Terjemahan disediakan oleh mesin penerjemah. Jika konten terjemahan yang diberikan bertentangan dengan versi bahasa Inggris aslinya, utamakan versi bahasa Inggris.
Memvalidasi definisi alur kerja secara lokal
Anda dapat memvalidasi definisi alur kerja dengan perkakas bahasa alur kerja sendiri sebelum Anda memanggil CreateWorkflow atau CreateWorkflowVersion. Ini menangkap masalah seperti kesalahan sintaks dan referensi yang tidak diselesaikan.
Validasi lokal memeriksa definisi Anda terhadap bahasa alur kerja, bukan terhadap HealthOmics persyaratan. Untuk para penunjuk yang HealthOmics berjalan selama pembuatan alur kerja, lihat Pengaruh alur kerja di HealthOmics.
Memasang validator
Validator adalah perangkat lunak pihak ketiga yang AWS tidak mempertahankan.
-
WDL — Instal miniwdl
, pelari lokal dan toolkit pengembang untuk WDL. -
Nextflow — Instal Alur berikutnya
v25.10 atau yang lebih baru. Versi sebelumnya juga tidak memiliki nextflow lintmemerintahkan atau melaporkan tidak ada peringatan. -
CWL — Instal cwltool
, implementasi referensi standar CWL.
catatan
Lari Anda dapat menggunakan versi Nextflow yang lebih lama daripada yang Anda gunakan. Yang nextflow lint perintah mengurai dengan sintaks ketat, yang mungkin tidak digunakan oleh run Anda. Jadi sebelum Anda menulis ulang definisi untuk memenuhi temuan sintaks, periksa versi sintaks mana yang Anda jalankan, dijelaskan dalam Tentukan versi sintaks Nextflow. Untuk bagaimana HealthOmics memilih versi Nextflow untuk dijalankan, lihat Versi Nextflow.
Menjalankan validator
Jalankan validator terhadap file definisi utama, atau untuk Nextflow, terhadap direktori yang berisi file tersebut.
Untuk bundel multi-file, letakkan file di disk dengan jalur relatif yang sama dengan yang mereka miliki di arsip ZIP yang Anda unggah HealthOmics. Referensi diselesaikan relatif terhadap file yang mendeklarasikannya, bukan ke direktori tempat Anda menjalankan perintah. Untuk persyaratan file utama, lihat HealthOmics persyaratan definisi alur kerja.
Lulus nextflow lint direktori bukan file utama, sehingga juga memeriksa nextflow.config, yang tidak dijangkau dari file utama.
catatan
Ketika Anda lulus -format, nextflow lint menulis ulang file definisi yang tidak memiliki kesalahan. Memformat dengan v25.10 atau yang lebih baru dapat menghasilkan sintaks yang ditolak oleh versi Nextflow sebelumnya, jadi jangan memformat kecuali proses Anda menggunakan versi yang Anda format.
Membaca hasil validasi
miniwdl dan nextflow lint keluar dengan status bukan nol ketika mereka melaporkan kesalahan, tetapi dengan status nol ketika mereka hanya melaporkan peringatan, jadi baca output daripada mengandalkan status keluar.
-
WDL -- miniwdl melaporkan kesalahan pertama yang tidak dapat dipulihkan, atau garis besar setiap dokumen yang dimuat dengan temuan lint apa pun secara sebaris.
-
Nextflow — Nextflow melaporkan setiap kesalahan dan peringatan dengan file, baris, dan kolomnya, dan mengutip baris yang menyinggung. Ini diakhiri dengan penghitungan file yang memiliki kesalahan dan penghitungan file yang tidak memiliki kesalahan, jadi file dengan peringatan tetapi tidak ada kesalahan dihitung tidak memiliki. Untuk mengubah format laporan, lulus
-o, misalnya-o json. -
CWL -- cwltool melaporkan bahwa file tersebut adalah CWL yang valid, atau kegagalan validasi dengan file, baris, dan kolom dari setiap masalah.
catatan
Versi Nextflow berbeda dalam seberapa banyak yang mereka laporkan. Nextflow v26.04 menghitung peringatan dalam ringkasannya dan memasukkannya ke -o json keluaran. Nextflow v25.10 mencetak peringatan hanya dalam output default, dan tidak melaporkan tidak ada dalam ringkasan atau -o json keluaran.
