Exécutez des simulations de dynamique moléculaire GROMACS sur Deadline Cloud

Le bundle de tâches gromacs_md du GitHub site Web gère un pipeline de simulation de dynamique moléculaire allant de la structure des protéines brutes à la trajectoire analysée avec GROMACS sur le site Web de GROMACS. Le pipeline assure la préparation du système, la minimisation de l'énergie, NVT/NPT l'équilibrage, la production MD et l'analyse (RMSD, RMSF, rayon de giration, liaisons hydrogène). Plusieurs répliques indépendantes se déploient en parallèle via le MaxReplicaIndex paramètre.

Le bundle nécessite une ferme Deadline Cloud avec une flotte gérée par des services Linux x86_64 (minimum 4 processeurs virtuels) et un environnement de file d'attente conda avec from. gromacs conda-forge Aucun script de configuration d'hôte ou recette de conda personnalisée n'est nécessaire.

Le bundle comprend des exemples de données pour le lysozyme de blanc d'œuf de poule (PDB : 1AKI) et des fichiers de paramètres MDP ci-dessous. sample_inputs/mdp/

À partir du job_bundles répertoire, soumettez la tâche :

deadline bundle submit gromacs_md \
  -p "InputPdb=sample_inputs/protein.pdb" \
  -p "MdpMinimization=sample_inputs/mdp/minimization.mdp" \
  -p "MdpNvt=sample_inputs/mdp/nvt.mdp" \
  -p "MdpNpt=sample_inputs/mdp/npt.mdp" \
  -p "MdpProduction=sample_inputs/mdp/production.mdp" \
  -p "ProductionSteps=500000"

Pour exécuter 10 répliques indépendantes en parallèle :

deadline bundle submit gromacs_md \
  -p "InputPdb=protein.pdb" \
  -p "MaxReplicaIndex=9" \
  -p "ProductionSteps=5000000"