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HealthOmics operazioni del flusso di lavoro - AWS HealthOmics

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HealthOmics operazioni del flusso di lavoro

Per creare un flusso di lavoro privato, hai bisogno di:

  • Workflow definition file:Un file di definizione del flusso di lavoro scritto in WDLNextflow,, oCWL. La definizione del flusso di lavoro specifica gli input e gli output per le esecuzioni che utilizzano il flusso di lavoro. Include anche le specifiche per le esecuzioni e le attività di esecuzione del flusso di lavoro, inclusi i requisiti di calcolo e memoria. Il file di definizione del flusso di lavoro deve essere in .zip formato. Per ulteriori informazioni, vedere File di definizione del flusso di lavoro in HealthOmics.

  • (Optional) Parameter template file:Un file modello di parametro scritto in. JSON Crea il file per definire i parametri di esecuzione o HealthOmics genera automaticamente il modello di parametro. Per ulteriori informazioni, consultate File modello di parametri per i HealthOmics flussi di lavoro.

  • Amazon ECR container images:Crea repository Amazon ECR privati per ogni contenitore utilizzato nel flusso di lavoro. Crea immagini di contenitori per il flusso di lavoro e archiviale in un repository privato oppure sincronizza i contenuti di un registro upstream supportato con il tuo repository privato ECR.

  • (Optional) Sentieon licenses:Richiedi una Sentieon licenza per utilizzare il software in flussi di lavoro privati. Sentieon

Per i file di definizione del flusso di lavoro di dimensioni superiori a 4 MiB (compressi), scegli una di queste opzioni durante la creazione del flusso di lavoro:

  • Carica in una cartella Amazon Simple Storage Service e specifica la posizione.

  • Carica su un repository esterno (dimensione massima 1 GiB) e specifica i dettagli del repository.

Dopo aver creato un flusso di lavoro, puoi aggiornare le seguenti informazioni sul flusso di lavoro con l'operazione: UpdateWorkflow

  • Nome

  • Description

  • Tipo di archiviazione predefinito

  • Capacità di archiviazione predefinita (con ID del flusso di lavoro)

  • README.md file

Per modificare altre informazioni nel flusso di lavoro, crea un nuovo flusso di lavoro o una nuova versione del flusso di lavoro.

Utilizza il controllo delle versioni del flusso di lavoro per organizzare e strutturare i flussi di lavoro. Le versioni aiutano anche a gestire l'introduzione di aggiornamenti iterativi del flusso di lavoro. Per ulteriori informazioni sulle versioni, consulta Creare una versione del flusso di lavoro.

Nota

Dopo aver creato un flusso di lavoro WDL o Nextflow DSL2, usalo GetWorkflow per controllare il statusMessage campo per rilevare eventuali residui. Per ulteriori informazioni, consulta Il flusso di lavoro si interrompe HealthOmics.

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