Terjemahan disediakan oleh mesin penerjemah. Jika konten terjemahan yang diberikan bertentangan dengan versi bahasa Inggris aslinya, utamakan versi bahasa Inggris.
HealthOmics operasi alur kerja
Untuk membuat alur kerja pribadi, Anda perlu:
-
Workflow definition file:File definisi alur kerja yang ditulis dalamWDL,Nextflow, atauCWL. Definisi alur kerja menentukan input dan output untuk proses yang menggunakan alur kerja. Ini juga mencakup spesifikasi untuk menjalankan dan menjalankan tugas untuk alur kerja Anda, termasuk persyaratan komputasi dan memori. File definisi alur kerja harus dalam
.zipformat. Untuk informasi selengkapnya, lihat File definisi alur kerja di HealthOmics.-
Anda dapat menggunakan Kiro CLI untuk membangun dan memvalidasi file definisi alur kerja Anda di WDL, Nextflow, dan CWL. Untuk informasi lebih lanjut, lihat Contoh petunjuk untuk Kiro CLI dan tutorial AI generatif HealthOmics Agentic tentang.
GitHub
-
-
(Optional) Parameter template file:File template parameter yang ditulis dalamJSON. Buat file untuk menentukan parameter run, atau HealthOmics menghasilkan template parameter untuk Anda. Untuk informasi selengkapnya, lihat File template parameter untuk al HealthOmics ur kerja.
-
Amazon ECR container images:Buat repositori Amazon ECR pribadi untuk setiap wadah yang digunakan dalam alur kerja. Buat gambar kontainer untuk alur kerja dan simpan di repositori pribadi, atau sinkronkan konten registri hulu yang didukung dengan repositori pribadi ECR Anda.
-
(Optional) Sentieon licenses:Minta Sentieon lisensi untuk menggunakan Sentieon perangkat lunak dalam alur kerja pribadi.
Untuk file definisi alur kerja yang lebih besar dari 4 MiB (zip), pilih salah satu opsi berikut selama pembuatan alur kerja:
-
Unggah ke folder Amazon Simple Storage Service dan tentukan lokasinya.
-
Unggah ke repositori eksternal (ukuran maks 1 GiB) dan tentukan detail repositori.
Setelah membuat alur kerja, Anda dapat memperbarui informasi alur kerja berikut dengan UpdateWorkflow operasi:
-
Nama
-
Deskripsi
-
Jenis penyimpanan default
-
Kapasitas penyimpanan default (dengan ID alur kerja)
-
README.md berkas
Untuk mengubah informasi lain dalam alur kerja, buat alur kerja atau versi alur kerja baru.
Gunakan versi alur kerja untuk mengatur dan menyusun alur kerja Anda. Versi juga membantu Anda mengelola pengenalan pembaruan alur kerja berulang. Untuk informasi selengkapnya tentang versi, lihatBuat versi alur kerja.
catatan
Setelah Anda membuat alur kerja WDL atau Nextflow DSL2, gunakan GetWorkflow untuk memeriksa statusMessage bidang untuk setiap temuan lint. Untuk informasi selengkapnya, lihat Pengaruh alur kerja di HealthOmics.
Topik
