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Deadline Cloud에서 AutoDock Vina를 사용하여 가상 검사 실행 - 기한 클라우드

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Deadline Cloud에서 AutoDock Vina를 사용하여 가상 검사 실행

가상_선별 검사_빈 작업 번들은 AutoDock Vina를 사용하여 단백질 대상에 대해 대규모 복합 라이브러리를 검사합니다. 번들은 복합 라이브러리를 청크로 분할하고 작업자 플릿에 병렬로 도킹한 다음 바인딩 선호도를 기준으로 결과를 집계하고 순위를 매깁니다.

파이프라인은 다음 4단계를 실행합니다.

  1. PrepareReceptor - Open Babel을 사용하여 단백질 PDB를 PDBQT 형식으로 변환합니다.

  2. SplitLibrary - SDF 복합 라이브러리를 N 청크로 분할합니다.

  3. DockCompounds - N개의 병렬 도킹 작업(청크당 하나)을 실행합니다. 각 작업은 멱등성이며 스팟 선점에 안전합니다.

  4. ScoreAndRank - 모든 청크 결과를 상위 히트의 순위 CSV로 집계합니다.

번들에는 Linux x86_64 서비스 관리형 플릿(스팟 권장), openbabel의가 있는 conda 대기열 환경 conda-forge및 AutoDock Vina가 필요합니다. Deadline Cloud용 AutoDock Vina conda 패키지 빌드 Conda 레시피를 S3 채널에 빌드하거나 플릿 호스트 구성 스크립트를 통해 바이너리를 설치하여 Vina를 설치합니다.

ChEMBL에서 약물 유사 분자를 자동으로 다운로드 및 필터링하거나 자체 SDF 파일을 제공하도록 CompoundLibrary=chembl (기본값)를 설정합니다.

job_bundles 디렉터리에서 작업을 제출합니다.

deadline bundle submit virtual_screening_vina \
  -p "ReceptorPdb=receptor.pdb" \
  -p "CompoundLibrary=chembl" \
  -p "MaxCompounds=100000" \
  -p "CompoundsPerChunk=100" \
  -p "CenterX=-10.7" \
  -p "CenterY=12.4" \
  -p "CenterZ=68.8"

AutoDock Vina conda 패키지 빌드에 대한 자세한 내용은 섹션을 참조하세요Deadline Cloud용 AutoDock Vina conda 패키지 빌드.