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HealthOmics で実行を開始する

実行を開始するときは、HealthOmics が実行に割り当てるリソースを指定します。次の設定を使用できます。

コンソールを使用した実行の開始

実行開始ウィザードには 4 つのステップがあります。

実行を開始するには

ステップ 1: 実行の詳細を指定する

次の設定を指定します。

次へ を選択してステップ 2 に進みます。

ステップ 2: パラメータ値を追加する

このページでは、実行のパラメータ値を入力するか、ワークフロー作成者が提供する事前定義された値を選択します。

Nextflow ワークフローを選択して実行を開始すると、このステップの上部に Nextflow エンジン設定と Nextflow プロファイルの追加セクションが表示されます。これらの設定 (サポートされている値、動作、プロファイルの優先順位) の詳細については、「」を参照してくださいNextflow エンジン設定の指定。

パラメータ値を実行する

実行パラメータを指定します。JSON ファイルをアップロードするか、値を手動で入力できます。JSON ファイルには、各入力パラメータの正確な名前と パラメータの値が含まれています。

HealthOmics は、パラメータ値に対して次の JSON タイプをサポートしています。

詳細については、「HealthOmics 実行入力」および「実行パラメータサイズの管理」を参照してください。

次へ を選択してステップ 3 に進みます。

ステップ 3: 実行グループ、実行キャッシュ、タグを追加する

このページのすべての設定はオプションです。

次へ を選択してステップ 4 に進みます。

ステップ 4: 実行を確認して開始する

前のすべてのステップの実行設定を確認します。設定を変更するには、関連するステップの横にある編集を選択します。準備ができたら、実行の開始を選択します。

API を使用して実行を開始する

StartRun API オペレーションを使用して、実行を作成して開始します。

基本的な実行を開始する

次の例では、ワークフロー ID、サービスロール、および出力 URI を指定します。この例では、保持モードを に設定しますREMOVE。保持モードの詳細については、「」を参照してくださいHealthOmics 実行の保持モードの実行。

aws omics start-run \
     --workflow-id workflow id \
     --role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/OmicsRole \
     --output-uri s3://amzn-s3-demo-bucket/output \
     --name "my-workflow-run" \
     --retention-mode REMOVE

応答として、次の出力を取得します。uuid は実行に固有であり、 とともに出力データが書き込まれる場所を追跡するためにoutputUri使用できます。

{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:run/1234567",
    "id": "123456789",
    "uuid": "96c57683-74bf-9d6d-ae7e-f09b097db14a",
    "outputUri": "s3://bucket/folder/8405154/96c57683-74bf-9d6d-ae7e-f09b097db14a",
    "status": "PENDING"
}

一般的な API オプション

パラメータファイルを含める

ワークフローのパラメータテンプレートで必須パラメータが宣言されている場合は、ワークフロー実行の開始時に入力のローカル JSON ファイルを指定できます。JSON ファイルには、各入力パラメータの正確な名前と パラメータの値が含まれています。

start-run リクエスト--parameters file://<input_file.json>に を追加して AWS CLI 、 の入力 JSON ファイルを参照します。詳細については、ステップ 2: パラメータ値を追加する「」および「」のパラメータ値でサポートされている JSON タイプ」を参照してくださいHealthOmics 実行入力。

リクエスト ID を指定する

実行requestIdごとに一意の を指定できます。リクエスト ID は、HealthOmics が重複するリクエストをキャッチするために使用するべき等性トークンです。リクエスト ID が前回の実行と重複している場合、実行は開始されません。

実行開始のオーケストレーションにインフラストラクチャ (Lambda 関数やステップ関数など) を使用する場合は、StartRun リクエストごとに一意のリクエスト ID を提供することがベストプラクティスです。これにより、インフラストラクチャがすでに開始した実行を誤って開始した場合、HealthOmics は重複した実行を開始しません。

aws omics start-run \
     --workflow-id workflow id \
     ... \
     --request-id "unique-request-id-12345"

ワークフローバージョンを選択する

実行のワークフローバージョンを指定できます。バージョンを指定しない場合、HealthOmics はデフォルトのワークフローバージョンで実行を開始します。

aws omics start-run \
     --workflow-id workflow id \
     ... \
     --workflow-version-name '1.2.1'

実行ストレージタイプを上書きする

ワークフローで設定されたデフォルトの実行ストレージタイプを上書きできます。

aws omics start-run \
     --workflow-id workflow id \
     ... \
     --storage-type STATIC \
     --storage-capacity 2400

エフェメラルストレージの有効化

実行のエフェメラルストレージを有効にするには、実行を開始するLOCALときに --scratch-storage-mode を に設定します。HealthOmics は、ワークフロータスクインスタンスごとに専用のローカルストレージボリュームを /tmp にマウントします。

aws omics start-run \
    --workflow-id workflow-id \
    --role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/OmicsServiceRole \
    --output-uri s3://amzn-s3-demo-bucket/output-folder/ \
    --parameters file:///path/to/parameters.json \
    --scratch-storage-mode LOCAL

特定の実行のエフェメラルストレージを無効にするには (たとえば、障害を分離するには）、 --scratch-storage-mode を に設定しますSHARED。

詳細については、「HealthOmics ワークフロータスク用のエフェメラルストレージ」を参照してください。

Nextflow エンジン設定 (エンジンバージョン、プロファイル、構文パーサー) については、「」を参照してくださいNextflow エンジン設定の指定。

Nextflow エンジン設定の指定

Nextflow ワークフローでは、ワークフローソースコードを変更せずに StartRun API リクエストにengineSettingsマップを渡してエンジンの動作を制御できます。コンソールでは、これらの設定はステップ 2: Nextflow ワークフローに表示される別のセクションとしてパラメータ値を追加するで使用できます。

サポートされるキー

Nextflow エンジンバージョンのピン留め

特定の Nextflow エンジンバージョンを選択してワークフローを実行し、エンジンバージョン間で制御された移行を有効にできます。ランタイムバージョンオーバーライドにより、ワークフロー定義が設定またはプロファイルを通じてバージョンを指定しても、実行時に指定したエンジンバージョンが優先されます。これにより、ワークフローソースコードを変更せずに、複数のエンジンバージョンで同じワークフローをテストできます。

サポートされているバージョン: 22.04.0 (または 22.04)、23.10.0 (または 23.10)、24.10.8 (または 24.10)、25.10.0 (または 25.10)、および 26.04.0 (または 26.04)。フルバージョン形式とショートバージョン形式の両方を使用できます。

API と CLI

で engineVersionキーを使用します--engine-settings。

aws omics start-run \
    --workflow-id workflow id \
    --role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/OmicsRole \
    --output-uri s3://amzn-s3-demo-bucket/output \
    --engine-settings '{"engineVersion":"26.04"}'

コンソール

でステップ 2: パラメータ値を追加する、Nextflow エンジン設定セクションのエンジンバージョンドロップダウンからバージョンを選択します。

Nextflow プロファイル

Nextflow プロファイルは、ワークフローの で定義された実行設定の名前付きセットですnextflow.config。実行時に 1 つ以上のプロファイルをアクティブ化して、ワークフローソースコードを変更せずに環境固有の設定 (開発、テスト、本番稼働など) を適用できます。

API と CLI

で profileキーを使用します--engine-settings。複数のプロファイルをカンマ区切りリストとして指定します。

aws omics start-run \
    --workflow-id workflow id \
    --role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/OmicsRole \
    --output-uri s3://amzn-s3-demo-bucket/output \
    --engine-settings '{"profile":"test,docker"}'

コンソール

ではステップ 2: パラメータ値を追加する、Nextflow プロファイルセクションがエンジン設定の下に表示されます。プロファイルの選択ドロップダウンから 1 つ以上のプロファイルを選択します。コンソールにプロファイルアプリケーションの順序が表示されます。プロファイルを削除するには、名前の横にある × を選択します。

プロファイルアプリケーションの順序

複数のプロファイルを指定する場合、アプリケーションの順序は Nextflow エンジンのバージョンと構文パーサーによって異なります。

設定の優先順位

Nextflow は、次の順序でパラメータを解決し、後のレイヤーが以前のレイヤーを上書きします。

VPC ネットワーキング

Virtual Private Cloud (VPC) でワークフローを実行できます。これにより、パブリックインターネットへのアクセス、クロスリージョントラフィック、VPC 内のリソースとの通信が可能になります。

VPC ネットワークを有効にするには:

詳細については、「HealthOmics ワークフローを VPC に接続する」を参照してください。