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Exigences en matière de calcul et de mémoire pour les HealthOmics tâches
HealthOmics exécute les tâches de votre flux de travail privé dans une instance omics. HealthOmics fournit différents types d'instances pour s'adapter à différents types de tâches. Chaque type d'instance possède une mémoire fixe et une configuration vCPU (et une configuration GPU fixe pour les types d'instances de calcul accéléré). Le coût d'utilisation d'une instance omics varie en fonction du type d'instance. Pour plus de détails, consultez la page
Pour les tâches d'un flux de travail, vous spécifiez la mémoire et les processeurs virtuels requis dans le fichier de définition du flux de travail. Lorsqu'une tâche de flux de travail s'exécute, HealthOmics alloue la plus petite instance d'omics pouvant accueillir la mémoire et les vCPU demandés. Par exemple, si une tâche nécessite 64 Go de mémoire et 8 vCPU, HealthOmics sélectionne. omics.r.2xlarge
Nous vous recommandons de passer en revue les types d'instances et de définir les vCPU et la taille de mémoire que vous souhaitez pour qu'ils correspondent à l'instance qui répond le mieux à vos besoins. Le conteneur de tâches utilise le nombre de vCPU et la taille de mémoire que vous spécifiez dans votre fichier de définition de flux de travail, même si le type d'instance possède des vCPU et de la mémoire supplémentaires.
La liste suivante contient des informations supplémentaires sur le processeur virtuel et l'allocation de mémoire :
Les allocations de ressources en conteneurs constituent des limites strictes. Si une tâche manque de mémoire ou tente d'utiliser des vCPU supplémentaires, elle génère un journal des erreurs et se ferme.
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Si vous ne spécifiez aucune exigence de calcul ou de mémoire, HealthOmics sélectionnez omics.c.large et utilisez par défaut une configuration avec 1 processeur virtuel et 1 Go de mémoire.
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La configuration minimale que vous pouvez demander est de 1 processeur virtuel et de 1 Go de mémoire.
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Si vous spécifiez des vCPU, de la mémoire ou des GPU qui dépassent les types d'instances pris en charge, HealthOmics un message d'erreur s'affiche et les validations du flux de travail échouent
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Si vous spécifiez des unités fractionnaires, HealthOmics arrondissez au nombre entier le plus proche.
HealthOmics réserve une petite quantité de mémoire (5 %) aux agents de gestion et de journalisation, de sorte que l'allocation de mémoire complète peut ne pas toujours être disponible pour l'application chargée de la tâche.
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HealthOmics associe les types d'instance aux exigences de calcul et de mémoire que vous spécifiez, et peut utiliser une combinaison de générations de matériel. Pour cette raison, il peut y avoir quelques variations mineures dans les temps d'exécution des tâches pour une même tâche.
Ces rubriques fournissent des détails sur les types d'instances pris en HealthOmics charge.
Rubriques
Note
Pour les instances standard, optimisées pour le calcul et la mémoire, augmentez la taille de la bande passante de l'instance si celle-ci nécessite un débit plus élevé. Les instances Amazon EC2 dotées de moins de 16 vCPU (taille 4xl et inférieure) peuvent connaître une explosion de débit. Pour plus d'informations sur le débit des instances Amazon EC2, consultez la section Bande passante d'instance disponible sur Amazon EC2.
Types d'instances standard
Pour les types d'instances standard, les configurations visent à trouver un équilibre entre la puissance de calcul et la mémoire.
HealthOmics prend en charge les instances 32xlarge et 48xlarge dans les régions suivantes : USA Ouest (Oregon), USA Est (Virginie du Nord), Asie-Pacifique (Séoul), Asie-Pacifique (Tokyo) et USA Est (Ohio).
| Instance | Nombre de vCPU | Mémoire |
|---|---|---|
| omics.m.large | 2 | 8 GiO |
| omics.m.xlarge | 4 | 16 GiO |
| omics.m.2xlarge | 8 | 32 GiO |
| omics.m.4xlarge | 16 | 64 Go |
| omics.m.8xlarge | 32 | 128 Gio |
| omics.m.12 x large | 48 | 192 Go |
| omics.m.16 x large | 64 | 256 Gio |
| omics.m.24 x large | 96 | 384 Go |
| omics.m.32 x large | 128 | 512 Gio |
| omics.m.48 x large | 192 | 768 Gio |
Compute-optimized instances
Pour les types d'instances optimisés pour le calcul, les configurations ont plus de puissance de calcul et moins de mémoire.
HealthOmics prend en charge les instances 32xlarge et 48xlarge dans les régions suivantes : USA Ouest (Oregon), USA Est (Virginie du Nord), Asie-Pacifique (Séoul), Asie-Pacifique (Tokyo) et USA Est (Ohio).
| Instance | Nombre de vCPU | Mémoire |
|---|---|---|
| omics.c.large | 2 | 4 Gio |
| omics.c.xlarge | 4 | 8 GiO |
| omics.c.2xlarge | 8 | 16 GiO |
| omics.c.4xlarge | 16 | 32 GiO |
| omics.c.8xlarge | 32 | 64 Go |
| omics.c. 12 x large | 48 | 96 Go |
| omics.c. 16 x large | 64 | 128 Gio |
| omics.c. 24 x large | 96 | 192 Go |
| omics.c. 32 x large | 128 | 256 Gio |
| omics.c. 48 x large | 192 | 384 Go |
Memory-optimized instances
Pour les types d'instances optimisés en termes de mémoire, les configurations ont moins de puissance de calcul et plus de mémoire.
HealthOmics prend en charge les instances 32xlarge et 48xlarge dans les régions suivantes : USA Ouest (Oregon), USA Est (Virginie du Nord), Asie-Pacifique (Séoul), Asie-Pacifique (Tokyo) et USA Est (Ohio).
| Instance | Nombre de vCPU | Mémoire |
|---|---|---|
| omics.r.large | 2 | 16 GiO |
| omics.r.xlarge | 4 | 32 GiO |
| omics.r.2xlarge | 8 | 64 Go |
| omics.r.4 x large | 16 | 128 Gio |
| omics.r.8xlarge | 32 | 256 Gio |
| omics.r.12 x large | 48 | 384 Go |
| omic s.r.16 x large | 64 | 512 Gio |
| omic s.r.24 x large | 96 | 768 Gio |
| omics.r.32 x large | 128 | 1024 Gio |
| omics.r.48 x large | 192 | 1536 GiB |
Accelerated-computing instances
Vous pouvez éventuellement spécifier des ressources GPU pour chaque tâche d'un flux de travail, afin d' HealthOmicsallouer une instance de calcul accéléré à la tâche. Pour plus d'informations sur la manière de spécifier les informations relatives au GPU dans le fichier de définition du flux de travail, consultezAccélérateurs de tâches dans une définition de HealthOmics flux de travail.
Si vous spécifiez un accélérateur de tâches qui prend en charge plusieurs types d'instances, HealthOmics sélectionnez le type d'instance en fonction de la disponibilité. Si plusieurs types d'instances sont disponibles, HealthOmics donne la préférence à l'instance la moins coûteuse. L'exception concerne l'accélérateur de tâches nvidia-t4-a10g-l4 qui donne la préférence à l'instance de dernière génération disponible dans votre région.
Les instances G4 ne sont pas prises en charge dans la région d'Israël (Tel Aviv). Les instances G5 ne sont pas prises en charge dans la région Asie-Pacifique (Singapour).
Types d'instances G6 et G6e
HealthOmics prend en charge les configurations d'instance de calcul accéléré G6 suivantes. Toutes les instances omics.g6 utilisent des GPU Nvidia L4.
HealthOmics prend en charge les instances G6 et G6e dans les régions suivantes : USA Ouest (Oregon), USA Est (Virginie du Nord), Asie-Pacifique (Séoul), Asie-Pacifique (Tokyo) et USA Est (Ohio).
| Instance | Nombre de vCPU | Mémoire | Nombre de GPU | Mémoire GPU |
|---|---|---|---|---|
| omics.g6.xlarge | 4 | 16 GiO | 1 | 24 GiO |
| omics.g6.2 x large | 8 | 32 GiO | 1 | 24 GiO |
| omics.g6.4 x large | 16 | 64 Go | 1 | 24 GiO |
| omics.g6.8 x large | 32 | 128 Gio | 1 | 24 GiO |
| omics.g6.12 x large | 48 | 192 Go | 4 | 96 Go |
| omics.g6.16 x large | 64 | 256 Gio | 1 | 24 GiO |
| omics.g6.24 x large | 96 | 384 Go | 4 | 96 Go |
Toutes les instances omics.g6e utilisent des GPU Nvidia L40s.
| Instance | Nombre de vCPU | Mémoire | Nombre de GPU | Mémoire GPU |
|---|---|---|---|---|
| omics.g6e.xlarge | 4 | 32 GiO | 1 | 48 GiO |
| omics.g6e.2xlarge | 8 | 64 Go | 1 | 48 GiO |
| omics.g6e.4xlarge | 16 | 128 Gio | 1 | 48 GiO |
| omics.g6e.8xlarge | 32 | 256 Gio | 1 | 48 GiO |
| omics.g6e.12 x large | 48 | 384 Go | 4 | 192 Go |
| omics.g6e.16 x large | 64 | 512 Gio | 1 | 48 GiO |
| omics.g6e.24xlarge | 96 | 768 Gio | 4 | 192 Go |
Instances G4 et G5
HealthOmics prend en charge les configurations d'instance de calcul accéléré G4 et G5 suivantes.
Toutes les instances omics.g5 utilisent des GPU Nvidia Tesla A10G.
| Instance | Nombre de vCPU | Mémoire | Nombre de GPU | Mémoire GPU |
|---|---|---|---|---|
| omics.g5.xlarge | 4 | 16 GiO | 1 | 24 GiO |
| omics.g5.2xlarge | 8 | 32 GiO | 1 | 24 GiO |
| omics.g5.4xlarge | 16 | 64 Go | 1 | 24 GiO |
| omics.g5.8xlarge | 32 | 128 Gio | 1 | 24 GiO |
| omics.g5.12 x large | 48 | 192 Go | 4 | 96 Go |
| omics.g5.16 x large | 64 | 256 Gio | 1 | 24 GiO |
| omics.g5.24 x large | 96 | 384 Go | 4 | 96 Go |
Toutes les instances omics.g4dn utilisent des GPU Nvidia Tesla T4.
| Instance | Nombre de vCPU | Mémoire | Nombre de GPU | Mémoire GPU |
|---|---|---|---|---|
| omics.g4dn.xlarge | 4 | 16 GiO | 1 | 16 GiO |
| omics.g4dn.2xlarge | 8 | 32 GiO | 1 | 16 GiO |
| omics.g4dn.4xlarge | 16 | 64 Go | 1 | 16 GiO |
| omics.g4dn.8xlarge | 32 | 128 Gio | 1 | 16 GiO |
| omics.g4dn.12 x large | 48 | 192 Go | 4 | 64 Go |
| omics.g4dn.16 x large | 64 | 256 Gio | 1 | 24 GiO |
