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Lingue di flusso di lavoro supportate per HealthOmics
HealthOmics I flussi di lavoro privati supportano le definizioni dei flussi di lavoro scritte in tre lingue di flusso di lavoro. Ogni lingua ha la propria sintassi, funzionalità e supporto di versione. HealthOmics
I motori del flusso di lavoro a colpo d'occhio
La tabella seguente riassume i linguaggi, le versioni e le caratteristiche principali del flusso di lavoro supportati. Nella tabella, DSL si riferisce alla versione linguistica specifica del dominio supportata da ciascun motore.
| Motore | Versioni supportate | Versioni DSL/Spec | Caratteristiche chiave |
|---|---|---|---|
| Nextflow | v22.04, v23.10, v24.10, v25.10, v26.04 | DSL 1 (solo v22.04), DSL 2 | Groovy-based linguaggio di flusso di dati con parallelismo basato sui canali. Ampiamente adottato in genomica attraverso la comunità nf-core. Supporta i plugin (nf-schema, nf-prov, nf-fgbio, nf-core-utils). |
| WDL | — | Specifiche linguistiche 1.0, 1.1, sviluppo | Task-oriented linguaggio con digitazione esplicita. input/output Due modalità del motore: WDL (rigorosa conformità alle specifiche) e WDL lenient (con trasmissione implicita dei caratteri). Cromwell-compatible |
| CWL | — | Specifiche linguistiche 1.0, 1.1, 1.2 | Standards-based, linguaggio YAML-defined del flusso di lavoro gestito dalla community di Common Workflow Language. Portabile su più piattaforme di esecuzione. |
Scelta della lingua del flusso di lavoro
Tutte e tre le lingue sono completamente supportate HealthOmics e possono accedere alle stesse funzionalità di elaborazione, archiviazione e rete. Le seguenti considerazioni potrebbero aiutarti a orientare la tua scelta:
-
Pipeline esistenti: se la tua organizzazione gestisce già le pipeline in una lingua, puoi utilizzarle senza riscriverle. HealthOmics HealthOmicssupporta tutte e tre le lingue con la stessa infrastruttura di elaborazione, archiviazione e rete sottostante.
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Caratteristiche del linguaggio: Nextflow utilizza un modello di flusso di Groovy-based dati con parallelismo basato sui canali e supporta i plugin. WDL utilizza la digitazione esplicita con una struttura orientata alle attività. input/output CWL utilizza un approccio YAML-based dichiarativo progettato per la portabilità multipiattaforma.
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Open-source ecosistema: ogni lingua ha una comunità open source attiva con pipeline e strumenti disponibili al pubblico. Per ulteriori informazioni, consulta le specifiche per WDL
, https://www.nextflow.io/ Nextflow o CWL. https://www.commonwl.org/
Dettagli della versione per lingua
Per il supporto dettagliato delle versioni, le funzionalità specifiche della lingua e le linee guida alla configurazione, consulta le seguenti pagine:
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Supporto della versione per i linguaggi HealthOmics di definizione del flusso di lavoro— Matrice completa delle versioni per tutte e tre le lingue, inclusa la modalità di HealthOmics rilevamento e selezione delle versioni.
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Specifiche di definizione del flusso di lavoro Nextflow— Sintassi DSL di Nextflow, direttive, plugin, profili, report di esecuzione e impostazioni del motore.
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Note di rilascio della versione Nextflow per HealthOmics— Note sulla versione per ogni versione di Nextflow supportata su. HealthOmics
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Specifiche di definizione del flusso di lavoro WDL— Supporto della versione WDL, coercizione dei tipi, modalità WDL indulgente e gestione delle strutture.
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Registro delle modifiche del motore WDL per HealthOmics— Registro delle modifiche delle nuove funzionalità, dei miglioramenti e delle obsolete del motore WDL attivo. HealthOmics
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Specifiche della definizione del flusso di lavoro CWL— Supporto della versione CWL, formati di input e requisiti Docker.
Ciclo di vita della versione del motore Nextflow
HealthOmics mantiene una cadenza regolare per supportare le nuove versioni del motore Nextflow. Nextflow in genere rilascia una versione stabile ogni sei mesi e HealthOmics aggiunge il supporto per queste versioni su base continuativa. Per la politica completa sul ciclo di vita delle versioni di Nextflow, comprese le tempistiche di obsolescenza e i prezzi di disponibilità estesa delle versioni, consulta la pagina seguente:
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Politica di conservazione delle versioni di Nextflow— Versioni supportate, per quanto tempo rimangono disponibili, fasi di obsolescenza, prezzi per la disponibilità estesa delle versioni, gestione dei plugin e linee guida per i test.
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