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ワークフロー定義をローカルで検証する
CreateWorkflow または を呼び出す前に、ワークフロー言語独自のツールを使用してワークフロー定義を検証できますCreateWorkflowVersion。構文エラーや解決されない参照などの問題を検出します。
ローカル検証は、定義を HealthOmics の要件ではなくワークフロー言語と照合します。ワークフローの作成中に HealthOmics が実行する linters については、「」を参照してくださいHealthOmics のワークフローlinters。
バリデータのインストール
バリデーターは、 が管理していないサードパーティー製ソフトウェア AWS です。
注記
実行では、リントする Nextflow バージョンよりも古い Nextflow バージョンを使用できます。nextflow lint コマンドは、実行で使用されない可能性のある厳密な構文で解析します。したがって、構文の検出結果を満たすように定義を書き換える前に、「」で説明されているように、実行で使用する構文バージョンを確認してくださいNextflow 構文バージョンを指定する。HealthOmics が実行の Nextflow バージョンを選択する方法については、「」を参照してくださいNextflow バージョン。
バリデータの実行
メイン定義ファイルに対して検証を実行し、Nextflow の場合はそれを含むディレクトリに対して検証を実行します。
マルチファイルバンドルの場合、ファイルを HealthOmics にアップロードする ZIP アーカイブにあるのと同じ相対パスでディスクにレイアウトします。リファレンスは、コマンドを実行するディレクトリではなく、それらを宣言するファイルに関連して解決されます。メインファイルの要件については、「」を参照してくださいHealthOmics ワークフロー定義の要件。
メインファイルから到達nextflow.configしない もチェックするように、メインファイルではなく nextflow lint ディレクトリを渡します。
注記
を渡すと-format、 はエラーのない定義ファイルを書きnextflow lint換えます。v25.10 以降でフォーマットすると、以前の Nextflow バージョンが拒否する構文が生成されるため、実行でフォーマットするバージョンを使用しない限り、フォーマットしないでください。
検証結果の読み取り
miniwdl と は、エラーを報告する場合は 0 以外のステータスでnextflow lint終了しますが、警告のみを報告する場合は 0 ステータスで終了します。終了ステータスに依存するのではなく、出力を読み取ります。
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WDL – は、復旧できない最初のエラー、またはインラインで lint 検出結果とともにロードされたすべてのドキュメントの概要miniwdlを報告します。
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Nextflow – Nextflow は、各エラーと警告をファイル、行、列とともにレポートし、問題のある行を引用符で囲みます。最後に、エラーのあるファイルの数とエラーのないファイルの数で終わるため、警告があるがエラーのないファイルは、エラーがないものとしてカウントされます。レポート形式を変更するには、
-oを渡します。例:-o json。 -
CWL – は、ファイルが有効な CWL であるか、各問題のファイル、行、列で検証に失敗したことをcwltool報告します。
注記
Nextflow のバージョンは、レポートの量によって異なります。Nextflow v26.04 は、警告をその概要にカウントし、-o json出力に含めます。Nextflow v25.10 は、警告をデフォルトの出力にのみ出力し、概要または-o json出力のいずれでも報告しません。
