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Commencez une course HealthOmics

Lorsque vous lancez une exécution, vous spécifiez les ressources HealthOmics allouées à cette exécution. Les paramètres suivants sont disponibles :

Démarrer une course à l'aide de la console

L'assistant Start Run comporte quatre étapes :

Pour démarrer une course

Étape 1 : Spécifier les détails de l'exécution

Indiquez les paramètres suivants :

Choisissez Next pour passer à l'étape 2.

Étape 2 : ajouter des valeurs de paramètres

Sur cette page, entrez les valeurs des paramètres pour l'exécution ou sélectionnez les valeurs prédéfinies fournies par l'auteur du flux de travail.

Lorsque vous sélectionnez un flux de travail Nextflow pour démarrer l'exécution, des sections supplémentaires relatives aux paramètres du moteur Nextflow et aux profils Nextflow apparaissent en haut de cette étape. Pour plus de détails sur ces paramètres (valeurs prises en charge, comportement et priorité du profil), consultezSpécifier les paramètres du moteur Nextflow.

Exécuter les valeurs des paramètres

Fournissez les paramètres d'exécution. Vous pouvez télécharger un fichier JSON ou saisir les valeurs manuellement. Le fichier JSON contient le nom exact de chaque paramètre d'entrée et une valeur pour le paramètre.

HealthOmics prend en charge les types JSON suivants pour les valeurs de paramètres.

Pour plus d’informations, consultez HealthOmics exécuter les entrées et Gestion de la taille des paramètres d'exécution.

Choisissez Next pour passer à l'étape 3.

Étape 3 : ajouter un groupe d'exécution, un cache d'exécution et des balises

Tous les paramètres de cette page sont facultatifs.

Choisissez Next pour passer à l'étape 4.

Étape 4 : Vérifiez et lancez l'exécution

Passez en revue la configuration d'exécution de toutes les étapes précédentes. Pour modifier un paramètre, choisissez Modifier à côté de l'étape correspondante. Lorsque vous êtes prêt, choisissez Start run.

Démarrer une course à l'aide de l'API

Utilisez l'opération StartRun API pour créer et démarrer une exécution.

Commencez une course de base

L'exemple suivant indique l'ID du flux de travail, le rôle du service et l'URI de sortie. Cet exemple définit le mode de rétention surREMOVE. Pour plus d'informations sur le mode de rétention, consultezExécuter le mode de rétention pour les HealthOmics courses.

aws omics start-run \
     --workflow-id workflow id \
     --role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/OmicsRole \
     --output-uri s3://amzn-s3-demo-bucket/output \
     --name "my-workflow-run" \
     --retention-mode REMOVE

En réponse, vous obtenez le résultat suivant. Le uuid est propre à l'exécution et outputUri peut également être utilisé pour suivre l'endroit où les données de sortie sont écrites.

{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:run/1234567",
    "id": "123456789",
    "uuid": "96c57683-74bf-9d6d-ae7e-f09b097db14a",
    "outputUri": "s3://bucket/folder/8405154/96c57683-74bf-9d6d-ae7e-f09b097db14a",
    "status": "PENDING"
}

Options d'API communes

Inclure un fichier de paramètres

Si le modèle de paramètres d'un flux de travail déclare des paramètres obligatoires, vous pouvez fournir un fichier JSON local contenant les entrées lorsque vous démarrez l'exécution d'un flux de travail. Le fichier JSON contient le nom exact de chaque paramètre d'entrée et une valeur pour le paramètre.

Référencez le fichier JSON d'entrée dans le en l' AWS CLI ajoutant --parameters file://<input_file.json> à votre start-run demande. Pour plus d'informations, consultez les types JSON pris en charge pour les valeurs des paramètres dans Étape 2 : ajouter des valeurs de paramètres etHealthOmics exécuter les entrées.

Fournir un identifiant de demande

Vous pouvez fournir un numéro unique requestId pour chaque course. L'ID de demande est un jeton d'impuissance HealthOmics utilisé pour intercepter les demandes dupliquées. Il ne démarrera pas une exécution si l'ID de demande est un double d'une exécution précédente.

Si vous utilisez une infrastructure (telle que des fonctions Lambda ou des fonctions par étapes) pour orchestrer les démarrages, la meilleure pratique consiste à fournir un identifiant de demande unique pour chaque demande. StartRun Cela garantit que si votre infrastructure lance par inadvertance une exécution déjà lancée, HealthOmics elle ne démarrera pas l'exécution dupliquée.

aws omics start-run \
     --workflow-id workflow id \
     ... \
     --request-id "unique-request-id-12345"

Choisissez une version du flux de travail

Vous pouvez spécifier une version du flux de travail pour l'exécution. Si vous ne spécifiez aucune version, HealthOmics lance l'exécution avec la version du flux de travail par défaut.

aws omics start-run \
     --workflow-id workflow id \
     ... \
     --workflow-version-name '1.2.1'

Remplacer le type de stockage d'exécution

Vous pouvez remplacer le type de stockage d'exécution par défaut défini dans le flux de travail.

aws omics start-run \
     --workflow-id workflow id \
     ... \
     --storage-type STATIC \
     --storage-capacity 2400

Permettre le stockage éphémère

Pour activer le stockage éphémère pour une course, définissez ce paramètre sur --scratch-storage-mode le LOCAL moment où vous commencez l'exécution. HealthOmics monte un volume de stockage local dédié /tmp pour chaque instance de tâche de flux de travail.

aws omics start-run \
    --workflow-id workflow-id \
    --role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/OmicsServiceRole \
    --output-uri s3://amzn-s3-demo-bucket/output-folder/ \
    --parameters file:///path/to/parameters.json \
    --scratch-storage-mode LOCAL

Pour désactiver le stockage éphémère pour une exécution spécifique (par exemple, pour isoler un échec), définissez sur--scratch-storage-mode. SHARED

Pour de plus amples informations, veuillez consulter Stockage éphémère pour HealthOmics les tâches du flux de travail.

Pour les paramètres du moteur Nextflow (version du moteur, profils, analyseur syntaxique), consultez. Spécifier les paramètres du moteur Nextflow

Spécifier les paramètres du moteur Nextflow

Pour les flux de travail Nextflow, vous pouvez transmettre une engineSettings carte dans la demande d'StartRunAPI pour contrôler le comportement du moteur sans modifier le code source de votre flux de travail. Sur la console, ces paramètres sont disponibles à l'étape 2 : Ajouter des valeurs de paramètres dans une section distincte qui apparaît pour les flux de travail Nextflow.

Clés prises en charge

Épinglage de la version du moteur Nextflow

Vous pouvez sélectionner une version du moteur Nextflow spécifique pour exécuter votre flux de travail, ce qui permet une migration contrôlée entre les versions du moteur. Le remplacement de version d'exécution garantit que même lorsqu'une définition de flux de travail spécifie une version par le biais de sa configuration ou de son profil, la version du moteur que vous spécifiez au moment de l'exécution est prioritaire. Cela vous permet de tester le même flux de travail sur plusieurs versions du moteur sans modifier le code source du flux de travail.

Versions prises en charge : 22.04.0 (ou 22.04), 23.10.0 (ou 23.10), 24.10.8 (ou 24.10), 25.10.0 (ou 25.10) et 26.04.0 (ou 26.04). Les versions complètes et courtes sont acceptées.

API et CLI

Utilisez la engineVersion clé pour --engine-settings :

aws omics start-run \
    --workflow-id workflow id \
    --role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/OmicsRole \
    --output-uri s3://amzn-s3-demo-bucket/output \
    --engine-settings '{"engineVersion":"26.04"}'

Console

DansÉtape 2 : ajouter des valeurs de paramètres, sélectionnez la version dans le menu déroulant Version du moteur dans la section des paramètres du moteur Nextflow.

Profils Nextflow

Les profils Nextflow sont des ensembles nommés de paramètres d'exécution définis dans votre flux de nextflow.config travail. Vous pouvez activer un ou plusieurs profils lors de l'exécution pour appliquer des paramètres spécifiques à l'environnement (par exemple, développement, test ou production) sans modifier le code source du flux de travail.

API et CLI

Utilisez la profile clé pour entrer--engine-settings. Spécifiez plusieurs profils sous forme de liste séparée par des virgules :

aws omics start-run \
    --workflow-id workflow id \
    --role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/OmicsRole \
    --output-uri s3://amzn-s3-demo-bucket/output \
    --engine-settings '{"profile":"test,docker"}'

Console

DansÉtape 2 : ajouter des valeurs de paramètres, la section des profils Nextflow apparaît sous les paramètres du moteur. Sélectionnez un ou plusieurs profils dans le menu déroulant Sélectionner les profils. La console affiche l'ordre des applications de profil. Pour supprimer un profil, cliquez sur le signe × à côté de son nom.

Ordre de demande de profil

Lorsque vous spécifiez plusieurs profils, l'ordre des applications dépend de la version du moteur Nextflow et de l'analyseur syntaxique :

Priorité de configuration

Nextflow résout les paramètres dans l'ordre suivant, les couches ultérieures remplaçant les précédentes :

Réseau VPC

Vous pouvez exécuter des flux de travail dans votre Virtual Private Cloud (VPC), ce qui permet d'accéder à l'Internet public, au trafic interrégional et à la communication avec les ressources de votre VPC.

Pour activer le réseau VPC :

Pour de plus amples informations, veuillez consulter Connecter HealthOmics des flux de travail à un VPC.