Terjemahan disediakan oleh mesin penerjemah. Jika konten terjemahan yang diberikan bertentangan dengan versi bahasa Inggris aslinya, utamakan versi bahasa Inggris.

Mulai lari di HealthOmics

Saat memulai proses, Anda menentukan sumber daya yang HealthOmics dialokasikan untuk menjalankan. Pengaturan berikut tersedia:

Memulai lari menggunakan konsol

Wizard Start run memiliki empat langkah:

Untuk memulai lari

Langkah 1: Tentukan detail run

Berikan pengaturan berikut:

Pilih Berikutnya untuk melanjutkan ke Langkah 2.

Langkah 2: Tambahkan nilai parameter

Pada halaman ini, masukkan nilai parameter untuk menjalankan, atau pilih nilai yang telah ditentukan yang disediakan oleh penulis alur kerja.

Saat Anda memilih alur kerja Nextflow untuk memulai proses, bagian tambahan untuk pengaturan mesin Nextflow dan profil Nextflow muncul di bagian atas langkah ini. Untuk detail lengkap tentang pengaturan ini (nilai yang didukung, perilaku, dan prioritas profil), lihat. Tentukan pengaturan mesin Nextflow

Jalankan nilai parameter

Berikan parameter run. Anda dapat mengunggah file JSON atau memasukkan nilai secara manual. File JSON berisi nama yang tepat dari setiap parameter input dan nilai untuk parameter.

HealthOmics mendukung jenis JSON berikut untuk nilai parameter.

Untuk informasi selengkapnya, lihat HealthOmics jalankan masukan dan Mengelola ukuran parameter run.

Pilih Berikutnya untuk melanjutkan ke Langkah 3.

Langkah 3: Tambahkan grup run, jalankan cache, dan tag

Semua pengaturan di halaman ini adalah opsional.

Pilih Berikutnya untuk melanjutkan ke Langkah 4.

Langkah 4: Tinjau dan mulai jalankan

Tinjau konfigurasi run dari semua langkah sebelumnya. Untuk mengubah setelan, pilih Edit di samping langkah yang relevan. Saat Anda siap, pilih Mulai jalankan.

Memulai menjalankan menggunakan API

Gunakan operasi StartRun API untuk membuat dan memulai proses.

Mulai lari dasar

Contoh berikut menentukan ID alur kerja, peran layanan, dan URI output. Contoh ini menyetel mode retensi keREMOVE. Untuk informasi selengkapnya tentang mode retensi, lihatJalankan mode retensi untuk HealthOmics berjalan.

aws omics start-run \
     --workflow-id workflow id \
     --role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/OmicsRole \
     --output-uri s3://amzn-s3-demo-bucket/output \
     --name "my-workflow-run" \
     --retention-mode REMOVE

Sebagai tanggapan, Anda mendapatkan output berikut. uuidIni unik untuk dijalankan, dan bersama dengan outputUri dapat digunakan untuk melacak di mana data output ditulis.

{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:run/1234567",
    "id": "123456789",
    "uuid": "96c57683-74bf-9d6d-ae7e-f09b097db14a",
    "outputUri": "s3://bucket/folder/8405154/96c57683-74bf-9d6d-ae7e-f09b097db14a",
    "status": "PENDING"
}

Opsi API umum

Sertakan file parameter

Jika templat parameter untuk alur kerja mendeklarasikan parameter apa pun yang diperlukan, Anda dapat memberikan file JSON lokal dari input saat memulai alur kerja. File JSON berisi nama yang tepat dari setiap parameter input dan nilai untuk parameter.

Referensikan file JSON masukan di AWS CLI dengan --parameters file://<input_file.json> menambahkan start-run permintaan Anda. Untuk informasi selengkapnya, lihat tipe JSON yang didukung untuk nilai parameter di Langkah 2: Tambahkan nilai parameter danHealthOmics jalankan masukan.

Berikan ID permintaan

Anda dapat memberikan yang unik requestId untuk setiap lari. ID permintaan adalah token idempotensi yang HealthOmics digunakan untuk menangkap permintaan duplikat. Itu tidak akan memulai proses jika ID permintaan adalah duplikat dari proses sebelumnya.

Jika Anda menggunakan infrastruktur (seperti fungsi Lambda atau fungsi langkah) untuk mengatur proses mulai, praktik terbaik adalah memberikan ID permintaan unik untuk setiap permintaan. StartRun Ini memastikan bahwa jika infrastruktur Anda secara tidak sengaja memulai proses yang sudah dimulai, tidak HealthOmics akan memulai proses duplikat.

aws omics start-run \
     --workflow-id workflow id \
     ... \
     --request-id "unique-request-id-12345"

Pilih versi alur kerja

Anda dapat menentukan versi alur kerja untuk dijalankan. Jika Anda tidak menentukan versi, HealthOmics mulai proses dengan versi alur kerja default.

aws omics start-run \
     --workflow-id workflow id \
     ... \
     --workflow-version-name '1.2.1'

Ganti jenis penyimpanan run

Anda dapat mengganti jenis penyimpanan run default yang disetel dalam alur kerja.

aws omics start-run \
     --workflow-id workflow id \
     ... \
     --storage-type STATIC \
     --storage-capacity 2400

Mengaktifkan penyimpanan sementara

Untuk mengaktifkan penyimpanan sementara untuk menjalankan, setel --scratch-storage-mode ke LOCAL saat Anda memulai proses. HealthOmics memasang volume penyimpanan lokal khusus di /tmp untuk setiap instance tugas alur kerja.

aws omics start-run \
    --workflow-id workflow-id \
    --role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/OmicsServiceRole \
    --output-uri s3://amzn-s3-demo-bucket/output-folder/ \
    --parameters file:///path/to/parameters.json \
    --scratch-storage-mode LOCAL

Untuk menonaktifkan penyimpanan sementara untuk proses tertentu (misalnya, untuk mengisolasi kegagalan), setel ke. --scratch-storage-mode SHARED

Untuk informasi selengkapnya, lihat Penyimpanan singkat untuk HealthOmics tugas alur kerja.

Untuk pengaturan mesin Nextflow (versi mesin, profil, parser sintaks), lihat. Tentukan pengaturan mesin Nextflow

Tentukan pengaturan mesin Nextflow

Untuk alur kerja Nextflow, Anda dapat meneruskan engineSettings peta dalam permintaan StartRun API untuk mengontrol perilaku mesin tanpa mengubah kode sumber alur kerja Anda. Di konsol, pengaturan ini tersedia di Langkah 2: Tambahkan nilai parameter sebagai bagian terpisah yang muncul untuk alur kerja Alur Berikutnya.

Kunci yang didukung

Penyematan versi mesin Nextflow

Anda dapat memilih versi mesin Nextflow tertentu untuk menjalankan alur kerja Anda, memungkinkan migrasi terkontrol di seluruh versi engine. Override versi run-time memastikan bahwa meskipun definisi alur kerja menentukan versi melalui konfigurasi atau profilnya, versi engine yang Anda tentukan pada waktu proses akan diutamakan. Ini memungkinkan Anda untuk menguji alur kerja yang sama di beberapa versi mesin tanpa memodifikasi kode sumber alur kerja.

Versi yang didukung: 22.04.0 (atau 22.04), 23.10.0 (atau 23.10), 24.10.8 (atau 24.10), 25.10.0 (atau 25.10), dan 26.04.0 (atau 26.04). Format versi lengkap dan pendek diterima.

API dan CLI

Gunakan engineVersion kunci di--engine-settings:

aws omics start-run \
    --workflow-id workflow id \
    --role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/OmicsRole \
    --output-uri s3://amzn-s3-demo-bucket/output \
    --engine-settings '{"engineVersion":"26.04"}'

Konsol

DiLangkah 2: Tambahkan nilai parameter, pilih versi dari dropdown versi Engine di bagian pengaturan mesin Nextflow.

Profil Nextflow

Profil Nextflow diberi nama set pengaturan eksekusi yang ditentukan dalam alur kerja Anda. nextflow.config Anda dapat mengaktifkan satu atau beberapa profil pada waktu berjalan untuk menerapkan pengaturan khusus lingkungan (misalnya, pengembangan, pengujian, atau produksi) tanpa memodifikasi kode sumber alur kerja.

API dan CLI

Gunakan profile kunci di--engine-settings. Tentukan beberapa profil sebagai daftar yang dipisahkan koma:

aws omics start-run \
    --workflow-id workflow id \
    --role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/OmicsRole \
    --output-uri s3://amzn-s3-demo-bucket/output \
    --engine-settings '{"profile":"test,docker"}'

Konsol

DiLangkah 2: Tambahkan nilai parameter, bagian profil Nextflow muncul di bawah pengaturan mesin. Pilih satu atau beberapa profil dari menu tarik-turun Pilih profil. Konsol menampilkan urutan aplikasi profil. Untuk menghapus profil, pilih × di sebelah namanya.

Pesanan aplikasi profil

Saat Anda menentukan beberapa profil, urutan aplikasi bergantung pada versi mesin Nextflow dan pengurai sintaks:

Keutamaan konfigurasi

Nextflow menyelesaikan parameter dalam urutan berikut, dengan lapisan selanjutnya mengesampingkan yang sebelumnya:

Jaringan VPC

Anda dapat menjalankan alur kerja di Virtual Private Cloud (VPC), yang memungkinkan akses ke internet publik, lalu lintas lintas wilayah, dan komunikasi dengan sumber daya di VPC Anda.

Untuk mengaktifkan jaringan VPC:

Lihat informasi yang lebih lengkap di Menghubungkan HealthOmics alur kerja ke VPC.