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Vérifiez l'état du flux de travail - AWS HealthOmics

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Vérifiez l'état du flux de travail

Après avoir créé votre flux de travail, vous pouvez vérifier son statut et afficher d'autres détails du flux de travail à l'aide de get-workflow, comme indiqué.

aws omics get-workflow --id 1234567

La réponse inclut les détails du flux de travail, y compris l'état, comme indiqué.

{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:....",
    "creationTime": "2022-07-06T00:27:05.542459" 
    "id": "1234567",
    "engine": "WDL",
    "status": "ACTIVE",
    "type": "PRIVATE",
    "main": "workflow-crambam.wdl",
    "name": "workflow_name",
    "storageType": "STATIC",
    "storageCapacity": "1200",
    "uuid": "64c9a39e-8302-cc45-0262-2ea7116d854f"   
  }

Vous pouvez démarrer une exécution à l'aide de ce flux de travail une fois que le statut est passé àACTIVE.

Note

Pour les flux de travail Nextflow DSL2, HealthOmics exécute le linter strict intégré lors de la création. Si le linter détecte des erreurs ou des avertissements, le flux de travail passe toujours à ACTIVE, le statusMessage champ contenant des résultats structurés sur le linter. Si vous démarrez une exécution sur un flux de travail avec des erreurs de linter, votre exécution peut échouer en raison d'une définition de flux de travail incorrecte. Pour un exemple de GetWorkflow réponse à la présence de peluches, voirLe flux de travail s'affiche HealthOmics.