Mise à jour des métadonnées du jeu d'images - AWS HealthImaging

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Mise à jour des métadonnées du jeu d'images

Utilisez cette UpdateImageSetMetadata action pour mettre à jour les métadonnées du jeu d'images dans AWS HealthImaging. Vous pouvez utiliser ce processus asynchrone pour ajouter, mettre à jour et supprimer des attributs de métadonnées d'ensembles d'images, qui sont des manifestations d'éléments de DICOM normalisation créés lors de l'importation. À l'aide de cette UpdateImageSetMetadata action, vous pouvez également supprimer des séries et SOP des instances pour synchroniser les ensembles d'images avec les systèmes externes et pour anonymiser les métadonnées des ensembles d'images. Pour plus d'informations, consultez UpdateImageSetMetadata dans la référence AWS HealthImaging API.

Note

DICOMLes importations réelles nécessitent la mise à jour, l'ajout et la suppression d'attributs dans les métadonnées du jeu d'images. Tenez compte des points suivants lorsque vous mettez à jour les métadonnées d'un ensemble d'images :

  • La mise à jour des métadonnées du jeu d'images crée une nouvelle version dans l'historique du jeu d'images. Pour de plus amples informations, veuillez consulter Liste des versions des ensembles d'images. Pour revenir à l'ID de version d'un ensemble d'images précédent, utilisez le revertToVersionIdparamètre facultatif.

  • La mise à jour des métadonnées des ensembles d'images est un processus asynchrone. Par conséquent, imageSetStatedes éléments de imageSetWorkflowStatusréponse sont disponibles pour fournir l'état et le statut respectifs d'un ensemble d'images en cours de mise à jour. Vous ne pouvez pas effectuer d'autres opérations d'écriture sur un ensemble LOCKED d'images.

  • Si l'UpdateImageSetMetadataaction échoue, appelez et examinez l'élément de messageréponse pour voir common errors.

  • DICOMles contraintes relatives aux éléments sont appliquées aux mises à jour des métadonnées. Le paramètre de forcerequête vous permet de mettre à jour les éléments dans les cas où vous souhaitez les remplacerDICOMcontraintes liées aux métadonnées.

  • Définissez le paramètre de forcedemande pour forcer l'exécution de l'UpdateImageSetMetadataaction. La définition de ce paramètre permet d'apporter les mises à jour suivantes à un ensemble d'images :

    • Mettre à jour Tag.StudyInstanceUID les Tag.StudyID attributs Tag.SeriesInstanceUIDTag.SOPInstanceUID,, et

    • Ajouter, supprimer ou mettre à jour des éléments de DICOM données privés au niveau de l'instance

Le schéma suivant représente les métadonnées des ensembles d'images mises à jour dans HealthImaging.

Schéma montrant à quoi ressemble la mise à jour des métadonnées d'un ensemble d'images HealthImaging.
Pour mettre à jour les métadonnées d'un ensemble d'images

Choisissez un onglet en fonction de vos préférences d'accès à AWS HealthImaging.

CLI
AWS CLI

Exemple 1 : pour insérer ou mettre à jour un attribut dans les métadonnées d'un ensemble d'images

L'update-image-set-metadataexemple suivant insère ou met à jour un attribut dans les métadonnées du jeu d'images.

aws medical-imaging update-image-set-metadata \
    --datastore-id 12345678901234567890123456789012 \
    --image-set-id ea92b0d8838c72a3f25d00d13616f87e \
    --latest-version-id 1 \
    --cli-binary-format raw-in-base64-out \
    --update-image-set-metadata-updates file://metadata-updates.json

Contenu de metadata-updates.json

{
    "DICOMUpdates": {
        "updatableAttributes": "{\"SchemaVersion\":1.1,\"Patient\":{\"DICOM\":{\"PatientName\":\"MX^MX\"}}}"
    }
}

Sortie :

{
    "latestVersionId": "2",
    "imageSetWorkflowStatus": "UPDATING",
    "updatedAt": 1680042257.908,
    "imageSetId": "ea92b0d8838c72a3f25d00d13616f87e",
    "imageSetState": "LOCKED",
    "createdAt": 1680027126.436,
    "datastoreId": "12345678901234567890123456789012"
}

Exemple 2 : pour supprimer un attribut des métadonnées d'un ensemble d'images

L'update-image-set-metadataexemple suivant supprime un attribut des métadonnées du jeu d'images.

aws medical-imaging update-image-set-metadata \
    --datastore-id 12345678901234567890123456789012 \
    --image-set-id ea92b0d8838c72a3f25d00d13616f87e \
    --latest-version-id 1 \
    --cli-binary-format raw-in-base64-out \
    --update-image-set-metadata-updates file://metadata-updates.json

Contenu de metadata-updates.json

{
    "DICOMUpdates": {
        "removableAttributes": "{\"SchemaVersion\":1.1,\"Study\":{\"DICOM\":{\"StudyDescription\":\"CHEST\"}}}"
    }
}

Sortie :

{
    "latestVersionId": "2",
    "imageSetWorkflowStatus": "UPDATING",
    "updatedAt": 1680042257.908,
    "imageSetId": "ea92b0d8838c72a3f25d00d13616f87e",
    "imageSetState": "LOCKED",
    "createdAt": 1680027126.436,
    "datastoreId": "12345678901234567890123456789012"
}

Exemple 3 : pour supprimer une instance des métadonnées d'un ensemble d'images

L'update-image-set-metadataexemple suivant supprime une instance des métadonnées du jeu d'images.

aws medical-imaging update-image-set-metadata \
    --datastore-id 12345678901234567890123456789012 \
    --image-set-id ea92b0d8838c72a3f25d00d13616f87e \
    --latest-version-id 1 \
    --cli-binary-format raw-in-base64-out \
    --update-image-set-metadata-updates file://metadata-updates.json

Contenu de metadata-updates.json

{
    "DICOMUpdates": {
        "removableAttributes": "{\"SchemaVersion\": 1.1,\"Study\": {\"Series\": {\"1.1.1.1.1.1.12345.123456789012.123.12345678901234.1\": {\"Instances\": {\"1.1.1.1.1.1.12345.123456789012.123.12345678901234.1\": {}}}}}}"
    }
}

Sortie :

{
    "latestVersionId": "2",
    "imageSetWorkflowStatus": "UPDATING",
    "updatedAt": 1680042257.908,
    "imageSetId": "ea92b0d8838c72a3f25d00d13616f87e",
    "imageSetState": "LOCKED",
    "createdAt": 1680027126.436,
    "datastoreId": "12345678901234567890123456789012"
}

Exemple 4 : pour rétablir une version précédente d'un ensemble d'images

L'update-image-set-metadataexemple suivant montre comment rétablir une version antérieure d'un ensemble d'images. CopyImageSet et UpdateImageSetMetadata les actions créent de nouvelles versions de séries d'images.

aws medical-imaging update-image-set-metadata \
    --datastore-id 12345678901234567890123456789012 \
    --image-set-id 53d5fdb05ca4d46ac7ca64b06545c66e \
    --latest-version-id 3 \
    --cli-binary-format raw-in-base64-out \
    --update-image-set-metadata-updates '{"revertToVersionId": "1"}'

Sortie :

{
    "datastoreId": "12345678901234567890123456789012",
    "imageSetId": "53d5fdb05ca4d46ac7ca64b06545c66e",
    "latestVersionId": "4",
    "imageSetState": "LOCKED",
    "imageSetWorkflowStatus": "UPDATING",
    "createdAt": 1680027126.436,
    "updatedAt": 1680042257.908
}

Exemple 5 : pour ajouter un élément de DICOM données privé à une instance

L'update-image-set-metadataexemple suivant montre comment ajouter un élément privé à une instance spécifiée dans un ensemble d'images. La DICOM norme autorise les éléments de données privés pour la communication d'informations qui ne peuvent pas être contenus dans les éléments de données standard. Vous pouvez créer, mettre à jour et supprimer des éléments de données privés à l'aide de UpdateImageSetMetadata cette action.

aws medical-imaging update-image-set-metadata \
    --datastore-id 12345678901234567890123456789012 \
    --image-set-id 53d5fdb05ca4d46ac7ca64b06545c66e \
    --latest-version-id 1 \
    --cli-binary-format raw-in-base64-out \
    --force \
    --update-image-set-metadata-updates file://metadata-updates.json

Contenu de metadata-updates.json

{
    "DICOMUpdates": {
        "updatableAttributes": "{\"SchemaVersion\": 1.1,\"Study\": {\"Series\": {\"1.1.1.1.1.1.12345.123456789012.123.12345678901234.1\": {\"Instances\": {\"1.1.1.1.1.1.12345.123456789012.123.12345678901234.1\": {\"DICOM\": {\"001910F9\": \"97\"},\"DICOMVRs\": {\"001910F9\": \"DS\"}}}}}}}"
    }
}

Sortie :

{
    "latestVersionId": "2",
    "imageSetWorkflowStatus": "UPDATING",
    "updatedAt": 1680042257.908,
    "imageSetId": "53d5fdb05ca4d46ac7ca64b06545c66e",
    "imageSetState": "LOCKED",
    "createdAt": 1680027126.436,
    "datastoreId": "12345678901234567890123456789012"
}

Exemple 6 : Pour mettre à jour un élément DICOM de données privé sur une instance

L'update-image-set-metadataexemple suivant montre comment mettre à jour la valeur d'un élément de données privé appartenant à une instance au sein d'un ensemble d'images.

aws medical-imaging update-image-set-metadata \
    --datastore-id 12345678901234567890123456789012 \
    --image-set-id 53d5fdb05ca4d46ac7ca64b06545c66e \
    --latest-version-id 1 \
    --cli-binary-format raw-in-base64-out \
    --force \
    --update-image-set-metadata-updates file://metadata-updates.json

Contenu de metadata-updates.json

{
    "DICOMUpdates": {
        "updatableAttributes": "{\"SchemaVersion\": 1.1,\"Study\": {\"Series\": {\"1.1.1.1.1.1.12345.123456789012.123.12345678901234.1\": {\"Instances\": {\"1.1.1.1.1.1.12345.123456789012.123.12345678901234.1\": {\"DICOM\": {\"00091001\": \"GE_GENESIS_DD\"}}}}}}}"
    }
}

Sortie :

{
    "latestVersionId": "2",
    "imageSetWorkflowStatus": "UPDATING",
    "updatedAt": 1680042257.908,
    "imageSetId": "53d5fdb05ca4d46ac7ca64b06545c66e",
    "imageSetState": "LOCKED",
    "createdAt": 1680027126.436,
    "datastoreId": "12345678901234567890123456789012"
}

Exemple 7 : Pour mettre à jour un SOPInstanceUID avec le paramètre force

L'update-image-set-metadataexemple suivant montre comment mettre à jour aSOPInstanceUID, en utilisant le paramètre force pour contourner les contraintes de DICOM métadonnées.

aws medical-imaging update-image-set-metadata \
        --datastore-id 12345678901234567890123456789012 \
        --image-set-id 53d5fdb05ca4d46ac7ca64b06545c66e \
        --latest-version-id 1 \
        --cli-binary-format raw-in-base64-out \
        --force \
        --update-image-set-metadata-updates file://metadata-updates.json

Contenu de metadata-updates.json

{
    "DICOMUpdates": {
        "updatableAttributes": "{\"SchemaVersion\":1.1,\"Study\":{\"Series\":{\"1.3.6.1.4.1.5962.99.1.3633258862.2104868982.1369432891697.3656.0\":{\"Instances\":{\"1.3.6.1.4.1.5962.99.1.3633258862.2104868982.1369432891697.3659.0\":{\"DICOM\":{\"SOPInstanceUID\":\"1.3.6.1.4.1.5962.99.1.3633258862.2104868982.1369432891697.3659.9\"}}}}}}}"
    }
}

Sortie :

{
    "latestVersionId": "2",
    "imageSetWorkflowStatus": "UPDATING",
    "updatedAt": 1680042257.908,
    "imageSetId": "53d5fdb05ca4d46ac7ca64b06545c66e",
    "imageSetState": "LOCKED",
    "createdAt": 1680027126.436,
    "datastoreId": "12345678901234567890123456789012"
}

Pour plus d'informations, consultez la section Mise à jour des métadonnées des ensembles d'images dans le manuel du AWS HealthImaging développeur.

Java
SDKpour Java 2.x

    /**
     * Update the metadata of an AWS HealthImaging image set.
     *
     * @param medicalImagingClient - The AWS HealthImaging client object.
     * @param datastoreId          - The datastore ID.
     * @param imageSetId           - The image set ID.
     * @param versionId            - The version ID.
     * @param metadataUpdates      - A MetadataUpdates object containing the updates.
     * @param force                - The force flag.
     * @throws MedicalImagingException - Base exception for all service exceptions thrown by AWS HealthImaging.
     */
    public static void updateMedicalImageSetMetadata(MedicalImagingClient medicalImagingClient,
                                                     String datastoreId,
                                                     String imageSetId,
                                                     String versionId,
                                                     MetadataUpdates metadataUpdates,
                                                     boolean force) {
        try {
            UpdateImageSetMetadataRequest updateImageSetMetadataRequest = UpdateImageSetMetadataRequest
                    .builder()
                    .datastoreId(datastoreId)
                    .imageSetId(imageSetId)
                    .latestVersionId(versionId)
                    .updateImageSetMetadataUpdates(metadataUpdates)
                    .force(force)
                    .build();

            UpdateImageSetMetadataResponse response = medicalImagingClient.updateImageSetMetadata(updateImageSetMetadataRequest);

            System.out.println("The image set metadata was updated" + response);
        } catch (MedicalImagingException e) {
            System.err.println(e.awsErrorDetails().errorMessage());
            throw e;
        }
    }

Cas d'utilisation #1 : Insérer ou mettre à jour un attribut.

                final String insertAttributes = """
                        {
                          "SchemaVersion": 1.1,
                          "Study": {
                            "DICOM": {
                              "StudyDescription": "CT CHEST"
                            }
                          }
                        }
                        """;
                MetadataUpdates metadataInsertUpdates = MetadataUpdates.builder()
                        .dicomUpdates(DICOMUpdates.builder()
                                .updatableAttributes(SdkBytes.fromByteBuffer(
                                        ByteBuffer.wrap(insertAttributes
                                                .getBytes(StandardCharsets.UTF_8))))
                                .build())
                        .build();

                updateMedicalImageSetMetadata(medicalImagingClient, datastoreId, imagesetId,
                        versionid, metadataInsertUpdates, force);

Cas d'utilisation #2 : Supprimer un attribut.

                final String removeAttributes = """
                        {
                          "SchemaVersion": 1.1,
                          "Study": {
                            "DICOM": {
                              "StudyDescription": "CT CHEST"
                            }
                          }
                        }
                        """;
                MetadataUpdates metadataRemoveUpdates = MetadataUpdates.builder()
                        .dicomUpdates(DICOMUpdates.builder()
                                .removableAttributes(SdkBytes.fromByteBuffer(
                                        ByteBuffer.wrap(removeAttributes
                                                .getBytes(StandardCharsets.UTF_8))))
                                .build())
                        .build();

                updateMedicalImageSetMetadata(medicalImagingClient, datastoreId, imagesetId,
                        versionid, metadataRemoveUpdates, force);

Cas d'utilisation #3 : Supprimer une instance.

                final String removeInstance = """
                        {
                          "SchemaVersion": 1.1,
                          "Study": {
                            "Series": {
                              "1.1.1.1.1.1.12345.123456789012.123.12345678901234.1": {
                                "Instances": {
                                  "1.1.1.1.1.1.12345.123456789012.123.12345678901234.1": {}
                                }
                              }
                            }
                          }
                        }      
                        """;
                MetadataUpdates metadataRemoveUpdates = MetadataUpdates.builder()
                        .dicomUpdates(DICOMUpdates.builder()
                                .removableAttributes(SdkBytes.fromByteBuffer(
                                        ByteBuffer.wrap(removeInstance
                                                .getBytes(StandardCharsets.UTF_8))))
                                .build())
                        .build();

                updateMedicalImageSetMetadata(medicalImagingClient, datastoreId, imagesetId,
                        versionid, metadataRemoveUpdates, force);

Cas d'utilisation #4 : Revenir à une version précédente.

                // In this case, revert to previous version.
                String revertVersionId = Integer.toString(Integer.parseInt(versionid) - 1);
                MetadataUpdates metadataRemoveUpdates = MetadataUpdates.builder()
                        .revertToVersionId(revertVersionId)
                        .build();
                updateMedicalImageSetMetadata(medicalImagingClient, datastoreId, imagesetId,
                        versionid, metadataRemoveUpdates, force);
Note

Il y en a plus à ce sujet GitHub. Trouvez l’exemple complet et découvrez comment le configurer et l’exécuter dans le référentiel d’exemples de code AWS.

JavaScript
SDKpour JavaScript (v3)
import { UpdateImageSetMetadataCommand } from "@aws-sdk/client-medical-imaging";
import { medicalImagingClient } from "../libs/medicalImagingClient.js";

/**
 * @param {string} datastoreId - The ID of the HealthImaging data store.
 * @param {string} imageSetId - The ID of the HealthImaging image set.
 * @param {string} latestVersionId - The ID of the HealthImaging image set version.
 * @param {{}} updateMetadata - The metadata to update.
 * @param {boolean} force - Force the update.
 */
export const updateImageSetMetadata = async (
  datastoreId = "xxxxxxxxxx",
  imageSetId = "xxxxxxxxxx",
  latestVersionId = "1",
  updateMetadata = "{}",
  force = false,
) => {
  try {
    const response = await medicalImagingClient.send(
      new UpdateImageSetMetadataCommand({
        datastoreId: datastoreId,
        imageSetId: imageSetId,
        latestVersionId: latestVersionId,
        updateImageSetMetadataUpdates: updateMetadata,
        force: force,
      }),
    );
    console.log(response);
    // {
    //     '$metadata': {
    //     httpStatusCode: 200,
    //         requestId: '7966e869-e311-4bff-92ec-56a61d3003ea',
    //         extendedRequestId: undefined,
    //         cfId: undefined,
    //         attempts: 1,
    //         totalRetryDelay: 0
    // },
    //     createdAt: 2023-09-22T14:49:26.427Z,
    //     datastoreId: 'xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx',
    //     imageSetId: 'xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx',
    //     imageSetState: 'LOCKED',
    //     imageSetWorkflowStatus: 'UPDATING',
    //     latestVersionId: '4',
    //     updatedAt: 2023-09-27T19:41:43.494Z
    // }
    return response;
  } catch (err) {
    console.error(err);
  }
};

Cas d'utilisation #1 : Insérer ou mettre à jour un attribut et forcer la mise à jour.

    const insertAttributes = JSON.stringify({
      SchemaVersion: 1.1,
      Study: {
        DICOM: {
          StudyDescription: "CT CHEST",
        },
      },
    });

    const updateMetadata = {
      DICOMUpdates: {
        updatableAttributes: new TextEncoder().encode(insertAttributes),
      },
    };

    await updateImageSetMetadata(
      datastoreID,
      imageSetID,
      versionID,
      updateMetadata,
      true,
    );

Cas d'utilisation #2 : Supprimer un attribut.

    // Attribute key and value must match the existing attribute.
    const remove_attribute = JSON.stringify({
      SchemaVersion: 1.1,
      Study: {
        DICOM: {
          StudyDescription: "CT CHEST",
        },
      },
    });

    const updateMetadata = {
      DICOMUpdates: {
        removableAttributes: new TextEncoder().encode(remove_attribute),
      },
    };

    await updateImageSetMetadata(
      datastoreID,
      imageSetID,
      versionID,
      updateMetadata,
    );

Cas d'utilisation #3 : Supprimer une instance.

    const remove_instance = JSON.stringify({
      SchemaVersion: 1.1,
      Study: {
        Series: {
          "1.1.1.1.1.1.12345.123456789012.123.12345678901234.1": {
            Instances: {
              "1.1.1.1.1.1.12345.123456789012.123.12345678901234.1": {},
            },
          },
        },
      },
    });

    const updateMetadata = {
      DICOMUpdates: {
        removableAttributes: new TextEncoder().encode(remove_instance),
      },
    };

    await updateImageSetMetadata(
      datastoreID,
      imageSetID,
      versionID,
      updateMetadata,
    );

Cas d'utilisation #4 : Revenir à une version antérieure.

    const updateMetadata = {
      revertToVersionId: "1",
    };

    await updateImageSetMetadata(
      datastoreID,
      imageSetID,
      versionID,
      updateMetadata,
    );
Note

Il y en a plus à ce sujet GitHub. Trouvez l’exemple complet et découvrez comment le configurer et l’exécuter dans le référentiel d’exemples de code AWS.

Python
SDKpour Python (Boto3)
class MedicalImagingWrapper:
    def __init__(self, health_imaging_client):
        self.health_imaging_client = health_imaging_client


    def update_image_set_metadata(
        self, datastore_id, image_set_id, version_id, metadata, force=False
    ):
        """
        Update the metadata of an image set.

        :param datastore_id: The ID of the data store.
        :param image_set_id: The ID of the image set.
        :param version_id: The ID of the image set version.
        :param metadata: The image set metadata as a dictionary.
            For example {"DICOMUpdates": {"updatableAttributes":
            "{\"SchemaVersion\":1.1,\"Patient\":{\"DICOM\":{\"PatientName\":\"Garcia^Gloria\"}}}"}}
        :param: force: Force the update.
        :return: The updated image set metadata.
        """
        try:
            updated_metadata = self.health_imaging_client.update_image_set_metadata(
                imageSetId=image_set_id,
                datastoreId=datastore_id,
                latestVersionId=version_id,
                updateImageSetMetadataUpdates=metadata,
                force=force,
            )
        except ClientError as err:
            logger.error(
                "Couldn't update image set metadata. Here's why: %s: %s",
                err.response["Error"]["Code"],
                err.response["Error"]["Message"],
            )
            raise
        else:
            return updated_metadata

Le code suivant instancie l' MedicalImagingWrapper objet. 

    client = boto3.client("medical-imaging")
    medical_imaging_wrapper = MedicalImagingWrapper(client)

Cas d'utilisation #1 : Insérer ou mettre à jour un attribut.

            attributes = """{
                    "SchemaVersion": 1.1,
                    "Study": {
                        "DICOM": {
                            "StudyDescription": "CT CHEST"
                        }
                    }
                }"""
            metadata = {"DICOMUpdates": {"updatableAttributes": attributes}}

            self.update_image_set_metadata(
                data_store_id, image_set_id, version_id, metadata, force
            )

Cas d'utilisation #2 : Supprimer un attribut.

            # Attribute key and value must match the existing attribute.
            attributes = """{
                    "SchemaVersion": 1.1,
                    "Study": {
                        "DICOM": {
                            "StudyDescription": "CT CHEST"
                        }
                    }
                }"""
            metadata = {"DICOMUpdates": {"removableAttributes": attributes}}

            self.update_image_set_metadata(
                data_store_id, image_set_id, version_id, metadata, force
            )

Cas d'utilisation #3 : Supprimer une instance.

            attributes = """{
                    "SchemaVersion": 1.1,
                    "Study": {
                        "Series": {
                            "1.1.1.1.1.1.12345.123456789012.123.12345678901234.1": {
                                "Instances": {
                                    "1.1.1.1.1.1.12345.123456789012.123.12345678901234.1": {}
                                }
                            }
                        }
                    }
                }"""
            metadata = {"DICOMUpdates": {"removableAttributes": attributes}}

            self.update_image_set_metadata(
                data_store_id, image_set_id, version_id, metadata, force
            )

Cas d'utilisation #4 : Revenir à une version antérieure.

            metadata = {"revertToVersionId": "1"}

            self.update_image_set_metadata(
                data_store_id, image_set_id, version_id, metadata, force
            )

  • Pour API plus de détails, reportez-vous UpdateImageSetMetadataà la section AWS SDKpour la référence Python (Boto3). API

Note

Il y en a plus à ce sujet GitHub. Trouvez l’exemple complet et découvrez comment le configurer et l’exécuter dans le référentiel d’exemples de code AWS.

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