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Archivos de definición de flujo de trabajo en HealthOmics - AWS HealthOmics

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Archivos de definición de flujo de trabajo en HealthOmics

Se utiliza una definición de flujo de trabajo para especificar información sobre el flujo de trabajo, las ejecuciones y las tareas de las ejecuciones. Las definiciones de flujo de trabajo se crean en uno o más archivos mediante un lenguaje de definición de flujos de trabajo. HealthOmics admite definiciones de flujos de trabajo escritas en WDL, Nextflow o CWL.

HealthOmics admite las siguientes opciones para las definiciones de flujo de trabajo de WDL:

  • WDL: proporciona un motor de WDL que cumple con las especificaciones.

  • WDL flexible: diseñado para gestionar los flujos de trabajo migrados desde Cromwell. Es compatible con las directivas de Cromwell de los clientes y con algunas lógicas no conformes. Para obtener más información, consulte Conversión de tipos implícita en WDL Lenient.

Para obtener información sobre cada uno de los lenguajes de flujo de trabajo, consulte las secciones detalladas específicas para cada idioma que aparecen a continuación.

Los siguientes tipos de información se especifican en la definición del flujo de trabajo:

  • Language version— El idioma y la versión de la definición del flujo de trabajo.

  • Compute and memory— Los requisitos de computación y memoria para las tareas del flujo de trabajo.

  • Inputs— Ubicación de las entradas a las tareas del flujo de trabajo. Para obtener más información, consulte HealthOmics ejecutar entradas.

  • Outputs— Ubicación para guardar las salidas que generan las tareas.

  • Task resources— Requisitos de computación y memoria para cada tarea.

  • Accelerators— otros recursos que requieren las tareas, como los aceleradores.

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