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Inizia una corsa in HealthOmics

Quando si avvia un'esecuzione, si specificano le risorse da HealthOmics allocare per l'esecuzione. Sono disponibili le impostazioni seguenti:

Avvio di un'esecuzione utilizzando la console

La procedura guidata Start run prevede quattro passaggi:

Per iniziare una corsa

Passaggio 1: Specificare i dettagli della corsa

Fornisci le seguenti impostazioni:

Scegli Avanti per procedere al passaggio 2.

Fase 2: Aggiungere i valori dei parametri

In questa pagina, inserisci i valori dei parametri per l'esecuzione o seleziona i valori predefiniti forniti dall'autore del flusso di lavoro.

Quando selezioni un flusso di lavoro Nextflow per avviare l'esecuzione, nella parte superiore di questo passaggio vengono visualizzate sezioni aggiuntive per le impostazioni del motore Nextflow e i profili Nextflow. Per i dettagli completi su queste impostazioni (valori supportati, comportamento e precedenza dei profili), consulta. Specificare le impostazioni del motore Nextflow

Esegui i valori dei parametri

Fornisci i parametri di esecuzione. Puoi caricare un file JSON o inserire manualmente i valori. Il file JSON contiene il nome esatto di ogni parametro di input e un valore per il parametro.

HealthOmics supporta i seguenti tipi JSON per i valori dei parametri.

Per ulteriori informazioni, consultare HealthOmics input di esecuzione e Gestione delle dimensioni dei parametri di esecuzione.

Scegli Avanti per procedere al passaggio 3.

Passaggio 3: aggiungi run group, run cache e tag

Tutte le impostazioni in questa pagina sono opzionali.

Scegli Avanti per procedere al passaggio 4.

Passaggio 4: Rivedi e avvia l'esecuzione

Controlla la configurazione di esecuzione di tutti i passaggi precedenti. Per modificare un'impostazione, scegli Modifica accanto al passaggio pertinente. Quando sei pronto, scegli Avvia esecuzione.

Avvio di un'esecuzione utilizzando l'API

Utilizza l'operazione StartRun API per creare e avviare un'esecuzione.

Inizia una corsa di base

L'esempio seguente specifica l'ID del flusso di lavoro, il ruolo di servizio e l'URI di output. Questo esempio imposta la modalità di conservazione suREMOVE. Per ulteriori informazioni sulla modalità di conservazione, vedereEsegui la modalità di conservazione per le HealthOmics esecuzioni.

aws omics start-run \
     --workflow-id workflow id \
     --role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/OmicsRole \
     --output-uri s3://amzn-s3-demo-bucket/output \
     --name "my-workflow-run" \
     --retention-mode REMOVE

In risposta, si ottiene il seguente risultato. uuidÈ unico per l'esecuzione e outputUri può essere utilizzato insieme per tenere traccia di dove vengono scritti i dati di output.

{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:run/1234567",
    "id": "123456789",
    "uuid": "96c57683-74bf-9d6d-ae7e-f09b097db14a",
    "outputUri": "s3://bucket/folder/8405154/96c57683-74bf-9d6d-ae7e-f09b097db14a",
    "status": "PENDING"
}

Opzioni API comuni

Includi un file di parametri

Se il modello di parametri per un flusso di lavoro dichiara i parametri richiesti, è possibile fornire un file JSON locale degli input quando si avvia l'esecuzione di un flusso di lavoro. Il file JSON contiene il nome esatto di ogni parametro di input e un valore per il parametro.

Fai riferimento al file JSON di input in AWS CLI aggiungendolo --parameters file://<input_file.json> alla tua start-run richiesta. Per ulteriori informazioni, consulta i tipi JSON supportati per i valori dei parametri in Fase 2: Aggiungere i valori dei parametri e. HealthOmics input di esecuzione

Fornisci un ID della richiesta

Puoi fornire un nome univoco requestId per ogni corsa. L'ID della richiesta è un token di idempotenza che viene utilizzato HealthOmics per catturare richieste duplicate. Non avvierà un'esecuzione se l'ID della richiesta è un duplicato di un'esecuzione precedente.

Se utilizzi l'infrastruttura (come le funzioni Lambda o le funzioni step) per orchestrare gli avvii di esecuzione, la migliore pratica consiste nel fornire un ID di richiesta univoco per ogni richiesta. StartRun Ciò garantisce che se l'infrastruttura avvia inavvertitamente un'esecuzione già iniziata, HealthOmics non avvii l'esecuzione duplicata.

aws omics start-run \
     --workflow-id workflow id \
     ... \
     --request-id "unique-request-id-12345"

Scegli una versione del flusso di lavoro

È possibile specificare una versione del flusso di lavoro per l'esecuzione. Se non si specifica una versione, HealthOmics avvia l'esecuzione con la versione del flusso di lavoro predefinita.

aws omics start-run \
     --workflow-id workflow id \
     ... \
     --workflow-version-name '1.2.1'

Sostituisci il tipo di archiviazione di esecuzione

È possibile sovrascrivere il tipo di run storage predefinito impostato nel flusso di lavoro.

aws omics start-run \
     --workflow-id workflow id \
     ... \
     --storage-type STATIC \
     --storage-capacity 2400

Abilitazione dello storage temporaneo

Per abilitare lo storage temporaneo per un'esecuzione, imposta --scratch-storage-mode su quando inizi l'esecuzione. LOCAL HealthOmics monta un volume di archiviazione locale dedicato /tmp per ogni istanza di attività del flusso di lavoro.

aws omics start-run \
    --workflow-id workflow-id \
    --role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/OmicsServiceRole \
    --output-uri s3://amzn-s3-demo-bucket/output-folder/ \
    --parameters file:///path/to/parameters.json \
    --scratch-storage-mode LOCAL

Per disabilitare l'archiviazione temporanea per un'esecuzione specifica (ad esempio, per isolare un errore), imposta su. --scratch-storage-mode SHARED

Per ulteriori informazioni, consulta Archiviazione temporanea per le attività del flusso di lavoro HealthOmics.

Per le impostazioni del motore Nextflow (versione del motore, profili, analizzatore di sintassi), vedi. Specificare le impostazioni del motore Nextflow

Specificare le impostazioni del motore Nextflow

Per i flussi di lavoro Nextflow, puoi inserire una engineSettings mappa nella richiesta StartRun API per controllare il comportamento del motore senza modificare il codice sorgente del flusso di lavoro. Sulla console, queste impostazioni sono disponibili nel Passaggio 2: Aggiungi i valori dei parametri come sezione separata che viene visualizzata per i flussi di lavoro Nextflow.

Chiavi supportate

Blocco della versione del motore Nextflow

Puoi selezionare una versione specifica del motore Nextflow per eseguire il flusso di lavoro, abilitando la migrazione controllata tra le versioni del motore. L'override della versione in fase di esecuzione assicura che, anche quando una definizione del flusso di lavoro specifica una versione tramite la relativa configurazione o profilo, la versione del motore specificata in fase di esecuzione abbia la precedenza. Ciò consente di testare lo stesso flusso di lavoro su più versioni del motore senza modificare il codice sorgente del flusso di lavoro.

Versioni supportate: 22.04.0 (o 22.04), 23.10.0 (o 23.10), 24.10.8 (o 24.10), 25.10.0 (o 25.10) e 26.04.0 (o 26.04). Sono accettati sia i formati di versione completa che quelli brevi.

API e CLI

Usa la engineVersion chiave in--engine-settings:

aws omics start-run \
    --workflow-id workflow id \
    --role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/OmicsRole \
    --output-uri s3://amzn-s3-demo-bucket/output \
    --engine-settings '{"engineVersion":"26.04"}'

Console

InFase 2: Aggiungere i valori dei parametri, seleziona la versione dal menu a discesa Versione del motore nella sezione delle impostazioni del motore Nextflow.

Profili Nextflow

I profili Nextflow sono set denominati di impostazioni di esecuzione definiti nel flusso di lavoro. nextflow.config Puoi attivare uno o più profili in fase di esecuzione per applicare impostazioni specifiche dell'ambiente (ad esempio sviluppo, test o produzione) senza modificare il codice sorgente del flusso di lavoro.

API e CLI

Usa la profile chiave in--engine-settings. Specificate più profili come elenco separato da virgole:

aws omics start-run \
    --workflow-id workflow id \
    --role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/OmicsRole \
    --output-uri s3://amzn-s3-demo-bucket/output \
    --engine-settings '{"profile":"test,docker"}'

Console

InFase 2: Aggiungere i valori dei parametri, la sezione dei profili Nextflow viene visualizzata sotto le impostazioni del motore. Seleziona uno o più profili dal menu a discesa Seleziona profili. La console mostra l'ordine delle applicazioni del profilo. Per rimuovere un profilo, scegli la × accanto al suo nome.

Ordine di applicazione del profilo

Quando si specificano più profili, l'ordine delle applicazioni dipende dalla versione del motore Nextflow e dal parser di sintassi:

Precedenza della configurazione

Nextflow risolve i parametri nel seguente ordine, con i livelli successivi che sostituiscono quelli precedenti:

Rete VPC

Puoi eseguire flussi di lavoro nel tuo Virtual Private Cloud (VPC), che consente l'accesso a Internet pubblico, al traffico interregionale e la comunicazione con le risorse del tuo VPC.

Per abilitare la rete VPC:

Per ulteriori informazioni, consulta Connessione HealthOmics dei flussi di lavoro a un VPC.