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Ressources de tâches dans une définition HealthOmics de flux de travail - AWS HealthOmics

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Ressources de tâches dans une définition HealthOmics de flux de travail

Dans la définition du flux de travail, définissez les éléments suivants pour chaque tâche :

HealthOmics fournit un stockage d'exécution auquel toutes les tâches en cours d'exécution peuvent accéder. Pour plus d’informations, consultez Exécuter les types de stockage dans les HealthOmics flux de travail.

WDL
task my_task {
   runtime {
      container: "<aws-account-id>.dkr.ecr.<aws-region>.amazonaws.com/<image-name>"
      cpu: 2
      memory: "4 GB"
      disks: "100 GiB"                 # optional
   }
   ...
}

Pour un flux de travail WDL, HealthOmics tente jusqu'à deux tentatives pour une tâche qui échoue en raison d'erreurs de service (la demande d'API renvoie un code d'état HTTP 5XX). Pour plus d'informations sur les nouvelles tentatives de tâches, consultezNouvelles tentatives de tâches.

Vous pouvez désactiver le comportement de nouvelle tentative en spécifiant la configuration suivante pour la tâche dans le fichier de définition WDL :

runtime {
   preemptible: 0
}
NextFlow
process my_task {
   container "<aws-account-id>.dkr.ecr.<aws-region>.amazonaws.com/<image-name>"
   cpus 2
   memory "4 GiB"
   disk '100 GB'                       // optional
   ...
}
CWL
cwlVersion: v1.2
class: CommandLineTool
requirements:
    DockerRequirement:
        dockerPull: "<aws-account-id>.dkr.ecr.<aws-region>.amazonaws.com/<image-name>"
    ResourceRequirement:
        coresMax: 2
        ramMax: 4000 # specified in mebibytes
        tmpdirMin: 102400 # 100 gibibytes expressed in mebibytes