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Deadline Cloud에서 bwa 및 bcftools를 사용하여 유전자 변형 호출 - 기한 클라우드

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Deadline Cloud에서 bwa 및 bcftools를 사용하여 유전자 변형 호출

GitHub 웹 사이트의 variant_calling_bwa 작업 번들은 개별 유전체와 참조 유전체 간의 기술적 차이를 찾습니다. 시퀀싱 읽기를와 정렬하고bwa,를 사용하여 변형을 호출하고bcftools, 결과를 하나의 VCF 파일로 병합합니다. 파이프라인은 Open Job Description에서 AWS HealthOmics WDL 변형 호출 자습서 파이프라인을 재구축합니다.

번들은 다른 과학 워크로드로 전달되는 패턴을 보여줍니다.

  • 컨테이너 이미지에 내장되지 않고 bioconda 채널에서 conda 패키지로 제공되는 소프트웨어입니다.

  • 샘플에 대한 정렬 산란과 유전체 영역에 대한 산란을 호출하는 변형이라는 두 가지 작업 파라미터를 팬아웃하고 병합 단계를 수집으로 사용합니다.

  • 모든 필수 도구가 세션당 PATH 한 번 켜져 있는지 확인하는 작업 환경은 정확한 패키지와 채널을 보고하여 누락된 패키지가 있는지 여부를 구성합니다.

번들에는 Linux 플릿이 있는 팜, 채널이 conda-forge bioconda 로 설정된 conda 대기열 환경, Deadline Cloud CLI가 필요합니다. 샘플 데이터(약 950KB)를 다운로드한 다음 다음을 제출합니다.

python sample_inputs/fetch_test_data.py
deadline bundle submit .

기본 파라미터(샘플 2개, 리전 4개)는 작업 10개를 생성합니다. README에서는 자체 코호트 가져오기, 리전 목록 조정, 프로덕션 분석에서 추가할 단계를 다룹니다. 기타 생명과학 예제는 , Deadline Cloud에서 GROMACS 분자 역학 시뮬레이션 실행및 Deadline Cloud에서 ESMFold를 사용하여 단백질 구조 예측단원을 참조하십시오Deadline Cloud에서 AutoDock Vina로 가상 검사 실행.