HealthOmics requisitos de definición del flujo de trabajo

Las tareas deben definir input/output los parámetros, los repositorios de contenedores de Amazon ECR y las especificaciones de tiempo de ejecución, como la asignación de memoria o CPU.

Compruebe que sus funciones de IAM tengan los permisos necesarios.

Declare los archivos de salida en la definición del flujo de trabajo. Para copiar los archivos de ejecución intermedios a la ubicación de salida, declárelos como salidas del flujo de trabajo.

Las ubicaciones de entrada y salida deben estar en la misma región que el flujo de trabajo.

HealthOmics las entradas del flujo de trabajo de almacenamiento deben estar en ACTIVE estado. HealthOmics no importará las entradas con un ARCHIVED estado, lo que provocará un error en el flujo de trabajo. Para obtener información sobre las entradas de objetos de Amazon S3, consulteHealthOmics ejecutar entradas.

La main ubicación del flujo de trabajo es opcional si su archivo ZIP contiene una única definición de flujo de trabajo o un archivo denominado «principal».

Antes de crear un flujo de trabajo desde Amazon S3 o desde su unidad local, cree un archivo zip con los archivos de definición del flujo de trabajo y cualquier dependencia, como los subflujos de trabajo.

Le recomendamos que declare los contenedores de Amazon ECR en el flujo de trabajo como parámetros de entrada para la validación de los permisos de Amazon ECR.

/bin

Las definiciones de flujo de trabajo de Nextflow pueden incluir una carpeta /bin con scripts ejecutables. Esta ruta tiene acceso de solo lectura y ejecutable a las tareas. Las tareas que se basan en estas secuencias de comandos deben utilizar un contenedor creado con los intérpretes de secuencias de comandos adecuados. La mejor práctica es llamar directamente al intérprete. Por ejemplo:

process my_bin_task {
   ...
   script:
      """
      python3 my_python_script.py
      """
}       
        

includeConfig

Nextflow-based Las definiciones de flujo de trabajo pueden incluir los archivos nextflow.config que ayudan a abstraer las definiciones de parámetros o a procesar los perfiles de recursos. Para respaldar el desarrollo y la ejecución de las canalizaciones de Nextflow en varios entornos, utilice una HealthOmics-specific configuración que añada a la configuración global mediante la directiva IncludeConfig. Para mantener la portabilidad, configura el flujo de trabajo para incluir el archivo solo cuando se esté ejecutando HealthOmics mediante el siguiente código:

// at the end of the nextflow.config file
if ("$AWS_WORKFLOW_RUN") {
    includeConfig 'conf/omics.config'
}       

Reports

HealthOmics admite los informes de ejecución, cronograma, seguimiento y DAG de Nextflow. Configure cada informe para escribir el resultado en /mnt/workflow/output/ él y HealthOmics exportarlo a la ubicación de salida de Amazon S3 de su ejecución. Para obtener más información, consulte Genere informes de ejecución de Nextflow.

Validación automática de la sintaxis: en WDL y Nextflow, HealthOmics ejecuta los linteros integrados durante la creación del flujo de trabajo. Para obtener más información, consulte El flujo de trabajo apunta a HealthOmics.

Container image uri interpolation

HealthOmics permite que la propiedad DockerPull de sea una DockerRequirement expresión javascript en línea. Por ejemplo:

requirements:
  DockerRequirement:
    dockerPull: "$(inputs.container_image)"  

Esto le permite especificar los URI de las imágenes del contenedor como parámetros de entrada para el flujo de trabajo.

Javascript expressions

Las expresiones de Javascript deben ser strict mode compatibles.

Operation process

HealthOmics no admite los procesos operativos de CWL.