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Deadline Cloud で AutoDock Vina を使用して仮想スクリーニングを実行する - Deadline クラウド

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Deadline Cloud で AutoDock Vina を使用して仮想スクリーニングを実行する

virtual_screening_vina ジョブバンドルは AutoDock Vina を使用して、大きな複合ライブラリをタンパク質ターゲットに対してスクリーニングします。バンドルは複合ライブラリをチャンクに分割し、ワーカーのフリート間で並列にドッキングしてから、アフィニティをバインドして結果を集約してランク付けします。

パイプラインは 4 つのステップを実行します。

  1. PrepareReceptor — Open Babel を使用して、タンパク質 PDB を PDBQT 形式に変換します。

  2. SplitLibrary — SDF 複合ライブラリを N チャンクに分割します。

  3. DockCompounds — N 並列ドッキングタスクを実行します (チャンクごとに 1 つ）。各タスクはべき等であり、スポットプリエンプションに対して安全です。

  4. ScoreAndRank — すべてのチャンク結果をランク付けされた上位ヒットの CSV に集約します。

バンドルには、Linux x86_64 サービスマネージドフリート (スポット推奨）、 openbabelからの を使用する conda キュー環境conda-forge、AutoDock Vina が必要です。S3 チャネルに Deadline Cloud 用の AutoDock Vina conda パッケージを構築する conda レシピを構築するか、フリートホスト設定スクリプトを使用してバイナリをインストールして、Vina をインストールします。

CompoundLibrary=chembl (デフォルト) を設定してChEMBL から薬剤のような分子を自動的にダウンロードしてフィルタリングするか、独自の SDF ファイルを指定します。

job_bundles ディレクトリから、ジョブを送信します。

deadline bundle submit virtual_screening_vina \
  -p "ReceptorPdb=receptor.pdb" \
  -p "CompoundLibrary=chembl" \
  -p "MaxCompounds=100000" \
  -p "CompoundsPerChunk=100" \
  -p "CenterX=-10.7" \
  -p "CenterY=12.4" \
  -p "CenterZ=68.8"

AutoDock Vina conda パッケージの構築の詳細については、「」を参照してくださいDeadline Cloud 用の AutoDock Vina conda パッケージを構築する。