View a markdown version of this page

Menjalankan kueri pada toko HealthOmics varian - AWS HealthOmics
Jalankan kueri sederhana menggunakan konsol AthenaJalankan kueri kompleks menggunakan konsol Athena

Terjemahan disediakan oleh mesin penerjemah. Jika konten terjemahan yang diberikan bertentangan dengan versi bahasa Inggris aslinya, utamakan versi bahasa Inggris.

Menjalankan kueri pada toko HealthOmics varian

penting

AWS HealthOmics toko varian dan toko anotasi tidak lagi terbuka untuk pelanggan baru. Pelanggan yang sudah ada dapat terus menggunakan layanan ini seperti biasa. Untuk informasi selengkapnya, lihat AWS HealthOmics toko varian dan perubahan ketersediaan toko anotasi.

Anda dapat melakukan kueri di toko varian Anda menggunakan Amazon Athena. Perhatikan bahwa koordinat genom dalam penyimpanan varian dan anotasi direpresentasikan sebagai interval setengah terbuka berbasis nol, setengah tertutup.

Jalankan kueri sederhana menggunakan konsol Athena

Contoh berikut menunjukkan cara menjalankan query sederhana.

  1. Buka editor Athena Query: editor Athena Query

  2. Di bawah Workgroup, pilih workgroup yang Anda buat selama penyiapan.

  3. Verifikasi bahwa sumber data adalah AwsDataCatalog.

  4. Untuk Database, pilih tautan sumber daya database yang Anda buat selama pengaturan Lake Formation.

  5. Salin kueri berikut ke Editor Kueri di bawah tab Query 1:

    SELECT * from omicsvariants limit 10

  6. Pilih Jalan kan untuk menjalankan kueri. Konsol mengisi tabel hasil dengan 10 baris pertama omicsvariants tabel.

Jalankan kueri kompleks menggunakan konsol Athena

Contoh berikut menunjukkan cara menjalankan query kompleks. Untuk menjalankan kueri ini, impor ClinVar ke penyimpanan anotasi.

Jalankan kueri yang kompleks

  1. Buka editor Athena Query: editor Athena Query

  2. Di bawah Workgroup, pilih workgroup yang Anda buat selama penyiapan.

  3. Verifikasi bahwa sumber data adalah AwsDataCatalog.

  4. Untuk Database, pilih tautan sumber daya database yang Anda buat selama pengaturan Lake Formation.

  5. Pilih + di kanan atas untuk membuat tab query baru bernama Query 2.

  6. Salin kueri berikut ke Editor Kueri di bawah tab Query 2:

    SELECT variants.sampleid,
  variants.contigname,
  variants.start,
  variants."end",
  variants.referenceallele,
  variants.alternatealleles,
  variants.attributes AS variant_attributes,
  clinvar.attributes AS clinvar_attributes  
FROM omicsvariants as variants 
INNER JOIN omicsannotations as clinvar ON 
  variants.contigname=CONCAT('chr',clinvar.contigname) 
  AND variants.start=clinvar.start 
  AND variants."end"=clinvar."end" 
  AND variants.referenceallele=clinvar.referenceallele 
  AND variants.alternatealleles=clinvar.alternatealleles 
WHERE clinvar.attributes['CLNSIG']='Likely_pathogenic'

  7. Pilih Jalan kan untuk mulai menjalankan kueri.