linters HealthOmics ausgeführt. Weitere Informationen finden Sie unter Der Arbeitsablauf zeigt an HealthOmics.

Container image uri interpolation

HealthOmics ermöglicht es, dass die DockerPull-Eigenschaft von ein DockerRequirement Inline-JavaScript-Ausdruck ist. Beispiel:

requirements:
  DockerRequirement:
    dockerPull: "$(inputs.container_image)"  

Auf diese Weise können Sie Container-Image-URIs als Eingabeparameter für den Workflow angeben.

Javascript expressions

Javascript-Ausdrücke müssen strict mode konform sein.

Operation process

HealthOmics unterstützt keine CWL-Betriebsprozesse.