View a markdown version of this page

Exportación de conjuntos de HealthOmics lectura a un bucket de Amazon S3 - AWS HealthOmics

Las traducciones son generadas a través de traducción automática. En caso de conflicto entre la traducción y la version original de inglés, prevalecerá la version en inglés.

Exportación de conjuntos de HealthOmics lectura a un bucket de Amazon S3

Puede exportar los conjuntos de lectura como un trabajo de exportación por lotes a un bucket de Amazon S3. Para ello, primero cree una política de IAM que tenga acceso de escritura al bucket, similar al siguiente ejemplo de política de IAM.

JSON
{
  "Version":"2012-10-17",
  "Statement": [
    {
      "Effect": "Allow",
      "Action": [
        "s3:PutObject",
        "s3:GetBucketLocation"
      ],
      "Resource": [
        "arn:aws:s3:::amzn-s3-demo-bucket1",
        "arn:aws:s3:::amzn-s3-demo-bucket1/*"
      ]
    }
  ]
}
JSON
{
"Version":"2012-10-17",
"Statement": [
  {
      "Effect": "Allow",
      "Principal": {
          "Service": [
              "omics.amazonaws.com"
          ]
      },
      "Action": "sts:AssumeRole"
  }
]
}

Una vez que la política de IAM esté en vigor, comience el trabajo de exportación del conjunto de lectura. En el siguiente ejemplo, se muestra cómo hacerlo mediante la operación de API start-read-set-export-job. En el siguiente ejemplo, sustituya todos los parámetros, como,, y, por su entradasequence store ID. destination role ARN sources

aws omics start-read-set-export-job 
--sequence-store-id sequence store id \
--destination valid s3 uri \
--role-arn role ARN \
--sources readSetId=read set id_1 readSetId=read set id_2

Recibirá la siguiente respuesta con información sobre el almacén de secuencias de origen y el bucket de Amazon S3 de destino. 

{
"id": <job-id>,
"sequenceStoreId": <sequence-store-id>,
"destination": <destination-s3-uri>,
"status": "SUBMITTED",
"creationTime": "2022-10-22T01:33:38.079000+00:00"
}

Una vez iniciado el trabajo, puede determinar su estado mediante la operación de la API get-read-set-export-job, tal y como se muestra a continuación. Sustituya el identificador sequence store ID y por el identificador del almacén de secuencias y job ID el identificador del trabajo, respectivamente. 

aws omics get-read-set-export-job --id job-id --sequence-store-id sequence store ID

Puedes ver todos los trabajos de exportación inicializados para un almacén de secuencias mediante la operación de la API list-read-set-export-jobs, como se muestra a continuación. Sustituye el por tu ID de almacén de secuencias. sequence store ID

aws omics list-read-set-export-jobs --sequence-store-id sequence store ID.
{
"exportJobs": [
  {
      "id": <job-id>,
      "sequenceStoreId": <sequence-store-id>,
      "destination": <destination-s3-uri>,
      "status": "COMPLETED",
      "creationTime": "2022-10-22T01:33:38.079000+00:00",
      "completionTime": "2022-10-22T01:34:28.941000+00:00"
  }
]
}

Además de exportar sus conjuntos de lectura, también puede compartirlos mediante los URI de acceso de Amazon S3. Para obtener más información, consulte Acceso a los conjuntos de HealthOmics lectura con los URI de Amazon S3.