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Inizia un run in HealthOmics

Quando si avvia un'esecuzione, si specificano le risorse HealthOmics allocate per l'esecuzione. Sono disponibili le impostazioni seguenti:

Avvio di una corsa utilizzando la console

La procedura guidata di avvio dell'esecuzione prevede quattro passaggi:

Per iniziare una corsa

Fase 1: Specifica i dettagli della corsa

Fornisci le seguenti impostazioni:

Scegli Avanti per procedere alla Fase 2.

Fase 2: Aggiungere i valori dei parametri

In questa pagina, inserisci i valori dei parametri per l'esecuzione o seleziona i valori predefiniti forniti dall'autore del flusso di lavoro.

Quando si seleziona un flusso di lavoro Nextflow per avviare l'esecuzione, nella parte superiore di questo passaggio vengono visualizzate sezioni aggiuntive per le impostazioni del motore Nextflow e i profili Nextflow. Per i dettagli completi su queste impostazioni (valori supportati, comportamento e precedenza dei profili), consulta. Specifica le impostazioni del motore Nextflow

Valori dei parametri Esegui

Fornisci i parametri di esecuzione. Puoi caricare un file JSON o inserire manualmente i valori. Il file JSON contiene il nome esatto di ogni parametro di input e un valore per il parametro.

HealthOmics supporta i seguenti tipi JSON per i valori dei parametri.

Per ulteriori informazioni, consultare HealthOmics input di esecuzione e Gestione delle dimensioni dei parametri di esecuzione.

Scegliete Avanti per procedere alla Fase 3.

Passaggio 3: aggiungere il gruppo di esecuzione, la cache di esecuzione e i tag

Tutte le impostazioni in questa pagina sono opzionali.

Scegli Avanti per procedere al passaggio 4.

Fase 4: Rivedi e avvia la corsa

Rivedi la configurazione dell'esecuzione di tutti i passaggi precedenti. Per modificare un'impostazione, scegli Modifica accanto al passaggio pertinente. Quando sei pronto, scegli Avvia corsa.

Avvio di una corsa utilizzando l'API

Usa l'operazione StartRun API per creare e avviare un'esecuzione.

Inizia una corsa di base

L'esempio seguente specifica l'ID del flusso di lavoro, il ruolo del servizio e l'URI di output. Questo esempio imposta la modalità di conservazione suREMOVE. Per ulteriori informazioni sulla modalità di conservazione, vedereEsegui la modalità di conservazione per le HealthOmics esecuzioni.

aws omics start-run \
     --workflow-id workflow id \
     --role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/OmicsRole \
     --output-uri s3://amzn-s3-demo-bucket/output \
     --name "my-workflow-run" \
     --retention-mode REMOVE

In risposta, si ottiene il seguente risultato. uuidÈ unico per la corsa e outputUri può essere utilizzato anche per tenere traccia della posizione in cui vengono scritti i dati di output.

{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:run/1234567",
    "id": "123456789",
    "uuid": "96c57683-74bf-9d6d-ae7e-f09b097db14a",
    "outputUri": "s3://bucket/folder/8405154/96c57683-74bf-9d6d-ae7e-f09b097db14a",
    "status": "PENDING"
}

Opzioni API comuni

Includi un file di parametri

Se il modello di parametro per un flusso di lavoro dichiara i parametri richiesti, puoi fornire un file JSON locale degli input quando avvii l'esecuzione di un flusso di lavoro. Il file JSON contiene il nome esatto di ogni parametro di input e un valore per il parametro.

Fai riferimento al file JSON di input AWS CLI aggiungendolo --parameters file://<input_file.json> alla tua start-run richiesta. Per ulteriori informazioni, consulta i tipi JSON supportati per i valori dei parametri in Fase 2: Aggiungere i valori dei parametri e. HealthOmics input di esecuzione

Fornisci un ID di richiesta

Puoi fornire un numero univoco requestId per ogni corsa. L'ID della richiesta è un token di idempotenza HealthOmics utilizzato per rilevare richieste duplicate. Non avvierà un'esecuzione se l'ID della richiesta è un duplicato di un'esecuzione precedente.

Se utilizzi un'infrastruttura (come le funzioni Lambda o le funzioni step) per orchestrare gli avvii delle esecuzioni, la procedura migliore è fornire un ID di richiesta univoco per ogni richiesta. StartRun Ciò garantisce che se l'infrastruttura avvia inavvertitamente un'esecuzione già avviata, HealthOmics non avvii l'esecuzione duplicata.

aws omics start-run \
     --workflow-id workflow id \
     ... \
     --request-id "unique-request-id-12345"

Scegli una versione del flusso di lavoro

È possibile specificare una versione del flusso di lavoro per l'esecuzione. Se non si specifica una versione, HealthOmics avvia l'esecuzione con la versione predefinita del flusso di lavoro.

aws omics start-run \
     --workflow-id workflow id \
     ... \
     --workflow-version-name '1.2.1'

Sostituisci il tipo di archiviazione in esecuzione

È possibile sovrascrivere il tipo di archiviazione di esecuzione predefinito impostato nel flusso di lavoro.

aws omics start-run \
     --workflow-id workflow id \
     ... \
     --storage-type STATIC \
     --storage-capacity 2400

Abilitazione dello storage temporaneo

Per abilitare l'archiviazione temporanea per una corsa, imposta su LOCAL quando inizi --scratch-storage-mode la corsa. HealthOmics monta un volume di archiviazione locale dedicato /tmp per ogni istanza dell'attività del flusso di lavoro.

aws omics start-run \
    --workflow-id workflow-id \
    --role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/OmicsServiceRole \
    --output-uri s3://amzn-s3-demo-bucket/output-folder/ \
    --parameters file:///path/to/parameters.json \
    --scratch-storage-mode LOCAL

Per disabilitare l'archiviazione temporanea per un'esecuzione specifica (ad esempio, per isolare un errore), imposta su. --scratch-storage-mode SHARED

Per ulteriori informazioni, consulta Archiviazione temporanea per le attività del flusso di lavoro HealthOmics.

Per le impostazioni del motore Nextflow (versione del motore, profili, parser di sintassi), vedi. Specifica le impostazioni del motore Nextflow

Specifica le impostazioni del motore Nextflow

Per i flussi di lavoro Nextflow, puoi passare una engineSettings mappa nella richiesta StartRun API per controllare il comportamento del motore senza modificare il codice sorgente del flusso di lavoro. Sulla console, queste impostazioni sono disponibili nella Fase 2: Aggiungere i valori dei parametri in una sezione separata che appare per i flussi di lavoro Nextflow.

Chiavi supportate

Blocco della versione del motore Nextflow

Puoi selezionare una versione specifica del motore Nextflow per eseguire il flusso di lavoro, consentendo la migrazione controllata tra le versioni del motore. L'override della versione in fase di esecuzione garantisce che anche quando una definizione di flusso di lavoro specifica una versione tramite la relativa configurazione o profilo, la versione del motore specificata in fase di esecuzione abbia la precedenza. Ciò consente di testare lo stesso flusso di lavoro su più versioni del motore senza modificare il codice sorgente del flusso di lavoro.

Versioni supportate: 22.04.0 (o 22.04), 23.10.0 (o 23.10), 24.10.8 (o 24.10), 25.10.0 (o 25.10) e 26.04.0 (o 26.04). Sono accettati sia i formati di versione completa che quella breve.

API e CLI

Usa la engineVersion chiave in--engine-settings:

aws omics start-run \
    --workflow-id workflow id \
    --role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/OmicsRole \
    --output-uri s3://amzn-s3-demo-bucket/output \
    --engine-settings '{"engineVersion":"26.04"}'

Console

InFase 2: Aggiungere i valori dei parametri, seleziona la versione dal menu a discesa Versione del motore nella sezione delle impostazioni del motore Nextflow.

Profili Nextflow

I profili Nextflow sono denominati set di impostazioni di esecuzione definiti nel flusso di lavoro. nextflow.config È possibile attivare uno o più profili in fase di esecuzione per applicare impostazioni specifiche dell'ambiente (ad esempio sviluppo, test o produzione) senza modificare il codice sorgente del flusso di lavoro.

API e CLI

Usa la profile chiave. --engine-settings Specifica più profili come elenco separato da virgole:

aws omics start-run \
    --workflow-id workflow id \
    --role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/OmicsRole \
    --output-uri s3://amzn-s3-demo-bucket/output \
    --engine-settings '{"profile":"test,docker"}'

Console

InFase 2: Aggiungere i valori dei parametri, la sezione dei profili Nextflow appare sotto le impostazioni del motore. Seleziona uno o più profili dal menu a discesa Seleziona profili. La console visualizza l'ordine di applicazione del profilo. Per rimuovere un profilo, scegli la × accanto al suo nome.

Ordine di richiesta del profilo

Quando si specificano più profili, l'ordine dell'applicazione dipende dalla versione del motore Nextflow e dal parser di sintassi:

Precedenza di configurazione

Nextflow risolve i parametri nel seguente ordine, con i livelli successivi che sovrascrivono quelli precedenti:

Rete VPC

Puoi eseguire flussi di lavoro nel tuo Virtual Private Cloud (VPC), che consente l'accesso alla rete Internet pubblica, il traffico interregionale e la comunicazione con le risorse del tuo VPC.

Per abilitare la rete VPC:

Per ulteriori informazioni, consulta Connessione HealthOmics dei flussi di lavoro a un VPC.